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Articles by Shi Zhong in JoVE
JoVE Immunology and Infection
T细胞受体在小鼠T细胞的逆转录病毒转导
1NYU Cancer institute, New York University School of Medicine, 2Program in Structural Biology, New York University School of Medicine
我们提出了一个协议，以产生抗原特异性的小鼠的T细胞，用逆转录病毒转导
Other articles by Shi Zhong on PubMed
小肠脂肪酸结合蛋白： 轮流在快和慢折叠过程中的作用。
小肠脂肪酸结合蛋白的蛋白质都由两个 β-工作表组成一个家庭之一周边配体绑定到其中一个大型室内腔。甘氨酸残留在许多相邻反向平行 β-绞线之间轮流出现。在以前的工作，与停止的流量仪表内在色氨酸荧光光谱法 [Kim 和弗里登 (1998 年) 蛋白质控 7，1821年-1828年] 审查了替换这些甘氨酸残留的缬氨酸的效果。若要解决缺少已停止的流测量中的爆裂阶段，这些缬氨酸突变体有没有重新审视与 sub-millisecond 连续流量仪表。甘氨酸残留的一些也已被替换为脯氨酸，和这些脯氨酸突变体的折叠反应已经比较与缬氨酸看齐。在所有情况下，蛋白质稳定性的下降，但一些轮流出现最后结构稳定比其他任何时候都更重要。出人意料的是，速率常数观察到由 sub-millisecond 连续测量的所有突变体流方法是很类似 （1400年-3000 s(-1))，还有所有突变体，这一转变在从最大的荧光发射的未折叠蛋白降低波长，这表明一些倒塌的内 200 微米的展开状态。与观察到的 sub-millisecond 连续流动法测定的初始折叠事件的速率常数，不同速率常数已停止的流通的文书中观察到的慢阶段的差异为不同的突变体。后一步似乎与侧链稳定，而不是二级结构形成。它也显示配体紧密绑定仅对本机的蛋白和没有任何中间形式。
呼肠孤病毒延长生存，和减少脊髓和脑膜转移的频率从髓母细胞瘤。
髓母细胞瘤 (MB)，最常见的小儿脑肿瘤，是 5 年成活率只有 60%的高度恶性疾病。肿瘤细胞侵入周围组织和传播通过脑脊髓液，难以治疗。人类呼肠孤病毒类型 3 利用活化的 Ras 通路在肿瘤细胞，以支持生产性作为一种溶瘤病毒的感染。在这里，我们审查了人类呼肠孤病毒杀死 MB 的单元格行和手术标本体外，抑制肿瘤生长/转移瘤体内的能力。大多数人类 MB 的单元格行测试 (五个七 = 71.4%），两个 MB 的单元格行源自 Patched-1(+/-) 小鼠自发地产生肿瘤 (两个两个 = 100%) 和三个 MB 主文化从手术标本，派生了易呼肠孤病毒感染。呼和转录在这两个敏感和耐药细胞系中消化。然而，病毒蛋白质的合成是限于细胞含量较高的活化 Ras，暗示 Ras 在呼裂以 mb 为单位发挥了重要作用。我们使用 Daoy 原位活体动物模型，发现呼单 i.t.注射大大延长生存与控件相比 (160 70 天，而不是分别为何 ；P = 0.0003）。重复这个实验与绿色荧光蛋白标记的 Daoy 细胞和呼肠孤病毒多个 it 部门行政部门，我们再次发现长期的生存和脊髓急剧减少和脑膜转移瘤 (0.0%活病毒组中与控制注射液中 66.7%)。这些数据表明这种溶瘤病毒可能反对人类 MB 可能有效的新型疗法。其能够减少转移到脊髓可能允许减少目前用来治疗/预防脑脊髓液传播的总 neuroaxis 脑脊髓放疗剂量/领域中。
折叠式能源景观的细胞色素 C 加盐调制。
折叠存在不同数量的氯化钾酸展现细胞色素 c 的反应进行了调查与跨国激进党荧光和共振拉曼波谱学。它被发现-早期-太管得太多肽链崩溃致氯化钾产量折叠中间体，其中需要克服高能量屏障，折成其本机构象一些稳定。我们建议多肽链上的电荷分布是线性的氨基酸序列中编码的折叠子的一部分。筛分效果由氯化钾介绍的电荷通过提高边坡的上部边缘改变能源格局的形状，并介绍了折叠漏斗底部凹凸不平能源表面。
人类呼肠孤病毒的疗效和安全性评价键入 3 在免疫动物： 庄臣和非人灵长类动物。
人类呼肠孤病毒类型 3 拟与信号通路的激活 Ras 杀死肿瘤细胞。这项研究的目的是调查呼肠孤病毒的免疫活性胶质瘤动物模型与安全/毒性免疫动物，包括非人灵长类动物中的效果。
高效的流媒体文本聚类。
聚类数据流有了一个新的研究课题，最近摆脱许多真实的数据挖掘应用程序，并吸引了大量的研究注意力。但是，没有什么工作聚类的高维流的文本数据。本文结合高效在线球形 k-均值 (OSKM) 算法与现有可扩展的聚类策略，以实现快速和自适应聚类的文本流。OSKM 算法修改的球形 k-均值 (SPKM) 算法，使用在线更新 （用于群集邮编点数据) 基于众所周知的赢家通吃竞争学习。它一直显示要尽可能高效 SPKM，但在聚类质量更优。以前开发可扩展的聚类策略是为了处理非常大的数据库，不能放入内存有限，成本太高，多次读取/扫描。使用的策略，其中一个不断只足够统计历史数据保留 （部分） 所作贡献的历史数据，并以容纳了有限的内存。若要使拟议的聚类算法适应数据流，我们引入遗忘的因素适用指数衰减的历史数据的重要性。一系列的文本文档，他们携带的少重量较旧。我们的实验结果表明拟议的算法的效率和揭示直观和聚类的文本流一个有趣的事实需要，忘了是自适应。
可寻址激发介质中的时空网络。
时空网络研究允许本地和非本地传输的励磁光敏别洛乌索夫-扎鲍京斯基介质中。通过非本地传输发生时由 nondiffusive 跳转到目标站点链接到兴奋的站点在介质中传播励磁波发生本地传输。静态、 动态和域链接网络的实验和计算上的特点。转换到同步行为展示与增加链接密度和幂律关系作为函数的链接概率覆盖率第一次观察到。
[蒸散量的天然栎 Litaotungensis 和椴二级站在宁夏六盘山]。
热耗散探针技术并结合 microlysimeter 和水文方法，本文从 8 月至 2004 年 9 月到森林结构研究蒸散量的辽东栎中学和紫椴 paucicostata 站和它的关系。结果表明干 sap 磁通密度 (SFD) 辽东栎、 椴定期从天更改为以后生长季节的夜晚。(夜间) 时期相对静止，SFD 不断低值，通常低于 0.05 microl x cm(-2)。min(-1)，在活动期间 (日间) 中它增加迅速，通常低于 0.25 microl x cm(-2) x min(-1)。每日的整树蒸腾作用估计基于计算的每日累计 SFD，这表明存在着两个树种的重大区别。辽东栎的日常蒸腾作用分别达到 5.31 和 2.48 L x d(-1) 在阳光-和-阴天、 椴，那样的 2.35 和 3.75 倍。有日常叶蒸腾速率这些两个灌木物种之间存在显著差异。在测量期间，平均每日站蒸是 14.5 毫米 x d(-1)，包括蒸腾 (0.72 毫米 x d(-1))，土壤蒸发 (0.19 m m x d(-1)) 和林冠截留 (0.54 毫米 x d(-1))，分别占 49.6%、 13.3%和总蒸散量的 37.1%。结果表明整树蒸腾树种之间的差异对贡献差异的树蒸腾，虽然灌木林冠蒸腾的差异是由于在树冠叶量。对总台蒸散在看台的垂直层的影响也有不同，与百分比的 65.8%、 20.9%和 13.3%树冠、 灌木和楼分别，这意味着蒸腾和树冠最有助于总 evpotranspiration，其次是灌木蒸腾，截取土壤蒸发，和草蒸腾。
作为衡量二级结构倾向的二面角信息熵。
蛋白质结构信息可以发现利用高质量相关地块周围残留 dihedral angles 和那些之间顺序残留之间使用基于信息理论的熵和辅助功能。已使用的沿着序列最有可能的二面角的概率值定义标准信息熵的一个主要的序列。分布的引用集--相对于每个蛋白的标准熵差异蛋白质数据银行 90%序列 — — 冗余级别的 sublibrary 似乎是近高斯。它引起了一个辅助检查函数，其值信号的二面角如若不同于典型结构的程度。因为不正确的二面角分配或二级结构倾向属于非典型的引用集合中的结构，可能会出现这种偏差。此辅助检查函数可以很容易计算在公共网站，（http://www.d2check.gatech.edu）。其效用是在显示通过实验和理论上派生结构之间的差异分析和结构派生的同源建模分析这里展现了。这项新措施，D （2） 检查，对构象即基于骨干其他检查函数的比较 PROCHECK 和 WHAT_CHECK — — 还提供。
断层解剖学研究肾上腺在冠状面。
影像学诊断和手术治疗肾上腺疾病提供实际解剖数据，我们调查的肾上腺和其关系到使用的串行冠状节的中国成人尸体上腹部和十上腹部的健康成人志愿者的相关日冕磁共振 (MR) 图像 31 集的区域结构解剖和冠状面重建无肾上腺病变五例计算的多层螺旋断层 (MSCT) 图像。肾上腺是主要上先下腔静脉后缘于 18 毫米和 24 毫米后下腔静脉后缘之间的连续冠状部分进行可视化。一般情况下，左的肾上腺早于右侧肾上腺是可视化的两个部分。通过双边肾 hili (A18) 的前部分平面，双侧肾上腺外观率 100%，和的最大度量值的双侧肾上腺的可视化。长度、 宽度、 厚度的右肾上腺身体、 四肢内侧和外侧肢体厚度分别是 + /-2.12 m m，+ /-0.89 m m，+ /-0.26 m m，+ /-0.08 m m，+ /-0.06 m m，2.62 2.78 5.82 10.91 34.02 而左肾上腺的度量单位分别为 + /-2.46 m m，+ /-1.06 m m，+ /-0.24 m m，+ /-0.08 m m，+ /-0.07 m m，2.86 3.02 6.84 18.40 28.31。冠状面已显示双侧肾上腺的产品优势。肾上腺的形状都不同，而肾上腺厚度的范围是很窄。肾上腺的内侧和外侧肢体厚度，尤其是侧肢体的厚度可用于对双边肾上腺皮质疾病的诊断。
De Novo 的约束力的抗体更换分子序列的标识。
新硅方法中已开发出自动识别肽序列，可以绑定到目标的已知的三维结构。可能更快和更经济比传统方法提高抗体杂交瘤细胞株或骨肉技术的方法。当前的算法创建一个初始的肽库，要么完全随机或，受到限制的用户。此库表示只有一小部分的可能的序列空间，用指定的扭几何创建多肽。图书馆用作输入任意数量的可用分子对接程序和库是停靠并得分。然后用最后排序来通过约束推断在第一轮的最高 N 评分肽的序列养护模式到该库创建新库。接连不断的甄别、 评分和新库创建最终结果汇聚到最后解集的多肽的系统中。要测试的方法，新型多肽，可以绑定到，并抑制酶 Deoxyribonuclease 发现了我的家庭。多肽抑制或者单独或当放入蛋白骨干结构都通过实验证实了这种酶。
193nm Superlens 成像 20nm 光刻技术节点的结构。
我们显示 20nm 光刻分辨率 193nm 光照波长在理论上可行的是否采用铝 (Al) superlens 结构与索引匹配图层。它说明了该透射率的某些通过索引匹配图层可以增强 wavevector 乐队的倏逝波。它进一步显示大约 lambda/10 的最小分辨率可通过适当地工程掩码材料和 superlens 结构。深度为几个纳米的焦点预计将有可能为 20nm 半距与周期结构。在 superlens 结构中成功制止一侧叶和解决 20nm 双缝结构通过了助理功能。
在浙江省慈溪市浙江省登革热爆发期间的流行病学和向量效率。
返回从东南亚移民工人在 2004 年 10 月，触发中国，浙江省的 DF 流行病的爆发。慈溪市周巷地区宗八十三个个案，20 至 50 (78.3%)，主要是年轻和中年的人。没有明显的职业模式。大多数情况下的是女性，性别比为 1:1.86 (m:f).从流行地区登革热病毒 (DENV) 株被隔离并确定为属于亚洲株 1 DENV-1。根据流行病学调查，DF 的发生率没有任何关系的温度、 湿度、 或降水和 Breteau 幼虫表明明确的关系，只有用房子索引和容器索引的索引。最近镇里的登革热问题已与复杂的社会因素和地方性的村民和移民工人的卫生条件相关联。地方政府应采取某些卫生措施，减少由蚊子传播疾病的风险。这些措施应旨在消除滋生的媒介白纹伊蚊在室内和室外的容器内装满雨水，从而减少了 DF 传染的风险。
深度的焦点 (DoF) 193nm Superlens 成像结构分析。
我们目前设计的 193 nm superlens 成像结构，使打印的 20 纳米功能。光学图像模拟表明 20 纳米级分辨率是可行的定期光栅功能和双缝功能。这两个特征的名义深度焦 (DoF) 位置标识通过图像对比计算。模拟研究显示的两个功能在名义的自由度要解决 20 nm 关键维度时适当的介质材料放置在掩码和 superlens 的图层之间有共同的名义剂量。Micro8 nm 的自由度显示要索取 20 nm 半间距光栅功能同时各自的自由度双缝功能是少于 8 nm，可能可以通过利用现有的平版印刷分辨率增强技术增强。
竹节人参皂苷对小鼠酒精性肝损伤保护通过向上调节 GPX3、 SOD1 和 SOD3 的表达。
目的： 本研究的目的是调查 (SPJ) 竹节人参皂苷可能机制对小鼠酒精性肝损伤。方法： SPJ 确定了高性能液相色谱蒸发光散射检测-质谱 （LC-蒸发光散射检测-毫秒）。SPJ 无毒浓度测定对酒精性肝损伤雄性 ICR 小鼠和人的肝细胞。保护作用的生化值、 病理组织学观察和相对的基因表达进行了评价。结果。体外，SPJ 表明重大羟基自由基的清除能力。在体内，SPJ （50 毫克/千克） 可以纠正的天冬氨酸转氨酶、 丙氨酸转氨酶、 丙二醛、 病理变化减少谷胱甘肽 (GSH)、 谷胱甘肽过氧化物酶 (GPX)、 过氧化氢酶 （CAT） 和超氧化物歧化酶 (SOD) 致酒精代谢至正常的水平，除了肝脏谷胱甘肽和猫。肝细胞，结果是与上述结果 SPJ 预处理后确定小鼠 (microg/100ml)。RT-PCR 结果表明，猫、 过氧化物、 超氧化物歧化酶下跌酒精代谢的 mRNA 被扭转，其中 GPX3 SOD1 和 SOD3 可以回到正常水平，但猫，GPX1 和 SOD2 基因表达了仍明显低于该控件。病理组织学观察提供了用于生化分析的支持证据。结论： SPJ 重要作用保护的结构和功能的肝细胞线粒体和细胞核由直接清除活性氧物种/自由基和向上-表达调控的抗氧化酶 (超氧化物歧化酶、 过氧化物和猫），尤其是向 GPX3、 SOD1 和 SOD3。
重组腺病毒编码 Vasohibin 阻止肿瘤血管生成和抑制肿瘤生长。
许多行的证据表明，血管生成肿瘤的发展中发挥了关键作用。因此抗血管生成治疗表示可能有前途的癌症治疗办法。最近，发现一种称为 vasohibin 的新抑制作为内在和非常具体的反馈过程中血管生成抑制剂来操作。然而，到目前为止，报告抗肿瘤和抗血管生成的 vasohibin 属性已非常有限。作为抗血管生成治疗探讨 vasohibin 的潜力，我们构造编码 vasohibin 重组腺病毒。我们的数据表明重组腺病毒编码 vasohibin 可以阻止肿瘤血管生成和肿瘤生长。值得注意的是，在肿瘤中的血管生成无法无任何明显的副作用。因此，调查结果表明重组腺病毒编码 vasohibin 可能是作为一种潜在的战略抗肿瘤血管生成治疗的临床价值。
人类脐带源性样雪旺氏细胞移植与运动障碍脊髓损伤大鼠神经营养因子-3 管理相结合。
骨髓间充质干细胞有分化为雪旺氏细胞的能力。在这项研究，我们诱导人脐带间充质干细胞 (HUMSCs) 到球内构成的神经干细胞，体外和进一步进入轴承强形态、 表型和功能相似之处与雪旺氏细胞的细胞。这些 HUMSC 样雪旺氏细胞，移植到大鼠脊髓损伤 (SCI) 受害区域后显示部分疗效提高运动功能。神经营养素-3 (NT-3） 据报道，改善当地微环境的嫁接的单元格，和我们，因此，进一步测试样雪旺氏细胞移植术的疗效与细胞移植在站点 NT 3 管理相结合。结果显示 NT 3 管理大大促进细胞存活的嫁接主机受伤地区。大鼠治疗样雪旺氏细胞移植术与 NT 3 管理相结合的重大改善中得到体现行为测试相比，在动物模型中的收到只嫁接的单元格。这些结果表明与 NT 3 管理相结合的样雪旺氏细胞移植可能代表的干细胞治疗脊髓损伤的新战略。
水溶的免疫调节和抑制 Reg IV/EGFR/Akt 信号通路在大肠癌中的蛋白多糖的抗肿瘤作用。
水溶纯化的蛋白多糖 (P1) 据报，有抗病的活动。我们所研究的目的是确定的抗肿瘤作用和 P1 对肿瘤细胞的可能机制。细胞抑制法检测显示 P1 已对 HepG2，HT 29、 NCI H 460 和 MCF 7 人结肠癌细胞，增殖的抑制作用尤其是它是非常有效地抑制 ht-29 细胞。HT-29-轴承小鼠治疗 P1(100mg/kg)，当有脾脏和胸腺重量相对增加，血浆 pIgR 和 IgA 水平显著增加，也有显著下降，酶联免疫吸附法测定血浆 PGE2、 Reg 四、 表皮生长因子和 Akt 浓度。RT-PCR 的分析建议细胞凋亡诱导 P1 HT-29 似乎是关联的 Reg 四和表皮生长因子的表达水平下降。这些结果表明 P1 可能有两个可能发挥的作用，在治疗癌症 ；它通过扰乱 Reg IV/EGFR/Akt 信号通路行为作为部分通过保护免受转义 PGE2 攻击和加强黏膜 IgA 反应，T 细胞的免疫增强剂和直接抑制剂。
Dictyostatin 灵活性桥梁构象在解决方案和 β-微管蛋白紫杉烷类绑定站点中。
Dictyostatin (DCT，1） 是复杂的、 灵活的聚酮酯类的演示烈性的微管聚合活动。早期核磁共振实验中提出了一个解决方案结构 (2a) 和离散余弦变换 （Conf-1) 可能的绑定模式。在本研究中，在 DMSO-d(6) 和 methanol-d(4) 的 DCT 的构象景观探讨了使用广泛基于力场的构象搜索结合从解决方案核磁共振数据派生的几何参数。结果描绘的构象为 dictyostatin，说明了分子的灵活性并不包括先前建议的主要解决方案构象 2a 的多样性。7%的人口超过 298 ° 全球最低 0.6 千卡/摩尔 Conf 2） 与一个构象目前在 DMSO-d(6) 中还满足 TR NOESY 核磁共振参数的坎纳尔斯等人的特点 DCT 与组装微管中水的紫杉烷类绑定网站互动。几种插接方法 （滑翔、 Autodock 和 RosettaLigand） 的应用程序已确定微管 DCT/β-蛋白复杂 （姿势-2/Conf-2），是新兴的 DCT 结构活动数据得称心兼容低能量绑定模型。
混合 1-脱氧野尻霉素和桑叶多糖治疗糖尿病患者通过激活 PDX-1/胰岛素-1 信号转导通路和调节葡萄糖激酶、 磷酸烯羧激酶和葡萄糖-6-磷酸酶在糖尿病小鼠中的表达。
据报脱氧野尻 1-霉素 （DNJ） 发现从桑树是一种强效抑制剂糖苷肠道 α-酶 （蔗糖、 麦芽糖、 糖化酶)，和许多多糖是有用的在对其清除能力通过四氧嘧啶诱发胰腺胰岛细胞损伤保护。此研究的目的是要评估治疗效果和 DNJ 和桑椹多糖 (起人类免疫缺损) 杂交的潜在机制叶对糖尿病小鼠。
诱导的多功能干细胞相关基因影响生物学行为和 5-氟尿嘧啶结直肠癌细胞的敏感性。
我们旨在执行初步的诱导多能干细胞 (iPS) 之间的关联研究-相关基因和生物学行为的人结直肠癌 （CRC） 的单元格，并针对这些基因抗癌药物发展的潜力。
