Translate this page to:
Korean
In JoVE (8)
- 해수 샘플링 및 수집
- 대량 연안 해수 샘플 (20L +) 여과
- 연안 해수 샘플을 소량 (1 - 3L)은 여과
- 0.22 μm의 Sterivex 필터 및 세슘 클로라이드 밀도 기울기 원심 분리 장치에서 DNA 추출
- 대형 삽입 환경 게놈 라이브러리 제작
- 소일스 및 세디먼츠에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출
- Methylotrophic 효모에서 재조합 단백질의 표현 Pichia pastoris의
- Metagenomic 도서관에서 Cellulase 활동 Biomining에 대해 높은 처리량 화면
Other Publications (19)
- Nature Neuroscience
- Applied and Environmental Microbiology
- Applied and Environmental Microbiology
- Applied and Environmental Microbiology
- Science (New York, N.Y.)
- Journal of Bacteriology
- Science (New York, N.Y.)
- PLoS Biology
- Biochemical and Biophysical Research Communications
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
- Photochemistry and Photobiology
- Environmental Microbiology
- Environmental Microbiology
- Science (New York, N.Y.)
- Environmental Microbiology
- Methods in Enzymology
- Current Opinion in Biotechnology
- FEMS Microbiology Letters
- Astrobiology
Automatic Translation
This translation into Korean was automatically generated.
English Version | Other Languages
Articles by Steven J. Hallam in JoVE
JoVE General
해수 샘플링 및 수집
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
이 동영상은 문서 해안 해양 물 샘플을 수집 및 바이오 매스 농도, 핵산 정화, 세포 풍부, 영양 및 추적 가스 분석 등 다양한 어플 리케이션을위한 스트림을 처리하는 방법을.
JoVE General
대량 연안 해수 샘플 (20L +) 여과
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
물 칼럼에서 0.22μm와 직경 2.7μm 사이의 범위 미생물 바이오 매스의이 동영상은 문서 대형 볼륨 (≥ 20 L) 여과,.
JoVE General
연안 해수 샘플을 소량 (1 - 3L)은 여과
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
이 동영상은 문서 소량 (~ 1 L) 물 기둥에서 미생물 바이오 매스의 여과.
JoVE General
0.22 μm의 Sterivex 필터 및 세슘 클로라이드 밀도 기울기 원심 분리 장치에서 DNA 추출
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
우리는 정화를 위해 세슘 염화물 밀도 기울기 원심 분리 다음 0.22 μm의 Sterivex 필터에 집중 planktonic의 바이오 매스에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출을위한 방법을 설명합니다.
JoVE General
대형 삽입 환경 게놈 라이브러리 제작
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
계절 hypoxic 피요르드의 수직 깊이 연속으로부터 격리 환경 게놈 DNA와 fosmid 라이브러리의 구축이 설명되어 있습니다. 그 결과 클론 라이브러리는 384 잘 접시에 들어서 자동 식민지 따기 시스템의 응용 프로그램에서 스트림 시퀀싱 및 기능 검사를 위해 보관됩니다.
JoVE General
소일스 및 세디먼츠에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
토양 미생물 커뮤니티의 높은 분자량과 높은 품질의 게놈 DNA를 분리하는 방법이 설명되어 있습니다.
JoVE General
Methylotrophic 효모에서 재조합 단백질의 표현 Pichia pastoris의
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
프로토콜은 methylotrophic 누룩을 사용하여 단백질 발현을 설명합니다
JoVE General
Metagenomic 도서관에서 Cellulase 활동 Biomining에 대해 높은 처리량 화면
Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
이 프로토콜은 대장균의 표현 metagenomic 도서관에서 cellulolytic 활동에 높은 처리량 화면을 설명합니다. 화면이 솔루션을 기반으로하고 고도의 자동화, 그리고 흡광도 측정으로 최종 판독과 384 잘 microplates에 한 냄비 화학을 사용합니다.
Other articles by Steven J. Hallam on PubMed
PDZ, C 2와 RhoGAP 같은 도메인 Presynaptic 단백질 시드 1 C. Elegans에 축 삭 Id를 지정 합니다
축 삭의 특정 위치에 presynaptic 전문화의 존재에 의해 정의 됩니다. 우리가 여기에 C. elegans 유전자 시드 1에서 기능 손실 돌연변이 형태로 presynaptic 특수화에서에서 발생할 GABA 표현 모터 신경 세포의 수지상 프로세스 초기 분화 하는 동안 표시 합니다. 그러나 나중 발달 단계,, 시드 1 필요 하지 않습니다 이러한 신경 세포의 부분 집합의 극성 respecification. 시드 1 단백질 포함 PDZ, C2 및 rho GTPase 활성화 단백질 (갭)-도메인, 좋아하고 성숙한 뉴런 presynaptic 터미널으로 지역화 됩니다. RhoGAP 도메인을 결여 하는 잘린된 시드 1 neurite 파생물과 지도 방해 합니다. 우리의 데이터는 시드 1 초기 극성 중 축 삭 id 지정에 관련 되어있을 수 있습니다 나타냅니다.
연속 흐름 Bioreactor에서 혐 기성 Methanotrophic 고세균의 성장과 메탄 산화 속도
혐 기성 methanotrophic 고세균 무산 소 해양 퇴적 물에서 최근 발견 하지만 순수 문화에 복구 되지 아직. 생리 적 연구에 갓 archaea을 포함 하는 샘플을 수집 그들의 황산을 줄이는 syntrophic 파트너를 실시 하지만 샘플 가용성과 생존 능력 이러한 실험의 범위를 제한할 수 있습니다. 미생물 혐 기성 메탄 산화의 더 나은 연구 현장에서 조건의 대부분을 시뮬레이션 하 고 신진 대사 및 혐 기성 methanotrophic 고세균의 성장을 지원 하는 소설 연속 흐름 혐 기성 메탄 인큐베이션 시스템 (AMIS) 개발. 우리 incubated AMIS 시스템에 24 주 동안 시간과 캘 리 포니 아주 몬 터 레이 캐년 메탄 감기 침투 외부에서 수집 된 퇴적 물. 혐 기성 메탄 산화는 AMIS에 부 화 한 후 모든 퇴적 물에서 측정 하 고 양적 분자 기술을 침투 및 nonseep 퇴적 물에서 메탄 산화 archaeal 인구 증가 확인 합니다. 우리의 결과 AMIS 시스템 유지 보수 및 혐 기성 methanotrophic 고세균, 그리고 아마도 그들의 syntrophic, 황산 줄이고 파트너의 성장을 자극 하는 방법을 보여 줍니다. 우리의 데이터 성장 및 혐 기성 미생물 컨소시엄의 대사 활동 척도 생리 및 분자 기술을 결합의 유틸리티를 보여 줍니다. 추가 실험 AMIS 시스템을 무산 소 해양 환경에서 메탄 산화의 생물 학적 메커니즘의 더 나은 이해를 제공 해야 합니다. AMIS 농축, 정화, 그리고 격리 methanotrophic 고세균의 순수한 문화도 설정할 수 있습니다 또는 syntrophic 컨소시엄을 정의 합니다.
메 틸 코엔자임 M Reductase의 식별 (mcrA) 유전자 고세균 메탄 산화와 관련 된
Phylogenetic 및 안정 동위 원소 분석 혐 기성 메탄 산화 과정에서 주요 참여자로 ANME 1과 ANME 2 두 methanogen 같은 archaeal 그룹 연루. 아무것도 분자 수준에서 혐 기성 메탄 산화에 대 한 알려져 있다, 비록 메탄 산화 고세균 (MOA) methanogenic archaea의 진화 관계 MOA가 공동된 핵심 요소 methanogenic 통로의 많은 anaerobically 메탄 산화 하는 그 단계를 반전 가능성을 제기 하고있다. 이 가설을 탐구 하기 위해 존재와 메 틸 코엔자임 M reductase (MCR), methanogenesis, 터미널 단계 catalyzing 효소의 게놈 보존 ANME 1과 다양 한 해양 환경에서 분리 된 ANME 2 고세균에서 연구 했다. MCR (mcrA)의 알파 소 단위의 보존된 영역을 대상으로 하는 복제 라이브러리 생성 하 고 환경 샘플과 실험실 incubated microcosms, fosmid 라이브러리에서 비교 했다. 4 5 소설 mcrA 종류 이러한 원본의 식별 ANME 1 또는 ANME 2 그룹 멤버와 관련 된 했다. 특정 phylogenetic 그룹 mcrA 형식의 할당 환경 복제 복구, 소 우주, phylogenetic 적합성 Mcra와 작은 소 단위 rRNA 트리 토폴로지 및 fosmid 시퀀스에서 파생 된 게놈 컨텍스트 사이에서 mcrA 형식과 특정 MOA의 선택적 농축에 기반 했다. ANME 1 ANME 2 mcrA 시퀀스 분석 촉매 활동 기반으로 액티브 사이트 아미노산의 보존을 위한 잠재력을 제안 했다. 이러한 결과 mcrA 시퀀스 methanotrophic 고세균을 식별 하기 위한 기초를 제공 하 고 methanogenic 및 methanotrophic 고세균 사이의 기능적 게놈 링크를 정의 합니다.
심해 홍합 속 Bathymodiolus의에 의해 Thiotrophic Endosymbionts의 환경 인수
종 및 위치에 따라 깊은 바다 Bathymodiolus 홍합 작은 symbiont 취득의 홍합 모드에 대해 잘 알려져 있지만 호스트 황 산화 (thiotrophic)와 길 bacteriocytes에서 methanotrophic eubacteria 능력을가지고. Bathymodiolus 호스트 및 symbiont 관계의 이전 연구는 광범위 한 지리적 설정, 수직 전송에 대 한 명백한 모델 만들기에 걸쳐 겹치지 않는 종 컬렉션에 기반으로 하고있다. 중부 대서양 지역 리 지에서 환기 홍합으로 thiotrophic endosymbionts의 환경 인수에 대 한 유전자 및 cytological 증거를 제시 하 고 있습니다. 아가미 표면의 세포 막 열기 핏 구조 밝혀 endocytosis가 박테리아의 가능성이 사이트. Thiotrophic symbionts 인구 유전자 분석 두 Bathymodiolus 종 intergrade 하이브리드 영역을 악용. 북부 Bathymodiolus azoricus 및 남부 Bathymodiolus puteoserpentis 종의 DNA 시퀀스 들 symbiont 긴장 (내부 베낀된 공백 영역) 및 그들의 미토 콘 드리 아 (ND4)를 식별 하는 보유. 그러나, 북부와 남부 symbiont 미토 콘 드리 아 쌍 하이브리드 영역에서 분리 됐다. Symbiont 미토 콘 드리 아 쌍의 디 커플링 같은 두 요소는 엄밀히 세로로 세균 라인을 통해 전송 된 경우 발생 하지 것입니다. 함께 찍은, 이러한 결과 수직 전송의 환경 "새 는" 시스템을 제외 된 있지만 thiotrophic symbionts Bathymodiolus 홍합에서의 환경 원본과 일치.
Methanogenesis 역방향: 환경 유전체학과 가설을 테스트
무산 소 퇴적 물에서 미생물 메탄 소비 크게 바다에서 분위기에 온실 가스의 유량을 줄여 지구 환경에 미치는 영향. 그 중요성에도 불구 하 고 혐 기성 메탄 산화 제어 생물 학적 메커니즘은 잘 특징 되지. 1 현재 모델 메탄 생산 고세균의 친척 용량 methanogenesis 반대 하 고 그로 인하여 셀룰러 탄소 및 에너지를 생산 하는 메탄을 사용 하는 개발 제안 합니다. 우리는 깊은 바다 퇴적 물에서 메탄 산화 고세균의 게놈 분석 하 여 "역-methanogenesis" 가설의 테스트 여기 보고합니다. 우리의 결과 메탄 생산와 일반적으로 관련 된 거의 모든 유전자 archaeal methanotrophs의 특정 그룹에 존재 하는 보여 줍니다. 이러한 게놈 기반 관측 이전 가설을 지원 하 고 혐 기성 메탄 산화의 대사 모델링 정보 토대를 제공 합니다.
Crenarchaea에서 히스톤입니다
Archaeal 히스톤 인코딩 유전자 해양 Crenarchaea에서 확인 되었습니다. 단백질이이 유전자의 대표에 의해 인코딩 하 합성 체 외 및 대장균에서 표현 하 고 DNA를 바인딩합니다 archaeal 히스톤의 전형적인 속성을 가진 복합물을 형성. Crenarchaea에서 히스톤의 발견 히스톤 고세균의 Eukarya 발산 하기 전에 진화 인수를 지원 합니다.
층 화 미생물 Assemblages 바다 가운데 커뮤니티 유전체학의 내부
바다, 미생물 생명 predominates 아직 조금 깊이 연속체를 따라 게놈 여건 변화에 대 한 알려져 있다. 우리 여기서 가까운 바다의 바닥 깊이 바다의 표면에서 북한이 태평양 아열대 선전에서 planktonic 미생물 커뮤니티의 게놈 분석 보고. 미생물 커뮤니티 유전자에서 변형 시퀀스 taxonomic 그룹과 기능성 유전자 범유럽 대사 잠재력의 수직 zonation 반영. 미생물 유전자의 분포 패턴 탄소 및 에너지 대사, 첨부 파일 및 운동 성, 유전자 이동성 및 호스트 바이러스 성 상호 작용에 깊이 변수 사회 트렌드를 제안 했다. 층 화 미생물 커뮤니티의 게놈 분석은 비교 순서가 더 높은 지역 사회 조직 및 역학에 중요 한 통찰력을 제공 하기 가능성이 있다.
해양 Crenarchaeota의 게놈 분석은 환경에 의해 제안 된 탄소 동화 작용 및 암모니아 산화의 경로
해양 Crenarchaeota 크게 화학적 사이클링 해양 생태계에 영향을 미칠 잠재력을 가진 해양 microbiota의 풍부한 구성 요소를 나타냅니다. 사전 연구 특정 archaeal 지질 biomarkers 및 isotopic 분석을 사용 하 여 표시 planktonic Crenarchaeota autotrophic 성장에 대 한 능력을가지고 최근 재배 연구 지원 암모니아 기반 chemolithoautotrophic 에너지 대사. 우리가 보고 여기를 미 개 해양 crenarchaeote, Cenarchaeum symbiosum, 탄소와 에너지 대사의 재건에 초점을 맞춘에서 파생 된 fosmid 시퀀스의 분석. 유전자 예측 인코딩 autotrophic 탄소 동화 작용의 수정된 3-hydroxypropionate 주기의 여러 구성 요소 탄소 원으로 이산화탄소의 확인 된, 일관성을 활용 했다. 또한, 근처 완전 한 산화 tricarboxylic 산 사이클을 예측 하는 유전자도 발견 했다, 유기 탄소와 아미노산 및 공동 인자 생 합성 중간체 생산에서 소비와 일치. 따라서, C. symbiosum 엄격한 autotroph 또는 탄소 원으로 이산화탄소 및 유기 물질을 활용 하 여 mixotroph 함수를 가능성이 있다. 에너지 대사의 관점에서 암모니아 monooxygenase 소 단위, 암모니아 permease, urease, 및 요소 전송기를 인코딩하는 데 예측 유전자 autotrophic 대사 연료 에너지 소스로 식별, 감소 된 질소 화합물의 사용과 일치 했다. Homologues 전세계 바다에서 발견 한이 유전자의 보존 및 탄소 동화 작용 및 암모니아 산화에 대 한 crenarchaeal 통로의 유비 보여 줍니다. 이러한 결과 더 이상 입증할 가능성이 글로벌 대사의 중요성 Crenarchaeota 탄소의 화학적 변환의 주요 단계 및 해양 생태계에서 질소.
Archaeal 사전 MRNA 접합: Hetero Oligomeric 접합 Endonuclease 연결 합니다
진 핵 Cbf5 작은 nucleolar RNA-단백질 복합체의 단백질 소 단위 이다. 이전에, 우리가 발견, archaeal homologs crenarchaea에 pernix, Sulfolobus solfataricus, Sulfolobus tokodaii, cbf5의 introns archaeal 단백질 코딩 유전자의의 첫 번째 예제. 여기, 우리가 보고 S. tokodaii는 접합의 제품의 Cbf5 단백질의 면역 검출 cbf5 mRNA. 재조합 S. tokodaii 하위 단위에서 oligomeric 이종 접합 endonuclease 활동 전체 길이 Cbf5 단백질의 합성이이 활동 필요 제안 cbf5 사전 mRNA 조각의 exon intron 경계에 붙어. 데이터베이스 검색 및 PCR 화면 식별, 일부 추가 cbf5 introns 하지만 모든 crenarchaeal 게놈 시퀀싱 합니다. Exon intron 경계를 새로 확인된 된 intron 포함 된 cbf5 사전-Mrnas의 대부분의 예측 된 2 차 구조 미 tokodaii와 비슷한 돌출 나선 솟아오른 모티브 편안한 형태의 포함. 이러한 관측 접합 endonuclease의 소 단위 구성을 기질 특이성에 기여 나타내는 이전 보고서와 일치 하는.
미 개 해양 Crenarchaeote Cenarchaeum Symbiosum의 게놈 분석
Crenarchaeota는 토양, 퇴적 물, 호수, 바다의 바닷물의 유비 쿼터 스와 풍부한 미생물 성분. 국제 nonthermophilic Crenarchaeota 설명 추가, 우리는 미 개 스폰지 symbiont Cenarchaeum symbiosum 한 대표의 게놈 시퀀스를 분석 했다. C. symbiosum genotypes 같은 호스트에 해당 이전에 설명한 a-와 b-타입 ribosomal RNA 변종 하 두 개의 지배적인 인구로 분할 된 coinhabiting. 비록 그들은 했다 syntenic, ribotype 유전자 상당한 다양성을 숨겨 겹치는 a-와 b 형. 지배적인-타입 유전자 형을 구성 하는 단일 기와 경로 조립 되었고 C. symbiosum와 그 planktonic 친척의 게놈 성질을 탐구 하는 데 사용 됩니다. 2066 Orfs의 55.6%는 이전에 시퀀스 된 게놈에서 예측된 기능을 가진 유전자를 일치합니다. 나머지 유전자는 RNAs (2.4%) 기능과 hypotheticals (42%) 간의 알려진된 기능 유전자에 대 한 제한 된 상 동으로 분할. 후자의 범주 포함 일부 유전자 가능성이 archaeal 스폰지 공생 협회에 참여. 반대로, 525 C. symbiosum ORFs 해양 환경 게놈 설문 조사에서 가장 높은 시퀀스와 유사한 그리고 그들은 분명히가 planktonic Crenarchaeota에서 orthologous 유전자를 나타냅니다. 총, C. symbiosum 게놈 현저 하 게 다른 알려진된 고세균의 구분 이었고가 planktonic 친척의 공통점이 많은 코어 신진 대사 기능을 공유 합니다.
Photophysics 및 Heterotrich Ciliates에 Hypericin 같은 안료의 대폭: Phylogenetic 관점
이 논문에서 우리 문학을 검토 하 고 발생 및 heterotrichs에서 다양 한 hypericin 같은 chromophores photophysics, 셀의 photoresponses를 검사를 몇 가지 새로운 데이터, 안료 및 이러한 안료에 대 한 우리의 이해를 미리 공부 수 taxa의 다양 한 역할을 제시. Hypericin 같은 chromophores stentorids와 Fabrea, 후자 지금 동생 phylogenetic 트리에서 stentorids 볼 화학적 및 spectrally 지금까지 알려져 있다. 3 Hypericin 같은 안료에 대 한 구조는 알려져 있지만이 아마도 stentorids에서 모든 색상에 대 한 계정을 하지 않습니다. Stentor의 적어도 8 생리 적 그룹 안료 색상 및 zoochlorellae의 존재에 따라 존재 하 고 일부 수 종은 수 수 표백, 안료 화학 및 셀 동작의 비교를 위해 많은 기회를 선도. 동일한 셀;으로 가끔 heterotrichs 중에서 전시 되 고 빛을 여러 가지 응답 특히, 조류 symbionts 셀 이야기도 sciaphilous (그늘 사랑) 종 달리 photophilic 있습니다. 몇 가지 잘 알려진 photophobic 반응에 참여 하는 Hypericin 같은 안료 하지만 다른 색소 (rhodopsin 및 flavins)도 heterotrichs 및 기타 protists에 photoresponses에 참여 하고있다. Heterotrichs에서 hypericin 같은 안료의 최고의 특징이 역할 photoresponses 이며 그들은 적어도 두 번 대뇌로 서 역할을 진화 했다. 그러나, hypericin 및 hypericin와 같은 안료 더 다양 한 유기 체에서 프레데터 방어로 일반적으로 봉사 하 고 안료는 heterotrichs에서 다기능. 자외선 차단 안료에 대 한 직접 역할은 가능 하지만 증거는 애매. 새로운 관측의 hypericin 같은 안료와 phylogenetic 위치로 SSU rRNA 시퀀스에 따라 물리적 특성을 포함 하 여 깊은 물에서 folliculinid에 표시 됩니다. Hypericin 및 hypericin와 같은 안료의 photophysics는 검토 합니다. 특히 주의 환경에 의해 그들의 흥분 상태 속성은 수정 하는 방법에 주어 집니다. Hypericin 유기 솔벤트의 동종 환경에서 훨씬 더 구조화 된 주변 단지를 형성 하 여 단백질을 함께 제공 이동 흥분 상태 행동의 극적인 변화 관찰 됩니다. 이 단지 중 유용 hypericin 자연스럽 게 발견 하지은 환경과 그의 차이점을 고려 하는 것, 특히, 예를 들어, heterotrichs에서. 상호 작용 하는 단백질 hypericin의 photophysics을 수정 하 고 elucidating hypericin 및 hypericin 같은 chromophores 기능에 뛰어난 문제 중 하나는이 상호 작용의 분자 기초를 이해 분명 하다.
수확 하 고 자연스럽 게 교란 숲의 토양 시야를 통해 세균, Archaeal 및 Eukaryal 커뮤니티 구조
목재 수확으로 인 한 장애 숲 토양 microbiota에 중요 한 장기 효과 있고이 지역 사회에서 제공 하는 근본적인 생태계 서비스 변경. 이 연구 13 년 장기 토양 생산성 사이트에서 Skulow 호수, 브리티시 컬럼비아 목재 수확 후 유기 물 제거 및 다른 토양 지평에 미생물 커뮤니티 구조에 토양 압축의 영향 평가. 수확된 스탠드는 관리 되지 않는 숲 스탠드와 비교 되었다. 박테리아, 고세균 및 eukarya ribosomal intergenic 스페이서 프로필 감소 하는 깊이와 차이 두 스탠드의 상단 3 개의 토양 지평에서 크게 다른 사회 구조 표시. Ribosomal intergenic 스페이서의 대규모 연속 수확 또는 토양 지평 중 변화에 의해 영향을 받는 주요 미생물 phylotypes의 taxonomic 식별을 허용 하는 작은 소 단위 ribosomal RNA 유전자를 결합. Actinobacteria 및 Gemmatimonadetes 깊은 토양 지평에서 특히 관리 되지 않는 대기에서 가장 높은이 그룹의 상대적인 풍요와 세균 프로필에 주된 phylotypes 했다. 주된 eukaryal phylotypes 주로 알려진 mycorrhizal와 Basidiomycetes와 Ascomycetes의 saprotrophic 종에 할당 했다. 수확 Basidiomycetes 사소한 정도에 영향을 하지만 일부 Ascomycetes에 강한 영향을 했다. Archaeal 프로필 누구의 풍부 하 게 나타나 심도가 증가 몇 주된 crenarchaeal phylotypes로 낮은 다양성을 했다. 이러한 효과의 검출 수확 후 13 년 동안 산림 생산성에 대 한 중요 한 결과 가진 미생물 커뮤니티에 의해 중재 프로세스에 장기적인 변화를 나타낼 수 있습니다. 이러한 효과 보증 산림 토양 미생물 커뮤니티의 구조와 기능 결과에 수확 하는 효과의 더 광범위 한 조사.
Phylogenetic 다양성 전환과 해안 근처 무산 소 분 지 내에서 무산 소 영역 세균 커뮤니티: Nitinat 호수
두 스테이션 Nitinat 호수, 약 200 m 깊이 무산 소 조 수 협에서에서 조사에서 황 화물 표면에서 15m 가까이 발견 되었습니다. 생물 학적 특성, 작은 소 단위 ribosomal RNA 유전자 시퀀싱, chemocline 및 혐 기성 영역에서에서 결정 밝혀 많은 시퀀스 제안 하는 유황의 유황 산화 박테리아와 관련 된 사이클링은 지배적인 과정 이다. 감마-그리고 엡실론-Proteobacteria Chlorobium sp. thiotrophic symbionts에 관련 전환 영역을 지배. 이들은 각각 어둡고 광합성 CO(2) 정착에 역할을 할 것으로 예상 된다. 엡실론-Proteobacteria phylotype 풍부한 깊이 함께 증가, 결국 모든 시퀀스의 69-97%로 구성 된 무산 소 영역에서 발견 한. 이러한 phylotypes의 대다수 (74%)는 소설 Acrobacter sp. 그룹 (NITEP5)와 제휴 했다. Nitep5의 부 량 2.8 10(5) 셀 ml(-1) x까지 했다 무산 소 영역에는 밝혔다. 놀랍게도, 비록 시퀀스와 관련 된 황산을 감소 박테리아 전환 영역 dsr 유전자의 정량화에서에서 복구 된 알려진 및 (35)SO(4)(2-) 통풍 관 테스트 황산 감소 하는 것이 좋습니다 물 내에서 열은 무시할 수 있다. 전반적으로, 다른 수직 영역 간에 시퀀스 다양성은 감마-Proteobacteria, Chlorobi, 엡실론-Proteobacteria의 공간 분리 절 기 사이 상당히 다양 하 게 표시 되지 않았다.
해양 죽은 영역 확대에서 다재 다능 한 Chemolithoautotroph의 Metagenome
산소 최소 영역 이라고 해양 "죽은 영역"은 광범위 한 해양 기능 현재 지구 온난화 때문에 확대. Metazoan 인생에 험한 일 수 있지만 그들은 누구의 신진 대사 활동에 영향을 미칠 글로벌 오션 내에서 사이클링 하는 영양소와 추적 가스 이상한 microbiota 지원. 여기에서, 우리는 최소 영역 미생물 (SUP05)와 관련이 깊은 바다 조개와 홍합의 chemoautotrophic 길 symbionts 유비 쿼터 스와 풍부한 하지만 미 개 산소의 metagenomic 분석 보고서. 중재 autotrophic 탄소 동화 작용, 유황 산화 및 질산염 호흡 광범위 한 물 열 산화 상태에 민감하게 반응 하는 유전자의 다양 한 레 퍼 토리를 비호 하는 SUP05 metagenome. 우리의 분석 산소 불충분 한 해양 바다에 원양 sup05의 생태 및 화학적 역할 및 그것의 잠재적인 감도 환경 변화를 이해 하는 게놈 재단을 제공 합니다.
계절에 따라 무산 소 피 요 르 드의 미생물 커뮤니티 역학: Saanich 입구, 브리티시 컬럼비아
용 존된 산소 농도 biotic 상호 작용 및 해양 생태계 내의 영양 흐름 형성에 중요 한 역할을 한다. 세계 바다에 걸쳐 낮은 용 존된 산소 농도 (hypoxia)의 지구는 물 열, 생산성 및 온실 가스에 대 한 주요 피드백의 일반적이 고 확장 기능 자전거. 미생물 다양성 산소 불충분 한 해양 바다 내에서 화학적 변환을 기본 더 나은 이해를 우리는 모니터링 정량된 세균 및 archaeal 커뮤니티 역학 관련 하 용 존 가스 및 계절 계층 및 깊은 물 갱신 하는 동안 양분 주기 Saanich 입구, 브리티시 컬럼비아에 계절에 따라 무산 소 피 요 르 드. Nitrospina 및 sar324를 포함 하 여 산소 결핍 해 역 내에서 분할 된 미생물 그룹 수 델타-proteobacteria, sar406와 감마-proteobacteria 깊은 바다 조개와 홍합의 thiotrophic 길 symbionts 관련 제휴. 미생물 다양성은 극적으로 감소 하는 무산 소 분 지 해 역 내의 hypoxic 전환 영역 내에서 가장 높은 고 산소 및 인산 염의 정의 된 그라데이션을 따라 틈새 시장 분할의 시간적 패턴 관찰 했다. 이러한 결과 질소, 탄소 및 산소 결핍 해양 바다 내에서 사이클링 하는 유황의 시스템 대사를 유추 강력한 비교 phylogenetic 프레임 워크를 제공 하 고 물 열 hypoxia 수준의 변화 하는 미생물 커뮤니티의 응답을 공부에 대 한 세공 모델로 Saanich 입구를 설정.
분자 도구 ANME 커뮤니티 구조와 기능을 조사
메탄 생산 및 소비 혐 기성 해양 퇴적 물에서 가역 tetrahydromethanopterin (H (4) MPT)의 시리즈에 의해 촉매-C1 전송 반응을 연결. 이러한 반응의 많은 하나 탄소 복합 활용 미생물 사이의 보존은, 비록 두 남아 archaeal 메탄 물질 대사에 대 한 진단. N5-methyltetrahydromethanopterin에 의해 촉매 반응을 포함 됩니다: 코엔자임 M methyltransferase과 메 틸 코엔자임 M reductase (MCR). 후자의 효소 C H 유대 형성 및 분열 기본 methanogenic 및 역방향 methanogenic 고기 중심 이다. 여기, 우리는 검출을 위한 새로운 도구 집합 및 미 개 혐 기성 메탄 산화 고세균 (ANME) 중재 H4MPT 연결 C1 전송 반응의 정량화 기술. 이러한 도구에는 중 합 효소 연쇄 반응 프라이 머 타겟팅 ANME MCR 소 단위 A 하위 그룹 및 프로 파일링 커뮤니티 구조와 기능적 역학에 대 한 고해상도 질량 분석 호환 해양 퇴적 물에서 단백질 추출 방법.
예술과 디자인의 기능성 Metagenomic 화면입니다
이 문서 요약 기능 metagenomics에 대 한 일반적인 디자인 원칙. 포커스는 식 호스트로 대장균에 대체 호스트 벡터 시스템 최적화 활동에 기초를 둔 스크린에 유전자 복구에 관하여 설명 하는 있지만. DNA 분리 및 농축 방법, 도서관 건설 phenotypic 읽어의 예 관심 phenotypic 특성 인코딩 환경 클론의 신속한 격리를 위한 높은 처리량 기술의 사용에 대 한 특별 한 강조와 함께 설명 되어 있습니다.
V-REVCOMP: 역방향 보완 16S RRNA 유전자 시퀀스 큰 환경과 Taxonomic 데이터 집합에서의 높은 스루풋 감지 자동
역방향 상호 보완적인 DNA 시퀀스-실수로 거꾸로 모든 purines 및 transposed pyrimidines 지정 된 시퀀스-고려 하지 않으면 detrimentally 시퀀스 분석을 달라질 수 있습니다. 특히 환경 원본의 높은 처리량, 오픈 소스 소프트웨어 도구-v-revcomp (http://www.cmde.science.ubc.ca/mohn/software.html)-감지 하 여 방향을 역방향 보완 항목을 작은 소 단위 rRNA (16S) 유전자 시퀀싱 데이터 집합에서의 선물이. 소프트웨어 차세대 시퀀싱 기술의 특징인 짧은 읽기까지 전체 길이에서 배열 시퀀스 길이 지원 합니다. 우리 모두 406 781 16S 시퀀스에 큐레이터 실바 데이터베이스의 102 놓고 도구는 거의 100%의 검출 정확도 시연 심사 v revcomp의 신뢰성을 평가 합니다. 이후에 사용 하는 v-revcomp 국제 뉴클레오티드 시퀀스 데이터베이스에서 예금 1 171 646 16S 시퀀스를 분석 하 고 하 고는이 중 약 1% 사용자 제출 시퀀스 반전 했다 발견 보완. 또한, 항목의 nontrivial 비율 역방향 보완 chimeras, 시퀀스와 관련 된 잘못 된 taxa, nonribosomal 유전자, 저품질의 시퀀스 또는 데이터베이스의 다른 항목에 합리적인 일치 없이 그렇지 않으면 잘못 된 시퀀스를 포함 하 여, 변칙 달리 했다. 따라서, v revcomp 감지 하 고 반대로 보완 16S 시퀀스의 거의 모든 길이 reorienting에서 고효율 이며 다양 한 시퀀스 비정상 감지를 사용할 수 있습니다.
액체 아스팔트 사막에서 미생물 생명입니다
트리니다드 토바고에 있는 피치 호 피치 누수, 주로 asphaltines 주변 기름 부유한 지역에서 구성 된 석유의 형태에 의해 영양 자연 아스팔트 저수지 이다. 상향 누수 동안 피치 진흙과 높은 압력에서 가스와 혼합 및 라이터 부분 증발 또는 volatilized은 낮은 물 활동, 완강히 탄소 기판 및 유해 화학 물질에 의해 특징 액체 아스팔트 찌 꺼 기 생성 화합물. 활성 미생물 커뮤니티 그들 (특히 새 타르 호 그룹에서) 새로운 긴장의 많은 박테리아와 고세균의 그램 당 10(7) 셀 최대의 바이오 매스에 달하는 피치 호수의 액체 탄화수소 매트릭스에 살고 발견 됐다. 지구 화학 및 분자 taxonomic 접근 다양 한, 소설, 그리고 깊이 아스팔트 열의 다른 부분에 있는 혐 기성 탄화수소 저하 프로세스 중재 가능한 미생물 계보를 분기 합니다. 또한, 우리는 archaeal 메탄 신진 대사 및 특정 유전자 시퀀스 의사와 의무 혐 기성 황-및 아 질산염-산화 박테리아와 제휴에 대 한 마커를 발견. 피치 호수에서 미생물 다양성 미생물 커뮤니티 다른 사이트 중 트리니다드 토바고에 란 초 르 브리 어, 캘리포니아, 미국, 그리고 석유 우물에서 천연 아스팔트 환경과 진흙 화산을 포함 다른 탄화수소 풍부한 환경에서 분석에 비해 고유 발견 됐다. 이러한 결과 미생물 생태학과 고집 불통 탄화수소 매트릭스의 biogeochemistry에 창을 열고 토성의 최대 위성 타이탄에서 발견 된 같은 탄화수소 호수의 biotic 잠재력을 모델링 하기 위한 지상파 아날로그로 사이트를 구축.
