De Vastes Interactions Chromatine Promoteur Centrées Fournir Une Base Topologique Pour Le Règlement De Transcription

Cell. Jan, 2012  |  Pubmed ID: 22265404

D'ordre supérieur pour l'organisation chromosomique régulation de la transcription est mal comprise chez les eucaryotes. En utilisant l'échelle du génome analyse de l'interaction avec la chromatine appariés balise de fin de séquençage (Chia-PET), nous avons cartographié les interactions à longue portée chromatine associés à l'ARN polymérase II dans les cellules humaines et découvert répandues interactions promoteur-centrée intragéniques, extragénique, et intergénique. Ces interactions en outre agrégés en un ordre supérieur grappes, dans lequel les gènes proximale et distale ont été engagés à travers promoteur-promoteur interactions. La plupart des gènes avec le promoteur-promoteur interactions ont été actifs et transcrite en collaboration, et certains promoteurs qui interagissent les uns des autres pourrait influer sur ce qui implique la complexité combinatoire des contrôles transcriptionnels. Des analyses comparatives des différentes lignées cellulaires ont montré que les interactions chromatine cellulaire spécifiques pourraient fournir des cadres structurels pour la cellule transcription spécifique, et a suggéré l'enrichissement significatif de enhancer-promoteur interactions cellule pour des fonctions spécifiques. En outre, génétiquement identifié les éléments non codants associés à la maladie ont été trouvés à être spatialement engagé avec les gènes correspondants par le biais interactions à longue portée. Dans l'ensemble, notre étude fournit un aperçu de régulation de la transcription par la chromatine interactions en trois dimensions à la fois pour l'entretien ménager et la cellule des gènes spécifiques dans les cellules humaines.