Interazioni Estese Della Cromatina Promotore-centrato Forniscono Una Base Topologica Per La Regolazione Della Trascrizione

Cell. Jan, 2012  |  Pubmed ID: 22265404

Ordine superiore organizzazione cromosomica per regolazione trascrizione mal inteso negli eucarioti. Utilizzando l'analisi di interazione della cromatina genome-wide con sequenziamento associati-fine-Tag (ChIA-PET), abbiamo mappato le interazioni a lungo raggio della cromatina associate con la RNA polimerasi II in cellule umane e scoperte diffuse promotore-centrato intragenic, extragenic e intergenic interazioni. Queste interazioni ulteriormente aggregate in ammassi di ordine superiore, in cui geni prossimali e distali sono stati impegnati attraverso interazioni Promotore-Organizzatore. La maggior parte dei geni con interazioni promoter-promotore erano attivi e trascritto in modo cooperativo, e alcuni promotori interagenti potrebbero influenzare l'altro implicando complessità combinatoria di transcriptional controlli. Analisi comparative di diverse varietà di cellula ha mostrato interazioni cellula-specifico della cromatina potrebbero fornire quadri strutturali per la trascrizione delle cellule specifiche che ha suggerito significativo arricchimento delle interazioni enhancer-promotore per funzioni specifiche di cella. Inoltre, identificati geneticamente associata a malattia non codificante elementi sono stati trovati per essere spazialmente impegnati con i geni corrispondenti attraverso interazioni a lungo raggio. Nel complesso, il nostro studio fornisce intuizioni nella regolazione della trascrizione di interazioni di cromatina tridimensionale per pulizia e cella specifici geni nelle cellule umane.