Amplias Centrados Promotor Interacciones Cromatina Proporcionar Una Base Topológica De Regulación De Transcripción

Cell. Jan, 2012  |  Pubmed ID: 22265404

De orden superior la organización cromosómica de regulación de la transcripción es poco conocida en eucariotas. Uso de todo el genoma Análisis de Interacción de la cromatina con la secuenciación pareadas etiqueta final (Chia-PET), que asigna a largo plazo las interacciones asociadas a la cromatina con la RNA polimerasa II en las células humanas y descubrieron amplias interacciones promotor centrado en intragénicos, extragénicas y intergénica. Estas interacciones más agregados en un grupo de orden superior, en el que los genes proximal y distal se dedicaban a través de la interacción del promotor promotor. La mayoría de los genes con las interacciones promotor promotor-se mantuvieron activos y transcrita en forma cooperativa, y algunos promotores que interactúan entre sí puede influir en lo que implica la complejidad combinatoria de los controles de la transcripción. Análisis comparativos de diferentes líneas celulares mostraron que las células específicas de la cromatina interacciones podrían proporcionar marcos estructurales de células específicas de la transcripción, y sugirió un importante enriquecimiento de las interacciones potenciador-promotor de células específicas de las funciones. Por otra parte, genéticamente determinadas enfermedades asociadas a los elementos no codificantes se comprobó que estaban espacialmente comprometida con los genes correspondientes a través de interacciones de largo alcance. En general, nuestro estudio proporciona información detallada sobre regulación de la transcripción de la cromatina por las interacciones en tres dimensiones tanto para la limpieza y los genes específicos de la célula en las células humanas.