Un Allele HOXA13 Con Un Missense Mutation in Omeobox E Un'eliminazione Dinucleotide Nel Promotore Sottende Guttmacher Sindrome

Human Mutation. May, 2002  |  Pubmed ID: 11968094

Sindrome di Guttmacher, una combinazione dominante dell'arto distale e anomalie del tratto genitale, ha molte caratteristiche in comune con la sindrome mano-piede-genitale (HFGS), comprese ipospadia e ipoplasia delle prime cifre. La presenza di caratteristiche non visto in HFGS, tuttavia, compreso postassiale polidattilia mani e uniphalangeal 2(nd) le dita dei piedi con assenza di chiodi, suggerisce che esso rappresenta un'entità distinta. HFGS è causata da mutazioni nel gene HOXA13. Abbiamo pertanto hanno re-investigated l'originale famiglia sindrome Guttmacher e hanno trovato che gli individui affetti sono eterozigoti per una mutazione missenso romanzo HOXA13 homeobox (c.1112A>T; homeodomain residuo Q50L), che è sorto su un allele già portando una delezione di 2 bp romanzo (-78-79delGC) nella regione altamente conservata del promotore del gene. Questa eliminazione non produce rilevabili anomalie sui propri, ma può contribuire al fenotipo in individui affetti. La mutazione missenso, che altera un residuo chiave con l'elica di riconoscimento dell'omeodominio, rischia di turbare la proprietà di DNA-binding di HOXA13, con conseguente sia una perdita che un guadagno di funzione specifico.

Individuazione Di Polimorfismi Genomici Associati a Trombosi Venosa Utilizzando Il Dosaggio Biplex Invasore

The Journal of Molecular Diagnostics : JMD. May, 2004  |  Pubmed ID: 15096570

In sette laboratori è stato condotto uno studio multi-sito per valutare l'accuratezza e le prestazioni del dosaggio biplex Invader per cinque polimorfismi genotipizzazione, implicato nella trombosi venosa profonda. Risultati di genotipizzazione ottenuti utilizzando l'invasore biplex dosaggio sono stati confrontati con quelli ottenuti da un metodo di riferimento, o allele-specific polymerase chain reaction (PCR-AS), restrizione fragment length polymorphism (PCR-RFLP) o PCR-mass spectrometry. Risultati sono stati confrontati per cinque loci associati a trombosi venosa profonda: fattore V di Leiden, fattore II (protrombina) G20210A, metilene-tetraidrofolato reduttasi (MTHFR) C677T e A1298C e plasminogeno attivatore inibitore (PAI-1) 4 G/5 G. Un totale di 1448 genotipi testati in questo studio, c'erano 22 campioni che hanno dato risultati diversi tra il dosaggio biplex invasore e i metodi basati sulla PCR. Su altre prove, 21 sono stati determinati per essere correttamente genotipizzati mediante il saggio di Invader e solo una singola discrepanza è stata risolta a favore l'analisi PCR-based. I risultati compilati dimostrano che il dosaggio biplex Invader fornisce risultati più del 99,9% concordanti con tecniche standard basati sulla PCR ed è un'alternativa rapida e altamente accurata ai metodi basati sull'amplificazione di destinazione.

Espansione Di Polyalanine in HOXA13: Tre Nuove Colpite Le Famiglie E Le Conseguenze Molecolari in Un Modello Del Mouse

Human Molecular Genetics. Nov, 2004  |  Pubmed ID: 15385446

Espansioni di Polyalanine in due dei tre grandi imperfetta trinucleotide ripetizioni codificati dal primo esone di HOXA13 sono state segnalate nella sindrome mano-piede-genitale (HFGS). Qui riportiamo ulteriori famiglie con espansioni nella terza ripetizione di residui di alanina 11 e 12, la quest'ultima è la più grande espansione ha riferita. Segnaliamo anche un paziente con un romanzo, espansione 8-alanina novo de la prima ripetizione grande. Così, le espansioni in tutte le tre grandi HOXA13 polyalanine ripetizioni possono causare HFGS. Per determinare la base molecolare per alterata funzione HOXA13, abbiamo eseguito la ricombinazione omologa in cellule ES in topi per espandere le dimensioni del tratto di polyalanine terzo più grande da 10 residui (HOXA13(ALA28)). Topi mutanti erano indistinguibili dai topi null Hoxa13. Arto mutante gemme erano stazionario normale espressione RNA Hoxa13, normale mRNA impionbatura e riduzione dei livelli di proteina di steady-state. L'efficienza di traduzione in vitro della proteina HOXA13(ALA28) era normale. Così, la perdita della funzione è secondaria ad una riduzione nell'abbondanza in vivo della proteina espansa probabilmente a causa di degrado.

Gamma Di HOX/racconto Superclasse Associazioni E Requisiti Di Dominio Della Proteina Di Interazione HOXA13:MEIS

Developmental Biology. Jan, 2005  |  Pubmed ID: 15617687

AbdB-come HOX proteine forma DNA-binding complessi con le proteine di superclasse racconto MEIS1A e MEIS1B, trimeric complessi e sono state identificate in estratti nucleari che includono una seconda proteina di racconto, PBX. Così, complessi solubili di proteina DNA-indipendente esistono nei mammiferi. La misura di HOX/racconto superclasse interazioni, requisiti strutturali della proteina e siti di interazione cooperativa in vivo non sono state completamente esplorate. Mostriamo che espressione Hoxa13 e Hoxd13 non coincidono con quello di Meis1-3 dell'arto in via di sviluppo; Tuttavia, coexpression si verifica in sviluppo maschi e femminili riproduttivi tratti (FRTs). Dimostriamo che HOXA13 sia HOXD13 associare MEIS1B nei mammiferi e le cellule di lievito, e che HOXA13 può interagire con tutte le proteine MEIS ma non più divergente racconto superclasse membri. In aggiunta, il dominio C-terminale (CTD) di MEIS1A (18 amminoacidi) e MEIS1B (93 aminoacidi) sono necessarie per l'interazione HOXA13; per MEIS1B, questo dominio era anche sufficiente. Mostriamo anche mediante saggio di due ibridi di lievito che proteine MEIS possono interagire con le proteine HOX anteriore, ma per alcuni, sequenze di MEIS N-terminale supplementari sono necessari per l'interazione. Utilizzo di mutanti di delezione di HOXA13 e HOXD13, forniamo prove per più domini di peptide HOX interagendo con proteine MEIS. Questi dati suggeriscono che le interazioni HOX:MEIS possono estendersi alle proteine HOX-AbdB-come nella soluzione e che le differenze possono esistere nei domini del peptide MEIS utilizzati da diversi gruppi HOX. Infine, la capacità di più domini HOX di interagire con le sequenze di MEIS C-terminale implica una maggiore complessità delle interazioni della proteina-proteina HOX:MEIS e un più grande ruolo per la variazione delle sequenze amino-terminale HOX nella specificità della funzione.

Geni Regolati a Valle Di HOX Gruppo 13 Fattori Di Trascrizione Con E Senza Capacità Di Legame Del DNA Monomerico

Developmental Biology. Mar, 2005  |  Pubmed ID: 15733672

Hox geni codificano per fattori di trascrizione che regolano la morfogenesi di sviluppare gli embrioni. Nei mammiferi, la conoscenza dei percorsi genetici, inclusi i possibili obiettivi di diretti o indiretti, regolamentati da proteine HOX è estremamente limitata. Per identificare i geni a valle regolamentati da proteine HOX posteriore, abbiamo espresso HOXA13 in fibroblasti embrionali del mouse carente espressione di gruppo 13 paralog utilizzando un vettore retrovirale HOXA13/EGFP di bicistronic. Analisi di microarray identificato 68 geni con riproducibile, significativi cambiamenti di espressione RNA (50 attivato; 18 represso) in cellule che esprimono HOXA13 stabile. Geni con il GO annotazione termini "matrice extracellulare" e "membrana basale" erano notevolmente sovrarappresentati, e molti sono stati indicati per essere regolata da proteine HOX in altri studi. Tra i geni fortemente attivati da HOXA13 erano Enpp2, un enzima bifunzionale conosciuto per modulare il tumore e motilità cellulare normale e che è espressa in precartilaginous condensazioni; Fhl1, un fattore di trascrizione coinvolto nella differenziazione delle cellule muscolari e sviluppo; e M32486, una molecola putativo integrali di membrana espressa nel tratto riproduttivo femminile. Le differenze di espressione in cellule che esprimono HOXA13 sono state confermate per selezionati geni a valle mediante RT-PCR semiquantitativa e coexpression in vivo con Hoxa13 nel mesenchima interdigitale arto è stata dimostrata per molti. Per i due candidati, Igfbp4 e Fstl, espressione gemma dell'arto interdigitale è stato ridotto in Hoxa13 mutanti. Per esplorare se paralogous e nonparalogous proteine HOX potrebbero regolamentare gli stessi geni, abbiamo creato nuove linee di cellule HOX ed esaminato l'espressione di geni selezionati identificati dalla schermata HOXA13. HOXD13 similmente attivato/represso 6 candidati testati, dimostrando che più percorsi genetici a valle possono essere regolati da proteine HOX paralog. Al contrario, HOXA9 è stato solo in grado di reprimere l'espressione di alcuni obiettivi di gene. Un mutante HOXD13, HOXD13(IQN >) (AAA), incapace di monomerico DNA-binding, attiva l'espressione di geni HOXA13 sovraregolati 5; ma era incapace di reprimere l'espressione di Ngef e Casp8ap2. I nostri risultati suggeriscono che le interazioni della proteina-proteina HOX senza HOX DNA-binding diretto possono giocare un ruolo maggiore nella regolazione trascrizionale HOX than generalmente assunto, e DNA-binding appare critico per la repressione.

Gruppo 13 HOX Proteine Interagiscono Con Il Dominio MH2 Di R-SMAD E Modulano Le Funzioni Di Attivazione Trascrizionale Smad Indipendenti Di Capacità HOX DNA-binding

Nucleic Acids Research. 2005  |  Pubmed ID: 16087734

Interazioni con cofattori forniscono un mezzo da cui HOX proteine esercitare una specificità. Per individuare interattori della proteina candidato di HOXA13, abbiamo creato e proiettato un E11.5-E12.5, libreria di arto distale bud lievito due-ibrido preda. Tra gli Interactiani, abbiamo isolato il effector BMP-segnalazione Smad5, che ha interagito con il HOXD13 paralogous ma non con HOXA11 o HOXA9, rivelando la capacità unica di interazione delle proteine come AbdB HOX. Utilizzo di mutanti di delezione, abbiamo determinato che il dominio MH2 di Smad5 è necessario per l'interazione HOXA13. Questo è il primo rapporto dimostrando un'interazione tra le proteine HOX e il dominio MH2 delle proteine Smad. HOXA13 e HOXD13 anche associare ad altre proteine BMP e TGF-beta/Activin-regolato Smad tra cui Smad1 e Smad2, ma non Smad4. Inoltre, HOXD13 potrebbe essere co-immunoprecipitated con Smad1 da cellule. Espressione di HOXA13, HOXD13 o di un mutante di homeodomain HOXD13 (HOXD13(IQN>AAA)) antagonizzato attivazione trascrizionale TGF-beta-stimolato il vettore reporter pAdtrack-3TP-Lux nelle cellule Mv1Lu, nonché il promotore pTRS6-E1b Smad3, Smad4-attivato nelle cellule Hep3B. Infine, utilizzando dei mammiferi uno-hybrid assay, mostriamo che attivazione trascrizionale di una proteina di fusione GAL4/Smad3-C-terminus è specificamente inibita da HOXA13. I nostri risultati identificano un nuovo cofattore per 13 proteine HOX group e suggeriscono che le proteine HOX possono modulare attività transcriptional Smad-mediata attraverso le interazioni della proteina-proteina senza il requisito per la capacità di DNA-binding monomerico HOX.

Ripetuta Evoluzione Morfologica Attraverso Cambiamenti Cis-regolatori in Un Gene Pleiotropico

Nature. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16625197

L'evoluzione indipendente di somiglianze morfologiche è molto diffusa. Per tratti semplici, come il colore generale del corpo, ripetute transizioni mediante mutazioni nello stesso gene possono essere comuni. Tuttavia, per tratti più complessi, i possibili percorsi genetici possono essere più numerosi; i meccanismi molecolari sottostanti le loro origini indipendenti e nella misura in cui essi sono vincolati a seguire determinati percorsi genetici sono in gran parte sconosciuti. Qui vi mostriamo che un pattern di pigmentazione ala maschile coinvolto nel rituale di corteggiamento è stato guadagnato e perso più volte in un clade di Drosophila. Ognuno dei casi noi abbiamo analizzato (due guadagni e due perdite) coinvolti modifiche normative presso il gene pleiotropico pigmentazione gialla. Perdite coinvolto l'inattivazione parallelo dello stesso elemento cis-regolatori (CRE), con le modifiche apportate a pochi nucleotidi sufficiente per spiegare la divergenza funzionale di un elemento tra due specie di pari livello. Sorprendentemente, due guadagni indipendenti di spot di ala è derivato dalla cooptazione dei distinti ancestrale di Cherso. Questi risultati dimostrano come la diversificazione funzionale di Cherso modulare di geni pleiotropici contribuisce alla novità evolutiva e l'evoluzione indipendente di somiglianze morfologiche.

Manutenzione Di Soppressione Virale in HIV-1-infected HLA-B * 57 + Elite Soppressori Nonostante CTL Sfuggire Le Mutazioni

The Journal of Experimental Medicine. May, 2006  |  Pubmed ID: 16682496

Raro virus dell'immunodeficienza umana 1-infected individui, chiamati soppressori d'elite (ES), mantengono dei livelli plasmatici di virus < 50 copie/ml e normale CD4 conta senza terapia. Il complesso di istocompatibilità di classe I l'allele gruppo istocompatibilità umano del leucocita antigene (HLA)-B * 57 è sovrarappresentati in questa popolazione. Mutazioni in HLA-B * 57-restricted epitopi sono stati osservati in ES, ma il significato è rimasto poco chiaro. Qui indaghiamo la misura e l'impatto delle mutazioni di fuga dei linfociti T citotossici (CTL) di HLA-B * 57 + ES. Forniamo la prima prova diretta che la maggior parte ES esperienza cronica bassa viremia livello. Il sequenziamento ha rivelato una notevole discordanza tra i genotipi del virus al plasma e provirus archiviati in cellule T CD4 + di riposo. Mutazioni in HLA-B * 57-restricted Gag epitopi erano presenti in tutti i virus dal plasma ma erano rari in provirus, suggerendo la recitazione di pressione selettiva potente presso questi epitopi. Sorprendentemente, sono state rilevate forti CD8 + T cell interferone-gamma risposte contro alcuni epitopi mutante trovato in virus al plasma, suggerendo lo sviluppo del de novo responses to varianti virali. In alcuni individui, le relative CD8 + T cell interleuchina-2 risposte ha mostrato la migliore correlazione con la selezione osservata in vivo. Così, l'analisi di basso livello viremia rivela un'inaspettatamente elevato livello delle mutazioni di fuga CTL riflettendo la recitazione di pressione selettiva all'HLA-B * epitopi limitati da 57 in ES. Continua soppressione virale riflette probabilmente CTL risposte contro epitopi unmutated e residuo o de novo contro epitopi con mutazioni di fuga.

Isolamento E Caratterizzazione Di Replica-competenti Virus Dell'immunodeficienza Umana Di Tipo 1 Da Un Sottoinsieme Di Soppressori D'elite

Journal of Virology. Mar, 2007  |  Pubmed ID: 17151109

Elite soppressori (ES) sono non trattata virus dell'immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1)-infettati gli individui che controllano la viremia a livelli inferiori al limite di rilevazione di analisi corrente. I meccanismi coinvolti in questo controllo non hanno stato completamente chiariti. Diversi studi hanno dimostrato che alcuni ES sono infettati con virus difettosi, ma non è chiaro se gli altri sono infettati con HIV-1 replica-competenti. Per rispondere a questa domanda, abbiamo usato un test sensibile coculture nel tentativo di isolare il virus replica-competenti da una coorte di 10 ES. Abbiamo coltivato con successo sei isolati replica-competenti dal 4 al 10 ES. La frequenza di cellule infette latente in questi pazienti era più di un registro inferiore a quello visto nei pazienti in terapia antiretrovirale altamente attiva con carichi virale non rilevabile. Full-length sequenziamento di tutte le sei isolati non rivelato nessun grandi delezioni in uno qualsiasi dei geni. Alcune mutazioni e piccole inserzioni e delezioni sono state trovate in alcuni isolati, ma analisi fenotipica dei geni interessati ha suggerito che la loro funzione è rimasto intatto. Inoltre, tutti e sei gli isolati replicato così come ceppi di laboratorio standard in vitro. I risultati suggeriscono che alcuni ES sono infettati con HIV-1 isolati che sono completamente replica competente e che a lungo termine controllo immunologico di competenti per la replicazione dell'HIV-1 è possibile.

Un Alto Grado Di Disparità HLA Nasce Dalla Limitata Diversità Allelica: Analisi Del 1775 Coppie Donatore-ricevente Di Trapianto Di Midollo Osseo Non Correlate

Human Immunology. Jan, 2007  |  Pubmed ID: 17207710

La diversità allelica e associati leucocitario umano antigen (HLA) disparità di midollo osseo 1775 destinatari e loro donatori, abbinati per sei di sei (1361/1775,77%), cinque dei sei (397/1775, 22%), o quattro dei sei (17/1775, 1%) HLA-A, -B, -DR antigeni, sono stati valutati a posteriori. L'analisi HLA completa inclusa la classe I (A, B, C) e II (DRB1, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1) loci. Più (&gt; 66%) di prevalentemente indoeuropeo popolazione di studio eseguito uno o due di cinque-sette comuni alleli di ciascun locus HLA. Nonostante questa diversità limitata, 29% dei sei di sei trapianti corrispondente antigene trasportato mancate corrispondenze allele HLA-a, -B, e/o - DRB1 e 92% trasportato mancata corrispondenza di almeno un allele in uno dei loci HLA otto testati. Del 968 HLA-A, - B, - DRB1 allele-matched coppie, 89% trasportato mismatch in altri loci HLA, prevalentemente a loci DP. Sostanzialmente maggiore rispetto prevista disparità allelica HLA tra donatore e ricevente suggerisce haplotypic vasta diversità e sottolinea l'importanza di valorizzare approcci per attenuare l'effetto deleterio di mismatch HLA.

Evoluzione Dell'HIV-1 in Un HLA-B * 57-positivi Paziente Durante La Fuga Virologica

The Journal of Infectious Diseases. Jul, 2007  |  Pubmed ID: 17538883

Elite soppressori mantengono normale conta di cellule T CD4(+) e carichi virali di < 50 copie del virus dell'immunodeficienza umana tipo 1 (HIV-1) RNA per millilitro di plasma senza terapia antivirale. Riportiamo qui un caso di fuga virologica in pazienti positivo human leukocyte antigen (HLA) - B * 57 - poco dopo sieroconversione. Questa fuga è stata associata con lo sviluppo di mutazioni in 2 HLA-B * cellule T cell Gag epitopi limitati da 57, reversione della mutazione M184V del farmaco-resistenza e reversione di un polimorfismo romanzo Vpu. Il presente studio suggerisce che il controllo della replicazione virale nei soppressori d'elite può essere a causa di HIV-1-specifiche cellule T cellule e, in alcuni casi, le mutazioni che hanno effetti sottili sul fitness virale.

Modelli Di Amplificazione Delle Tre Regioni Genomiche Predicono Distante Recidiva Nel Carcinoma Mammario

The Journal of Molecular Diagnostics : JMD. Jul, 2007  |  Pubmed ID: 17591932

Attualmente utilizzati parametri clinici e istopatologici impreciso definiscono il rischio di recidiva distante nel cancro al seno, sottolineando la necessità di marcatori prognostici più informativi. In fluorescenza presente in situ studio ibridazione dei campioni chirurgici archiviati, abbiamo derivato un algoritmo per il calcolo di un indice prognostico (PI) dal numero di copie di DNA di tre regioni genomiche (CYP24, PDCD6IP e BIRC5) per gli estrogeni/progesterone recettore-positivo (ER / PR +), tumori e un distinto PI (basato su NR1D1, SMARCE1 e BIRC5) per gli estrogeni/progesterone recettore-negativo (ER/PR-) tumori. Tra i casi di test indipendenti stratificati da PI, tassi di ricorrenza sono stati significativamente più alti tra i pazienti ad alto rischio di pazienti a basso rischio per entrambi ER / PR + (odds ratio = 9,52, intervallo di confidenza 95% &gt; 2,12, P = 0,0024) ed ER/PR-(odds ratio = 12,3, intervallo di confidenza 95% &gt; 1,45, P = 0.0188) tumori. Tra tutta la popolazione, ricorrenze erano significativamente più diffuse per i casi con PI sopra mediane per entrambi ER / PR + (Fisher s esatto, P = 1,19 x 10(-5)) ed ER/PR-(P = 0,0025) i pazienti e per i sottoinsiemi nodo-negativo (ER / PR + nodo-negativo, P = 0,042 ed ER/PR-nodo-negativo, P = 0,039). In conclusione, questi marcatori eseguono bene in confronto con altri criteri per la valutazione del rischio di recidiva e possono essere utilizzati con esemplari chirurgici ordinariamente formalina, inclusi in paraffina.

Ad Alta Risoluzione HLA Donatore-ricevente Corrispondente Contribuisce Al Successo Del Trapianto Di Midollo Osseo Del Donatore Non Apparentato

Blood. Dec, 2007  |  Pubmed ID: 17785583

L'importanza relativa dei vari loci di human leukocyte antigen (HLA) e il livello di risoluzione alla quale essi sono abbinati non è stato completamente definito per il trapianto di donatore non apparentato. Per rispondere a questa domanda, dati National Marrow Donor Program da 3857 trapianti effettuati dal 1988 al 2003 negli Stati Uniti sono stati analizzati. Coppie paziente-donatore completamente sono state tipizzate per HLA-A, -B, - C,-DRB1, - DQB1,-DQA1, - DPB1 e - DPA1 alleli. Ad alta risoluzione DNA matching per HLA-A, -B, - C e - DRB1 (8/8 match) è il livello minimo di corrispondenti associati con la sopravvivenza più alta. Una singola corrispondenza rilevata dal basso - o ad alta risoluzione o DNA testing a HLA-A, -B, - C o - DRB1 (7/8 match) è stato associato con più alta mortalità (rischio relativo, 1,25; 95% CI, 1.13-1,38; P < 001) e 1 anno sopravvivenza del 43% rispetto al 52% per 8/8 coppie. Singolo disadattamento a HLA-B o HLA-C appaiono meglio tollerati rispetto mancate corrispondenze di HLA-A o HLA-DRB1. Disadattamento a 2 o più loci aggravato il rischio. Disadattamento al donatore e loci HLA-DP o - DQ fattori diversi dall'HLA tipo non erano associati con la sopravvivenza. Nella modellazione multivariata, paziente età, razza, stadio di malattia e stato citomegalovirus erano come predittivi di sopravvivenza come donatore HLA matching. Ad alta risoluzione DNA matching per HLA-A, -B, - C, e - gli alleli DRB1 è associato a più alti tassi di sopravvivenza.

State of the Art Review: Trapianti Di Sangue HLA Matching E Risultato Del Donatore Non Apparentato Del Cordone Ombelicale

Biology of Blood and Marrow Transplantation : Journal of the American Society for Blood and Marrow Transplantation. Jan, 2008  |  Pubmed ID: 18158954

Il Ruolo Della Protezione HCP5 E HLA-C Associati Polimorfismi Nel Controllo Della Replica Del HIV-1 in Un Sottoinsieme Di Soppressori D'elite

AIDS (London, England). Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18301071

Elite soppressori (ES) sono i pazienti HIV-1-infected non trattati che mantengono carichi virale non rilevabile. Una recente analisi dell'intero genoma identificato due polimorfismi indipendenti associati con bassi carichi virali nell'infezione di HIV-1 non trattata. Abbiamo proiettato 16 ES; nessuno erano positive per il protettivo polimorfismo del gene 5 complesso HLA, e solo quattro sono stati positivi per il polimorfismo protettivo associato con il gene HLA-C. Questi risultati suggeriscono che alcuni ES controllo viremia da meccanismi indipendenti di nuova identificazione fattori genetici.

Deplezione Delle Cellule T CD4 + in Un HIV Non Trattata Tipo Antigene Leucocitario Umano Infettato 1-B * 5801-positivi Paziente Con Una Carica Virale Non Rilevabile

Clinical Infectious Diseases : an Official Publication of the Infectious Diseases Society of America. Apr, 2008  |  Pubmed ID: 18444844

Riportiamo un caso di un paziente infettato da virus dell'immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1) per 20 anni chi ha sperimentato la deplezione delle cellule T CD4(+) nonostante mantenendo carichi virale non rilevabile. I nostri dati suggeriscono che l'attivazione immunitaria può causare deplezione delle cellule T CD4(+) anche quando la replicazione dell'HIV-1 sembra essere controllata da fattori ospite.

Trasmissione Del Virus Dell'immunodeficienza Umana Di Tipo 1 Da Un Paziente Che Ha Sviluppato L'AIDS a Un Soppressore D'elite

Journal of Virology. Aug, 2008  |  Pubmed ID: 18495769

Elite soppressori (ES) sono non trattata virus dell'immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1)-infettato i pazienti che mantengono carichi virali di < 50 copie/ml. I meccanismi coinvolti nel controllo della replicazione virale rimangono poco chiari. Studi precedenti ha suggerito che questi pazienti, così come nonprogressors di lunga durata, sono infettati con varianti di HIV-1 difettosi. Altri rapporti hanno dimostrato che l'HLA-B * 27 e HLA - B * 57 alleli sono sovrarappresentati in questi pazienti, suggerendo che fattori ospite giocano un ruolo nel controllo della replicazione virale. Al fine di distinguere tra queste ipotesi, abbiamo studiato le differenze di isolati virali e risposte immunitarie di una coppia di trasmissione di HIV-1. Mentre entrambi i pazienti sono HLA-B * 57 positivo, il trasmettitore ha progredito per AIDS, considerando che il destinatario, che è anche HLA-B * 27 positivo, è un ES. Isolati da entrambi i pazienti erano replica competente e contenevano la mutazione T242N fuga in Gag, che è noto per diminuire fitness virale. Mentre l'acquisizione di mutazioni compensatorie si è verificato negli isolati dal progressor, una risposta superiore HIV specifiche cellule T-cellula in ES sembra hanno impedito la replicazione virale e quindi l'evoluzione verso una variante più adatta. Inoltre, le cellule cellule T in ES selezionato per una mutazione rara in un immunodominanti HLA-B * 27-restricted Gag epitopo, che ha anche un impatto negativo sul fitness. I risultati suggeriscono fortemente che attraverso meccanismi diretti e indiretti, cellule T cellule in qualche controllo ES isolati HIV-1 sono in grado di causare immunosoppressione profonda.

Il Regolamento E L'evoluzione Di Un Interruttore Genetico Controllo Sessualmente Dimorfici Tratti in Drosofila

Cell. Aug, 2008  |  Pubmed ID: 18724934

Tratti sessualmente dimorfici giocano ruoli chiave nell'evoluzione degli animali e del comportamento. Poco si conosce, tuttavia, sui meccanismi che regolano il loro sviluppo e l'evoluzione. Un tratto dimorfici recentemente evoluto è la pigmentazione addominale specifici del maschio di Drosophila melanogaster, che viene repressa nelle femmine da proteine Bric-à-brac (Bab). Per capire il regolamento e l'origine di questa caratteristica, abbiamo identificato e rintracciato l'evoluzione dell'interruttore genetico dimorfici bab espressione di controllo. Mostriamo che la proteina HOX Abdominal-B (ABD-B) e il sesso-specifiche isoforme di Doublesex (DSX) regolano direttamente un elemento cis-regolatori di bab (CRE). Nelle femmine, ABD-B e DSX(F) attivare espressione bab, mentre nei maschi DSX(M) reprime direttamente bab, che permette di pigmentazione. Un nuovo dominio di espressione di bab dimorfici evoluto attraverso molteplici cambiamenti di scala fine all'interno di questo CRE, il cui ruolo ancestrale era regolare altre caratteristiche dimorfici. Questi risultati rivelano come nuovi caratteri dimorfici può emergere dalle reti genetiche preesistenti tratti dimorfici di regolazione.

Ruolo Delle Cellule Natural Killer in Una Coorte Di élite Soppressori: Bassa Frequenza Dell'allele KIR3DS1 Protettivo E Limitato L'inibizione Del Virus Dell'immunodeficienza Umana Di Tipo 1 Replica in Vitro

Journal of Virology. May, 2009  |  Pubmed ID: 19211742

Naturale cellule killer (NK) sono associate con la risposta immunitaria innata e sono importanti in molte infezioni virali. Studi recenti indicano che le cellule NK possono controllare virus dell'immunodeficienza umana tipo 1 (HIV-1) replica. Abbiamo studiato l'effetto delle cellule NK su replica di HIV-1 in una sottopopolazione di individui HIV-1-infected chiamati soppressori d'elite (ES) o controller d'elite. Questi pazienti mantengono una carica virale non clinicamente rilevabile senza trattamento e forniscono così una coorte affascinante in cui studiare la risposta immunologica di HIV-1. Utilizzando un sistema autologo, abbiamo analizzato gli effetti delle cellule NK e cellule T cellule sulla replicazione virale nei linfoblasti CD4(+) T. Anche se noi avevamo ipotizzato che le cellule NK di ES sarebbe altamente efficace nel controllare la replicazione virale, abbiamo trovato che le cellule NK da ES alcuni, ma non tutti, erano in grado di inibire la replicazione in presenza di interleuchina-2, e l'inibizione era meno robusto rispetto a quella mediata dalle cellule T cellule. Inoltre, abbiamo esaminato se particolari alleli dei recettori KIR, in particolare le combinazioni di KIR3DS1 e KIR3DL1 o allele-ligando correlata con il controllo della replicazione di HIV-1 da cellule NK e se eventuali specifici alleli KIR fossero sovrarappresentati in ES. Nostra coorte ES non differiscono dalla popolazione in generale per quanto riguarda la frequenza dei singoli KIR. Tuttavia, del otto ES studiato, i quattro esibendo la maggior parte dei NK cell-mediated controllo della replicazione virale anche aveva il minor attivazione KIR ed era aplotipo A. Così, forte NK cell-mediated inibizione della replicazione virale non è necessario per il controllo immunologico di HIV-1 in tutti gli ES.

Tolleranza Immune Dopo Irradiazione Linfoide Totale Per Il Trapianto Di Cuore: Sopravvivenza Libera Da Immunosoppressori Per 8 Anni

The Journal of Heart and Lung Transplantation : the Official Publication of the International Society for Heart Transplantation. Jul, 2009  |  Pubmed ID: 19560706

51-Anno-vecchio uomo afro-americano subì un trapianto di cuore ortotopico nel 1995 per cardiomiopatia costringano. Rigetto refrattario si è verificato, e ha richiesto successivamente irradiazione linfoide totale per prevenire il rigetto ulteriore. Disseminata Mycobacterium avium complesso sviluppato nel 2000, e il paziente ha deciso di sospendere tutti i farmaci dopo gli antibiotici ha causato effetti collaterali intollerabili farmaco. Il paziente non è morto successivamente del rifiuto, e fu scoperto di avere profonda soppressione di diversi sottoinsiemi di linfociti, presumibilmente da irradiazione linfoide totale precedente. Questo indotto Immunotolleranza sembra hanno permesso la sua sopravvivenza prolungata senza immunosoppressori.

Rapida Evoluzione Dell'espressione Di Enzimi Producono Feromoni Sesso in Drosophila

PLoS Biology. Aug, 2009  |  Pubmed ID: 19652700

Una vasta gamma di organismi utilizzano feromoni sessuali per comunicare con a vicenda e identificare partner accoppiamento appropriato. Mentre l'evoluzione della comunicazione chimica è stato suggerito a causare la speciazione e isolamento sessuale, i meccanismi che governano le transizioni evolutive nella produzione del feromone sessuale sono capiti male. Qui, noi decifrare i meccanismi molecolari sottostanti la rapida evoluzione nell'espressione di un gene coinvolto nella produzione di feromone sessuale in Drosophilid mosche. Catena lunga idrocarburi cuticolari (ad es., diene) vengono prodotti femmina-specificamente, in particolare attraverso l'attività della desaturasi DESAT-F e potenti feromoni per corteggiamento maschile in Drosophila melanogaster. Mostriamo che attraverso il genere Drosophila, l'espressione di questo enzima è correlata con la produzione di catena lunga diene e ha subito un numero straordinario di transizioni evolutive, tra cui sei inattivazioni gene indipendente, tre perdite di espressione senza perdita del gene e due transizioni in sesso-specificità. Inoltre, mostriamo che transizioni evolutive da monomorphism a dimorfismo (e sua reversione) nell'espressione desatF coinvolto il guadagno (e l'inattivazione) di un sito di legame per il fattore di trascrizione di determinazione del sesso, DOUBLESEX. Inoltre, abbiamo documentato un sorprendente esempio di guadagno di particolari motivi cis-regolatori del locus desatF attraverso un insieme di piccole delezioni. Insieme, i nostri risultati suggeriscono che frequenti cambiamenti nell'espressione di feromone-produrre enzimi sottostanno transizioni evolutive nella comunicazione chimica e riflettono regimi mutevoli della selezione sessuale, che può aver contribuito alla speciazione tra drosofila.

Genetiche E Molecolare Intuizioni Lo Sviluppo E L'evoluzione Di Dimorfismo Sessuale

Nature Reviews. Genetics. Nov, 2009  |  Pubmed ID: 19834484

Dimorfismo sessuale è comune in tutto il Regno animale. Tuttavia, una comprensione molecolare dei tratti specifici del sesso come sviluppare ed evolvere è stato sfuggente. Recentemente, ha compiuto progressi notevoli in elucidating come diversi sistemi di determinazione del sesso sono integrati in reti genetiche dello sviluppo. Un tema comune da questi studi è che tratti sex-limited ed espressione genica sono prodotte dall'azione combinata di transcriptional effettori delle vie di determinazione del sesso e altri fattori di trascrizione su elementi cis-regolatori di gene bersaglio. Sex-specific traits evolvere dal guadagno, la perdita o la modifica dei collegamenti alle reti genetica regolata da fattori di trascrizione di determinazione del sesso.

Evoluzione Di HIV-1 Dopo La Trasmissione Di Un HLA-B * 5801-positivi Paziente

The Journal of Infectious Diseases. Dec, 2009  |  Pubmed ID: 19909081

Il virus dell'immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1)-risposte immunitarie specifiche dei pazienti con HLA-B * 57/5801 alleli che controllano spontaneamente la replicazione virale serviscono come un importante modello per i vaccini basati su cellule T HIV-1. Determinare l'ampiezza di questa risposta e la portata della fuga virologica nella infezione primaria in questi pazienti è pertanto fondamentale. Qui abbiamo documento lo sviluppo di mutazioni in 3 HLA-B * 5801-limitato gli epitopi in gag, nef e pol in un HLA-B * 5801-positivi paziente che aveva una carica virale di 1159 solo copie/mL a giorno 167 dopo l'infezione. Un'analisi della sequenza completa del genoma è stata eseguita per determinare la portata delle mutazioni di HLA-B * 5801-restricted epitopi e dati longitudinali sequenza di geni specifici sono stati combinati con analisi di enzyme-linked immunospot assay di epitopi critici per determinare l'importanza delle mutazioni di fuga. Così, il relativo controllo della replicazione virale può essere mantenuta nonostante il rapido sviluppo di mutazioni multiple di fuga all'interno dei linfociti T citotossici epitopi.

Un Caso Di Infezione Da HIV-1 Sieronegativi

The Journal of Infectious Diseases. Feb, 2010  |  Pubmed ID: 20039801

Pazienti infettati con il virus dell'immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1) in genere sieroconversione in poche settimane di infezione primaria. In rari casi, i pazienti non sviluppano anticorpi contro l'HIV-1 nonostante infezione dimostrabile. Descriviamo qui un umano del leucocita antigen (HLA) - B * 5802 - positivo individuo che ha presentato con sindrome da immunodeficienza acquisita nonostante ripetutamente negativo anticorpo HIV-1, risultati dei test di screening. Analisi filogenetica dei cloni env rivelato poco diversità di sequenza, e debole HIV-1-specifiche cellule T cell risposte erano presenti a Gag epitopi. Il paziente sierologicamente dopo ricostituzione immunitaria durante il ricevimento della terapia antiretrovirale altamente attiva. Mancanza di una risposta degli anticorpi all'HIV-1 è raro e sembra essere causato da un difetto di immunità di HIV-1-specifiche, piuttosto che l'infezione con virus attenuato.

Generazione Di Un Modello Di Colore Ala Romanzo Dalla Morphogen Wingless

Nature. Apr, 2010  |  Pubmed ID: 20376004

I modelli complessi, geometrici di colore di molti organismi animali hanno ruoli importanti nel comportamento ed ecologia. La generazione di alcuni modelli è stato oggetto di esplorazione teorica notevole, tuttavia, si sa molto poco sui meccanismi reali sottostanti colore modello formazione o evoluzione. Qui abbiamo studiato la generazione e l'evoluzione del modello di Drosophila guttifera ala complesso, maculato. Mostriamo che macchie ala sono indotte dalla morphogen privi di Ali, che si esprime in molti siti discreti che vengono specificati da preesistenti informazioni posizionali che regolano lo sviluppo delle strutture di ala. Inoltre, ci dimostrano che il modello elaborato spot evoluti dai semplici schemi di cooptazione di espressione Wingless a nuovi siti. Questo esempio di un disegno complesso in via di sviluppo e in continua evoluzione per la stratificazione dei nuovi modelli su pre-patterns è probabile che sia un tema generale in altri animali.

HIV-1 Gag Evoluzione in Antigene Leucocitario Umano Recentemente Infetti-B * 57 Pazienti Con Viremia a Basso Livello

AIDS (London, England). Sep, 2010  |  Pubmed ID: 20671542

Abbiamo studiato l'evoluzione virale in cinque antigene leucocitario umano (HLA)-B * 57 pazienti recentemente infettati con HIV-1. Sfuggire alle mutazioni HLA-B * 57-restricted Gag epitopi presenti all'ingresso di studio in tutti i pazienti, ma non sono stati associati con un aumento significativo nella viremia. Al contrario, nessuna mutazione nuova fuga in HLA-B * epitopi limitati da 57 o mutazioni conosciute compensative sono state rilevate nei pazienti che hanno sperimentato un aumento significativo nella viremia. Così, lo sviluppo di mutazioni di fuga da solo non determina esito virologica nel recente infetti HLA-B * 57 pazienti.

Prolungato Controllo Di Una Variante Di Fuga Tipo 1 HIV Dopo Interruzione Del Trattamento in Un HLA-B * 27-positivi Paziente

AIDS Research and Human Retroviruses. Dec, 2010  |  Pubmed ID: 20854198

L'HLA-B * 27 allele è sovrarappresentati in pazienti che controllano la replicazione dell'HIV-1 senza terapia antiretrovirale. Si pensiero che le risposte delle cellule T cellule target l'epitopo immunodominanti KK10 in Gag che gioca un ruolo importante in questo controllo, e fuga presso R264 di KK10 è spesso associato con drammatica svolta virologica. Presentiamo un caso in cui un HLA-B * 27-positivo progressor cronica trasmessa HIV-1 in un HLA-B * controller viremici 27-positivo che è stato temporaneamente in trattamento con HAART, ma chi ha viremia controllata per oltre 4 anni. Abbiamo ipotizzato che le differenze nell'epitopo KK10 di questi pazienti sarebbero influire sulla patogenesi e fitness virale, ma non trovato alcuna correlazione tra le mutazioni KK10 autologhe e la progressione della malattia o tra l'impatto previsto fitness di autologo HLA-B * 27-associati alle mutazioni e l'effettiva idoneità del virus autologhi. Questo caso di trasmissione virale tra due HLA-B * 27-positivi individui fornisce un'ulteriore prova che prolungato controllo dei patogeni completamente l'HIV-1 è possibile.

Approcci Sperimentali Per Valutare I Contributi Di Mutazioni Cis-regolatori Candidato All'evoluzione Fenotipica

Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011  |  Pubmed ID: 22065449

Chiarire le basi molecolari da cui si sono evoluti tratti fenotipici fornisce uno sguardo nel passato, che permette la caratterizzazione delle mutazioni genetiche che cumulativamente contribuiscono alle innovazioni evolutive. Storicamente, gran parte dell'attenzione sperimentale è stata incentrata sui cambiamenti nelle regioni codificanti proteine che possono essere facilmente identificati dal codice genetico per la traduzione di sequenze codificanti del gene in proteine. Resultantly, il ruolo delle sequenze non codificante in evoluzione caratteristica è rimasta più misterioso. Negli ultimi anni, diversi studi hanno raggiunto un livello senza precedenti di dettaglio nel descrivere come non codificante mutazioni nel gene elementi cis-regolatori contribuiscono all'evoluzione morfologica. Basato su questi e altri studi, descriviamo un quadro sperimentale e alcuni dei metodi molecolari e genetici per collegare una particolare mutazione cis-regolatori per l'evoluzione di qualsiasi caratteristica fenotipica.