玉米、 小麦或大麦型日粮由腾冲 60 测序和荧光定量 PCR，美联储的猪回肠菌群的比较。

Applied and Environmental Microbiology. Feb, 2005  |  Pubmed ID: 15691942

我们已合并的高通量测序的腾冲 60 PCR 产品库和荧光定量 PCR 分析和量化小肠道菌群的基于玉米、 小麦或大麦日粮猪文化独立的方法。审查了 2,751 腾冲 60 PCR 产品克隆产生的回肠食糜的样本总数。大多数这些克隆 (81%) 所载独立恢复从所有三个库的序列 ； 372 不同的核苷酸序列已查明，但只有 14%的 372 不同序列查获从所有三个图书馆。库序列的分类分配到腾冲 60 序列与系统发育分析相结合的参考数据库作了比较。标识的类群都符合猪回肠菌群的前几份报告。每个库中的每个序列的频率计算确定在玉米、 大麦和小麦库之间的频率各不相同的类群。腾冲 60 序列清单被用作 PCR 引物集设计特定分类的定量 pcr 技术的基础。回肠食糜的定量 PCR 分析的结果证实有针对性的分类群库测序方法确定的相对丰度。这项研究的结果表明，腾冲 60 克隆库可以是复杂的微生物群落的有效配置文件和可用于作为基础生产定量 pcr 在社会的实验诱导或自然变化过程测量类群感兴趣的丰度。

有答案吗？

IUBMB Life. Jan, 2005  |  Pubmed ID: 16036562

枚举的特定细菌菌群的定量 Pcr 的复杂肠社区基于腾冲 60 目标。

Journal of Microbiological Methods. Jan, 2006  |  Pubmed ID: 16112762

我们使用 qPCR 和目标基因腾冲-60 (cpn60) 枚举梭菌产气荚膜基因组 DNA 的提取物鸡胃肠道，目的是优化这一方法来枚举任何细菌感兴趣的内容。若要确定用于确定目标物种丰度的最准确协议，我们比较各种 DNA 提取方法的组合与制作标准曲线的四种方法。影响准确性的因素包括 PCR 抑制剂和 （或） 荧光荧光淬灭提纯和产量目标 DNA 的提取液中。C.产气荚膜使用标准曲线组成的质粒 C.产气荚膜 cpn60 的片段尖刺的测试样品启用准确枚举的阴离子交换色谱法。我们用 qPCR 来枚举 C.产气荚膜和其他肠道细菌从了的鸡的回肠和盲肠样品中挑战 C.产气荚膜和比较可行项罪名对相应选择性琼胶酶法的结果。我们得出结论基于 qPCR 的目标鱼种在胃肠道中的分子枚举是可行的但必须采取照顾，以减轻影响的混杂因素可以影响明显细胞计数。

肠道菌群和肉用鸡日粮违禁补充回应的表征。

Applied and Environmental Microbiology. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16597987

抗生素生长促进剂，如违禁、 家禽饲料中合成各级列入具有正面的效果，对健康和成长的特点，可能是由于对主机胃肠菌群的有益影响。为了提高我们的鸡胃肠菌群的理解和对其组成违禁的影响，我们的特点在五个不同的胃肠道位置 （十二指肠循环、 中旬空肠、 近端回肠、 回盲部交界处和盲肠） 粮排除或包括在整个生产周期违禁的 47 日龄鸡找到的细菌。十个图书馆 （来自两个群体的鸟五胃肠道位置） 约 555 bp chaperonin 60 PCR 产物的准备，和 10,932 的克隆的序列进行分析。确定了总共有 370 独特 cpn60 序列，其幅度为从 1 到 2,872 恢复的频率。小肠道库主要是由 Lactobacillales （序列的 90%），而盲肠图书馆从序列更多样化，其中包括 Clostridiales (68%)、 Lactobacillales (25%) 和 Bacteroidetes (6%) 的成员。为了评估对胃肠道的微生物违禁的影响，15 细菌指标是使用枚举定量、 实时聚合酶链反应。违禁是与增加丰富的许多近端胃肠道 (近端回肠十二指肠循环），（回盲部交界处和盲肠） 远端地区受影响较少的目标与目标相关联。这些调查结果提供改进性能分析的鸡肠道菌群的组成，并说明对违禁的微生物反应是在近端小肠中最重要。

加拿大纸浆和纸张的微生物群落的分子表征活性污泥和量化的新型 Thiothrix Eikelboomii 样蓬松长丝。

Canadian Journal of Microbiology. May, 2006  |  Pubmed ID: 16699576

我们审查了微生物群落结构和量化水平的丝状菌膨胀机体 Thiothrix eikelboomii 样品中的活性污泥混合酒悬浮固体 (污泥浓度) 来自加拿大纸浆和造纸。图书馆的 chaperonin 60 (cpn60) 的基因序列准备从污泥浓度总微生物群落 DNA 和每个相比 cpnDB，cpn60 序列 （http://cpndb.cbr.nrc.ca） 的分类标识分配的参考数据库。序列相似但不同类型应变的 T.eikelboomii AP3 (ATCC 49788T) (约 89%身份超过 555 bp) 高频率从样本收集，相当于使用商业上可用的 16S rDNA 基于探针荧光原位杂交技术的镜观察时遇到了膨胀问题的磨样品被寻回。我们列举了这株五磨派生污泥浓度样品中使用实时荧光定量 PCR （qPCR） 和发现两个样本有高水平的蓬松的应变 (> 1012年基因组/g 污泥浓度） 和两所载但这个生物探测水平较低。没有磨样品所载相同类型应变的 T.eikelboomii 的 cpn60 序列。这项技术显示监测纸浆和纸张厂废水处理系统通过检测和枚举此株的 T.eikelboomii，这可能特定于纸浆和纸张厂废水处理系统的承诺。

焦测序技术的腾冲 60 通用目标作为确定微生物群落结构的工具。

Applied and Environmental Microbiology. May, 2009  |  Pubmed ID: 19270139

我们比较脱氧测序的克隆腾冲 60 通用目标 (cpn60 UT) 扩增到焦测序技术的派生从阴道微生物群落的扩增。汇集从一些个人的样品中, 焦测序技术方法产生的数据集，其中包括几乎所有的克隆库内被发现和揭示更高层次的分类学的丰富性的序列。然而，在序列的相对丰度是不同的两个数据集。这些意见是扩大和成对的克隆库和焦测序技术数据集从阴道拭子取自四个人的分析所证实。无论是对个人与正常的阴道菌群和那些与细菌性阴道病，焦测序技术方法揭示大量克隆库法未接来电的低丰度类群。此外，我们表明焦测序技术方法生成可重现的微生物群落结构配置文件，在来自同一社区的复制放大。我们还比较由焦测序技术的 16S rRNA 扩增到获得使用 cpn60 通用引阴道微生物群落的分类组成。我们发现由两个分子目标生成的配置文件非常相似，检测到的类群的比例略有不同。然而，业务分类单位的数目是 cpn60 的数据集，暗示的蛋白质编码基因在 16S rRNA 目标提供改进的物种决议明显较高。这些观察表明，焦测序技术的 cpn60 UT 扩增提供深测序的微生物群落的健壮的、 可靠的方法。

多重关联正常菌群与细菌性阴道病阴道分泌物所使用的寡核苷酸耦合荧光微球的细菌的检测。

Journal of Clinical Microbiology. Dec, 2009  |  Pubmed ID: 19794034

细菌性阴道病 (BV) 是一个经常性的条件，是与一系列的负面结果，包括人类免疫缺陷病毒和其他性传播疾病、 早产，和盆腔炎采集相关联。与乳杆菌为主导正常阴道菌群，乳酸杆菌缺乏和丰度的厌氧和革兰阴性生物体，包括阴道加德纳菌和 Atopobium 阴道的特点是 BV。到目前为止，BV 的实验室诊断依靠履行由革兰染色阴道拭子镜观察确定的条件。我们描述的物种内基于所有存在的拭子细菌的腾冲 60 基因和杂交物种特异性寡核苷酸耦合荧光珠确认 Luminex 仪器的流式细胞术对扩增子扩增的阴道菌群配置文件的简单测定基于分子的方法。我们设计的阴道菌群表征 nineplex Luminex 数组和从非洲和北美的个人将其应用到阴道分泌物的分析。使用存在的 A.阴道或 G.阴道滴虫，或两者，作为界定标准 BV，我们发现方法是非常具体和敏感诊断 BV 的黄金标准作为使用显微镜。

预测使用的腾冲 60 普遍目标 (cpn60 UT) 的细菌基因组的关联性： 应用程序到腾冲的物种。

Systematic and Applied Microbiology. May, 2011  |  Pubmed ID: 21392917

工作齐格勒已确定可以预测的细菌基因组的序列标识准确使用的一组对应的符合某些准则 [32] 的基因序列身份。比较细菌基因组对这三个基因模型需要测定的序列标识 recN、 thdF，和行动计划 》。这涉及到大约 4.2 kb 的从要比较每个生物体的基因组 DNA 序列的生成，通常还需要设计寡核苷酸引物扩增和测序基础的密切相关的生物序列。然而，我们制定了类似的数学模型预测的基于序列标识的 542 567 碱基对腾冲 60 通用目标 (cpn60 UT） 的全基因组序列标识。Cpn60 UT 是访问与一套单一的通用引物，几乎所有的细菌基因组中，其长度是这样它可以完全排序中的重叠顺序读取通过 di 脱氧测序的一对。这些数学模型被应用于一套的腾冲株来自木片堆肥桩和它一个基因 cpn60 基于 UT 的模型和基于 recN、 行动计划 》 和 thdF 的三个基因模型预测这些菌株可被列为腾冲 thermohydrosulfuricus 所示。此外，它也发现，使用的 cpn60 UT 给类似的结果全基因组序列比对范围广泛的分类群，表明这种方法可能有一般的实用程序，用于筛选分离和预测其分类的隶属关系的基因组预测模型。

焦测序技术的腾冲-60 (cpn60) 扩增作为确定微生物群落组成的一种手段。

Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011  |  Pubmed ID: 21431768

腾冲 60 通用目标 (cpn60 UT) 由一组 PCR 引物的生成和提供普遍保守和翔实序列签名的微生物群落组成测定 DNA 测序。Cpn60 UT 扩增的焦测序技术正在成为下一代工具提供前所未有的测序深度和分辨率的单个样品中的微生物群落。由于测序深度的增加，穿越了的存在和个别物种丰度可以动态范围取样实验也增加，大大提高了我们的实力，以调查的微生物群落的丰富性和多样性。焦测序技术反应设置与池示例通过使用多路复用 Id 的能力相结合的灵活的格式使基于 cpn60 UT 可行和具有成本效益的微生物配置文件的生成。我们在此处描述的方法我们开发了焦测序技术的 cpn60 UT 扩增，从生成的排序和数据分析扩增法测定微生物群落配置文件。

在东非的商业性性工作者阴道菌群的分子定义。

Applied and Environmental Microbiology. Jun, 2011  |  Pubmed ID: 21531840

受艾滋病毒感染的队列的商业性性工作者生活在肯尼亚的内罗毕抵抗可能受到阴道菌群的黏膜和抗炎因素相挂钩。细菌性阴道病 (BV)，特点是低水平的保护乳酸菌生物，polymicrobial dysbiosis 是既定的艾滋病毒感染的危险因素，因为我们调查阴道微生物学是否关联暴露艾滋病毒阴性 (HESN) 或艾滋病毒阳性 （HIV(+)) 在此队列中的地位。44 个人的一个子集被选为深测序分析基于 chaperonin 60 (cpn60) 通用目标 (UT)，包括 HESN 个人 (n = 16)，艾滋病毒阴性的其他控件 （艾滋病毒-N、 n = 16)，和 HIV(+) 个人 （n = 12）。我们的研究结果表明 cpn60 UT 使用读取短，200 系统发育异常高分辨率 bp，与在此组中检测到 29 属 54 种。与我们最初的假设，观察到 HESN 和艾滋病毒 N 妇女之间几乎没有差异。几个 HIV(+) 妇女不同的配置文件以大肠杆菌为主。阴道菌群深测序系统发育概况密切对应 BV(+) 和 BV(-) 的诊断的显微镜，阐发 BV 分子水平。被确定的样品具有中间丰富的乳酸菌和主导加德纳的群集，定义不同的 BV 型可以代表 BV(+) 和 BV(-) 之间的过渡阶段。几个的阿尔法和 betaproteobacteria，其中包括最近描述的物种 Variovorax 吸气时，发现要与成正比增加乳酸菌级别定义的 BV(-) （"正常"） 表型。我们得出的结论 UT 非常适合下一代测序技术进一步调查的微生物群落动态及黏膜免疫基础在此队列中的艾滋病毒抵抗这 cpn60。

变色栓纤维二糖脱氢酶缺陷型菌株生物预处理增强了双低油菜秸秆生物燃料的潜力。

Bioresource Technology. Nov, 2011  |  Pubmed ID: 21903381

在生物燃料生产方面探讨了双低油菜秸秆作为生物预处理变色栓的使用。具体而言，对野生型菌株 (52J) 和纤维二糖脱氢酶 （鼎晖） 秸秆影响-缺乏应变 (m4D) 进行了调查。52J 处理稻草的木糖和葡萄糖内容被大大降低，但只有木糖含量减少 m4D 治疗。木质素工美相比秸秆真菌治疗进行了大力改进。M4D 处理秸秆的残留的糖化导致比例糖产量，部分归因于缺乏纤维素分解代谢由 m4D 显著增加。总体而言，这项研究的结果表明鼎晖便利 T.云芝纤维素访问。此外，m4D 木质纤维材料的治疗提供了木质素工美和糖化效果相比，不会由于真菌分解代谢底物损失未经处理生物质的改善。

分离株腐烂的木材堆肥腾冲 Thermohydrosulfuricus 显示遗传和表型的 Microdiversity。

FEMS Microbiology Ecology. Dec, 2011  |  Pubmed ID: 22066958

在此研究中，腾冲 12 株是从单一的腐烂木材堆肥样品分离和受到遗传和表型分析。编码基因序列的 16S rRNA 建议分离是最类似于腾冲 pseudethanolicus 或 thermohydrosulfuricus 嗜热菌。较小的守恒腾冲-60 (cpn60) 通用目标的检查显示一些分离与 T.thermohydrosulfuricus ； 分享序列身份最高但是，其他人到腾冲 wiegelii 和腾冲 sp Rt8.G4 (原腾冲 brockii Rt8.G4)。。框 PCR 指纹识别配置文件确定差异的派位组别的模式不仅之间分离和参考菌株，而且本身的病菌。若要评估表体现这些遗传差异的程度，审查了 30 碳基质的利用模式和生态位重叠指数 (河内) 计算。尽管显示高河内 (> 0.9），重大暗示或者分离的衬底利用功能中存在的差异程度高的利基专业化和机制允许非竞争性共存，在场在这个生态的范围内。增长研究表明菌株是生理上不同的增长率和发酵产品比率。我们的数据表明表型多样性存在基因 microdiverse 腾冲株从一个共同的环境内。