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Articles by Usheer Kanjee in JoVE
JoVE General
Un test per misurare l'attività di Escherichia coli Inducibile Lisina Decarboxyase
Department of Biochemistry, University of Toronto
L'attività della decarbossilasi inducibile lisina è monitorato facendo reagire il substrato L-lisina e il prodotto cadaverina con 2,4,6-trinitrobenzensulfonic acido per formare addotti che hanno solubilità differenziale in toluene.
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Struttura Di RavA MoxR AAA + Proteina Rivela I Principi Di Progettazione Di Una Gabbia Molecolare Modulando L'attività Di Viscoelastico Lisina Decarbossilasi
La famiglia MoxR di AAA + ATPases è diffusa in tutto batteri e archaea ma rimane scarsamente caratterizzati. Abbiamo recentemente scoperto che la proteina di MoxR Escherichia coli, RavA (variante di regolamentazione dell'ATPasi A), strettamente interagisce con la decarbossilasi inducibile lisina, LdcI/CadA, a formare una struttura unica gabbia. Qui, vi presentiamo la struttura dei raggi x di RavA e mostrano che i sottodomini αβα e tutti-α nel modulo RavA AAA + sono disposti come in magnesio chelatases, piuttosto che come nel classiche AAA + proteine. RavA struttura contiene anche un dominio triplo elica discontinuo, come pure un dominio β-barilotto-come formando un'unica piegatura, che abbiamo definito il dominio di LARA. Il dominio di LARA è stato trovato a mediare l'interazione tra RavA e LdcI. La struttura di RavA fornisce intuizioni come cinque RavA esameri interagiscano con due LdcI decamers per formare la struttura a gabbia RavA-LdcI.
Collegamento Tra Stress Acido Batterico E Risposte Rigorose: La Struttura Della Decarbossilasi Lisina Inducibile
Opera dell'Escherichia coli inducibile lisina decarbossilasi, LdcI/CadA, insieme con il trasportatore del interno-membrana lisina-cadaverina, CadB, fornire cellule con protezione contro condizioni di acidità lieve (pH∼5). Per acquisire una migliore comprensione dei processi molecolari alla base della risposta allo stress acido, è stata determinata la struttura di cristallo dei raggi x di LdcI. La struttura ha rivelato che la proteina è un oligomero di cinque dimeri che associano a formare un decamer. Sorprendentemente, LdcI è stato trovato a co-crystallize con la rigorosa risposta effettrici molecola ppGpp, anche conosciuto come il alarmone, con 10 molecole di ppGpp nel decamer. ppGpp è noto per mediare la risposta rigorosa, che si verifica in risposta alla privazione dei nutrienti. Il alarmone fortemente inibito LdcI attività enzimatica. Questa inibizione è importante per modulante il consumo della lisina, nelle cellule durante lo stress acido condizioni limitanti dei nutrienti. Quindi, i nostri dati forniscono prove dirette per un collegamento tra stress acido batterico e risposte rigorose.
L'attività Enzimatica Del Decarboxylases Di Base Aminoacidi Alifatici Escherichia Coli Presenta Una Zona Di PH Di Inibizione
La rigorosa risposta regolatore ppGpp ha recentemente dimostrato dal nostro gruppo di inibire ad opera dell'Escherichia coli inducibile lisina decarbossilasi, LdcI. A seguito di questa osservazione, abbiamo esaminato i meccanismi che regolano le attività degli altri quattro e. coli enzimi paralogous di LdcI: la decarbossilasi lisina costitutiva LdcC, la decarbossilasi arginina inducibile AdiA, il viscoelastico ornitina decarbossilasi SpeF e la costitutiva ornitina decarbossilasi LdcC spec. e SpeC sono coinvolti in biosintesi cellulare poliammina, mentre LdcI, AdiA, e SpeF sono coinvolti nella risposta stress acido. Per questi enzimi sono stati trovati più meccanismi di regolazione. Oltre a LdcI, LdcC e SpeC sono stati trovati per essere inibito da ppGpp; AdiA attività è stato trovato per essere regolata da cambiamenti nella oligomerizzazione, mentre SpeF e SpeC attività erano regolate da GTP. Questi risultati indicano la presenza di molteplici meccanismi che regolano l'attività di questa importante famiglia di decarboxylases. Quando i profili di inibizione enzimatica vengono analizzati in parallelo, si osserva una «zona di inibizione» tra pH 6 e pH 8. Quindi, i dati suggeriscono che e. coli utilizza molteplici meccanismi per assicurare che questi decarboxylases rimangono inattivi intorno a pH neutro possibilmente per ridurre il consumo di aminoacidi a questo pH.
