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In JoVE (2)
- L'elaborazione del Pino Loblolly PtGen2 cDNA Microarray
- Un metodo migliorato di isolamento dell'RNA da Pino Loblolly ( P. taeda L.) e altre specie di conifere
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Articles by W. Walter Lorenz in JoVE
JoVE General
L'elaborazione del Pino Loblolly PtGen2 cDNA Microarray
1Warnell School of Forestry and Natural Resources, University of Georgia (UGA), 2Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Instituto Tecnologia Química e Biológica UNL, Av. da República
Il cDNA microarray PtGen2 stato sviluppato per studi di espressione genica in pino loblolly,
JoVE General
Un metodo migliorato di isolamento dell'RNA da Pino Loblolly ( P. taeda L.) e altre specie di conifere
Warnell School of Forestry and Natural Resources, University of Georgia (UGA)
Tessuti vegetali, tra cui floema e xilema di pino loblolly (
Other articles by W. Walter Lorenz on PubMed
SALVIA Profilatura E Dimostrazione Di Espressione Genica Differenziale Lungo Il Gradiente Dello Sviluppo Assiale Di Lignifying Xilema Loblolly Pine (Pinus Taeda)
Formazione di legno è stato ampiamente studiato a livello cellulare e biochimico, ma rimane scarsamente comprensibile rispetto al regolamento ed espressione genica. Come un primo passo verso l'identificazione di geni specificamente coinvolti nella formazione di legno e che caratterizzano il loro ruolo nel determinare la qualità di legno, serial analysis of gene expression (SAGE) è stato utilizzato per quantificare l'espressione genica in lignifying xilema da una singola, 10-year-old loblolly pine (Pinus taeda L.). Due librerie di salvia sono state generate basato su lignifying xilema isolato dalla superiore (corona) o inferiore (base) porzioni del tronco. Oltre 85.000 Tag che rappresenta un massimo di 27.398 geni espressi sono stati analizzati dalla libreria legno corona, e più di 65.000 Tag, che rappresenta un massimo di 25.983 geni espressi, sono stati analizzati nella libreria base di legna. Combinando questi insiemi di dati in modo da riflettere la somma dei geni espressi in lignifying xilema, 150.855 tag sono stati catalogati, che rappresenta un massimo di 42.641 diversi geni. Attualmente, questo studio rappresenta l'analisi più estesa del suo genere in una pianta superiore e fornisce una descrizione quantitativa del transcriptome che rappresenta la lignifying xilema di un pino del loblolly 10-year-old.
SALVIA Analisi Del Transcriptome Responses in Arabidopsis Radici Esposte a 2, 4,6-trinitrotoluene
Serial analysis of gene expression è stato utilizzato a livelli di trascrizione di profilo in Arabidopsis radici e valutare le loro risposte alla esposizione di 2, 4,6-trinitrotoluene (TNT). SALVIA librerie che rappresenta il semenzale esposte al TNT radice trascrizioni e controllo sono state costruite, e ciascuno è stato sequenziato per una profondità di circa 32.000 Tag. Più di 19.000 unico tag sono stati identificati nel complesso. La seconda più altamente indotta tag (27-fold aumento) rappresentato un glutatione S-transferasi. Enzimi di citocromo P450, come pure un trasportatore ABC e un probabile nitroreductase, altamente sono stati indotti dall'esposizione di TNT. Analisi hanno rivelato anche una risposta di stress ossidativo all'esposizione di TNT. Anche se alcuni aumenti erano previsti alla luce dei modelli attuali per Metabolismo xenobiotico in piante, prove per vie insospettate coniugazione inoltre è stata notata. Identificazione livello transcriptome responses to esposizione TNT definire meglio le vie metaboliche che piante utilizzano per disintossicare questo composto di xenobiotico, che dovrebbe aiutare a migliorare le strategie di phytoremediation diretti a TNT e altri composti nitroaromatic.
L'acqua Lo Stress-responsive Geni Nelle Radici Loblolly Pine (Pinus Taeda) Identificate Da Analisi Di Librerie Di Tag Expressed Sequence
Siccità lo stress è la principale causa di mortalità semenzale in pinete di Stati Uniti sudorientali e in molte altre regioni boscose intorno al globo. Come parte di un più ampio sforzo per scoprire geni loblolly pine, questo studio sottoposto barbatelle franche di tre genotipi di pino non correlate a tre regimi d'innaffiatura. Expressed sequence tags (ESTs) sono stati ottenuti da entrambi il 3' e 5' estremità di 12.918 cDNAs selezionato casualmente generati dai tessuti della radice. Questi ESTs erano raggruppati per identificare 6.765 trascrizioni uniche (UniScripts) derivate da 6.202 putativi geni unici (UniGenes-S). Annotazioni provvisorie sono state assegnate sulla base di confronti BLASTX al database di proteine informazioni risorsa Nonredundant riferimento (NREF-PIR). I livelli di espressione di 42 UniScripts vario con elevata significatività statistica rispetto al trattamento. Molti di loro somigliava a prodotti del gene indicati per essere importante per la tolleranza alla siccità in altre specie, tra cui dehydrins, endochitinases, gli enzimi del citocromo P450, proteine correlate a patogenesi e vari tardo-embriogenesi abbondanti (LEA) prodotti del gene. Allo stesso modo, i livelli di espressione di 110 UniScripts vario con elevata significatività statistica tra genotipi, che indica che il pattern di espressione genica in questa specie sono molto più dipendente dal genotipo rispetto sul trattamento. La maggior parte del pino stress-induced acqua UniScripts che è apparso per la codifica dei prodotti simile a fattori di tolleranza alla siccità in altre specie più altamente sono stati indotti in un unico genotipo, suggerendo che gli alleli adattivi particolarmente utili per la tolleranza alla siccità potrebbero esistere all'interno dell'insieme dei cDNAs caratterizzata da questo genotipo. Data mining e visualizzare il set di dati completo, così come download di sequenze contig sia EST e UniScript, sono possibili utilizzando MAGIC Gene Discovery a http://fungen.org/genediscovery/.
Analisi Di Microarray E Reti Scale-free Gene Identificano Regolatori Candidato Nella Siccità-ha Sottolineato Le Radici Di Pino Loblolly (p. Taeda L.)
Analisi globale di transcriptional del loblolly pine (Pinus taeda L.) sono difficile a causa della limitata strumenti molecolari. PtGen2, un 26.496 caratteristica cDNA microarray, è stato fabbricato e utilizzato per valutare l'espressione genica indotta da siccità nelle radici propagule loblolly pine. Analisi statistica dell'espressione differenziale e analisi di rete di correlazione ponderata gene sono stati utilizzati per identificare i geni sensibili alla siccità e caratterizzare ulteriormente le basi molecolari della tolleranza alla siccità in loblolly pine.
