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Articles by Yuuri Tsuboi in JoVE
JoVE General
La concentración de los metabolitos de las comunidades planctónicas de baja densidad para la metabolómica ambiental utilizando espectroscopia de Resonancia Magnética Nuclear
1Biosphere Oriented Biology Research Unit, RIKEN Advanced Science Institute, 2Graduate School of Nanobioscience, Yokohama City University, 3Advanced NMR Metabomics Research Team, RIKEN Plant Science Center, 4Graduate School of Bioagricultural Science, Nagoya University
Un método para la extracción de metabolitos microbianos de las comunidades planctónicas se presenta. Muestreo de toda la comunidad se logra por filtración en filtros especialmente preparados. Después de la liofilización, acuoso-solubles metabolitos se extraen. Este enfoque permite la aplicación de la metabolómica ambientales trans-ómicas las investigaciones de las comunidades microbianas naturales o experimentales.
Other articles by Yuuri Tsuboi on PubMed
La Expresión Ectópica De Liasa De Amoníaco De Fenilalanina Con Acumulación Ectópica De ésteres De Hydroxycinnamoyl Polisacárido Ligado En El Parénquima Del Entrenudo De Mutantes De Arroz Fukei 71
Hydroxycinnamoyl polisacárido ligado ésteres (ICP) y la lignina son biosynthesized vía el camino de fenilpropanoide. En el parénquima del entrenudo anormal del mutante Fukei 71, que tiene un gen recesivo defectuoso (d50), arroz (Oryza sativa L.) la biosíntesis de lignina e ICP es diferente. . El polisacárido ligado ferulate y p-coumarate se ha demostrado que se acumulan a niveles altos en las células de parénquima de entrenudo irregular en forma y colapsado de Fukei 71 sin un acompañamiento sobreacumulación de lignina como resultado el gen defectuoso d50. En este estudio demostramos en este tejido parénquima anormal de la Fukei 71 la expresión de liasa de amoníaco de fenilalanina (PAL) y glutamina sintetasa (GS) ectópicamente fueron inducidos por la acumulación ectópica de ICP, sugiriendo que el gen d50 puede desempeñar un papel como un elemento de control en la biosíntesis de ICP durante la formación de la pared celular en los pastos.
3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-fosfato Sintasa Está Regulada Por La Acumulación De ésteres De Hydroxycinnamoyl Polisacárido Ligado En Paredes Celulares De Arroz (Oryza Sativa L.) Entrenudo
Hydroxycinnamoyl polisacárido ligado ésteres (ICP) over-accumulate en los entrenudos de un mutante de arroz (Oryza sativa L.), Fukei 71 (F71). Esta acumulación es acompañada por la sobreexpresión de fenilalanina amonialiasa (PAL). En este estudio, se muestra a que sólo un miembro de la 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-fosfato sintasa expresa familiar (DAHPS) en estrecha correlación con PAL. Además, la disponibilidad de sustrato para DAHPS es promovida por abajo-regulación de la expresión de piruvatocinasa plastidic (PKp), un competidor de DAHPS. Puesto que la superproducción de ICP es causada por la interrupción de gene D50, estos resultados sugieren que las enzimas específicas en las vías fenilpropanoide y shikimate son regulados coordinadamente para arriba. Además, los resultados indican que flujo de carbono en la shikimate vía se modifica para la síntesis de ICP y probablemente es controlado por D50.
Fenómica Descendente De Arabidopsis Thaliana: Perfiles Metabólicos Mediante El Análisis De Espectroscopia Y Transcriptoma De Una Y Dos Dimensiones Resonancia Magnética Nuclear De Mutantes De Albino
Dilucidar la función de cada gen en un genoma es importante para comprender todo el organismo. Anteriormente construimos 4000 mutantes de disruptant de Arabidopsis por inserción de transposones de Ds. Aquí, describimos un enfoque top-down Fenómica basado en perfiles metabólicos que usa unidimensional 1 H y bidimensional 1 H, análisis de 13 C NMR y análisis de transcriptoma de líneas mutantes albino de Arabidopsis. Unidimensional 1 H NMR metabólico huellas revelaron globales cambios metabólicos en los mutantes de albino, en particular una disminución de metabolitos aromáticos y cambios en los metabolitos alifáticos. Mediciones de NMR de plantas alimentadas con 13 C 6-glucosa demostraron que las líneas de albino tenían dramáticamente diferentes patrones de 13C-etiquetado y aumentaron de los niveles de varios aminoácidos, especialmente Asn y Gln. Microarray análisis de una de las líneas de albino revelaron un perfil de expresión única y demostró que los cambios en la expresión de genes que codifican las enzimas metabólicas no correspondieron con cambios en los niveles de metabolitos. Colectivamente, estos resultados sugieren que mutantes albino perder el equilibrio normal carbono/nitrógeno, presumiblemente principalmente por falta de fotosíntesis. Nuestro estudio ofrece una idea de cuánto la red metabolito se ve afectada por la función del cloroplasto en las plantas y demuestra la efectividad del análisis metabólico NMR para perfiles de metabolitos. Sobre la base de estos resultados, proponemos que futuras investigaciones de Biología de sistemas de planta combinan transcriptómicos, metabolómica y phenomic análisis de líneas de disruptant gen.
Índices Estadísticos De Detecciones Simultáneas Metabolito a Gran Escala Para Un Espectro De RMN Sola
Metabolómica basada en NMR se ha convertido en una metodología práctica y analítica para descubrir nuevos genes, biomarcadores, fenotipos metabólicos y comportamientos de la dinámica de la célula en los organismos. Novedades en metabolómica basada en NMR, sin embargo, no han centrado en mejoras de amplitud en cuanto a la detección simultánea de metabolito a gran escala. Para resolver esto, hemos ideado y puesto en ejecución un índice estadístico, el valor p de SpinAssign, en metabolómica basada en NMR para anotación de metabolito a gran escala y publicar esta información. Permite anotación simultánea de más de 200 metabolitos de candidato desde el espectro de RMN de C-HSQC (coherencia de cuántica solo heteronuclear) (13) solo de una sola muestra de extracto celular.
