The Journal of Visualized Experiments (JoVE) is a peer reviewed, PubMed-indexed video journal. Our mission is to increase the productivity of scientific research.

Recommend to Librarian

Automatic Translation

This translation into Russian was automatically generated through Google Translate.
English Version | Other Languages

 JoVE General

Малого объема (1-3л) Фильтрация прибрежной морской воды Образцы

, ,

Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC

You must be subscribed to JoVE to access this content.

This article is a part of   JoVE General. If you think this article would be useful for your research, please recommend JoVE to your institution's librarian.

Recommend JoVE to Your Librarian

Current Access Through Your IP Address

You do not have access to any JoVE content through your current IP address.

IP: 54.235.20.17, User IP: 54.235.20.17, User IP Hex: 921375761

Current Access Through Your Registered Email Address

You aren't signed into JoVE. If your institution subscribes to JoVE, please or create an account with your institutional email address to access this content.

 

Video Article Chapters

Cite this Article: Малого объема (1-3л) Фильтрация прибрежной морской воды Образцы

Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples. J. Vis. Exp. (28), e1163, doi:10.3791/1163 (2009).

Abstract: Малого объема (1-3л) Фильтрация прибрежной морской воды Образцы

Рабочий процесс начинается со сбора прибрежные морские воды ниже по течению микробного сообщества, питательных веществ и следов анализ газа. Для демонстрации сегодня с образцы были собраны с палубы HMS Джон Стрикленд, работающих в Саанич входе. Это видео документов небольшого объема (~ 1 л) фильтрации микробной биомассы из толщи воды. Протокол является продолжением большой протокол объема выборки, описанных выше, с одним основным отличием: здесь нет никакой предварительной фильтрации шаг, поэтому все классы размеров биомассы собираются до 0,22 мкм среза фильтра. Пробы, взятые таким образом, идеально подходит для анализа нуклеиновых кислот. Настройки, фильтрации и очистки шагов каждая займет около 20-30 минут. Если с помощью двух перистальтических насосов одновременно до 8 проб могут быть отфильтрованы в то же время. Чтобы предотвратить образование биопленки между выборки поездки, все оборудование для фильтрации следует промыть разбавленным HCl и деионизированной воды и автоклавного сразу после использования.

Protocol: Малого объема (1-3л) Фильтрация прибрежной морской воды Образцы

  1. Настройка фильтрации аппарата
    1. Перед фильтрации, во-первых стереть конденсат из полных бутылок и взвесьте
    2. Место автоклаве бен на одной стороне насоса и отходов колбу с другой.
    3. Затем положите полную бутылку образца в автоклаве бен, однако, не снимайте крышку бутылки еще.
    4. Пропустите через трубки перистальтического насоса так, чтобы Луер конец трубки в колбу.
    5. С помощью пинцета удалите хлопка из стерильной пипетки 25 мл, и приложить пипеткой на другом конце трубки.
  2. Фильтрация морской воды
    1. Для начала фильтрации морской воды, открыть бутылку и вставьте пипетки. Включите насос и набор скорости потока 1. Смотреть, чтобы вода закачивается в правильном направлении.
    2. Разрешить ~ 100 мл воды, чтобы пройти через все трубки.
    3. Выключите насос и прикрепить фильтр Sterivex к мужскому Луер установку на свободный конец трубки.
    4. Продолжить фильтрации пока вода не осталось в бутылках.
  3. Хранение фильтры
    1. Чтобы сохранить фильтры, сначала изгнать всю оставшуюся воду с 30-60 мл шприца.
    2. Уплотнение нижней части Sterivex фильтр с парафильмом. Используя пипетку, добавьте 1.8ml буфера для лизиса на фильтр, сохраняя ~ 200 мкл пространства в фильтр для последующего добавления реагентов.
    3. Потом, уплотнение верхней части Sterivex фильтр с небольшой кусочек парафильмом, и этикетки фильтры с датой и образец идентификации.
    4. Магазин фильтров в предварительно меченных 50 мл пробирки сокола при -80 ° C
  4. Убирать
    1. Вставьте 25 мл пипетки в колбу, содержащую 0,1% соляной кислоты, и включить насос.
    2. После мытья HCl, промыть трубы с автоклавного воды.

      Наконец, измерения и учета массы теперь пустые бутылки 1л для расчета объема воды, пропущенной через фильтр.

Представитель Результаты: Каждый 1 л пробы воды дает одну Sterivix фильтр, который содержит биомассу более 0,22 мкм. Он сохраняется в буфере для лизиса для последующего выделения ДНК и анализа. Окончательный результат состоит из одного Sterivix фильтр в 1-литровую бутылку, хранящиеся в буфере для лизиса и готовы к экстракции ДНК. Фильтр содержит биомассу более 0,22 мкм. Фильтры могут храниться при температуре -80 ° C до извлечения EDNA.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion: Малого объема (1-3л) Фильтрация прибрежной морской воды Образцы

Крайне важно, чтобы протереть скамейки и насосы с мокрым полотенцем после использования, чтобы удалить любые вялые следы соленой воды, которые могли бы коррозии оборудования. Хотя процедура проста, время требование может быть обширным в зависимости от концентрации биомассы или мусора в образце фильтруется.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures: Малого объема (1-3л) Фильтрация прибрежной морской воды Образцы

Acknowledgements: Малого объема (1-3л) Фильтрация прибрежной морской воды Образцы

Мы хотели бы поблагодарить Канадский фонд инноваций, знаний британской Колумбии Фонд развития и Национального наукам и инженерным исследованиям Совета (NSERC) Канады за поддержку проводимых исследований на регионах с низким уровнем кислорода в прибрежных и открытых водах океана. ОУПЖ была поддержана стипендии NSERC, Киллам и ТУЛА основу финансируемого Центром микробного разнообразия и эволюции.

Materials: Малого объема (1-3л) Фильтрация прибрежной морской воды Образцы

Name Company Catalog Number Comments
Peristaltic pump Masterflex (Cole Palmer) 77913-20, 77200-62, 77200-04
Tygon LFL tubing Masterflex (Cole Palmer) 06429-24 For filtration apparatus
Hose clamps Cole-Parmer 0683204 For filtration apparatus
1/4 x 3/16 pipe adaptors Cole-Parmer 31702-20 For filtration apparatus
Polypropylene prefilter housing ADVANTEC 501200 For filtration apparatus
Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) Cole-Parmer 31507-27 For filtration apparatus
2 Magnets For filtration apparatus
3 port carboy caps For filtration apparatus
GV 0.22 m STERIVIX filters EMD Millipore SVGV01R5
47 mm diameter 2.7 m GF/D filters Whatman, GE Healthcare 1823047
Lysis buffer 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)
0.1 % HCl For post-filtration rinse
Autoclaved water For post-filtration rinse

Ask the Author: Малого объема (1-3л) Фильтрация прибрежной морской воды Образцы

1 Comment

I'm interested about the video but unfortunately our school does not have subscription for the JoVE. Is there any other way I can access the video?

1

Reply

Posted by: StephenJuly 11, 2011, 10:23 PM

Dear Stephen, Please contact me at ward.parry@jove.com so that I can discuss your request with you. Best wishes,
Ward Parry

1.1

Reply

Posted by: Ward PArryJuly 12, 2011, 4:46 PM

Post a Question / Comment / Request

You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

Waiting
simple hit counter