The Journal of Visualized Experiments (JoVE) is a peer reviewed, PubMed-indexed video journal. Our mission is to increase the productivity of scientific research.
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Department of Environmental Science and Engineering, California Institute of Technology - Caltech
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Matson, E., Ottesen, E., Leadbetter, J. Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite (Zootermopsis Angusticollis) and Visualizing Gut Microbes. J. Vis. Exp. (4), e195, doi:10.3791/195 (2007).
シロアリ全腸のDNA抽出のための手続き型の要約：
プロトコル：
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我々の経験では、Zootermopisのnevadensisのような木製の餌のシロアリの種の微生物群集から抽出したDNAは、抽出と精製1ラウンド後のPCRテンプレート用に十分に純粋である。しかし、このようなゴミ給と土壌栄養の種など、一部のシロアリはその腸の内容フミン酸の高い濃度を有することができるし、腸内微生物のDNAの追加の精製が必要な場合があります。 5 Z.のnevadensis労働者の内臓からの全DNAの収量は10〜30μgの範囲にある。この種よりも有意に小さくしたり大きくシロアリの種の場合は、より多くのまたはより少ない標本はDNAの同じような量を得るために必要になる場合があります。
このメソッドは、簡単にRNAの抽出を可能にするために適応させることができます。 RNAの抽出には、プロトコールのステップ2で説明した氷冷TEバッファにキアゲン（catlogない。76506）から1 × RNAprotectの細菌の試薬を代用。キアゲンをRNeasy試薬とカラムが（ない。74104をcatlogない）上記のDNeasy精製手順の代わりに使用する必要があります。 DNAとしてRNAprotect安定化サンプルと約わずか300μLから精製することができる。手順7で取得した700μlの水層は、核酸精製のために、このメソッドは、単一のサンプルから並行してDNAとRNAの両方を取得するために使用することができますが必要です。
これらの技術は、シロアリ腸内の環境から高品質の核酸の抽出と精製に依存する。 。Bertheletら、1996;。パーディら、1996;。Salmassi＆レッドベター、このビデオで説明されている抽出技術は、環境試料（もっとら、1994からの核酸の抽出と精製のために開発されたプロトコルの変更をまとめたものです2003;。オッテセンら、2006）、それはポリメラーゼ連鎖反応（PCR）のテンプレートとして使用するのに適してシロアリの後腸の材料からDNAを生成します。
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| Name | Type | Company | Catalog Number | Comments |
| PVPP/SDS/phenol | Buffer | homogeneization buffer | ||
| DNeasy Tissue Kit | Kit | Qiagen | 77607 | Used according to the protocol for isolation of genomic DNA from crude lysates (Appendix H, product manual version: July 2003) |
| TE | Buffer | Sigma-Aldrich | T9285 | 1x buffer (1 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA, pH 8.0) from 100x concentrate |
| zirconia/silica beads | Supplies | Biospec Products | 11079101z | 0.1 mm |
| PVPP | Reagent | Sigma-Aldrich | P6755 | 1% w/v polyvinylpolypyrrolidone prepared from dry reagent as a 1x suspension in TE buffer |
| Zootermopsis nevadensis | Animal | Termites | ||
| SDS | Reagent | Sigma-Aldrich | L4390 | Sodium dodecyl sulfate 20% soln. in water from dry reagent |
| Phenol | Reagent | Sigma-Aldrich | 77607 | TE-saturated, ~73% |
| MiniBeadbeater-8 | Tool | Biospec Products | 963 | |
| BSS | Buffered Salt Solution, pH 7.2 | Formulation per liter: 2.5 g K2HPO4, 1.0 g KH2PO4, 1.6 g KCl, 1.4 g NaCl, 0.075 g CaCl, 1 g MgCl, and 10 mL of a 1M soln. of NaHCO3 | ||
| AxioPlan-2 | Microscope | Carl Zeiss, Inc. | Outfitted with 40x objective, 1.6x optivar and 10x ocular lenses. Samples were viewed using phase contrast illumination |
Please reply directly to:
mafarmerga@yahoo.com
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ReplyPosted by: AnonymousJuly 5, 2007, 10:17 AM