Экстракции ДНК из парафин материала для генетических и эпигенетических Анализы

Биопсии или хирургическим путем вырезали ткани для гистологического анализа и диагностики часто фиксированных формалином и залитые парафином (FFPE) для длительного хранения. С ростом интереса к пониманию генетической основы болезни, умение извлекать ДНК из этих образцов представляет бесценный источник диагностического материала, который может быть использован для геномного анализа и поступательное исследований. Исторически FFPE образцы не считается жизнеспособным источником для молекулярного анализа, как нуклеиновые кислоты могут быть сильно изменены белково-нуклеиновых и белок-белковые сшивки ^6. Тем не менее, открытие, что протеазы пищеварения релизы фрагментирован нуклеиновых кислот, которые подходят для последующих анализов, включая ПЦР, массив CGH, последовательность и метилирования профилирование, позволяет использовать эти ценные образцы для генетического анализа ^6.

Экстракции ДНК из парафиновых срезах тканей является надежной процедурой, которая опирается на дифференциальные растворимости для очистки ДНК. Извлеченные качества ДНК и количество и успех последующей амплификации ДНК зависит от ряда параметров до, во время и после экстракции. Они включают, но не ограничиваются: тип и количество ткани, тип фиксатора используется для сохранения ткани, длительность фиксации, возраст блок парафина и условий хранения, а также длину желаемого сегмента ДНК, чтобы быть усиливается ^1,7. Удаление парафина из тканей является наиболее важным шагом для успешного извлечения как нерастворенных парафина приводит к ухудшению качества образца и ингибирование ПЦР.

Нет конфликта интересов объявлены.

Мы хотели бы поблагодарить членов лаборатории Лам для их оценки и критика этого видео и статьи. Работа выполнена при поддержке за счет средств канадского института исследований в области здравоохранения.

1. Santos, M.C., Saito, C.P. & Line, S.R. Extraction of genomic DNA from paraffin-embedded tissue sections of human fetuses fixed and stored in formalin for long periods. Pathol Res Pract 204, 633-6 (2008).
2. Hilz, H., Wiegers, U. & Adamietz, P. Stimulation of proteinase K action by denaturing agents: application to the isolation of nucleic acids and the degradation of 'masked' proteins. Eur J Biochem 56, 103-8 (1975).
3. Joseph Sambrook, D.R. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 2001).
4. Kennett, J.Y., Watson, S.K., Saprunoff, H., Heryet, C. & Lam, W.L. Technical demonstration of whole genome array comparative genomic hybridization. J Vis Exp (2008).
5. Thu, K.L. et al. Methylated DNA immunoprecipitation. J Vis Exp (2009).
6. Tang, W. et al. DNA extraction from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue. Cold Spring Harb Protoc 2009, pdb prot5138 (2009).
7. Hongxin Fan, M.L.G. DNA Extraction from Paraffin-Embedded Tissues. Molecular Pathology Protocols 49, 1-4 (2001).

3 Comments

You must be signed in to post a comment. Please sign in or create an account.