David Botstein Calico Life Sciences LLC Biography Publications Institution JoVE Articles David Botstein has not added a biography. If you are David Botstein and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications Analysis of Polygenic Mutants Suggests a Role for Mediator in Regulating Transcriptional Activation Distance in Saccharomyces Cerevisiae Genetics. Oct, 2015 | Pubmed ID: 26281848 Extrachromosomal Circular DNA is Common in Yeast Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2015 | Pubmed ID: 26038577 Characterizing the in Vivo Role of Trehalose in Saccharomyces Cerevisiae Using the AGT1 Transporter Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May, 2015 | Pubmed ID: 25918382 Lasker∼Koshland to Genetics Pioneer Cell. Sep, 2014 | Pubmed ID: 25215481 Synthetic Biology Tools for Programming Gene Expression Without Nutritional Perturbations in Saccharomyces Cerevisiae Nucleic Acids Research. Apr, 2014 | Pubmed ID: 24445804 Yeast Metabolic and Signaling Genes Are Required for Heat-shock Survival and Have Little Overlap with the Heat-induced Genes Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2013 | Pubmed ID: 24167267 Pervasive Genetic Hitchhiking and Clonal Interference in Forty Evolving Yeast Populations Nature. Aug, 2013 | Pubmed ID: 23873039 A New System for Comparative Functional Genomics of Saccharomyces Yeasts Genetics. Sep, 2013 | Pubmed ID: 23852385 Phylogenetic Portrait of the Saccharomyces Cerevisiae Functional Genome G3 (Bethesda, Md.). Aug, 2013 | Pubmed ID: 23749449 Basi Genetiche Della Resistenza Tossicità D'ammonio in Un Ceppo Di Sake Di Lievito: Un Caso Mendeliana G3 (Bethesda, Md.). Mar, 2013 | Pubmed ID: 23550140 Automatizzare La Costruzione Di Ontologie Di Gene Nature Biotechnology. Jan, 2013 | Pubmed ID: 23302932 Sistemi Di Perturbazione Espressione Gene Sintetico Con Specificità Rapida, Sintonizzabile, Singolo-gene in Lievito Nucleic Acids Research. Feb, 2013 | Pubmed ID: 23275543 Percorsi TOR E RAS Regolano La Tolleranza Di Essiccazione in Saccharomyces Cerevisiae Molecular Biology of the Cell. Jan, 2013 | Pubmed ID: 23171550 Disaccoppiamento Di Segnalazione Dei Nutrienti Dal Tasso Di Crescita Provoca La Glicolisi Aerobica E Deregolazione Dell'espressione Di Gene E Dimensione Delle Cellule Molecular Biology of the Cell. Jan, 2013 | Pubmed ID: 23135997 Perché Abbiamo Bisogno Di Più Biologia Ricerca Di Base, Non Di Meno Molecular Biology of the Cell. Nov, 2012 | Pubmed ID: 23112227 Perdita Di Un Attivatore Del Proteasoma 20S Dei Saccharomyces Cerevisiae Sottoregola Geni Importanti Per L'integrità Genomica, Aumenta Il Danno Del DNA E Sensibilizza Selettivamente Le Cellule Agli Agenti Con Diversi Meccanismi Di Azione G3 (Bethesda, Md.). Aug, 2012 | Pubmed ID: 22908043 Analisi Basata Su Perturbazione E Modellazione Di Combinatoria Regolamento in Via Di Assimilazione Dello Zolfo Del Lievito Molecular Biology of the Cell. Aug, 2012 | Pubmed ID: 22696683 Controllo Combinatorio Delle Diverse Funzioni Metaboliche E Fisiologiche Di Regolatori Trascrizionali Della Via Di Assimilazione Dello Zolfo Del Lievito Molecular Biology of the Cell. Aug, 2012 | Pubmed ID: 22696679 Un Ciclo Di Crescita Cellulare Conservati Può Spiegare Le Risposte Di Stress Ambientale Degli Eucarioti Divergenti Molecular Biology of the Cell. May, 2012 | Pubmed ID: 22456505 Lievito: Un Organismo Sperimentale Per La Biologia Del XXI Secolo Genetics. Nov, 2011 | Pubmed ID: 22084421 Metabolica in Bicicletta Senza Divisione Cellulare in Bicicletta Nel Respiro Lievito Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2011 | Pubmed ID: 22065748 Un Test Dell'ipotesi Espressione Coordinata Per L'origine E La Manutenzione Del Cluster GAL in Lievito PloS One. 2011 | Pubmed ID: 21966486 Fast-acting E Quasi Gratuito Ad Induzione Di Esaurimento Della Proteina E Di Espressione Di Gene in Saccharomyces Cerevisiae Molecular Biology of the Cell. Nov, 2011 | Pubmed ID: 21965290 Regolazione Coordinata Del Metabolismo Dello Zolfo E Fosfolipidi Riflette L'importanza Della Metilazione Nella Crescita Del Lievito Molecular Biology of the Cell. Nov, 2011 | Pubmed ID: 21900497 Sopravvivenza Del Lievito Di Fame è Correlata Con La Risposta Allo Stress Ossidativo E Nonrespiratory Funzione Mitocondriale Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2011 | Pubmed ID: 21734149 Variazione Genetica E Il Destino Di Mutazioni Benefiche Nelle Popolazioni Asessuali Genetics. Jul, 2011 | Pubmed ID: 21546542 Accoppiamento Tra Risposta Tasso Di Crescita, Ciclo Metabolico E La Divisione Cellulare Ciclo in Lievito Molecular Biology of the Cell. Jun, 2011 | Pubmed ID: 21525243 Anniversario Del Sequenziamento Del Genoma. Frutti Di Sequenze Di Genoma Per La Biologia Science (New York, N.Y.). Feb, 2011 | Pubmed ID: 21350164 Livello Di Sistema Di Analisi Dei Geni E Delle Funzioni Che Riguardano La Sopravvivenza Durante L'inedia Nutrienti in Saccharomyces Cerevisiae Genetics. Jan, 2011 | Pubmed ID: 20944018 Valutazione Dinamica Di Espressione Genica Utilizzando Coppie Dati RNA FISH PLoS Computational Biology. 2010 | Pubmed ID: 21079668 L'innovazione Tecnologica Porta Alla Comprensione Fondamentale in Biologia Cellulare Molecular Biology of the Cell. Nov, 2010 | Pubmed ID: 21079013 Adattamento Ai Diversi Ambienti Di Azoto Limitato Dall'elemento Extracromosomico Formazione Del Locus GAP1 O Eliminazione Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Oct, 2010 | Pubmed ID: 20937885 Metabolica in Bicicletta in Cellule Di Lievito Singolo Non Sincronizzate Steady-state Popolazioni Limitate Su Glucosio O Fosfato Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20335538 Rilevazione Ottimizzata Di Variazione Di Sequenza in Eterozigoti Genomi Usando I Microarrays Del DNA Con Sonde Isotermiche-fusione Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jan, 2010 | Pubmed ID: 20080586 È La Data! Molecular Biology of the Cell. Jan, 2010 | Pubmed ID: 20048255 Saccharomyces Genome Database Fornisce Dati Fenotipo Mutante Nucleic Acids Research. Jan, 2010 | Pubmed ID: 19906697 Limitazione Della Crescita Intracellulare Metaboliti Nel Lievito Cresce Sotto Diverse Limitazioni Dei Nutrienti Molecular Biology of the Cell. Jan, 2010 | Pubmed ID: 19889834 Recurated DataSet Di Interazione Della Proteina Nature Methods. Dec, 2009 | Pubmed ID: 19935838 Una Libreria Di Codice a Barre Molecolare Lievito ORF Consente Modalità Di Azione Analisi Di Composti Bioattivi Nature Biotechnology. Apr, 2009 | Pubmed ID: 19349972 Il Costo Dell'espressione Del Gene è Alla Base Di Un Compromesso Di Fitness in Lievito Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2009 | Pubmed ID: 19299502 Previsione Di Crescita Cellulare Da Firme Di Espressione Genica PLoS Computational Biology. Jan, 2009 | Pubmed ID: 19119411 Lenta Crescita Induce La Resistenza Di Scossa Di Calore Nel Lievito Normale E Respiratoria-carenti Molecular Biology of the Cell. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19056679 Il Repertorio E La Dinamica Degli Adattamenti Evolutivi Per Ambienti Controllati Di Nutrienti-limitata in Lievito PLoS Genetics. Dec, 2008 | Pubmed ID: 19079573 Influenza Del Genotipo E Nutrizione Sulla Sopravvivenza E Il Metabolismo Del Lievito Di Fame Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May, 2008 | Pubmed ID: 18456835 Confronto Tra Interi Genomi Usando I Microarrays Del DNA Nature Reviews. Genetics. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18347592 Annotazioni Di Gene Ontology a SGD: Nuove Fonti Di Dati E Metodi Di Annotazione Nucleic Acids Research. Jan, 2008 | Pubmed ID: 17982175 Coordinamento Del Tasso Di Crescita, Ciclo Cellulare, Risposta Allo Stress E Attività Metabolica Nel Lievito Molecular Biology of the Cell. 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Intervista Di Jane Gitschier PLoS Genetics. May, 2006 | Pubmed ID: 16733551 Genome-wide Individuazione Di Polimorfismi a Risoluzione Nucleotide Con Un Singolo Microarray Del DNA Science (New York, N.Y.). Mar, 2006 | Pubmed ID: 16527929 Identificazione Del Genoma-scala Dei MRNAs Umana Associata Di Membrana PLoS Genetics. Jan, 2006 | Pubmed ID: 16415983 Genoma Snapshot: Una Nuova Risorsa Al Database Del Genoma Saccharomyces (SGD), Presentando Una Panoramica Del Genoma Di Saccharomyces Cerevisiae Nucleic Acids Research. Jan, 2006 | Pubmed ID: 16381907 Risposta Trascrizionale Delle Culture Stazionario Lievito Alle Perturbazioni Transitorie in Fonte Di Carbonio Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jan, 2006 | Pubmed ID: 16381818 Cambiando Prospettive Nella Ricerca Di Lievito Quasi Un Decennio Dopo La Sequenza Del Genoma Genome Research. 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Mar, 2004 | Pubmed ID: 15153302 Previsione Di Sopravvivenza in Diffusa-B-linfoma a Grandi Cellule Basato Sull'espressione Di Sei Geni The New England Journal of Medicine. Apr, 2004 | Pubmed ID: 15115829 RNA Di Riferimento Universale Come Uno Standard Per Gli Esperimenti Di Microarray BMC Genomics. Mar, 2004 | Pubmed ID: 15113400 Modelli Di Espressione Genica Diversa Nel Carcinoma Duttale E Lobulare Invasivo Della Mammella Molecular Biology of the Cell. Jun, 2004 | Pubmed ID: 15034139 Ira Herskowitz: 1946-2003 Genetics. Feb, 2004 | Pubmed ID: 15020456 Risposte Di Espressione Genica Di Diverse E Specifiche Alle Sollecitazioni in Cellule Umane Coltivate Molecular Biology of the Cell. May, 2004 | Pubmed ID: 15004229 Educazione Matematica E Scienza Introduttivo Per I Biologi Del XXI Secolo Science (New York, N.Y.). 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Mar, 2004 | Pubmed ID: 14668476 Diversi Effetti Di Acido Methylseleninic Sul Programma Trascrizionale Di Cellule Umane Di Cancro Alla Prostata Molecular Biology of the Cell. Feb, 2004 | Pubmed ID: 14617803 Pattern Di Espressione Del Gene E Gene Copia Numero Modifiche Nel Dermatofibrosarcoma Protuberans The American Journal of Pathology. Dec, 2003 | Pubmed ID: 14633610 T Cell Receptor-indipendente Basale Segnalazione Via Chinasi Erk E Abl Sopprime L'espressione Di Gene RAG PLoS Biology. Nov, 2003 | Pubmed ID: 14624253 BMI-1 Regolamento Di INK4A-ARF è Un Requisito a Valle Per La Trasformazione Dei Progenitori Ematopoietici Da E2a-Pbx1 Molecular Cell. Aug, 2003 | Pubmed ID: 14536079 Sistemico E Cella Tipo Specifico Gene Espressione Modelli in Pelle Di Sclerodermia Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 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Jul, 2003 | Pubmed ID: 12829800 Un Quadro Bayesiano Per La Combinazione Di Fonti Di Dati Eterogenei Per La Previsione Di Funzione Del Gene (in Saccharomyces Cerevisiae) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2003 | Pubmed ID: 12826619 Reti Di Modulo: Identificazione Moduli Normativi E Loro Regolatori Specifici Condizione Da Dati Di Espressione Genica Nature Genetics. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12740579 Generalizzata La Decomposizione a Valori Singolari Per L'analisi Comparativa Di Insiemi Di Dati Di Espressione Del Genoma-scala Di Due Organismi Differenti Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Mar, 2003 | Pubmed ID: 12631705 L'Istituto Del Genoma Di Pianificazione Del Futuro Science (New York, N.Y.). Mar, 2003 | Pubmed ID: 12624247 Alla Scoperta Di Genotipi Sottostante Fenotipi Umani: Ultimi Successi Per Malattia Mendeliana, Futuro Si Avvicina Per Malattie Complesse Nature Genetics. Mar, 2003 | Pubmed ID: 12610532 Variazione Nel Pattern Di Espressione Genica Nel Linfoma Follicolare E La Risposta Al Rituximab Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2003 | Pubmed ID: 12571354 Una Scansione Del Genoma Per Loci Di Suscettibilità Ipertensione Nelle Popolazioni Di Origine Cinese E Giapponese American Journal of Hypertension. Feb, 2003 | Pubmed ID: 12559686 Fonte: Una Risorsa Unificata Genomic Di Annotazioni Funzionali, Ontologie E Dati Di Espressione Genica Nucleic Acids Research. Jan, 2003 | Pubmed ID: 12519986 Database Del Genoma Di Saccharomyces (SGD) Fornisce Biochimica E Proteine Di Lievito Informazioni Strutturali Per Gemmazione Nucleic Acids Research. Jan, 2003 | Pubmed ID: 12519985 Stanford Microarray Database: Dati Accesso E Qualità Strumenti Di Valutazione Nucleic Acids Research. 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Oct, 2002 | Pubmed ID: 12297621 Le Proteine Malpiegate Sono Competenti a Mediare Un Sottoinsieme Delle Risposte Di Scossa Di Calore in Saccharomyces Cerevisiae The Journal of Biological Chemistry. Nov, 2002 | Pubmed ID: 12239211 Programmi Di Espressione Genomica E L'integrazione Del Segnale Di Attivazione Delle Cellule T Costimolazione CD28 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12195013 Risposta Trascrizionale Dei Mastociti Umani Stimolati Tramite Il Fc (epsilon) RI E Identificazione Dei Mastociti Come Fonte Di IL-11 BMC Immunology. Jun, 2002 | Pubmed ID: 12079505 Trasformazione Di Linfoma Follicolare a Grandi Cellule Linfoma Diffuso: Modelli Alternativi Con Aumentata O Diminuita Espressione Di C-myc E Suoi Geni Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 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Bojsen2, Chris Tachibana3, Lance Parsons4, David Botstein5, Birgitte Regenberg1 1Department of Biology, University of Copenhagen, 2National Veterinary Institute, Technical University of Denmark, 3Group Health Research Institute, 4Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics, Princeton University, 5Calico Life Sciences LLC Biology Sintesi rapida e screening dei fattori di trascrizione attivati chimicamente con i giornalisti a base di GFP- R. Scott McIsaac*1,3, Benjamin L. Oakes*1, David Botstein1,2, Marcus B. Noyes1 1The Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics, Princeton University, 2Department of Molecular Biology, Princeton University, 3Division of Chemistry and Chemical Engineering, California Institute of Technology JoVE 51153 Biology Visualizzazione e l'analisi di molecole di mRNA mediante fluorescenza R. Scott McIsaac1,2, Sanford J. Silverman1, Lance Parsons1, Ping Xu1, Ryan Briehof1, Megan N. McClean1, David Botstein1,3 1The Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics, Princeton University, 2Graduate Program in Quantitative and Computational Biology, Princeton University, 3Department of Molecular Biology, Princeton University JoVE 50382 Biology
Purificazione genoma a livello di extrachromosomal circolare DNA dalle cellule eucariotiche Henrik D. Møller1, Rasmus K. Bojsen2, Chris Tachibana3, Lance Parsons4, David Botstein5, Birgitte Regenberg1 1Department of Biology, University of Copenhagen, 2National Veterinary Institute, Technical University of Denmark, 3Group Health Research Institute, 4Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics, Princeton University, 5Calico Life Sciences LLC Biology
Sintesi rapida e screening dei fattori di trascrizione attivati chimicamente con i giornalisti a base di GFP- R. Scott McIsaac*1,3, Benjamin L. Oakes*1, David Botstein1,2, Marcus B. Noyes1 1The Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics, Princeton University, 2Department of Molecular Biology, Princeton University, 3Division of Chemistry and Chemical Engineering, California Institute of Technology JoVE 51153 Biology
Visualizzazione e l'analisi di molecole di mRNA mediante fluorescenza R. Scott McIsaac1,2, Sanford J. Silverman1, Lance Parsons1, Ping Xu1, Ryan Briehof1, Megan N. McClean1, David Botstein1,3 1The Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics, Princeton University, 2Graduate Program in Quantitative and Computational Biology, Princeton University, 3Department of Molecular Biology, Princeton University JoVE 50382 Biology