John D. Aitchison Institute for Systems Biology Biography Publications Institution JoVE Articles John D. Aitchison has not added a biography. If you are John D. Aitchison and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications An Indicator Cell Assay for Blood-based Diagnostics PloS One. 2017 | Pubmed ID: 28594877 Combining Inferred Regulatory and Reconstructed Metabolic Networks Enhances Phenotype Prediction in Yeast PLoS Computational Biology. May, 2017 | Pubmed ID: 28520713 One-Cell Doubling Evaluation by Living Arrays of Yeast, ODELAY! G3 (Bethesda, Md.). Jan, 2017 | Pubmed ID: 27856698 Co-dependence Between Trypanosome Nuclear Lamina Components in Nuclear Stability and Control of Gene Expression Nucleic Acids Research. Sep, 2016 | Pubmed ID: 27625397 Human SRMAtlas: A Resource of Targeted Assays to Quantify the Complete Human Proteome Cell. Jul, 2016 | Pubmed ID: 27453469 Severe Adult Malaria is Associated with Specific PfEMP1 Adhesion Types and High Parasite Biomass Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2016 | Pubmed ID: 27185931 Peroxins Pex30 and Pex29 Dynamically Associate with Reticulons to Regulate Peroxisome Biogenesis from the Endoplasmic Reticulum The Journal of Biological Chemistry. Jul, 2016 | Pubmed ID: 27129769 Systematic Analysis of Yeast Proteome Reveals Peptide Detectability Factors for Mass Spectrometry Journal of Proteomics & Bioinformatics. 2015 | Pubmed ID: 26962293 The Interactome Challenge The Journal of Cell Biology. Nov, 2015 | Pubmed ID: 26572620 Corrigendum: Pan-viral Specificity of IFN-induced Genes Reveals New Roles for CGAS in Innate Immunity Nature. Sep, 2015 | Pubmed ID: 26153856 Signaling Dynamics and Peroxisomes Current Opinion in Cell Biology. Aug, 2015 | Pubmed ID: 26042681 Rapid, Optimized Interactomic Screening Nature Methods. Jun, 2015 | Pubmed ID: 25938370 Bicluster Sampled Coherence Metric (BSCM) Provides an Accurate Environmental Context for Phenotype Predictions BMC Systems Biology. 2015 | Pubmed ID: 25881257 Systems Cell Biology The Journal of Cell Biology. Sep, 2014 | Pubmed ID: 25225336 Predicting Antidisease Immunity Using Proteome Arrays and Sera from Children Naturally Exposed to Malaria Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Oct, 2014 | Pubmed ID: 25023128 Quantitative Proteomic Analysis of Host-virus Interactions Reveals a Role for Golgi Brefeldin A Resistance Factor 1 (GBF1) in Dengue Infection Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Nov, 2014 | Pubmed ID: 24855065 The Multifunctional Nuclear Pore Complex: a Platform for Controlling Gene Expression Current Opinion in Cell Biology. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24657998 An Evolutionarily Conserved RNase-based Mechanism for Repression of Transcriptional Positive Autoregulation Molecular Microbiology. Apr, 2014 | Pubmed ID: 24612392 Nuclear Pore Complex Evolution: a Trypanosome Mlp Analogue Functions in Chromosomal Segregation but Lacks Transcriptional Barrier Activity Molecular Biology of the Cell. May, 2014 | Pubmed ID: 24600046 Pan-viral Specificity of IFN-induced Genes Reveals New Roles for CGAS in Innate Immunity Nature. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24284630 Molecular Mechanisms of System Responses to Novel Stimuli Are Predictable from Public Data Nucleic Acids Research. Feb, 2014 | Pubmed ID: 24185701 Peroxisomes Take Shape Nature Reviews. Molecular Cell Biology. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24263361 PhosphoChain: a Novel Algorithm to Predict Kinase and Phosphatase Networks from High-throughput Expression Data Bioinformatics (Oxford, England). Oct, 2013 | Pubmed ID: 23832245 Multifunctional Double-negative T Cells in Sooty Mangabeys Mediate T-helper Functions Irrespective of SIV Infection PLoS Pathogens. 2013 | Pubmed ID: 23825945 A Role for the Nucleoporin Nup170p in Chromatin Structure and Gene Silencing Cell. Feb, 2013 | Pubmed ID: 23452847 La Mesure Systématique Des Interactions ADN-facteur De Transcription Par Spectrométrie De Masse Ciblée Identifie Des Protéines Régulatrices De Gènes Candidats Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2013 | Pubmed ID: 23388641 Metallochaperones Regulate Intracellular Copper Levels PLoS Computational Biology. 2013 | Pubmed ID: 23349626 Global Analysis of Condition-specific Subcellular Protein Distribution and Abundance Molecular & Cellular Proteomics : MCP. May, 2013 | Pubmed ID: 23349476 A FOXO3-IRF7 Gene Regulatory Circuit Limits Inflammatory Sequelae of Antiviral Responses Nature. Oct, 2012 | Pubmed ID: 22982991 Asymmetric Positive Feedback Loops Reliably Control Biological Responses Molecular Systems Biology. Apr, 2012 | Pubmed ID: 22531117 NUP-1 Est Une Protéine De Grande Nucléosquelettiques Coiled-coil En Trypanosomes Avec Fonctions Lamin PLoS Biology. 2012 | Pubmed ID: 22479148 The Yeast Nuclear Pore Complex and Transport Through It Genetics. Mar, 2012 | Pubmed ID: 22419078 Nanospray FAIMS Fractionnement Prévoit Des Augmentations Importantes Dans La Couverture Du Protéome Du Complexe Protéine Non Fractionnée Digests Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22186714 Une Approche Modèle De Régression Pour Permettre La Correction Morphologie Des Cellules En Cytométrie En Flux à Haut Débit Molecular Systems Biology. 2011 | Pubmed ID: 21952134 Modélisation Mathématique De La Dynamique Du Réseau Biomoléculaire Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011 | Pubmed ID: 21877294 Analyse Statistique De La Dynamique De La Structure Du Réseau De Régulation Transcriptionnelle Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011 | Pubmed ID: 21877289 Compromis Entre La Réactivité Et La Suppression Du Bruit Dans Les Réponses Du Système Biomoléculaire à Des Signaux Environnementaux PLoS Computational Biology. Jun, 2011 | Pubmed ID: 21738459 Les Fonctions Pex34p Peroxin Avec La Famille De Pex11 Péroxysomiales Protéines De Division De Réguler La Population Des Peroxysomes Chez La Levure Molecular Biology of the Cell. May, 2011 | Pubmed ID: 21441307 Plus Rapide, L'acquisition Précurseur Quantitative Et Précise Indépendante De Ion Comte Analytical Chemistry. Mar, 2011 | Pubmed ID: 21341720 Rôle De L'enveloppe Nucléaire Dans L'Organisation Du Génome Et L'expression Génique Wiley Interdisciplinary Reviews. Systems Biology and Medicine. Mar-Apr, 2011 | Pubmed ID: 21305702 Facteurs De Transcription Sensibles à L'environnement Et De Lier Des éléments Subtélomériques Réglementer Gene Silencing Molecular Systems Biology. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21206489 Expression De La Prévalence De Salmonella Spp. Sifa Facteur De Virulence Chez La Levure Modifie Rho1 Activité Sur Peroxysomes Molecular Biology of the Cell. Oct, 2010 | Pubmed ID: 20739463 L'échelle Du Génome Analyse Des Effecteurs De La Biogenèse Des Peroxysomes PloS One. 2010 | Pubmed ID: 20694151 QTIPS: Une Nouvelle Méthode De Détermination Non Supervisée De La Distribution Des Acides Aminés Dans Les Expériences Isotopique SILAC Journal of the American Society for Mass Spectrometry. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20451407 Analyse Intégrée Phosphoprotéomique D'un Réseau De Signalisation Qui Régissent La Réponse Des éléments Nutritifs Et De L'induction Des Peroxysomes Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20395639 GINS Mouvement Révèle La Progression Des Fourches De Réplication Est Remarquablement Uniforme Dans Tout Le Génome De La Levure Molecular Systems Biology. 2010 | Pubmed ID: 20212525 Biologie Cellulaire Systèmes Du Fuseau Mitotique The Journal of Cell Biology. Jan, 2010 | Pubmed ID: 20065087 Changements Dynamiques Dans La Distribution Subcellulaire De Gpd1p En Réaction Au Stress Cellulaire The Journal of Biological Chemistry. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20026609 Chz1p Chaperon D'histones H2B Et Régule Ubiquitination Subtélomérique Anti-silencing Nucleic Acids Research. Mar, 2010 | Pubmed ID: 20008511 Modèles Déterministes Et Stochastiques De Réseaux De Régulation Génique Methods in Enzymology. 2009 | Pubmed ID: 19897099 Un Rôle Pour Le Kap123p Karyophérine Dans La Stabilité Des Microtubules Traffic (Copenhagen, Denmark). Nov, 2009 | Pubmed ID: 19761543 Myosine Axée Partitionnement Des Peroxysomes Chez S. Cerevisiae The Journal of Cell Biology. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19687257 Un Bromodomain Non Canonique Dans Le AAA Protéine ATPase Yta7 Diriger Positionnement Chromosomique Et De L'activité Chromatine Barrière Molecular and Cellular Biology. Sep, 2009 | Pubmed ID: 19581291 Rôle De L'H2A.Z/Htz1p Variant D'histone Dans Le Recrutement De TBP, Dynamique De La Chromatine, Et L'expression Régulée D'oléate-gènes Sensibles Molecular and Cellular Biology. May, 2009 | Pubmed ID: 19273605 Règlement Sur La Dynamique Du Peroxysomes Current Opinion in Cell Biology. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19188056 Contrôle De La Variabilité De La Transcription Par Chevauchement Feed-forward Motifs De Régulation Biophysical Journal. Oct, 2008 | Pubmed ID: 18621837 La Biologie Des Systèmes à L'Institute for Systems Biology Briefings in Functional Genomics & Proteomics. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18579616 Saccharomyces Cerevisiae Yta7 Régule L'expression Génique Histone Genetics. May, 2008 | Pubmed ID: 18493054 L'échelle Du Génome Analyse Des Réseaux De Signalisation De Régulation Gras Expression Génique Induite Par L'acide Et Des Organites Biogenèse The Journal of Cell Biology. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18426976 Identifier Bona Fide Composants D'un Organite Par Voie D'étiquetage Des Isotopes-codé De Fractions Subcellulaires: Un Exemple Dans Les Peroxysomes Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2008 | Pubmed ID: 18370030 Biologie Cellulaire: Puzzle Pore Nature. Nov, 2007 | Pubmed ID: 18046388 Analyse Complète Des Complexes Ribonucléoprotéiques Divers Nature Methods. Nov, 2007 | Pubmed ID: 17922018 Réponses Transcriptionnelles à L'acide Gras Sont Coordonnés Par Le Contrôle De Combinatoire Molecular Systems Biology. 2007 | Pubmed ID: 17551510 Le Rôle De La Karyopherins Dans La Sumoylation Réglementé De Septines The Journal of Cell Biology. Apr, 2007 | Pubmed ID: 17403926 Yng1 PHD Finger Liaison à H3 Triméthylée à K4 Favorise NuA3 Activité HAT Au K14 De H3 Et De Transcription à Un Sous-ensemble Des ORF Ciblées Molecular Cell. Dec, 2006 | Pubmed ID: 17157260 Etudier Import Nucléaire Des Protéines Dans La Levure Methods (San Diego, Calif.). Aug, 2006 | Pubmed ID: 16979507 Les Boucles De Rétroaction Double Dans Le Régulon GAL Réprimer Hétérogénéité Cellulaire Chez La Levure Nature Genetics. Sep, 2006 | Pubmed ID: 16936734 Expression Et Profilage Fonctionnel Révèlent Classes De Gènes Distincts Intervenant Dans Le Métabolisme Des Acides Gras Molecular Systems Biology. 2006 | Pubmed ID: 16738555 La Membrane Inp2p Peroxysomes Protéine Est Le Récepteur Des Peroxysomes Spécifique Pour La Myosine V Myo2p Moteur De Saccharomyces Cerevisiae Developmental Cell. May, 2006 | Pubmed ID: 16678774 Pex19p Lié Pex30p Et Pex32p Au Niveau Des Régions Nécessaires à Leur Localisation, Mais Peroxysomes Se Séparer De Leur Péroxysomiales Signaux De Ciblage The Journal of Biological Chemistry. May, 2006 | Pubmed ID: 16551610 Le Vps1p Protéines Dynamin-like Des Associés De Levure Saccharomyces Cerevisiae Avec Peroxysomes Dans Un Mode Pex19p-dépendante The Journal of Biological Chemistry. May, 2006 | Pubmed ID: 16520372 Le Mobile Nucléoporine Nup2p Et Fonction Prp20p Chromatine Liée Au Endogène NPC-médiation Contrôle Transcriptionnel The Journal of Cell Biology. Dec, 2005 | Pubmed ID: 16365162 Une Méthodologie D'intégration De Données Pour La Biologie Des Systèmes Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16301537 Une Méthodologie D'intégration De Données Pour La Biologie Des Systèmes: La Vérification Expérimentale Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16301536 Interactions Entre Mad1p Et La Machinerie De Transport Nucléaire Dans La Levure Saccharomyces Cerevisiae Molecular Biology of the Cell. Sep, 2005 | Pubmed ID: 16000377 Inp1p Est Une Protéine Membranaire Peroxysomes Requis Pour L'héritage Des Peroxysomes Chez Saccharomyces Cerevisiae The Journal of Cell Biology. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15928207 Caractérisation Protéomique Et Génomique Des Complexes Chromatiniens à Une Limite The Journal of Cell Biology. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15824130 Nop53p Est Un Roman Nucléolaire 60S Ribosomal Protein Biogenèse Subunit The Biochemical Journal. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15686447 Spectrométrie De Masse Quantitative Révèle Un Rôle Pour La Rho1p GTPase Dans Organisation Actine Sur La Membrane Des Peroxysomes The Journal of Cell Biology. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15596542 Caractérisation Des Cargaisons Karyophérine Révèle Les Mécanismes Uniques De Kap121p Médiée Par L'importation Nucléaire Molecular and Cellular Biology. Oct, 2004 | Pubmed ID: 15367670 Pex30p, Pex31p, Et Pex32p Forment Une Famille De Protéines Membranaires Intégrales Péroxysomiales Régulant La Taille Des Peroxysomes Et Le Numéro De Saccharomyces Cerevisiae Molecular Biology of the Cell. Feb, 2004 | Pubmed ID: 14617799 Cycle Cellulaire Réglementé Transports Contrôlés Par Des Modifications Dans Le Complexe Du Pore Nucléaire Cell. Dec, 2003 | Pubmed ID: 14697200 Gating Virtuel Et Des Transports Nucléaires: L'image Du Trou Trends in Cell Biology. Dec, 2003 | Pubmed ID: 14624840 Pex11 Protéines Liées à La Dynamique Des Peroxysomes: Un Rôle Pour La Pex27p Peroxin Roman En Contrôle De La Taille Des Peroxysomes Et Le Numéro De Saccharomyces Cerevisiae Molecular Biology of the Cell. Oct, 2003 | Pubmed ID: 14517321 Utp8p Est Une Composante Essentielle De L'intranucléaire Machines ARNT Exportation Nucléaire De Saccharomyces Cerevisiae The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12794079 Stocks à Insights The Journal of Cell Biology. May, 2003 | Pubmed ID: 12743099 YHR150w Et YDR479c Encode Péroxysomiales Protéines Membranaires Intégrales Qui Interviennent Dans La Régulation Du Nombre De Peroxysomes, La Taille Et La Distribution Chez Saccharomyces Cerevisiae The Journal of Cell Biology. Apr, 2003 | Pubmed ID: 12707309 Karyopherins Dans La Biogenèse Des Pores Nucléaires: Un Rôle Pour Kap121p à L'Assemblée De Nup53p En Complexes Du Pore Nucléaire The Journal of Cell Biology. Oct, 2002 | Pubmed ID: 12403813 En Approchant Complet Caractérisation Des Peroxysomes Par Fractionnement En Phase Gazeuse Electrophoresis. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12298092 Profils En Transcriptomique Pour Identifier Les Gènes Impliqués Dans L'assemblage Des Peroxysomes Et La Fonction The Journal of Cell Biology. Jul, 2002 | Pubmed ID: 12135984 Kap121p Médiée Par L'import Nucléaire Est Requis Pour Accouplement Et La Différenciation Cellulaire Chez La Levure Molecular and Cellular Biology. Apr, 2002 | Pubmed ID: 11909949 Une Période Tendue Pour L'enveloppe Nucléaire Cell. Feb, 2002 | Pubmed ID: 11853664 ODELAY: une méthode à grande échelle pour la quantification multiparamétrique de la croissance de la levure Thurston Herricks1, Fred D. Mast1,2, Song Li1, John D. Aitchison1,2 1Institute for Systems Biology, 2Center for Infectious Disease Research JoVE 55879 Biology Phosphoprotéomique quantitatives en acide gras Stimulé Saccharomyces cerevisiae Ramsey A. Saleem1, John D. Aitchison1 1Institute for Systems Biology JoVE 1474 Biology
ODELAY: une méthode à grande échelle pour la quantification multiparamétrique de la croissance de la levure Thurston Herricks1, Fred D. Mast1,2, Song Li1, John D. Aitchison1,2 1Institute for Systems Biology, 2Center for Infectious Disease Research JoVE 55879 Biology
Phosphoprotéomique quantitatives en acide gras Stimulé Saccharomyces cerevisiae Ramsey A. Saleem1, John D. Aitchison1 1Institute for Systems Biology JoVE 1474 Biology