John D. Aitchison

Publications

• An Indicator Cell Assay for Blood-based Diagnostics
  PloS One. 2017  |   Pubmed ID: 28594877
• Combining Inferred Regulatory and Reconstructed Metabolic Networks Enhances Phenotype Prediction in Yeast
  PLoS Computational Biology. May, 2017  |   Pubmed ID: 28520713
• One-Cell Doubling Evaluation by Living Arrays of Yeast, ODELAY!
  G3 (Bethesda, Md.). Jan, 2017  |   Pubmed ID: 27856698
• Co-dependence Between Trypanosome Nuclear Lamina Components in Nuclear Stability and Control of Gene Expression
  Nucleic Acids Research. Sep, 2016  |   Pubmed ID: 27625397
• Human SRMAtlas: A Resource of Targeted Assays to Quantify the Complete Human Proteome
  Cell. Jul, 2016  |   Pubmed ID: 27453469
• Severe Adult Malaria is Associated with Specific PfEMP1 Adhesion Types and High Parasite Biomass
  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2016  |   Pubmed ID: 27185931
• Peroxins Pex30 and Pex29 Dynamically Associate with Reticulons to Regulate Peroxisome Biogenesis from the Endoplasmic Reticulum
  The Journal of Biological Chemistry. Jul, 2016  |   Pubmed ID: 27129769
• Systematic Analysis of Yeast Proteome Reveals Peptide Detectability Factors for Mass Spectrometry
  Journal of Proteomics & Bioinformatics. 2015  |   Pubmed ID: 26962293
• The Interactome Challenge
  The Journal of Cell Biology. Nov, 2015  |   Pubmed ID: 26572620
• Corrigendum: Pan-viral Specificity of IFN-induced Genes Reveals New Roles for CGAS in Innate Immunity
  Nature. Sep, 2015  |   Pubmed ID: 26153856
• Signaling Dynamics and Peroxisomes
  Current Opinion in Cell Biology. Aug, 2015  |   Pubmed ID: 26042681
• Rapid, Optimized Interactomic Screening
  Nature Methods. Jun, 2015  |   Pubmed ID: 25938370
• Bicluster Sampled Coherence Metric (BSCM) Provides an Accurate Environmental Context for Phenotype Predictions
  BMC Systems Biology. 2015  |   Pubmed ID: 25881257
• Systems Cell Biology
  The Journal of Cell Biology. Sep, 2014  |   Pubmed ID: 25225336
• Predicting Antidisease Immunity Using Proteome Arrays and Sera from Children Naturally Exposed to Malaria
  Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Oct, 2014  |   Pubmed ID: 25023128
• Quantitative Proteomic Analysis of Host-virus Interactions Reveals a Role for Golgi Brefeldin A Resistance Factor 1 (GBF1) in Dengue Infection
  Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Nov, 2014  |   Pubmed ID: 24855065
• The Multifunctional Nuclear Pore Complex: a Platform for Controlling Gene Expression
  Current Opinion in Cell Biology. Jun, 2014  |   Pubmed ID: 24657998
• An Evolutionarily Conserved RNase-based Mechanism for Repression of Transcriptional Positive Autoregulation
  Molecular Microbiology. Apr, 2014  |   Pubmed ID: 24612392
• Nuclear Pore Complex Evolution: a Trypanosome Mlp Analogue Functions in Chromosomal Segregation but Lacks Transcriptional Barrier Activity
  Molecular Biology of the Cell. May, 2014  |   Pubmed ID: 24600046
• Pan-viral Specificity of IFN-induced Genes Reveals New Roles for CGAS in Innate Immunity
  Nature. Jan, 2014  |   Pubmed ID: 24284630
• Molecular Mechanisms of System Responses to Novel Stimuli Are Predictable from Public Data
  Nucleic Acids Research. Feb, 2014  |   Pubmed ID: 24185701
• Peroxisomes Take Shape
  Nature Reviews. Molecular Cell Biology. Dec, 2013  |   Pubmed ID: 24263361
• PhosphoChain: a Novel Algorithm to Predict Kinase and Phosphatase Networks from High-throughput Expression Data
  Bioinformatics (Oxford, England). Oct, 2013  |   Pubmed ID: 23832245
• Multifunctional Double-negative T Cells in Sooty Mangabeys Mediate T-helper Functions Irrespective of SIV Infection
  PLoS Pathogens. 2013  |   Pubmed ID: 23825945
• A Role for the Nucleoporin Nup170p in Chromatin Structure and Gene Silencing
  Cell. Feb, 2013  |   Pubmed ID: 23452847
• Systematische Messung Der Transkription Faktor-DNA-Wechselwirkungen Durch Gezielte Massenspektrometrie Identifiziert Kandidat Gen Regulatorischen Proteine
  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2013  |   Pubmed ID: 23388641
• Metallochaperones Regulate Intracellular Copper Levels
  PLoS Computational Biology. 2013  |   Pubmed ID: 23349626
• Global Analysis of Condition-specific Subcellular Protein Distribution and Abundance
  Molecular & Cellular Proteomics : MCP. May, 2013  |   Pubmed ID: 23349476
• A FOXO3-IRF7 Gene Regulatory Circuit Limits Inflammatory Sequelae of Antiviral Responses
  Nature. Oct, 2012  |   Pubmed ID: 22982991
• Asymmetric Positive Feedback Loops Reliably Control Biological Responses
  Molecular Systems Biology. Apr, 2012  |   Pubmed ID: 22531117
• NUP-1 Ist Ein Großer Aufgerollte Spule Nucleoskeletal Protein in Trypanosomen Mit Lamin-ähnliche Funktionen
  PLoS Biology. 2012  |   Pubmed ID: 22479148
• The Yeast Nuclear Pore Complex and Transport Through It
  Genetics. Mar, 2012  |   Pubmed ID: 22419078
• NanoSpray FAIMS Fraktionierung Bietet Beträchtliche Steigerungen Der Proteome Abdeckung Von Unfraktioniertes Komplex Protein-Digests
  Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Dec, 2011  |   Pubmed ID: 22186714
• Ein Rückschritt-Modell-Konzept Zur Ermöglichung Einer Zelle Morphologie Korrektur Im Hochdurchsatz-Durchflusszytometrie
  Molecular Systems Biology. 2011  |   Pubmed ID: 21952134
• Mathematische Modellierung Von Biomolekulare Netzwerk Dynamik
  Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011  |   Pubmed ID: 21877294
• Statistische Analyse Der Dynamischen Transkriptionelle Regulatorischen Netzwerk-Struktur
  Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011  |   Pubmed ID: 21877289
• Kompromiss Zwischen Reaktionsgeschwindigkeit Und Rauschunterdrückung in Biomolekulare Systemantworten Auf ökologische Hinweise
  PLoS Computational Biology. Jun, 2011  |   Pubmed ID: 21738459
• Die Peroxin Pex34p-Funktionen Mit Der Pex11-Familie Peroxisomale Divisional Proteine, Die Peroxisom-Bevölkerung in Der Hefe Zu Regulieren
  Molecular Biology of the Cell. May, 2011  |   Pubmed ID: 21441307
• Schneller, Quantitative Und Genaue Vorläufer Erwerb Unabhängig Von Der Anzahl Der Ionen
  Analytical Chemistry. Mar, 2011  |   Pubmed ID: 21341720
• Rolle Der Kernhülle Genom-Organisation Und Gen-Ausdruck
  Wiley Interdisciplinary Reviews. Systems Biology and Medicine. Mar-Apr, 2011  |   Pubmed ID: 21305702
• Umwelt-responsive Transkriptionsfaktoren Binden Dei Elemente Und Gen-silencing Zu Regulieren
  Molecular Systems Biology. Jan, 2011  |   Pubmed ID: 21206489
• Ausdruck Der Salmonella Spp. Virulenzfaktoren SifA in Hefe Verändert Rho1 Aktivität Auf Peroxisomen
  Molecular Biology of the Cell. Oct, 2010  |   Pubmed ID: 20739463
• Genomweiten Analyse Der Effektoren Der Peroxisom Biogenese
  PloS One. 2010  |   Pubmed ID: 20694151
• QTIPS: Eine Neuartige Methode Der Unbeaufsichtigt Bestimmung Von Isotopen Aminosäure-Verteilung Im SILAC Experimente
  Journal of the American Society for Mass Spectrometry. Aug, 2010  |   Pubmed ID: 20451407
• Integrierte Phosphoproteomics Analyse Der EZB Nährstoff Reaktion Und Peroxisom Induktion Signalling Netzwerk
  Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Sep, 2010  |   Pubmed ID: 20395639
• GINS Bewegung Zeigt, Dass Die Replikation Gabel Fortschreiten Hefegenoms Bemerkenswert Einheitlich Ist
  Molecular Systems Biology. 2010  |   Pubmed ID: 20212525
• Systeme Zellbiologie Der Mitotischen Spindel
  The Journal of Cell Biology. Jan, 2010  |   Pubmed ID: 20065087
• Dynamische Änderungen Der Subzellulären Verteilung Der Gpd1p Als Reaktion Auf Stress Der Zelle
  The Journal of Biological Chemistry. Feb, 2010  |   Pubmed ID: 20026609
• Histon Chaperone Chz1p Regelt H2B Ubiquitination Und Dei Anti-zum Schweigen
  Nucleic Acids Research. Mar, 2010  |   Pubmed ID: 20008511
• Deterministische Und Stochastische Modelle Der Genetischen Regelnetze
  Methods in Enzymology. 2009  |   Pubmed ID: 19897099
• Eine Rolle Für Die Karyopherin Kap123p in Microtubule Stabilität
  Traffic (Copenhagen, Denmark). Nov, 2009  |   Pubmed ID: 19761543
• Myosin-gesteuerte Peroxisom Partitionierung in S. Cerevisiae
  The Journal of Cell Biology. Aug, 2009  |   Pubmed ID: 19687257
• Ein Mitgliedattribut Bromodomain Im AAA-ATPase Protein Yta7 Leitet Chromosomalen Positionierung Und Barriere-Chromatin-Aktivität
  Molecular and Cellular Biology. Sep, 2009  |   Pubmed ID: 19581291
• Rolle Der Variante Histon H2A.Z/Htz1p in TBP Rekrutierung, Chromatin-Dynamik Und Regulierte Expression Oleat-responsive Gene
  Molecular and Cellular Biology. May, 2009  |   Pubmed ID: 19273605
• Verordnung Peroxisom Dynamik
  Current Opinion in Cell Biology. Feb, 2009  |   Pubmed ID: 19188056
• Kontrolle Der Transkriptionelle Variabilität Durch Feed-Forward Regulatorischen Motive überlappen
  Biophysical Journal. Oct, 2008  |   Pubmed ID: 18621837
• Systembiologie Am Institute for Systems Biology
  Briefings in Functional Genomics & Proteomics. Jul, 2008  |   Pubmed ID: 18579616
• Saccharomyces Cerevisiae Yta7 Regelt Histon-Genexpression
  Genetics. May, 2008  |   Pubmed ID: 18493054
• Genomweiten Analyse Signalisieren Netze Regulierende Fettsäure-induzierte Genexpression Und Organelle Biogenesis
  The Journal of Cell Biology. Apr, 2008  |   Pubmed ID: 18426976
• Bona-fide-Komponenten Ein Organell Von Isotop Codierte Kennzeichnung Der Subzellularen Brüchen Identifizieren: Ein Beispiel in Peroxisomen
  Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2008  |   Pubmed ID: 18370030
• Zellbiologie: Pore-Puzzle
  Nature. Nov, 2007  |   Pubmed ID: 18046388
• Umfassende Analyse Der Vielfältigen-Gebiets-komplexe
  Nature Methods. Nov, 2007  |   Pubmed ID: 17922018
• Transkriptionelle Antworten Zu Fettsäuren Werden Durch Kombinatorische Kontrolle Koordiniert
  Molecular Systems Biology. 2007  |   Pubmed ID: 17551510
• Die Rolle Des Karyopherins in Der Geregelten Sumoylation Des Septins
  The Journal of Cell Biology. Apr, 2007  |   Pubmed ID: 17403926
• Yng1 PHD Finger Bindung an H3 Trimethylated Am K4 Fördert NuA3 Hut-Aktivität Bei K14 H3 Und Transkription Auf Eine Teilmenge Der Gezielten ORFs
  Molecular Cell. Dec, 2006  |   Pubmed ID: 17157260
• Studium Nuklearer Protein Import in Der Hefe
  Methods (San Diego, Calif.). Aug, 2006  |   Pubmed ID: 16979507
• Dual Feedback-Schleifen in Der GAL-Regulon Unterdrücken Zelluläre Heterogenität in Der Hefe
  Nature Genetics. Sep, 2006  |   Pubmed ID: 16936734
• Ausdruck Und Funktionale Profilerstellung Zeigen Unterschiedliche Gen-Klassen Fettsäure-Stoffwechsel Beteiligt
  Molecular Systems Biology. 2006  |   Pubmed ID: 16738555
• Die Peroxisomale Membranprotein Inp2p Ist Der Peroxisom-spezifischen Rezeptor Für Das Myosin V Motor Myo2p Von Saccharomyces Cerevisiae
  Developmental Cell. May, 2006  |   Pubmed ID: 16678774
• Pex19p Bindet, Pex30p Und Pex32p in Regionen, Die Für Ihre Peroxisomale Lokalisierung Erforderlichen, Aber Getrennt Von Ihrer Peroxisomale Zielende Signale
  The Journal of Biological Chemistry. May, 2006  |   Pubmed ID: 16551610
• Dynamin-ähnlichen Proteins Vps1p Der Hefe Saccharomyces Cerevisiae Ordnet Peroxisomen in Pex19p-abhängigen Weise
  The Journal of Biological Chemistry. May, 2006  |   Pubmed ID: 16520372
• Die Mobile Nucleoporin Nup2p Und Chromatin-gebundenen Prp20p Funktion Im Endogenen NPC-vermittelte Transkriptionelle Steuerelement
  The Journal of Cell Biology. Dec, 2005  |   Pubmed ID: 16365162
• Eine Daten-Integration-Methodik Für Systembiologie
  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2005  |   Pubmed ID: 16301537
• Eine Daten-Integration-Methodik Für Systembiologie: Experimentelle Verifikation
  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2005  |   Pubmed ID: 16301536
• Wechselwirkungen Zwischen Mad1p Und Der Nuklearen Transportmaschinen in Der Hefe Saccharomyces Cerevisiae
  Molecular Biology of the Cell. Sep, 2005  |   Pubmed ID: 16000377
• Inp1p Ist Ein Peroxisomalen Membranprotein Für Peroxisomen Erbschaft in Saccharomyces Cerevisiae Erforderlich
  The Journal of Cell Biology. Jun, 2005  |   Pubmed ID: 15928207
• Proteom-und Genom Von Chromatin-Komplexe an Einer Grenze
  The Journal of Cell Biology. Apr, 2005  |   Pubmed ID: 15824130
• Nop53p Ist Ein Neuartiges Nukleolären 60S Ribosomalen Untereinheit Biogenese Protein
  The Biochemical Journal. Jun, 2005  |   Pubmed ID: 15686447
• Quantitative Massenspektrometrie Zeigt Eine Rolle Für Die GTPase Rho1p in Actin-Organisation Auf Dem Peroxisom Membran
  The Journal of Cell Biology. Dec, 2004  |   Pubmed ID: 15596542
• Charakterisierung Von Karyopherin Ladungen Zeigt Einzigartige Mechanismen Der Kap121p-vermittelten Nukleären Import
  Molecular and Cellular Biology. Oct, 2004  |   Pubmed ID: 15367670
• Pex30p, Pex31p, Pex32p Und Bilden Eine Familie Von Peroxisomalen Integralen Membranproteinen Regulierung Peroxisom Größe Und Anzahl in Saccharomyces Cerevisiae
  Molecular Biology of the Cell. Feb, 2004  |   Pubmed ID: 14617799
• Zellzyklus Reguliert Transport Durch Veränderungen in Der Kernporenkomplex Gesteuert
  Cell. Dec, 2003  |   Pubmed ID: 14697200
• Virtuelle Gating Und Kerntransport: Das Loch Bild
  Trends in Cell Biology. Dec, 2003  |   Pubmed ID: 14624840
• Pex11-verwandten Proteinen in Peroxisomen Dynamik: Eine Rolle Für Den Roman Peroxin Pex27p Bei Der Kontrolle Der Peroxisomen-Größe Und Anzahl in Saccharomyces Cerevisiae
  Molecular Biology of the Cell. Oct, 2003  |   Pubmed ID: 14517321
• Utp8p Ist Ein Wesentlicher Bestandteil Des Intranukleäre Nuklearen TRNA Export Maschinen Von Saccharomyces Cerevisiae
  The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2003  |   Pubmed ID: 12794079
• Die Vorräte an Einsichten
  The Journal of Cell Biology. May, 2003  |   Pubmed ID: 12743099
• YHR150w Und YDR479c Kodieren Peroxisomalen Integralen Membranproteinen in Der Regulation Der Peroxisomen-Anzahl, Größe Und Verteilung in Saccharomyces Cerevisiae Beteiligt
  The Journal of Cell Biology. Apr, 2003  |   Pubmed ID: 12707309
• Karyopherinen in Kernpore Biogenese: Eine Rolle Für Kap121p in Der Montage Von Nup53p in Kernporenkomplexe
  The Journal of Cell Biology. Oct, 2002  |   Pubmed ID: 12403813
• Nähern Komplette Peroxisom Charakterisierung Durch Gasphasen-Fraktionierung
  Electrophoresis. Sep, 2002  |   Pubmed ID: 12298092
• Transkriptom-Profiling, Um Gene in Peroxisomen Montage Und Funktion Beteiligt Sind
  The Journal of Cell Biology. Jul, 2002  |   Pubmed ID: 12135984
• Kap121p-vermittelten Nukleären Import Wird Zur Paarung Und Zelluläre Differenzierung in Hefe Benötigt
  Molecular and Cellular Biology. Apr, 2002  |   Pubmed ID: 11909949
• Eine Angespannte Zeit Für Die Kernhülle
  Cell. Feb, 2002  |   Pubmed ID: 11853664