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Articles by John D. Aitchison in JoVE
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ODELAY: Eine groß angelegte Methode für die Mehrparameter-Quantifizierung des Hefewachstums
Thurston Herricks1, Fred D. Mast1,2, Song Li1, John D. Aitchison1,2
1Institute for Systems Biology, 2Center for Infectious Disease Research
Wir stellen eine Methode zur Quantifizierung von Wachstumsphänotypen einzelner Hefezellen dar, da sie in festen Medien unter Verwendung der Zeitraffer-Mikroskopie in Kolonien aufwachsen, die als eine zellige Verdopplungsbewertung von lebenden Arrays von Hefe (ODELAY) bezeichnet werden. Die Populations-Heterogenität von genetisch identischen Zellen, die zu Kolonien wachsen, kann direkt beobachtet und quantifiziert werden.
Other articles by John D. Aitchison on PubMed
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Karyopherinen in Kernpore Biogenese: Eine Rolle Für Kap121p in Der Montage Von Nup53p in Kernporenkomplexe
The Journal of Cell Biology.
Oct, 2002 |
Pubmed ID: 12403813 The mechanisms that govern the assembly of nuclear pore complexes (NPCs) remain largely unknown. Here, we have established a role for karyopherins in this process. We show that the yeast karyopherin Kap121p functions in the targeting and assembly of the nucleoporin Nup53p into NPCs by recognizing a nuclear localization signal (NLS) in Nup53p. This karyopherin-mediated function can also be performed by the Kap95p-Kap60p complex if the Kap121p-binding domain of Nup53p is replaced by a classical NLS, suggesting a more general role for karyopherins in NPC assembly. At the NPC, neighboring nucleoporins bind to two regions in Nup53p. One nucleoporin, Nup170p, associates with a region of Nup53p that overlaps with the Kap121p binding site and we show that they compete for binding to Nup53p. We propose that once targeted to the NPC, dissociation of the Kap121p-Nup53p complex is driven by the interaction of Nup53p with Nup170p. At the NPC, Nup53p exists in two separate complexes, one of which is capable of interacting with Kap121p and another that is bound to Nup170p. We propose that fluctuations between these two states drive the binding and release of Kap121p from Nup53p, thus facilitating Kap121p's movement through the NPC.
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YHR150w Und YDR479c Kodieren Peroxisomalen Integralen Membranproteinen in Der Regulation Der Peroxisomen-Anzahl, Größe Und Verteilung in Saccharomyces Cerevisiae Beteiligt
The Journal of Cell Biology.
Apr, 2003 |
Pubmed ID: 12707309 The peroxin Pex24p of the yeast Yarrowia lipolytica exhibits high sequence similarity to two hypothetical proteins, Yhr150p and Ydr479p, encoded by the Saccharomyces cerevisiae genome. Like YlPex24p, both Yhr150p and Ydr479p have been shown to be integral to the peroxisomal membrane, but unlike YlPex24p, their levels of synthesis are not increased upon a shift of cells from glucose- to oleic acid-containing medium. Peroxisomes of cells deleted for either or both of the YHR150w and YDR479c genes are increased in number, exhibit extensive clustering, are smaller in area than peroxisomes of wild-type cells, and often exhibit membrane thickening between adjacent peroxisomes in a cluster. Peroxisomes isolated from cells deleted for both genes have a decreased buoyant density compared with peroxisomes isolated from wild-type cells and still exhibit clustering and peroxisomal membrane thickening. Overexpression of the genes PEX25 or VPS1, but not the gene PEX11, restored the wild-type phenotype to cells deleted for one or both of the YHR150w and YDR479c genes. Together, our data suggest a role for Yhr150p and Ydr479p, together with Pex25p and Vps1p, in regulating peroxisome number, size, and distribution in S. cerevisiae. Because of their role in peroxisome dynamics, YHR150w and YDR479c have been designated as PEX28 and PEX29, respectively, and their encoded peroxins as Pex28p and Pex29p.
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Utp8p Ist Ein Wesentlicher Bestandteil Des Intranukleäre Nuklearen TRNA Export Maschinen Von Saccharomyces Cerevisiae
The Journal of Biological Chemistry.
Aug, 2003 |
Pubmed ID: 12794079 A yeast tRNA three-hybrid interaction approach and an in vivo nuclear tRNA export assay based on amber suppression was used to identify proteins that participate in the nuclear tRNA export process in Saccharomyces cerevisiae. One of the proteins identified by this strategy is Utp8p, an essential 80-kDa nucleolar protein that has been implicated in 18 S ribosomal RNA biogenesis. Our characterization indicated that the major function of Utp8p is in nuclear tRNA export. Like the S. cerevisiae Los1p and the mammalian exportin-t, which are proteins known to facilitate nuclear tRNA export, overexpression of Utp8p restored export of tRNAamTyr mutants defective in nuclear export. Furthermore, depletion of Utp8p blocked nuclear export of mature tRNAs derived from both intronless and intron-containing pre-tRNAs but did not affect tRNA and rRNA maturation, nuclear export of mRNA and ribosomes, or nuclear tRNA aminoacylation. Overexpression of Utp8p also alleviated nuclear retention of non-aminoacylated tRNATyr in a tyrosyl-tRNA synthetase mutant strain. Utp8p binds tRNA directly and saturably, indicating that it has a tRNA-binding site. Utp8p does not appear to function as a tRNA export receptor, because it does not shuttle between the nucleus and the cytoplasm. Taken together, the results suggest that Utp8p is an essential intranuclear component of the nuclear tRNA export machinery, which may channel tRNA to the various tRNA export pathways operating in S. cerevisiae.
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Pex11-verwandten Proteinen in Peroxisomen Dynamik: Eine Rolle Für Den Roman Peroxin Pex27p Bei Der Kontrolle Der Peroxisomen-Größe Und Anzahl in Saccharomyces Cerevisiae
Molecular Biology of the Cell.
Oct, 2003 |
Pubmed ID: 14517321 Transcriptome profiling identified the gene PEX25 encoding Pex25p, a peroxisomal membrane peroxin required for the regulation of peroxisome size and maintenance in Saccharomyces cerevisiae. Pex25p is related to a protein of unknown function encoded by the open reading frame, YOR193w, of the S. cerevisiae genome. Yor193p is a peripheral peroxisomal membrane protein that exhibits high sequence similarity not only to Pex25p but also to the peroxisomal membrane peroxin Pex11p. Unlike Pex25p and Pex11p, Yor193p is constitutively expressed in wild-type cells grown in oleic acid-containing medium, the metabolism of which requires intact peroxisomes. Cells deleted for the YOR193w gene show a few enlarged peroxisomes. Peroxisomes are greatly enlarged in cells harboring double deletions of the YOR193w and PEX25 genes, the YOR193w and PEX11 genes, and the PEX25 and PEX11 genes. Yeast two-hybrid analyses showed that Yor193p interacts with Pex25p and itself, Pex25p interacts with Yor193p and itself, and Pex11p interacts only with itself. Overexpression of YOR193w, PEX25, or PEX11 led to peroxisome proliferation and the formation of small peroxisomes. Our data suggest a role for Yor193p, renamed Pex27p, in controlling peroxisome size and number in S. cerevisiae.
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Pex30p, Pex31p, Pex32p Und Bilden Eine Familie Von Peroxisomalen Integralen Membranproteinen Regulierung Peroxisom Größe Und Anzahl in Saccharomyces Cerevisiae
Molecular Biology of the Cell.
Feb, 2004 |
Pubmed ID: 14617799 The peroxin Pex23p of the yeast Yarrowia lipolytica exhibits high sequence similarity to the hypothetical proteins Ylr324p, Ygr004p, and Ybr168p encoded by the Saccharomyces cerevisiae genome. Ylr324p, Ygr004p, and Ybr168p are integral to the peroxisomal membrane and act to control peroxisome number and size. Synthesis of Ylr324p and Ybr168p, but not of Ygr004p, is induced during incubation of cells in oleic acid-containing medium, the metabolism of which requires intact peroxisomes. Cells deleted for YLR324w exhibit increased numbers of peroxisomes, whereas cells deleted for YGR004w or YBR168w exhibit enlarged peroxisomes. Ylr324p and Ybr168p cannot functionally substitute for one another or for Ygr004p, whereas Ygr004p shows partial functional redundancy with Ylr324p and Ybr168p. Ylr324p, Ygr004p, and Ybr168p interact within themselves and with Pex28p and Pex29p, which have been shown also to regulate peroxisome size and number. Systematic deletion of genes demonstrated that PEX28 and PEX29 function upstream of YLR324w, YGR004w, and YBR168w in the regulation of peroxisome proliferation. Our data suggest a role for Ylr324p, Ygr004p, and Ybr168p--now designated Pex30p, Pex31p, and Pex32p, respectively--together with Pex28p and Pex29p in controlling peroxisome size and proliferation in Saccharomyces cerevisiae.
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Charakterisierung Von Karyopherin Ladungen Zeigt Einzigartige Mechanismen Der Kap121p-vermittelten Nukleären Import
Molecular and Cellular Biology.
Oct, 2004 |
Pubmed ID: 15367670 In yeast there are at least 14 members of the beta-karyopherin protein family that govern the movement of a diverse set of cargoes between the nucleus and cytoplasm. Knowledge of the cargoes carried by each karyopherin and insight into the mechanisms of transport are fundamental to understanding constitutive and regulated transport and elucidating how they impact normal cellular functions. Here, we have focused on the identification of nuclear import cargoes for the essential yeast beta-karyopherin, Kap121p. Using an overlay blot assay and coimmunopurification studies, we have identified 30 putative Kap121p cargoes. Among these were Nop1p and Sof1p, two essential trans-acting protein factors required at the early stages of ribosome biogenesis. Characterization of the Kap121p-Nop1p and Kap121p-Sof1p interactions demonstrated that, in addition to lysine-rich nuclear localization signals (NLSs), Kap121p recognizes a unique class of signals distinguished by the abundance of arginine and glycine residues and consequently termed rg-NLSs. Kap104p is also known to recognize rg-NLSs, and here we show that it compensates for the loss of Kap121p function. Sof1p is also transported by Kap121p; however, its import can be mediated by a piggyback mechanism with Nop1p bridging the interaction between Sof1p and Kap121p. Together, our data elucidate additional levels of complexity in these nuclear transport pathways.
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Nop53p Ist Ein Neuartiges Nukleolären 60S Ribosomalen Untereinheit Biogenese Protein
The Biochemical Journal.
Jun, 2005 |
Pubmed ID: 15686447 Ribosome biogenesis in Saccharomyces cerevisiae occurs primarily in a specialized nuclear compartment termed the nucleolus within which the rRNA genes are transcribed by RNA polymerase I into a large 35 S rRNA precursor. The ensuing association/dissociation and catalytic activity of numerous trans-acting protein factors, RNAs and ribosomal proteins ultimately leads to the maturation of the precursor rRNAs into 25, 5.8 and 18 S rRNAs and the formation of mature cytoplasmic 40 and 60 S ribosomal subunits. Although many components involved in ribosome biogenesis have been identified, our understanding of this essential cellular process remains limited. In the present study we demonstrate a crucial role for the previously uncharacterized nucleolar protein Nop53p (Ypl146p) in ribosome biogenesis. Specifically, Nop53p appears to be most important for biogenesis of the 60 S subunit. It physically interacts with rRNA processing factors, notably Cbf5p and Nop2p, and co-fractionates specifically with pre-60 S particles on sucrose gradients. Deletion or mutations within NOP53 cause significant growth defects and display significant 60 S subunit deficiencies, an imbalance in the 40 S:60 S ratio, as revealed by polysome profiling, and defects in progression beyond the 27 S stage of 25 S rRNA maturation during 60 S biogenesis.
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Wechselwirkungen Zwischen Mad1p Und Der Nuklearen Transportmaschinen in Der Hefe Saccharomyces Cerevisiae
Molecular Biology of the Cell.
Sep, 2005 |
Pubmed ID: 16000377 In addition to its role in nucleocytoplasmic transport, the nuclear pore complex (NPC) acts as a docking site for proteins whose apparent primary cellular functions are unrelated to nuclear transport, including Mad1p and Mad2p, two proteins of the spindle assembly checkpoint (SAC) machinery. To understand this relationship, we have mapped domains of yeast Saccharomyces cerevisiae Mad1p that interact with the nuclear transport machinery, including further defining its interactions with the NPC. We showed that a Kap95p/Kap60p-dependent nuclear localization signal, positioned in the C-terminal third of Mad1p, is required for its efficient targeting to the NPC. At the NPC, Mad1p interacts with Nup53p and a presumed Nup60p/Mlp1p/Mlp2p complex through two coiled coil regions within its N terminus. When the SAC is activated, a portion of Mad1p is recruited to kinetochores through an interaction that is mediated by the C-terminal region of Mad1p and requires energy. We showed using photobleaching analysis that in nocodazole-arrested cells Mad1p rapidly cycles between the Mlp proteins and kinetochores. Our further analysis also showed that only the C terminus of Mad1p is required for SAC function and that the NPC, through Nup53p, may act to regulate the duration of the SAC response.
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Die Mobile Nucleoporin Nup2p Und Chromatin-gebundenen Prp20p Funktion Im Endogenen NPC-vermittelte Transkriptionelle Steuerelement
The Journal of Cell Biology.
Dec, 2005 |
Pubmed ID: 16365162 Nukleare Pore-komplexe (NPCs) regieren Makromolekulare Transport zwischen dem Zellkern und Zytoplasma und dienen als wichtige positionelle Marker im Atomkern. Mehrere Proteinkomponenten von Hefe-NPCs haben in der epigenetischen Kontrolle der Genexpression verwickelt. Unter diesen ist Nup2p einzigartig, da es vorübergehend mit NPCs und, wenn künstlich auf DNA angebunden, können verhindern, dass die Ausbreitung der transcriptional Aktivierung oder Unterdrückung zwischen flankierenden Gene, eine Funktion Grenze Aktivität bezeichnet. Um diese Funktion des Nup2p zu verstehen, untersuchen wir die Wechselwirkungen des Nup2p mit anderen Proteinen und DNA mit Immunopurifications gekoppelt mit Massenspektrometrie und Microarray Analysen. Diese Daten zusammen mit funktionellen Assays Grenze Aktivität und epigenetische Panaschierung vorschlagen, dieses Nup2p der Ran Guanylatzyklase-Austauschfaktor, Prp20p, bei bestimmten Chromatin Regionen miteinander interagieren und aktivieren die NPC, eine aktive Rolle in Chromatin Organisation zu spielen, durch den Übergang des Chromatins zwischen Aktivität States.
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Dynamin-ähnlichen Proteins Vps1p Der Hefe Saccharomyces Cerevisiae Ordnet Peroxisomen in Pex19p-abhängigen Weise
The Journal of Biological Chemistry.
May, 2006 |
Pubmed ID: 16520372 Dynamins und Dynamin-ähnlichen Proteinen spielen wichtige Rollen in Organell-Abteilung. In Saccharomyces Cerevisiae, Dynamin-ähnlichen Proteins Vps1p (Protein, welches Protein 1) engagiert sich im Peroxisom Kernspaltung, wie Zellen gelöscht für das VPS1-gen reduzierte Anzahl von erweiterten Peroxisomen enthalten. Welche Beziehung Vps1p mit Peroxisomen hat bleibt unklar. Hier zeigen wir, dass Vps1p mit Pex19p, ein Peroxin interagiert, die als ein pendelnden Rezeptor für peroxisomal Membranproteine oder eine Unterstützung der Montage/Stabilisierung von Proteinen auf der Membran Peroxisom Anstandsdame fungiert. Vps1p enthält zwei vermeintliche Pex19p-Anerkennung-Sequenzen an Aminosäuren 509-523 und 633-647. Löschung der ersten (aber nicht die zweite) Sequenz führt zu reduzierten Anzahl von erweiterten Peroxisomen in Zellen, wie in vps1delta Zellen. Löschung entweder Sequenz hat keine Auswirkungen auf welches Morphologie oder Sortierung von Protein, welches darauf hindeutet, dass die Peroxisom und Vakuole biogenen Funktionen der Vps1p getrennt und trennbar sind. Ersetzung von Prolin für Valin an Position 516 des Vps1p hebt Pex19p Bindung und gibt das Peroxisom-Phänotyp der vps1delta Zellen. Mikroskopische Analyse zeigte, dass eine Überexpression von Pex19p oder Umleitung von Pex19p zum Kern hat keinen Einfluss auf die normale zellulare Verteilung der Vps1p in das Zytosol und punctata Strukturen, die nicht Peroxisomen, was darauf hindeutet, dass Pex19p nicht funktioniert in Peroxisomen-Vps1p targeting. Subzellulare Fraktionierung zeigte, dass ein Bruchteil der Vps1p Peroxisomen zugeordnet ist und die Löschung oder Mutation der ersten Pex19p Anerkennung Sequenz dieses Vereins hebt. Unsere Ergebnisse sind konsistent mit Pex19p handeln als eine Anstandsdame, die Verbindung von Vps1p mit Peroxisomen zu stabilisieren und nicht als ein Rezeptor-targeting Vps1p Peroxisomen beteiligt.
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Pex19p Bindet, Pex30p Und Pex32p in Regionen, Die Für Ihre Peroxisomale Lokalisierung Erforderlichen, Aber Getrennt Von Ihrer Peroxisomale Zielende Signale
The Journal of Biological Chemistry.
May, 2006 |
Pubmed ID: 16551610 Die Versammlung von Proteinen in der peroxisomal Membrane ist ein Vorgang, dass ihre Anerkennung im Zytosol, targeting und Einfügung in das Peroxisomale Membran und Stabilisierung innerhalb der Lipid-Bilayer. Die Peroxin, was Pex19p vorgeschlagen hat, entweder den Rezeptor, der erkennt und Ziele synthetisiert neu Peroxisomale Membranproteine (PMP) das Peroxisom oder eine Anstandsdame, die für die Stabilisierung der PMPs auf die Peroxisomale Membran erforderlich. Die Differenzierung zwischen diesen beiden Rollen für Pex19p könnte sein, erhalten Sie indem Sie bestimmen, ob das Peroxisomale zielende Signal (PTS) und die Region Pex19p Bindung eine PMP identisch sind oder anders. Wir sprach die Rolle für Pex19p in der Montage von zwei PMPs, Pex30p und Pex32p, von der Hefe Saccharomyces Cerevisiae. Pex30p und Pex32p Steuern Peroxisom Größe und Anzahl aber entbehrlich Peroxisom-Bildung. Systematische Kürzungen Karboxyl-Rehalp, zusammen mit in-Frame Deletionen bestimmter Regionen, identifiziert PTSs notwendig für Pex30p und Pex32p-Peroxisomen targeting. Pex30p und Pex32p interagieren mit Pex19p in Regionen, die sich nicht überlappen mit ihren PTSs. Pex19p ist jedoch für die Lokalisierung von Pex30p und Pex32p, Peroxisomen, erforderlich, da Mutationen, die die Interaktion von Pex19p mit Pex30p und Pex32p stören zu ihren Mislocalization zu einem Fach außer Peroxisomen führen. Mutanten von Pex30p und Pex32p, die in Peroxisomen zu lokalisieren, aber Zellen präsentiert die Peroxisomale Phänotypen der Zellen fehlt diese Proteine zu produzieren zeigen, dass die Regionen in dieser Proteine, die Peroxisomale targeting und biologische Aktivität der Zelle steuern trennbar sind. Gemeinsam zeigen unsere Daten, dass die Interaktion von Pex19p mit Pex30p und Pex32p ist erforderlich für ihre Rollen in Peroxisom Biogenese und stehen im Einklang mit einer Anstandsdame Rolle für Pex19p beim stabilisieren oder Instandhalten von Membranproteinen in Peroxisomen.
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Die Peroxisomale Membranprotein Inp2p Ist Der Peroxisom-spezifischen Rezeptor Für Das Myosin V Motor Myo2p Von Saccharomyces Cerevisiae
Developmental Cell.
May, 2006 |
Pubmed ID: 16678774 Die Treue Vererbung Organellen von Tochterzellen ist wesentlich für die Vorteile, die entzogen wird, eukaryotic Zellen von Untergliederung der biochemischen Funktionen aufrechtzuerhalten. In Saccharomyces Cerevisiae engagiert sich die Klasse V Myosin, Myo2p, Transport von verschiedene Organellen, einschließlich das Peroxisom entlang Aktin-Kabel an der Knospe. Wir identifiziert Inp2p als das Peroxisom-spezifischen Rezeptor, für Myo2p. Zellen fehlt Inp2p Scheitern zu Partition Peroxisomen zu Keim aber sind nicht in der Vererbung von anderen Organellen betroffen. Inp2p ist eine Peroxisomale Membranprotein, vorzugsweise in Peroxisomen geliefert an der Knospe bereichert. Inp2p interagiert direkt mit der kugelige Schwanz Myo2p. Zellen, die Überproduktion von Inp2p oft übertragen ihre gesamte Einwohnerzahl von Peroxisomen zu Knospen. Die Ebenen des Inp2p schwingen mit den Zellzyklus. Organell-spezifische Rezeptoren wie Inp2p erklären, wie ein einzelner Motor verschiedene Organellen in unterschiedlichen und spezifischen Mustern bewegen kann. Nach unserem Wissen ist Inp2p das erste Peroxisomale Protein in den verbandswechsel Warenverkehr der Peroxisomen verwickelt.
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Yng1 PHD Finger Bindung an H3 Trimethylated Am K4 Fördert NuA3 Hut-Aktivität Bei K14 H3 Und Transkription Auf Eine Teilmenge Der Gezielten ORFs
Molecular Cell.
Dec, 2006 |
Pubmed ID: 17157260 Posttranslationale Histon-Modifikationen beteiligt Modulation, die Struktur und Funktion des Chromatins. Förderer der transkribierten Gene werden mit K4 Trimethylation und Hyperacetylation auf der N-terminalen Schwanz Histon H3 bereichert. Kürzlich wurden PHD Finger Proteine, wie Yng1 in den NuA3 Hut Komplex, gezeigt für die Interaktion mit H3K4me3, Hinweis auf eine biochemische Verbindung zwischen K4-Methylierung und Hyperacetylation. Durch eine Kombination von Massenspektrometrie, Biochemie und NMR, ausführlich wir die Yng1 PHD-H3K4me3-Interaktion und die Bedeutung der NuA3-abhängige Acetylierung auf K14. Außerdem zeigt genomweiten ChIP-Chip-Analyse Kolokalisation von Yng1 und H3K4me3 in-vivo. Störung der K4me3-Bindung des Yng1 verändert, K14ac und Transkription am bestimmter Gene damit demonstrieren in-vivo Beweise für eine sequenzielle Trimethyl-Bindung, Acetyltransferase Aktivität und Genregulation durch NuA3. Unsere Daten unterstützen einen allgemeinen Mechanismus der transkriptionelle Kontrolle durch die Histon Acetylierung stromaufwärts der Genaktivierung teilweise durch die Verfügbarkeit von H3K4me3, "lesen", durch die Bindung von Modulen wählen Sie Verfügbare Unterseiten gefördert wird.
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Transkriptionelle Antworten Zu Fettsäuren Werden Durch Kombinatorische Kontrolle Koordiniert
Molecular Systems Biology.
2007 |
Pubmed ID: 17551510 Transkriptionelle regulatorischen Netzwerken impliziert die zusammenfallende Bindung aus einer Kombination von Faktoren ein Gens regulieren die Existenz von komplexen Mechanismen sowohl das Genexpressionsprofil Steuern und Spezifität der Antwort. Angesichts dieser Komplexität ist eine große Herausforderung für Biologen. Hier wurde ein neuartiges Netzwerk Topologie-Cluster Ansatz auf Zustand-spezifische genomweiten Chromatin Lokalisierung und Ausdruck, ein dynamisches transkriptionelle regulatorischen Netzwerk reagiert auf die Fettsäure-Oleat charakterisieren angewendet. Ein Netzwerk von vier (vorhergesagten) Regulatoren der Antwort (Oaf1p, Pip2p, Adr1p und Oaf3p) wurde untersucht. Durch die Analyse von Trends in der Netzwerkstruktur, fanden wir, dass zwei Gruppen von Multi-Input-Motiven als Reaktion auf Oleat, jeweils unterschiedliche funktionale Klassen von Genen Steuern bilden. Diese Funktionalität ist teilweise durch Oaf1p, beigetragen, die hat zwei unterschiedlicher regulatorischer Aktivitäten je nach seiner Bindungskontext ist eine Komponente von beiden Arten von Multi-Input-Motiven. Die dynamische Zusammenarbeit zwischen Oaf1p und Pip2p erscheint, die zwei unterschiedlichen Reaktionen zeitlich zu synchronisieren. Zusammen, deuten diese Daten einen Netzwerk Mechanismus dynamic kombinatorische Control transkriptionelle Antworten zu koordinieren.
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Saccharomyces Cerevisiae Yta7 Regelt Histon-Genexpression
Genetics.
May, 2008 |
Pubmed ID: 18493054 Die Backhefe Yta7 Protein ist, eine Komponente von einem Nukleosom Proteinkomplex, das ausgeprägte transkriptionelle Zonen des Chromatins unterhält. Vorher finden wir, dass ein Protein-copurifying mit Yta7 ist, dass die yFACT Mitglied Spt16. Epistase Analysen ergab eine Verbindung zwischen Yta7, Spt16 und anderen zuvor identifizierten Mitgliedern des Histon regulatorischen Biosyntheseweges. In Concurrence fand Yta7 Histon-gen-Transkription in einer Zelle-Zyklus-abhängigen Weise zu Regeln. Heimatverein in der Histon-gen-Loci schien durch Bindung des Gebietes Bromodomain-wie der Yta7 mit der N-terminalen Schwanz Histon H3 auftreten. Unsere Arbeit legt nahe, einen Mechanismus in dem Yta7, gegen Chromatin lokalisiert ist herstellen Regionen transkriptionelle Unterdrückender, und dass eine Facette dieses zellulären Mechanismus ist, Transkription von Histon-Genen zu modulieren.
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Systembiologie Am Institute for Systems Biology
Briefings in Functional Genomics & Proteomics.
Jul, 2008 |
Pubmed ID: 18579616 Systembiologie stellt einen experimentellen Ansatz in der Biologie, die Untersuchung biologischer Systeme in einer ganzheitlichen anstatt einer atomistischen Weise versucht. Im Idealfall beinhaltet dies das Sammeln von dynamischen und globalen Datensätze und die phänotypische Daten aus verschiedenen Ebenen der biologischen Informationshierarchie, deren Integration und modellieren sie grafisch und/oder mathematisch mechanistische Erklärungen für die entstehende Systeme-Eigenschaften zu generieren. Dies erfordert, dass die biologischen Grenzen der Entwicklung der neuen Messung und Visualisierungstechnologien und die bahnbrechende neue treiben computational und mathematische Werkzeuge alle erfordert eine interdisziplinäre Umgebung bestehend aus Biologen, Chemiker, Informatiker, Ingenieure, Mathematiker, Physiker und Ärzte, die gemeinsame Disziplin Sprachen sprechen. Das Institut für Systembiologie hat angestrebt, Pionier und jedes dieser Konzepte nahtlos zu integrieren.
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Kontrolle Der Transkriptionelle Variabilität Durch Feed-Forward Regulatorischen Motive überlappen
Biophysical Journal.
Oct, 2008 |
Pubmed ID: 18621837 Bei Hefe erfolgt ossidazione Fettsäuren (FAs) in das Peroxisom, ein Organell, deren Größe und Anzahl als Reaktion auf ökologische Signale gesteuert werden. Die Expression von Genen, die für Peroxisom-Montage und Funktion erforderlich ist von einem transkriptionelle regulatorischen Netzwerk gesteuert, die durch FAs wie Oleat induziert wird. Das FA-responsive transkriptionelle Kernnetz besteht aus Kohlenstoff Quelle Erkennung Transkriptionsfaktoren, die wichtigsten Zielgene durch eine überlappende Feed-Forward-Netz-Motiv (OFFNM) zu regulieren. Allerdings fehlt ein Systemebene Verständnis der Funktion dieser Netzwerk-Architektur bei der Regulierung der dynamischen FA-induzierte Genexpression. Die besondere Rolle der OFFNM bei der Regulierung der Dynamik und Zellpopulation transkriptionelle Antwort auf Oleat war untersuchten verwenden, die ein kinetisches Modell vier Kern Transkription Faktor Gene (ADR1, OAF1, PIP2 und OAF3 umfasste) und zwei Reporter Gene (CTA1 und POT1), die indikative der Peroxisom Induktion sind. Simulationen des Modells vorschlagen, dass 1), die systeminterne Adr1p-gesteuerte Feed-Forward-Schleife reduziert die stationären Ausdruck Variabilität Zielgene; (2), die Oaf3p-gesteuerte hemmende Feed-Forward Schleife parallele moduliert die dynamische Reaktion Zielgene zu einer vorübergehend unterschiedlicher Oleat-Konzentration; und 3), Heterodimerization Oaf1p und Pip2p scheint keine Noise-Reduzierung-Funktion im Zusammenhang mit Oleat-abhängigen Ausdruck der Gene gezielt zu haben. Die OFFNM ist stark überrepräsentiert in der Hefe-Regulome, was darauf hindeutet, dass die spezifischen Funktionen für die OFFNM oder andere Eigenschaften dieses Motivs beschrieben einen selektiven Vorteil bieten.
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Verordnung Peroxisom Dynamik
Current Opinion in Cell Biology.
Feb, 2009 |
Pubmed ID: 19188056 Peroxisomen sind allgegenwärtig in eukaryotischen Zellen, in denen Stoffwechselreaktionen untergebracht, die erzeugen und zerstören schädliche oxidative Zwischenprodukte Einzel-membraned Organellen. Sie sind dynamische Strukturen, deren Morphologie, Fülle, Zusammensetzung und Funktion von den Zelltyp und Umwelt abhängen. Vielleicht entsteht durch die potenziell schädigenden und schützenden metabolischen Rollen von Peroxisomen und ihre dynamische Präsenz in der Zelle, Peroxisom Biogenese als Prozess, die komplexe zugrunde liegenden Mechanismen geregelten Entstehung und Wartung umfasst. Es gibt rund 30 bekannte Peroxins,-Proteine Peroxisom Biogenese, von denen viele aus Hefe bis zu den Säugetieren konserviert worden. Diesen Bericht konzentriert sich auf die Biogenese von Peroxisomen mit Betonung auf die Regulierung von Peroxisom-Bildung und den Import von Peroxisomale Matrix Proteine in das Modell Organismus Saccharomyces Cerevisiae.
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Rolle Der Variante Histon H2A.Z/Htz1p in TBP Rekrutierung, Chromatin-Dynamik Und Regulierte Expression Oleat-responsive Gene
Molecular and Cellular Biology.
May, 2009 |
Pubmed ID: 19273605 Die Variante von Histon H2A.Z (Htz1p) hat in transkriptionelle Regulation in zahlreichen Organismen, einschließlich Saccharomyces Cerevisiae verwickelt. Genomweiten Transkriptom profiling und Chromatin Immunopräzipitation Studien ermittelte eine Rolle für die Htz1p in die schnelle und robuste Aktivierung vieler Oleat-responsive Gene Kodierung Peroxisomale Proteine, insbesondere POT1, POX1, FOX2 und CTA1. Swr1p - Gcn5p- und Chz1p-abhängige mit einer Assoziation von Htz1p diese Promotoren in ihren unterdrückten Staaten scheint ein epigenetische Marker für den schnellen und starken Ausdruck diese hoch durch Induktion Förderer zu etablieren. Isw2p auch spielt eine Rolle bei der Bestimmung des Staates Nukleosom diese Förderer und ordnet stabil ohne Htz1p. Eine Analyse der Nukleosom Dynamik und Htz1p Verband mit diesen Veranstaltern schlägt einen komplexen Mechanismus, in welche Htz1p-haltigen Nucleosomes an Fettsäure-responsive Promotoren nach anfänglichen Gefährdung durch Ölsäure führt zum Verlust des Htz1p von der Projektträger zerlegt werden. Diese Nucleosomes wieder zusammenbauen, in späteren Stadien der Genexpression. Während diese neue Nucleosomes nicht Htz1p angeführte, scheint das ursprüngliche Vorhandensein von Htz1p, Projektträger für nachhaltige Genexpression und die Rekrutierung von TATA-verbindliches Protein zu markieren.
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Eine Rolle Für Die Karyopherin Kap123p in Microtubule Stabilität
Traffic (Copenhagen, Denmark).
Nov, 2009 |
Pubmed ID: 19761543 Mehrere Komponenten von der nuklearen Transportmaschinen spielen eine Rolle in mitotische Spindel Baugruppe in den höheren Eukaryotes. Um die Rolle dieser Familie von Proteinen in Microtubule Funktion weiter zu untersuchen, geschirmt wir für Mutationen in Saccharomyces Cerevisiae, die Sensibilität für Microtubule-destabilisierende Drogen zu verleihen. Ein Mutant ausstellen dieser Phänotyp fehlte gen für die Karyopherin Kap123p. Analyse der kap123Delta Zellen ergab, dass die Droge-Empfindlichkeit in Microtubule Stabilität und/oder Montage durch einen Mangel verursacht wurde. Zur Unterstützung dieser Idee zeigten wir genetische Interaktionen zwischen der kap123Delta-Mutation und mutierte Allele Gene Kodierung Alpha-Tubulins und Faktoren Steuern Microtubule Dynamik. Kap123Delta Zellen weisen darüber hinaus Mängel in Spindel-Struktur und Dynamik sowie nukleare Positionierung Mängel während der Mitose. Kulturen der kap123Delta Stämme sind für Mononucleated große gekeimt Zellen oft mit kurzen Spindeln und Kerne Weg von den Budneck positioniert Phänotypen bezeichnend für Mängel sowohl zytoplasmatische und nuklearen Mikrotubuli bereichert. Schließlich wir identifizierten ein Gen, CAJ1, die beim Löschen in Kombination mit KAP123 verschärft die Microtubule-bezogene Fehler von der kap123Delta-Mutanten. Wir schlagen vor, Kap123p und Caj1p, ein Mitglied der Familie von Proteinen, Hsp40 zusammen eine wesentliche Rolle im normalen Microtubule Funktion spielen.
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Histon Chaperone Chz1p Regelt H2B Ubiquitination Und Dei Anti-zum Schweigen
Nucleic Acids Research.
Mar, 2010 |
Pubmed ID: 20008511 Chz1p ist ein Histon Chaperone, die physisch und funktionell mit der Histon-Variante Htz1p, interagiert, die in Aufbau und Pflege von Grenzen zwischen transcriptionally inaktiv Heterochromatin und aktive Euchromatin verwickelt hat. Um die Rolle der Chz1p in Chromatin Organisation zu untersuchen, führten wir genomweiten Ausdruck Arrays und Chromatin Immunpräzipitation von SIR komplexe Komponenten und geänderten Histone in eine CHZ1-Löschung-Belastung. Streichung des CHZ1 führte zu reduzierten Ubiquitination des Subtelomere-assoziierte H2B, reduziert dei H3K79 di-Methylierung und erhöhte Bindung von Sir3p und Sir4p bei Telomer-distale Euchromatin Regionen, Korrelation mit verringerte Genexpression in subtélomériques Regionen. Diese Anti-Unterdrückender Defekt wird durch verbesserte Verband der de-Ubiquitinase-Ubp10p mit dei DNA, vermittelt, wie von Chromatin Immunopräzipitation Analyse erkannt. Zur Unterstützung dieser zeigen wir, dass die Streichung des UBP10 die dei Unterdrückender Phänotyp der Deltachz1 verärgern kann. Zusammengenommen zeigen die Ergebnisse eine neuartige Rolle für Chz1p in epigenetischen Verordnung durch H2B de-Ubiquitination von Ubp10p.
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Dynamische Änderungen Der Subzellulären Verteilung Der Gpd1p Als Reaktion Auf Stress Der Zelle
The Journal of Biological Chemistry.
Feb, 2010 |
Pubmed ID: 20026609 Gpd1p ist ein cytosolisches NAD (+)-abhängige Glycerin-3-phosphat-Dehydrogenase, die auch zu Peroxisomen lokalisiert und spielt eine wesentliche Rolle in der zellulären Antwort auf osmotischen Stress und eine Rolle in der Redox-Balance. Hier zeigen wir, dass Gpd1p an Peroxisomen durch eine N-terminale Typ 2 Peroxisomale zielende Signal (PTS2) Pex7p-abhängigen Weise geleitet wird. Bezeichnenderweise ist Lokalisierung des Gpd1p in Peroxisomen der metabolischen Status der Zellen und die Phosphorylierung von Aminoacyl-Rückstände angrenzend an das zielende Signal abhängig. Gefährdung durch osmotischen Druck der Zellen induziert Veränderungen in der subzellulären Verteilung des Gpd1p auf dem Zytosol und Nucleus. Dieses Verhalten ähnelt Pnc1p, die coordinately mit Gpd1p zum Ausdruck kommt, und unter Bedingungen der Zelle Spannung ändert seine subzelluläre Verteilung von Peroxisomen in den Zellkern, wo es Chromatin Unterdrückender vermittelt. Obwohl Peroxisomen für das Antigen von Fettsäuren in der Hefe erforderlich sind, ist die Lokalisierung von Gpd1p, Peroxisomen nicht. Vielmehr Veränderungen in der Verteilung von Gpd1p an unterschiedlichen zellularen Fächern als Reaktion auf zelluläre Status ändern schlägt eine Rolle für Gpd1p in der räumlichen Verordnung des Redoxpotentials, ein Prozess, der entscheidend für die Zelle überleben, besonders unter den komplexen Stress, die Bedingungen zu erwarten in freier Wildbahn.
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GINS Bewegung Zeigt, Dass Die Replikation Gabel Fortschreiten Hefegenoms Bemerkenswert Einheitlich Ist
Molecular Systems Biology.
2010 |
Pubmed ID: 20212525 Frühere Studien führten zu einem Bild, wobei die Replikation der DNA voranschreitet an Variable Zinssätze über verschiedene Teile der angehende Hefe-Genom. Diese frühere Experimente, konzentrierte sich auf die Produktion der entstehenden DNA sind interpretiert worden, um anzudeuten, dass die Dynamik der Replikation Gabel Fortschreiten stark von lokalen Chromatin Struktur/Architektur und Interaktion mit Maschinen steuern, Transkription, Reparatur- und epigenetische betroffen sind. Hier haben wir einen ergänzenden Ansatz für die Prüfung der Replikation wird Dynamik mit gesamten Genoms Zeit-gelöst Chromatin Immunopräzipitation mit Microarray-Analyse des GINS Komplex, ein integraler Mitglied der Wiederholunggabel kombiniert. Überraschenderweise zeigen unsere Daten, dass diese komplexe fortschreitet mit sehr gleichmäßigen Raten genomische standortunabhängig, offenbart, dass Replikation Gabel Dynamik in der Hefe einfacher und gleichmäßiger als zuvor vorgesehen. Darüber hinaus zeigen wir, wie die synergistische Nutzung von Experiment und Modellierung zu neuartigen biologischen Einsichten führt. Insbesondere ein Sparsamkeit Modell konnten wir genau simulieren Gabel Bewegung im gesamten Genom und ergab auch eine subtile Phänomen, das wir interpretieren als Niederfrequenz-Gabel Verhaftung aus.
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Integrierte Phosphoproteomics Analyse Der EZB Nährstoff Reaktion Und Peroxisom Induktion Signalling Netzwerk
Molecular & Cellular Proteomics : MCP.
Sep, 2010 |
Pubmed ID: 20395639 Phosphorylierung von Proteinen ist eine wichtige posttranslationale Modifikation in zellulare signalisieren, viele Aspekte der zellulären Antworten. Wir haben einen quantitativen, integrierte, Phosphoproteomics Ansatz charakterisieren die zellulären Reaktionen von der Hefe Saccharomyces Cerevisiae und der Ölsäure, ein Molekül mit breiten menschliche Gesundheit Implikationen und ein potenter Induktor von Peroxisomen. Eine Kombination aus Cryolysis und Harnstoff Solubilization wurde verwendet, um die Möglichkeit zur Neuorientierung der Phosphoproteome zu minimieren und hydrophilen Wechselwirkung-Flüssigkeits-Chromatographie und IMAC Chemie wurden zur fractionate und für Phosphopeptides zu bereichern. Mit diesen Ansätzen, zahlreiche phosphorylierten Peptide, die spezifisch für Oleat induziert und Glukose unterdrückten Bedingungen wurden identifiziert und bekannten Signalwege zugeordnet. Dazu gehören mehrere Transkriptionsfaktoren, die zwei, die Pip2p und Cst6p, die für die normale transkriptionelle Reaktion der Fettsäure-responsive Loci Codierung Peroxisomale Proteine phosphoryliert werden muss. Die Phosphoproteome-Daten wurden mit Ergebnissen aus genomweiten Untersuchung der Effekte von signalisieren Molekül-Deletionen und bekannte Proteinprotein Interaktionen ein mutmaßliches Fettsäure-responsive Signalling Netzwerk generieren integriert. In diesem Netzwerk sind die meisten stark vernetzten Knoten mit den größten Auswirkungen auf zellulärer Antworten zu Ölsäure. Diese Eigenschaften stehen im Einklang mit einer skalenfreies Topologie, demonstrieren, dass skalenfreies Eigenschaften in Zustand-spezifischen Netzwerken konserviert werden.
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Genomweiten Analyse Der Effektoren Der Peroxisom Biogenese
PloS One.
2010 |
Pubmed ID: 20694151 Peroxisomen sind intrazelluläre Organellen, in denen eine Reihe von vielfältigen Stoffwechselprozesse, insbesondere die für Antigen von Fettsäuren untergebracht. Peroxisomen Biogenese kann dazu gebracht werden, durch die Anwesenheit von Peroxisom Atommächte, darunter Fettsäuren, die komplexe zelluläre Programme aktivieren, die den Induktion-Prozess zugrunde liegen. Hier verwendet wir Multiparameter quantitative Phänotyp Analysen einer hierdurch mutant-Auflistung von Hefezellen, die induzierte Peroxisomen, vermehren, ein umfassendes Inventar der Gene, die erforderlich für Peroxisom Induktion und Funktion herzustellen. Die Assays Beschäftigte zählen Wachstum in Anwesenheit von Fettsäuren und konfokale Bildgebung und Flow Cytometry durch den Prozess der Induktion. Neben den klassischen Phänotypen Verlustes Peroxisomale Funktionen identifiziert diese Studien 169 Gene für robuster signalisieren, Transkription, normale Peroxisomale Entwicklung und Morphologien und Übertragung von Peroxisomen zu Tochterzellen erforderlich. Diese Genprodukte sind in der Zelle lokalisiert, und viele haben indirekte Verbindungen Peroxisom-Funktion. Durch Integration mit vorhandenen Datensätzen wir präsentieren insgesamt 211 Gene verbunden Peroxisom Biogenese und markieren Sie die komplexen Netzwerken durch die Informationen fliessen während Peroxisom Biogenese und Funktion.
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Ausdruck Der Salmonella Spp. Virulenzfaktoren SifA in Hefe Verändert Rho1 Aktivität Auf Peroxisomen
Molecular Biology of the Cell.
Oct, 2010 |
Pubmed ID: 20739463 Salmonella Typhimurium Effektor Protein SifA regelt die Versammlung und Schlauchbildung des Salmonellen-Phagosom. SifA lokalisiert, das Phagosom und interagiert mit der Membrane über den Prenylated Schwanz. SifA ist eine strukturelle Homolog von einer anderen bakteriellen Effektor, dass Handlungen als GTP-Austausch für Rho Familie GTPasen Faktor und BIP-RhoA binden können. Wenn mit einer bakteriellen Lipase coexpressed, die von RhoA aktiviert ist, kann die SifA Schlauchbildung des Säugetier-Endosomen auslösen. In dem Bemühen, die Entwicklung eines genetischen Systems um SifA-Funktion zu untersuchen wir ausgedrückt SifA und charakterisiert seine Tätigkeit in der Hefe. GFP-SifA vorwiegend lokalisiert, um Hefe-Peroxisomale Membranen. Bedingungen Peroxisom-induzierende GFP-SifA reduziert die Anzahl der freien Peroxisomen und förderte die Bildung von großen Peroxisomen mit Membran-Invaginationen. GFP-SifA-Aktivität ist abhängig von der Rekrutierung von Peroxisomen Wildtyp Rho1p und Pex25p, ein Rezeptor für Rho1p. GFP-SifA könnte auch die Aktin-Organisation-Defekte in pex25Δ und rho1 Mutanten, die darauf hindeutet, dass die SifA rekrutieren und eine Rho1p-Aktivität kann zu retten. Wir genauer betrachtet die Verteilung der GFP-SifA in Säugetierzellen und fand die Mehrheit colocalizing mit LAMP1-positiven Fach und nicht mit den Peroxisomale Marker PMP70. Diese Daten zufolge gemeinsam SifA eine ähnliche Wirkungsweise über Rho Proteine verwenden kann, um die Hefe Peroxisomale und Säugetier-Endosomen Membranen verändern. Weitere Definition der SifA Tätigkeit auf Hefe Peroxisomen könnte mehr Einblick in ihre Rolle bei der Regulierung Host Membrandynamik und kleinen GTPasen bieten.
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Umwelt-responsive Transkriptionsfaktoren Binden Dei Elemente Und Gen-silencing Zu Regulieren
Molecular Systems Biology.
Jan, 2011 |
Pubmed ID: 21206489 Dei Chromatin evolutionär konservierte komplexe epigenetischen Verordnung unterliegt und in zahlreiche Aspekte der Zellfunktion, einschließlich der Bildung von Heterochromatin, Regulierung der Spannung Antwort Wege und Kontrolle der Lebensdauer verwickelt ist. Dei DNA zeichnet sich durch das Vorhandensein von wiederholten Segmenten, das Schweigen zu verbreiten oder chromosomale Regionen zu schützen Ausbreitung epigenetische Kontrolle dienen. In dieser Studie, Analyse von genomweiten Chromatin Immunopräzipitation und Ausdruck, zufolge mehrere Hefe-Transkriptionsfaktoren regulieren dei zum Schweigen als Reaktion auf verschiedene ökologische Reize durch bedingte Verbindung mit Proto-Unterdrückender Regionen genannt X Elemente. In diesem Zusammenhang Oaf1p, Rox1p, Gzf1p und Phd1p steuern die Ausbreitung in Richtung Zentromerzahl in Reaktion auf Reize, die Stress-Reaktionen und Stoffwechsel, zum Schweigen, während andere, einschließlich Adr1p, Yap5p und Msn4p, scheinen Grenzen zum Schweigen, Einfluss auf Regulierung Telomer-proximale Gene in Y' Elemente. Die Faktoren, die hier verwickelt sind bekanntermaßen benachbarter Gene an intrachromosomal Positionen, was auf ihre duale Funktionalität zu steuern. Diese Studie zeigt einen Pfad für die Koordinierung der subtélomériques zum Schweigen mit zellulären Umgebung und Aktivitäten anderer zellulärer Prozesse.
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Die Peroxin Pex34p-Funktionen Mit Der Pex11-Familie Peroxisomale Divisional Proteine, Die Peroxisom-Bevölkerung in Der Hefe Zu Regulieren
Molecular Biology of the Cell.
May, 2011 |
Pubmed ID: 21441307 Peroxisomen sind allgegenwärtig Organellen diverse Stoffwechselvorgänge, vor allem den Stoffwechsel von Lipiden und die Entgiftung von reaktiven Sauerstoffspezies beteiligt. Peroxisomen sind hochdynamische und in Größe und Anzahl als Reaktion auf die Intra- und extrazelluläre Signale ändern. In der Hefe Saccharomyces Cerevisiae Peroxisom Wachstum und Teilung von der differenziellen Import lösliche Matrix Proteine und eine spezialisierte divisional Maschinerie, die Peroxisom-spezifische Faktoren, wie das Pex11-Protein-Familie umfasst kontrolliert werden und allgemeine Organell divisional Faktoren wie Protein Dynamin-bezogene Vps1p. Global Hefe zwei-Mischling Analysen zeigten sich Interaktionen zwischen das Produkt des Gens S. Cerevisiae unbekannter FunktionYCL056c, und Peroxisom Biogenese Pex-Proteine. Hier zeigen wir, dass das Protein kodiert, indem YCL056c, umbenannt in Pex34p, eine Peroxisomale integrale Membranprotein, das unabhängig fungiert und auch im Konzert mit den Pex11 Protein Familienmitglieder, Pex11p, Pex25p und Pex27p zur Steuerung der Peroxisom Bevölkerungen der Zellen unter Peroxisomenproliferation und konstitutive Peroxisom-Abteilung. Hefe-zwei-Hybrid-Analyse zeigte, dass Pex34p physisch mit sich selbst und Pex11p, Pex25p und Pex27p interagiert aber nicht mit Vps1p. Pex34p kann ein positiver Effektor Peroxisom-Division als seine Überexpression zu erhöhten Zahl von Peroxisomen in Wildtyp und pex34Δ Zellen führt. Pex34p erfordert die Pex11 Familie Proteine, Peroxisom-Abteilung zu fördern. Unsere Entdeckung des Pex34p als ein Protein in die bereits komplexe Steuerung von Peroxisom Populationen betont die Notwendigkeit der Zellen, ihre Peroxisom-Bevölkerungen, um entsprechend reagieren auf veränderte Umweltbedingungen können streng zu regulieren.
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Kompromiss Zwischen Reaktionsgeschwindigkeit Und Rauschunterdrückung in Biomolekulare Systemantworten Auf ökologische Hinweise
PLoS Computational Biology.
Jun, 2011 |
Pubmed ID: 21738459 Bei lebenden Systemen Änderungen in ihrer externen Umgebung erkennen muss ihre Reaktion gemessen werden, um einen Ausgleich zwischen die Notwendigkeit, mit der Notwendigkeit zum ignorieren unbedeutend Signale stabil angemessen zu reagieren. Da dies eine grundlegende Herausforderung aller biologischen Systeme, das Ausführen von Programmen in Reaktion auf Reize ist, entwickelten wir einen Generalisierte Zeit-Frequenz-Analyse (TFA) Rahmen um die dynamischen Eigenschaften der biomolekularen Netzwerke systematisch zu erforschen. Mit TFA, konzentrierten wir uns auf zwei gut charakterisierten Hefe Gen regulatorischen Netzwerken reagieren auf Kohlenstoffquelle Schichten und einem Säugetier-angeborene immun regulatorischen Netzwerk reagiert auf Lipopolysaccharide (LPS). Die Netze bestehen aus zwei verschiedene grundlegende Architekturen. Dual Positive und Negative Feedback-Schleifen machen das Hefe-Galaktose-Netzwerk. Feed-Forward-Schleifen gemeinsam die Hefe Fettsäure Reaktion und die LPS-induzierte Netzwerk der Makrophagen, während positive und negative übereinander sind. TFA enthüllte bemerkenswert unterschiedliche Netzwerk-Verhalten in Bezug auf die vor-und Nachteile in der Reaktionsfähigkeit und Geräusch-Unterdrückung, die auf jede biologische Reaktion entsprechend abgestimmt werden. Das Wildtyp-Galaktose-Netzwerk wurde festgestellt, dass um sehr entgegenkommend zu sein, während das Oleat-Netzwerk mehr Lärm-Unterdrückung-Fähigkeit hat. Das LPS-Netzwerk erschienen ausgewogener, weniger bestehenden Tendenz zur Rauschunterdrückung oder Reaktionsfähigkeit ausstellen. Erforschung des Weltraums die Netzwerk-Parameter gemachten dramatische Unterschiede in der System-Verhalten für jedes Netzwerk. Diese Studien markieren grundlegende strukturelle und dynamische Prinzipien, die jedem Netzwerk zugrunde liegen, offenbaren, eingeschränkte Parameter der positiven und negativen Feedback und Feed-Forward-stärken, die die Netze für ihre jeweilige biologische Rolle entsprechend zu optimieren und zeigen die allgemeine Nützlichkeit der TFA-Ansatz für System- und synthetische Biologie.
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Ein Rückschritt-Modell-Konzept Zur Ermöglichung Einer Zelle Morphologie Korrektur Im Hochdurchsatz-Durchflusszytometrie
Molecular Systems Biology.
2011 |
Pubmed ID: 21952134 Zellen, die Reize ausgesetzt weisen eine Vielzahl von Antworten, die phänotypische Variabilität in der Bevölkerung zu gewährleisten. Diese einzelne Zelle Verhalten wird oft von Durchflusszytometrie untersucht; Allerdings machen gating Verfahren in der Regel eingesetzt, um eine kleine Teilgesamtheit von Zellen mit ähnlichen morphologischen Merkmalen auswählen es schwierig, sogar unmöglich, quantitativ Zellen für eine große Vielzahl von experimentellen Bedingungen vergleichen, da diese Bedingungen zu tiefgreifenden morphologische Variationen führen können. Diese Einschränkungen zu überwinden, entwickelten wir eine Regression Vorgehensweise korrigieren für Variabilität in Fluoreszenz Intensität aufgrund unterschiedlicher Zellgröße und Granularität ohne verwerfen eine der Zellen, welche Anspritzung ipso facto tut. Dieser Ansatz ermöglicht quantitative Studien über zelluläre Heterogenität und transkriptionelle Lärm im Hochdurchsatz Experimenten mit abertausenden von Proben. Wir verwendet diesen Ansatz zu analysieren eine Bibliothek von k.o. Hefestämme und Gene, die erforderlich für die Bevölkerung eine Bimodale Antwort an Ölsäure Induktion herstellen zu offenbaren. Wir identifizieren eine Gruppe von epigenetische Regulatoren und Nucleoporins, die durch die Aufrechterhaltung einer 'nicht reagierenden Bevölkerung', die Bevölkerung mit dem Vorteil von diversifizierten Wette Absicherung vorsehen.
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NanoSpray FAIMS Fraktionierung Bietet Beträchtliche Steigerungen Der Proteome Abdeckung Von Unfraktioniertes Komplex Protein-Digests
Molecular & Cellular Proteomics : MCP.
Dec, 2011 |
Pubmed ID: 22186714 Hochfeld asymmetrische Wellenform Ion-Mobilität-Spektrometrie (FAIMS) ist ein Atmosphärendruck-Ion-Mobilität-Technik, die zum Beispiel Komplexität verringern und erhöhen Dynamikbereich in Tandem-Massenspektrometrie-Experimente verwendet werden kann. FAIMS fractionates Ionen in der Gasphase entsprechend charakteristische Unterschiede im Mobilitäten in elektrischen Feldern verschiedene stärken. Unerwünschte Ionen Arten wie SOLVATISIERTE Clustern und chemischen Hintergrund einzeln geladene Ionen können verhindert werden, aus den Massen Analyzer, damit abnehmender chemische Rauschen zu erreichen. Bis heute hat es begrenzten Erfolg das kommerziell erhältliche Thermo Fisher FAIMS-Gerät mit standard ESI und NanoLC-MS eingesetzt. Wir haben eine Thermo Fisher Electrospray Quelle, um Platz für ein Quarzglas zog Tipp Kapillarsäule für Nanospray Ionisation die Norm Laboratorien Zugriff auf FAIMS-Technologie zu ermöglichen, wird geändert. Unsere veränderten Quellcode ermöglicht leicht erreichbare stabile gischt bei Durchflussmengen von 300 nL/min in Verbindung mit FAIMS. Die modifizierte Elektrospray-Quelle ermöglicht die Verwendung von Mantel-Gas, das eine 5-fold Steigerung im Signal erzielt, wenn NanoLC FAIMS gekoppelt ist. In dieser Arbeit wurden NanoLC-FAIMS-MS und NanoLC-MS verglichen, durch die Analyse eines tryptic Digests einer 1:1-Mischung von SILAC-beschrifteten haploide und diploide Hefe um die Leistung der NanoLC-FAIMS-MS, bei verschiedenen Entschädigung Spannungen, für post-column Fraktionierung von komplexen Protein-Digests zu demonstrieren. Die dynamische Reichweite mehr als verdoppelt, als FAIMS benutzt wurde. Insgesamt 10.377 einzigartige abgestreift Peptide und 1.649 eindeutige Proteine mit SILAC-Verhältnisse wurden ermittelt aus den kombinierten NanoLC-FAIMS-MS-Experimenten, im Vergleich zu 6.908 einzigartige abisolierten Peptide und 1.003 eindeutige Proteine mit SILAC-Verhältnisse, die durch die kombinierte NanoLC-MS-Experimente nicht identifiziert. Diese Arbeit wird veranschaulicht, wie ein handelsübliches FAIMS-Gerät mit NanoLC Proteom-Abdeckung in Schrotflinte und gezielte Typ Proteomics Experimente zu verbessern kombiniert werden kann.
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NUP-1 Ist Ein Großer Aufgerollte Spule Nucleoskeletal Protein in Trypanosomen Mit Lamin-ähnliche Funktionen
PLoS Biology.
2012 |
Pubmed ID: 22479148 Eine verbindende Funktion des eukaryotischen Atombehörde übernehmen ist Genom Rassentrennung in transcriptionally aktiv Euchromatin und transcriptionally verdrängten Heterochromatin. Metazoa lamin Proteine nukleare Integrität und höherer Ordnung Heterochromatin Organisation an der nuklearen Peripherie erhalten, aber keine nicht-Bilateria lamin Orthologues identifiziert wurden, trotz der wahrscheinlich Anwesenheit der Nucleoskeletal Elemente in vielen Abstammungen. Dies suggeriert einen Bilateria-spezifischen Ursprung für Lamins, und daher, verschiedene Protein-Datenelemente müssen die Nucleoskeleton in anderen Linien komponieren. Die Trypanosomatids sind von sehr unterschiedlichen Organismen und gut dokumentiert, aber bemerkenswert unterschiedliche Mechanismen für die Kontrolle der Genexpression, einschließlich Polycistronic Transkription und Trans-Spleißen besitzen. NUP-1 ist ein großes Protein, lokalisieren der nuklearen Peripherie von Trypanosoma Brucei und ein Kandidat Nucleoskeletal Komponente. Wir versucht, festzustellen, ob NUP-1 Verordnung für die Organisation und gen von Heterochromatin an der nuklearen Peripherie vermittelt durch untersuchen den Einfluss der NUP-1 Niederschlag auf Morphologie, Chromatin Positionierung und Transkription. Wir zeigen, dass NUP-1 ist wichtig und in einem stabilen Netzwerk an der Innenseite der Trypanosomatida Kernhülle, da Niederschlag Zellen abnormal Kerne mit kompromittierten strukturelle Integrität geprägt haben. NUP-1 Niederschlag stört auch Organisation von nuklearen Pore-komplexe und Chromosomen. Erheblich, finden wir, dass NUP-1 weiterhin den zum Schweigen gebrachten Zustand der entwicklungspolitisch regulierter Gene an der nuklearen Peripherie erforderlich ist; NUP-1 Niederschlag führt hochspezifische Mis-regulation Telomer-proximal zum Schweigen gebrachten variant Oberfläche Glykoprotein (VSG) Ausdruck Websites und Procyclin Loci, Angabe einer Störung normal Chromatin Organisation unerlässlich, Lebenszyklus-Fortschreiten. Weiter, NUP-1 Erschöpfung führt zu erhöhten VSG umschalten und erscheint daher eine Rolle in der Kontrolle der Antigene Variation zu haben. Somit ist analog zu vertebrate Lamins, NUP-1 eine wichtige Komponente des Nucleoskeleton mit Schlüsselrollen in Organisation der epigenetischen Kontrolle der entwicklungspolitisch geregelten Loci, nukleare Peripherie und Heterochromatin.
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Systematische Messung Der Transkription Faktor-DNA-Wechselwirkungen Durch Gezielte Massenspektrometrie Identifiziert Kandidat Gen Regulatorischen Proteine
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.
Feb, 2013 |
Pubmed ID: 23388641 Regulierung der Genexpression umfasst das orchestrierte Zusammenspiel einer großen Zahl von Proteinen mit transkriptionelle regulatorische Elemente im Kontext des Chromatins. Unser Verständnis der Genregulation eingeschränkt durch das Fehlen einer Protein-Messtechnik, die systematisch erkennen und quantifizieren das Ensemble von Proteinen, die die transkriptionelle regulatorische Elemente von bestimmten Genen zugeordnet. Hier stellen wir eine Reihe von ausgewählten Reaktion Überwachung (SRM)-Assays für die systematische Messung von 464 Proteine mit bekannten oder vermutete Rollen in transkriptionelle Regulation bei der RNS-Polymerase II transkribiert Projektträgern in Saccharomyces Cerevisiae. Messung dieser Proteine in nuklearen Extrakten von SRM gestattet die reproduzierbare Quantifizierung von 42 % der Proteine über einen weiten Bereich von Häufigkeiten. Durch den Einsatz von Tests um DNA binden transkriptionelle Regulatoren, die interagieren mit dem ökologisch geregelten FLO11 Projektträger in Zelle Extrakten systematisch zu identifizieren, wurden 15 Regulatoren, die speziell auf unterschiedliche Regionen entlang der ∼600 bp der regulatorischen Sequenz gebunden. Wichtig ist, enthält das Dataset eine Anzahl von Regulatoren, die nachweislich FLO11 Ausdruck zu kontrollieren oder zu diesen regelnde Regionen in-vivo zu lokalisieren. Wir weiter validiert das Dienstprogramm des Ansatzes durch den Nachweis, dass zwei der SRM-identifizierten Faktoren, Mot3 und Azf1, für die ordnungsgemäße FLO11 Ausdruck erforderlich sind. Diese Ergebnisse zeigen die Nützlichkeit des SRM-basierte zielgerichteten Proteomics, die Identifizierung der Gen-spezifischen transkriptionelle Regulierungsbehörden zu führen.
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Multifunctional Double-negative T Cells in Sooty Mangabeys Mediate T-helper Functions Irrespective of SIV Infection
PLoS Pathogens.
2013 |
Pubmed ID: 23825945 Studying SIV infection of natural host monkey species, such as sooty mangabeys, has provided insights into the immune changes associated with these nonprogressive infections. Mangabeys maintain immune health despite high viremia or the dramatic CD4 T cell depletion that can occur following multitropic SIV infection. Here we evaluate double-negative (DN)(CD3+CD4-CD8-) T cells that are resistant to SIV infection due to a lack of CD4 surface expression, for their potential to fulfill a role as helper T cells. We first determined that DN T cells are polyclonal and predominantly exhibit an effector memory phenotype (CD95+CD62L-). Microarray analysis of TCR (anti-CD3/CD28) stimulated DN T cells indicated that these cells are multifunctional and upregulate genes with marked similarity to CD4 T cells, such as immune genes associated with Th1 (IFNγ), Th2 (IL4, IL5, IL13, CD40L), Th17 (IL17, IL22) and TFH (IL21, ICOS, IL6) function, chemokines such as CXCL9 and CXCL10 and transcription factors known to be actively regulated in CD4 T cells. Multifunctional T-helper cell responses were maintained in DN T cells from uninfected and SIV infected mangabeys and persisted in mangabeys exhibiting SIV mediated CD4 loss. Interestingly, TCR stimulation of DN T cells from SIV infected mangabeys results in a decreased upregulation of IFNγ and increased IL5 and IL13 expression compared to uninfected mangabeys. Evaluation of proliferative capacity of DN T cells in vivo (BrDU labeling) indicated that these cells maintain their ability to proliferate despite SIV infection, and express the homeostatic cytokine receptors CD25 (IL2 receptor) and CD127 (IL7 receptor). This study identifies the potential for a CD4-negative T cell subset that is refractory to SIV infection to perform T-helper functions in mangabeys and suggests that immune therapeutics designed to increase DN T cell function during HIV infection may have beneficial effects for the host immune system.
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Nuclear Pore Complex Evolution: a Trypanosome Mlp Analogue Functions in Chromosomal Segregation but Lacks Transcriptional Barrier Activity
Molecular Biology of the Cell.
May, 2014 |
Pubmed ID: 24600046 The nuclear pore complex (NPC) has dual roles in nucleocytoplasmic transport and chromatin organization. In many eukaryotes the coiled-coil Mlp/Tpr proteins of the NPC nuclear basket have specific functions in interactions with chromatin and defining specialized regions of active transcription, whereas Mlp2 associates with the mitotic spindle/NPC in a cell cycle-dependent manner. We previously identified two putative Mlp-related proteins in African trypanosomes, TbNup110 and TbNup92, the latter of which associates with the spindle. We now provide evidence for independent ancestry for TbNup92/TbNup110 and Mlp/Tpr proteins. However, TbNup92 is required for correct chromosome segregation, with knockout cells exhibiting microaneuploidy and lowered fidelity of telomere segregation. Further, TbNup92 is intimately associated with the mitotic spindle and spindle anchor site but apparently has minimal roles in control of gene transcription, indicating that TbNup92 lacks major barrier activity. TbNup92 therefore acts as a functional analogue of Mlp/Tpr proteins, and, together with the lamina analogue NUP-1, represents a cohort of novel proteins operating at the nuclear periphery of trypanosomes, uncovering complex evolutionary trajectories for the NPC and nuclear lamina.
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An Evolutionarily Conserved RNase-based Mechanism for Repression of Transcriptional Positive Autoregulation
Molecular Microbiology.
Apr, 2014 |
Pubmed ID: 24612392 It is known that environmental context influences the degree of regulation at the transcriptional and post-transcriptional levels. However, the principles governing the differential usage and interplay of regulation at these two levels are not clear. Here, we show that the integration of transcriptional and post-transcriptional regulatory mechanisms in a characteristic network motif drives efficient environment-dependent state transitions. Through phenotypic screening, systems analysis, and rigorous experimental validation, we discovered an RNase (VNG2099C) in Halobacterium salinarum that is transcriptionally co-regulated with genes of the aerobic physiologic state but acts on transcripts of the anaerobic state. Through modelling and experimentation we show that this arrangement generates an efficient state-transition switch, within which RNase-repression of a transcriptional positive autoregulation (RPAR) loop is critical for shutting down ATP-consuming active potassium uptake to conserve energy required for salinity adaptation under aerobic, high potassium, or dark conditions. Subsequently, we discovered that many Escherichia coli operons with energy-associated functions are also putatively controlled by RPAR indicating that this network motif may have evolved independently in phylogenetically distant organisms. Thus, our data suggest that interplay of transcriptional and post-transcriptional regulation in the RPAR motif is a generalized principle for efficient environment-dependent state transitions across prokaryotes.
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Quantitative Proteomic Analysis of Host-virus Interactions Reveals a Role for Golgi Brefeldin A Resistance Factor 1 (GBF1) in Dengue Infection
Molecular & Cellular Proteomics : MCP.
Nov, 2014 |
Pubmed ID: 24855065 Dengue virus is considered to be the most important mosquito-borne virus worldwide and poses formidable economic and health care burdens on many tropical and subtropical countries. Dengue infection induces drastic rearrangement of host endoplasmic reticulum membranes into complex membranous structures housing replication complexes; the contribution(s) of host proteins and pathways to this process is poorly understood but is likely to be mediated by protein-protein interactions. We have developed an approach for obtaining high confidence protein-protein interaction data by employing affinity tags and quantitative proteomics, in the context of viral infection, followed by robust statistical analysis. Using this approach, we identified high confidence interactors of NS5, the viral polymerase, and NS3, the helicase/protease. Quantitative proteomics allowed us to exclude a large number of presumably nonspecific interactors from our data sets and imparted a high level of confidence to our resulting data sets. We identified 53 host proteins reproducibly associated with NS5 and 41 with NS3, with 13 of these candidates present in both data sets. The host factors identified have diverse functions, including retrograde Golgi-to-endoplasmic reticulum transport, biosynthesis of long-chain fatty-acyl-coenzyme As, and in the unfolded protein response. We selected GBF1, a guanine nucleotide exchange factor responsible for ARF activation, from the NS5 data set for follow up and functional validation. We show that GBF1 plays a critical role early in dengue infection that is independent of its role in the maintenance of Golgi structure. Importantly, the approach described here can be applied to virtually any organism/system as a tool for better understanding its molecular interactions.
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Predicting Antidisease Immunity Using Proteome Arrays and Sera from Children Naturally Exposed to Malaria
Molecular & Cellular Proteomics : MCP.
Oct, 2014 |
Pubmed ID: 25023128 Malaria remains one of the most prevalent and lethal human infectious diseases worldwide. A comprehensive characterization of antibody responses to blood stage malaria is essential to support the development of future vaccines, sero-diagnostic tests, and sero-surveillance methods. We constructed a proteome array containing 4441 recombinant proteins expressed by the blood stages of the two most common human malaria parasites, P. falciparum (Pf) and P. vivax (Pv), and used this array to screen sera of Papua New Guinea children infected with Pf, Pv, or both (Pf/Pv) that were either symptomatic (febrile), or asymptomatic but had parasitemia detectable via microscopy or PCR. We hypothesized that asymptomatic children would develop antigen-specific antibody profiles associated with antidisease immunity, as compared with symptomatic children. The sera from these children recognized hundreds of the arrayed recombinant Pf and Pv proteins. In general, responses in asymptomatic children were highest in those with high parasitemia, suggesting that antibody levels are associated with parasite burden. In contrast, symptomatic children carried fewer antibodies than asymptomatic children with infections detectable by microscopy, particularly in Pv and Pf/Pv groups, suggesting that antibody production may be impaired during symptomatic infections. We used machine-learning algorithms to investigate the relationship between antibody responses and symptoms, and we identified antibody responses to sets of Plasmodium proteins that could predict clinical status of the donors. Several of these antibody responses were identified by multiple comparisons, including those against members of the serine enriched repeat antigen family and merozoite protein 4. Interestingly, both P. falciparum serine enriched repeat antigen-5 and merozoite protein 4 have been previously investigated for use in vaccines. This machine learning approach, never previously applied to proteome arrays, can be used to generate a list of potential seroprotective and/or diagnostic antigens candidates that can be further evaluated in longitudinal studies.
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Human SRMAtlas: A Resource of Targeted Assays to Quantify the Complete Human Proteome
Cell.
Jul, 2016 |
Pubmed ID: 27453469 The ability to reliably and reproducibly measure any protein of the human proteome in any tissue or cell type would be transformative for understanding systems-level properties as well as specific pathways in physiology and disease. Here, we describe the generation and verification of a compendium of highly specific assays that enable quantification of 99.7% of the 20,277 annotated human proteins by the widely accessible, sensitive, and robust targeted mass spectrometric method selected reaction monitoring, SRM. This human SRMAtlas provides definitive coordinates that conclusively identify the respective peptide in biological samples. We report data on 166,174 proteotypic peptides providing multiple, independent assays to quantify any human protein and numerous spliced variants, non-synonymous mutations, and post-translational modifications. The data are freely accessible as a resource at http://www.srmatlas.org/, and we demonstrate its utility by examining the network response to inhibition of cholesterol synthesis in liver cells and to docetaxel in prostate cancer lines.
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Co-dependence Between Trypanosome Nuclear Lamina Components in Nuclear Stability and Control of Gene Expression
Nucleic Acids Research.
Sep, 2016 |
Pubmed ID: 27625397 The nuclear lamina is a filamentous structure subtending the nuclear envelope and required for chromatin organization, transcriptional regulation and maintaining nuclear structure. The trypanosomatid coiled-coil NUP-1 protein is a lamina component functionally analogous to lamins, the major lamina proteins of metazoa. There is little evidence for shared ancestry, suggesting the presence of a distinct lamina system in trypanosomes. To find additional trypanosomatid lamina components we identified NUP-1 interacting proteins by affinity capture and mass-spectrometry. Multiple components of the nuclear pore complex (NPC) and a second coiled-coil protein, which we termed NUP-2, were found. NUP-2 has a punctate distribution at the nuclear periphery throughout the cell cycle and is in close proximity to NUP-1, the NPCs and telomeric chromosomal regions. RNAi-mediated silencing of NUP-2 leads to severe proliferation defects, gross alterations to nuclear structure, chromosomal organization and nuclear envelope architecture. Further, transcription is altered at telomere-proximal variant surface glycoprotein (VSG) expression sites (ESs), suggesting a role in controlling ES expression, although NUP-2 silencing does not increase VSG switching. Transcriptome analysis suggests specific alterations to Pol I-dependent transcription. NUP-1 is mislocalized in NUP-2 knockdown cells and vice versa, implying that NUP-1 and NUP-2 form a co-dependent network and identifying NUP-2 as a second trypanosomatid nuclear lamina component.
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One-Cell Doubling Evaluation by Living Arrays of Yeast, ODELAY!
G3 (Bethesda, Md.).
Jan, 2017 |
Pubmed ID: 27856698 Cell growth is a complex phenotype widely used in systems biology to gauge the impact of genetic and environmental perturbations. Due to the magnitude of genome-wide studies, resolution is often sacrificed in favor of throughput, creating a demand for scalable, time-resolved, quantitative methods of growth assessment. We present ODELAY (One-cell Doubling Evaluation by Living Arrays of Yeast), an automated and scalable growth analysis platform. High measurement density and single-cell resolution provide a powerful tool for large-scale multiparameter growth analysis based on the modeling of microcolony expansion on solid media. Pioneered in yeast but applicable to other colony forming organisms, ODELAY extracts the three key growth parameters (lag time, doubling time, and carrying capacity) that define microcolony expansion from single cells, simultaneously permitting the assessment of population heterogeneity. The utility of ODELAY is illustrated using yeast mutants, revealing a spectrum of phenotypes arising from single and combinatorial growth parameter perturbations.
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An Indicator Cell Assay for Blood-based Diagnostics
PloS One.
2017 |
Pubmed ID: 28594877 We have established proof of principle for the Indicator Cell Assay Platform™ (iCAP™), a broadly applicable tool for blood-based diagnostics that uses specifically-selected, standardized cells as biosensors, relying on their innate ability to integrate and respond to diverse signals present in patients' blood. To develop an assay, indicator cells are exposed in vitro to serum from case or control subjects and their global differential response patterns are used to train reliable, disease classifiers based on a small number of features. In a feasibility study, the iCAP detected pre-symptomatic disease in a murine model of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) with 94% accuracy (p-Value = 3.81E-6) and correctly identified samples from a murine Huntington's disease model as non-carriers of ALS. Beyond the mouse model, in a preliminary human disease study, the iCAP detected early stage Alzheimer's disease with 72% cross-validated accuracy (p-Value = 3.10E-3). For both assays, iCAP features were enriched for disease-related genes, supporting the assay's relevance for disease research.
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