John D. Aitchison Institute for Systems Biology Biography Publications Institution JoVE Articles John D. Aitchison has not added a biography. If you are John D. Aitchison and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications An Indicator Cell Assay for Blood-based Diagnostics PloS One. 2017 | Pubmed ID: 28594877 Combining Inferred Regulatory and Reconstructed Metabolic Networks Enhances Phenotype Prediction in Yeast PLoS Computational Biology. May, 2017 | Pubmed ID: 28520713 One-Cell Doubling Evaluation by Living Arrays of Yeast, ODELAY! G3 (Bethesda, Md.). Jan, 2017 | Pubmed ID: 27856698 Co-dependence Between Trypanosome Nuclear Lamina Components in Nuclear Stability and Control of Gene Expression Nucleic Acids Research. Sep, 2016 | Pubmed ID: 27625397 Human SRMAtlas: A Resource of Targeted Assays to Quantify the Complete Human Proteome Cell. Jul, 2016 | Pubmed ID: 27453469 Severe Adult Malaria is Associated with Specific PfEMP1 Adhesion Types and High Parasite Biomass Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2016 | Pubmed ID: 27185931 Peroxins Pex30 and Pex29 Dynamically Associate with Reticulons to Regulate Peroxisome Biogenesis from the Endoplasmic Reticulum The Journal of Biological Chemistry. Jul, 2016 | Pubmed ID: 27129769 Systematic Analysis of Yeast Proteome Reveals Peptide Detectability Factors for Mass Spectrometry Journal of Proteomics & Bioinformatics. 2015 | Pubmed ID: 26962293 The Interactome Challenge The Journal of Cell Biology. Nov, 2015 | Pubmed ID: 26572620 Corrigendum: Pan-viral Specificity of IFN-induced Genes Reveals New Roles for CGAS in Innate Immunity Nature. Sep, 2015 | Pubmed ID: 26153856 Signaling Dynamics and Peroxisomes Current Opinion in Cell Biology. Aug, 2015 | Pubmed ID: 26042681 Rapid, Optimized Interactomic Screening Nature Methods. Jun, 2015 | Pubmed ID: 25938370 Bicluster Sampled Coherence Metric (BSCM) Provides an Accurate Environmental Context for Phenotype Predictions BMC Systems Biology. 2015 | Pubmed ID: 25881257 Systems Cell Biology The Journal of Cell Biology. Sep, 2014 | Pubmed ID: 25225336 Predicting Antidisease Immunity Using Proteome Arrays and Sera from Children Naturally Exposed to Malaria Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Oct, 2014 | Pubmed ID: 25023128 Quantitative Proteomic Analysis of Host-virus Interactions Reveals a Role for Golgi Brefeldin A Resistance Factor 1 (GBF1) in Dengue Infection Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Nov, 2014 | Pubmed ID: 24855065 The Multifunctional Nuclear Pore Complex: a Platform for Controlling Gene Expression Current Opinion in Cell Biology. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24657998 An Evolutionarily Conserved RNase-based Mechanism for Repression of Transcriptional Positive Autoregulation Molecular Microbiology. Apr, 2014 | Pubmed ID: 24612392 Nuclear Pore Complex Evolution: a Trypanosome Mlp Analogue Functions in Chromosomal Segregation but Lacks Transcriptional Barrier Activity Molecular Biology of the Cell. May, 2014 | Pubmed ID: 24600046 Pan-viral Specificity of IFN-induced Genes Reveals New Roles for CGAS in Innate Immunity Nature. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24284630 Molecular Mechanisms of System Responses to Novel Stimuli Are Predictable from Public Data Nucleic Acids Research. Feb, 2014 | Pubmed ID: 24185701 Peroxisomes Take Shape Nature Reviews. Molecular Cell Biology. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24263361 PhosphoChain: a Novel Algorithm to Predict Kinase and Phosphatase Networks from High-throughput Expression Data Bioinformatics (Oxford, England). Oct, 2013 | Pubmed ID: 23832245 Multifunctional Double-negative T Cells in Sooty Mangabeys Mediate T-helper Functions Irrespective of SIV Infection PLoS Pathogens. 2013 | Pubmed ID: 23825945 A Role for the Nucleoporin Nup170p in Chromatin Structure and Gene Silencing Cell. Feb, 2013 | Pubmed ID: 23452847 ターゲットを絞った質量分析法による転写因子 DNA 相互作用の系統的測定候補遺伝子調節タンパク質を識別します。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2013 | Pubmed ID: 23388641 Metallochaperones Regulate Intracellular Copper Levels PLoS Computational Biology. 2013 | Pubmed ID: 23349626 Global Analysis of Condition-specific Subcellular Protein Distribution and Abundance Molecular & Cellular Proteomics : MCP. May, 2013 | Pubmed ID: 23349476 A FOXO3-IRF7 Gene Regulatory Circuit Limits Inflammatory Sequelae of Antiviral Responses Nature. Oct, 2012 | Pubmed ID: 22982991 Asymmetric Positive Feedback Loops Reliably Control Biological Responses Molecular Systems Biology. Apr, 2012 | Pubmed ID: 22531117 NUP 1 です大規模なコイルド コイル Nucleoskeletal 蛋白質のトリパノゾーマ ラミンのような機能を持つ。 PLoS Biology. 2012 | Pubmed ID: 22479148 The Yeast Nuclear Pore Complex and Transport Through It Genetics. Mar, 2012 | Pubmed ID: 22419078 ナノスプレーFAIMS分画は未分画複雑なタンパク質消化物のプロテオームカバレッジの大幅な増加を提供します。 Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22186714 ハイスループットフローサイトメトリーで細胞形態の補正を有効にする回帰モデルのアプローチ Molecular Systems Biology. 2011 | Pubmed ID: 21952134 生体分子ネットワークのダイナミクスの数理モデル Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011 | Pubmed ID: 21877294 動的な転写制御ネットワーク構造の統計的解析 Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2011 | Pubmed ID: 21877289 環境キューへの生体分子システムの応答における応答性と雑音抑圧の間のトレードオフ PLoS Computational Biology. Jun, 2011 | Pubmed ID: 21738459 酵母ペルオキシソームの人口を調節するペルオキシソームディビジョナルタンパク質のPex11家族とPeroxinのPex34pの機能 Molecular Biology of the Cell. May, 2011 | Pubmed ID: 21441307 イオンカウントから独立したより速く、より定量的、かつ正確な前駆体の取得 Analytical Chemistry. Mar, 2011 | Pubmed ID: 21341720 ゲノム構成と遺伝子発現の核エンベロープの役割 Wiley Interdisciplinary Reviews. Systems Biology and Medicine. Mar-Apr, 2011 | Pubmed ID: 21305702 環境対応型転写因子は、サブテロメア要素をバインドし、ジーンサイレンシングを調節する Molecular Systems Biology. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21206489 Expression of the Salmonella Spp. Virulence Factor SifA in Yeast Alters Rho1 Activity on Peroxisomes Molecular Biology of the Cell. Oct, 2010 | Pubmed ID: 20739463 ペルオキシソームのエフェクターのゲノムワイド解析 PloS One. 2010 | Pubmed ID: 20694151 QTIPS:SILAC実験における同位体アミノ酸分布の教師なし決定の新手法 Journal of the American Society for Mass Spectrometry. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20451407 栄養応答とペルオキシソーム誘導を律するシグナル伝達ネットワークの統合Phosphoproteomics分析 Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20395639 GINSモーション複製フォークの進行は、酵母のゲノム全体に非常に均一で明らかに Molecular Systems Biology. 2010 | Pubmed ID: 20212525 有糸分裂紡錘体のシステムの細胞生物学 The Journal of Cell Biology. Jan, 2010 | Pubmed ID: 20065087 細胞ストレスに応答してGpd1pの細胞内分布の動的変化 The Journal of Biological Chemistry. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20026609 ヒストンシャペロンChz1pはH2Bユビキチン化とサブテロメア抗サイレンシングを調節する Nucleic Acids Research. Mar, 2010 | Pubmed ID: 20008511 Deterministic and Stochastic Models of Genetic Regulatory Networks Methods in Enzymology. 2009 | Pubmed ID: 19897099 微小管の安定性でカリオフェリンKap123pの役割 Traffic (Copenhagen, Denmark). Nov, 2009 | Pubmed ID: 19761543 Myosin-driven Peroxisome Partitioning in S. Cerevisiae The Journal of Cell Biology. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19687257 AAA ATPaseのタンパク質Yta7で非標準ブロモドメインは、染色体位置とバリアクロマチン活動を指示 Molecular and Cellular Biology. Sep, 2009 | Pubmed ID: 19581291 ヒストンTBPリクルートのバリアント型(Variant)のH2A.Z/Htz1p、クロマチン動態、及びオレイン酸応答性遺伝子の発現の安定化の役割 Molecular and Cellular Biology. May, 2009 | Pubmed ID: 19273605 ペルオキシソームダイナミクスの調節 Current Opinion in Cell Biology. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19188056 フィードフォワード調節モチーフを重ねて転写変動の制御 Biophysical Journal. Oct, 2008 | Pubmed ID: 18621837 システムバイオロジー研究所のシステム生物学 Briefings in Functional Genomics & Proteomics. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18579616 サッカロミセス·セレビシエ(Saccharomyces Cerevisiae)Yta7は、ヒストン遺伝子発現を調節する Genetics. May, 2008 | Pubmed ID: 18493054 脂肪酸誘導される遺伝子発現とオルガネラ生合成を調節シグナル伝達ネットワークのゲノムワイド解析 The Journal of Cell Biology. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18426976 ペルオキシソームの例:細胞画分の同位体コード化された標識によってオルガネラ善意のコンポーネントを識別する Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2008 | Pubmed ID: 18370030 細胞生物学:孔パズル Nature. Nov, 2007 | Pubmed ID: 18046388 多様なリボ核タンパク質複合体の包括的な分析 Nature Methods. Nov, 2007 | Pubmed ID: 17922018 脂肪酸への転写応答は、組合せ制御によって調整され Molecular Systems Biology. 2007 | Pubmed ID: 17551510 Septinsの規制SUMO化のKaryopherinsの役割 The Journal of Cell Biology. Apr, 2007 | Pubmed ID: 17403926 K4でトリメチル化H3へのバインドYng1 PHDフィンガーは、H3のK14でNuA3 HAT活性を促進し、標的ORFのサブセットで転写 Molecular Cell. Dec, 2006 | Pubmed ID: 17157260 酵母での核タンパク質のインポートを学ぶ Methods (San Diego, Calif.). Aug, 2006 | Pubmed ID: 16979507 GALのレギュロンのデュアルフィードバックループは、酵母の細胞の不均質性を抑制します Nature Genetics. Sep, 2006 | Pubmed ID: 16936734 発現と機能プロファイリングは、脂肪酸代謝に関与する個別遺伝子クラスを明らかに Molecular Systems Biology. 2006 | Pubmed ID: 16738555 ペルオキシソーム膜タンパク質Inp2pは、サッカロミセス·セレビシエ(Saccharomyces Cerevisiae)のミオシンVモーターMyo2pためのペルオキシソーム特異的受容体である Developmental Cell. May, 2006 | Pubmed ID: 16678774 Pex19pはペルオキシソーム彼らのローカリゼーションのための必要なしかし、彼らのペルオキシソームターゲティングシグナルから別の領域で、Pex30pおよびPex32pをバインドします The Journal of Biological Chemistry. May, 2006 | Pubmed ID: 16551610 Pex19p-依存的にペルオキシソームと酵母Saccharomyces Cerevisiaeのアソシエイツのダイナミン様タンパク質Vps1p The Journal of Biological Chemistry. May, 2006 | Pubmed ID: 16520372 モバイルヌクレオポリンNup2pと内因性のNPC-媒介転写制御におけるクロマチンに結合したPrp20p機能 The Journal of Cell Biology. Dec, 2005 | Pubmed ID: 16365162 システムバイオロジーのためのデータ統合方法論 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16301537 システムバイオロジーのためのデータ統合の方法論:実験的検証 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16301536 酵母Saccharomyces CerevisiaeにおけるMad1pと核輸送機械間の相互作用 Molecular Biology of the Cell. Sep, 2005 | Pubmed ID: 16000377 Inp1pは、Saccharomyces Cerevisiaeにおけるペルオキシソームの継承に必要なペルオキシソーム膜タンパク質である The Journal of Cell Biology. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15928207 境界におけるクロマチン複合体のプロテオミクスとゲノム特性 The Journal of Cell Biology. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15824130 Nop53pは新規核小体60Sリボソームサブユニットの生合成タンパク質である The Biochemical Journal. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15686447 定量的な質量分析法は、ペルオキシソーム膜上のアクチンの組織におけるGTPアーゼRho1pの役割を明らかに The Journal of Cell Biology. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15596542 カリオフェリン貨物の特性は、Kap121p媒介核のインポートのユニークなメカニズムを明らかに Molecular and Cellular Biology. Oct, 2004 | Pubmed ID: 15367670 Pex30p、Pex31p、Pex32pとは、Saccharomyces Cerevisiaeにおけるペルオキシソームのサイズと数を調整するペルオキシソーム膜内在性タンパク質のファミリーを形成 Molecular Biology of the Cell. Feb, 2004 | Pubmed ID: 14617799 核膜孔複合体における変化によって制御される細胞周期の安定化トランスポート Cell. Dec, 2003 | Pubmed ID: 14697200 バーチャルゲートおよび核輸送:ホールの画像 Trends in Cell Biology. Dec, 2003 | Pubmed ID: 14624840 ペルオキシソームダイナミクスのPex11関連タンパク質:Saccharomyces Cerevisiaeにおけるペルオキシソームのサイズと数量の制御における新規PeroxinのPex27pの役割 Molecular Biology of the Cell. Oct, 2003 | Pubmed ID: 14517321 Utp8pは、Saccharomyces Cerevisiaeの核tRNAの輸出機械の本質的な核内コンポーネントです。 The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12794079 洞察力にたな卸資産 The Journal of Cell Biology. May, 2003 | Pubmed ID: 12743099 YHR150wとYDR479cは、Saccharomyces Cerevisiaeにおけるペルオキシソームの数、サイズ、およびディストリビューションの調節に関与するペルオキシソーム膜内在性タンパク質をエンコードする The Journal of Cell Biology. Apr, 2003 | Pubmed ID: 12707309 核膜孔生合成におけるKaryopherins:核膜孔複合体にNup53pのアセンブリ内のKap121pの役割 The Journal of Cell Biology. Oct, 2002 | Pubmed ID: 12403813 気相の分画することで、完全なペルオキシソーム特性に近づいて Electrophoresis. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12298092 ペルオキシソームのアセンブリと機能に関与する遺伝子を同定するためのトランスクリプトームプロファイリング The Journal of Cell Biology. Jul, 2002 | Pubmed ID: 12135984 Kap121p媒介核インポートは、酵母の交配および細胞分化に必要な Molecular and Cellular Biology. Apr, 2002 | Pubmed ID: 11909949 核エンベロープのテンスタイム Cell. Feb, 2002 | Pubmed ID: 11853664 ODELAY:酵母増殖の多パラメータ定量化のための大規模法 Thurston Herricks1, Fred D. Mast1,2, Song Li1, John D. Aitchison1,2 1Institute for Systems Biology, 2Center for Infectious Disease Research JoVE 55879 Biology 脂肪酸の定量的なPhosphoproteomicsは刺激を受けてサッカロマイセスセレビシエ Ramsey A. Saleem1, John D. Aitchison1 1Institute for Systems Biology JoVE 1474 Biology
ODELAY:酵母増殖の多パラメータ定量化のための大規模法 Thurston Herricks1, Fred D. Mast1,2, Song Li1, John D. Aitchison1,2 1Institute for Systems Biology, 2Center for Infectious Disease Research JoVE 55879 Biology
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