Mihaela Zavolan Computational and Systems Biology, Biozentrum University of Basel Biography Publications Institution JoVE Articles Mihaela Zavolan has not added a biography. If you are Mihaela Zavolan and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications The Gcn4 Transcription Factor Reduces Protein Synthesis Capacity and Extends Yeast Lifespan Nature Communications. Sep, 2017 | Pubmed ID: 28878244 Automated Incorporation of Pairwise Dependency in Transcription Factor Binding Site Prediction Using Dinucleotide Weight Tensors PLoS Computational Biology. Jul, 2017 | Pubmed ID: 28753602 TFAP2A is a Component of the ZEB1/2 Network That Regulates TGFB1-induced Epithelial to Mesenchymal Transition Biology Direct. Apr, 2017 | Pubmed ID: 28412966 Explicit Modeling of SiRNA-Dependent On- and Off-Target Repression Improves the Interpretation of Screening Results Cell Systems. Feb, 2017 | Pubmed ID: 28215525 High-throughput Identification of C/D Box SnoRNA Targets with CLIP and RiboMeth-seq Nucleic Acids Research. Mar, 2017 | Pubmed ID: 28031372 Patterns of Ribosomal Protein Expression Specify Normal and Malignant Human Cells Genome Biology. Nov, 2016 | Pubmed ID: 27884178 TUT-DIS3L2 is a Mammalian Surveillance Pathway for Aberrant Structured Non-coding RNAs The EMBO Journal. Oct, 2016 | Pubmed ID: 27647875 A Comprehensive Analysis of 3' End Sequencing Data Sets Reveals Novel Polyadenylation Signals and the Repressive Role of Heterogeneous Ribonucleoprotein C on Cleavage and Polyadenylation Genome Research. 08, 2016 | Pubmed ID: 27382025 Corrigendum to "Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions" [Methods (2015) 90-99] Methods (San Diego, Calif.). Jul, 2016 | Pubmed ID: 27372217 Redesigning CLIP for Efficiency, Accuracy and Speed Nature Methods. May, 2016 | Pubmed ID: 27243472 An Updated Human SnoRNAome Nucleic Acids Research. Jun, 2016 | Pubmed ID: 27174936 Roquin Recognizes a Non-canonical Hexaloop Structure in the 3'-UTR of Ox40 Nature Communications. Mar, 2016 | Pubmed ID: 27010430 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Oct, 2015 | Pubmed ID: 26365243 Cooperative Target MRNA Destabilization and Translation Inhibition by MiR-58 MicroRNA Family in C. Elegans Genome Research. Nov, 2015 | Pubmed ID: 26232411 Comparative Assessment of Methods for the Computational Inference of Transcript Isoform Abundance from RNA-seq Data Genome Biology. Jul, 2015 | Pubmed ID: 26201343 Inferring Gene Expression Regulatory Networks from High-throughput Measurements Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 26188125 MiR-184 Regulates Pancreatic β-Cell Function According to Glucose Metabolism The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2015 | Pubmed ID: 26152724 Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 25892562 Reflections on the RNA World RNA (New York, N.Y.). Apr, 2015 | Pubmed ID: 25780126 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25628353 MiR-CLIP Capture of a MiRNA Targetome Uncovers a LincRNA H19-miR-106a Interaction Nature Chemical Biology. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25531890 Global 3' UTR Shortening Has a Limited Effect on Protein Abundance in Proliferating T Cells Nature Communications. 2014 | Pubmed ID: 25413384 Reconstitution of CPSF Active in Polyadenylation: Recognition of the Polyadenylation Signal by WDR33 Genes & Development. Nov, 2014 | Pubmed ID: 25301781 Embryonic Stem Cell-specific MicroRNAs Contribute to Pluripotency by Inhibiting Regulators of Multiple Differentiation Pathways Nucleic Acids Research. Aug, 2014 | Pubmed ID: 25030899 Identification and Consequences of MiRNA-target Interactions--beyond Repression of Gene Expression Nature Reviews. Genetics. Sep, 2014 | Pubmed ID: 25022902 Structural and Functional Implications of the QUA2 Domain on RNA Recognition by GLD-1 Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24838563 Fifteen Years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: Life Science Databases, Tools and Support Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24792157 MicroRNA-7a Regulates Pancreatic β Cell Function The Journal of Clinical Investigation. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24789908 Widespread Context Dependency of MicroRNA-mediated Regulation Genome Research. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24668909 PAR-CLIP (Photoactivatable Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation): a Step-by-step Protocol to the Transcriptome-wide Identification of Binding Sites of RNA-binding Proteins Methods in Enzymology. 2014 | Pubmed ID: 24581442 ISMARA: Automated Modeling of Genomic Signals As a Democracy of Regulatory Motifs Genome Research. May, 2014 | Pubmed ID: 24515121 Seq and CLIP Through the MiRNA World Genome Biology. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24460822 TSSer: an Automated Method to Identify Transcription Start Sites in Prokaryotic Genomes from Differential RNA Sequencing Data Bioinformatics (Oxford, England). Apr, 2014 | Pubmed ID: 24371151 Argonaute2 Mediates Compensatory Expansion of the Pancreatic β Cell Cell Metabolism. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24361012 Means to an End: Mechanisms of Alternative Polyadenylation of Messenger RNA Precursors Wiley Interdisciplinary Reviews. RNA. Mar-Apr, 2014 | Pubmed ID: 24243805 3'-UTR Poly(T/U) Tract Deletions and Altered Expression of EWSR1 Are a Hallmark of Mismatch Repair-deficient Cancers Cancer Research. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24158095 Timescales and Bottlenecks in MiRNA-dependent Gene Regulation Molecular Systems Biology. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24301800 Modulation of Epigenetic Regulators and Cell Fate Decisions by MiRNAs Epigenomics. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24283881 Modeling the Binding Specificity of the RNA-binding Protein GLD-1 Suggests a Function of Coding Region-located Sites in Translational Repression RNA (New York, N.Y.). Oct, 2013 | Pubmed ID: 23974436 Translation-dependent Displacement of UPF1 from Coding Sequences Causes Its Enrichment in 3' UTRs Nature Structural & Molecular Biology. Aug, 2013 | Pubmed ID: 23832275 Insights into SnoRNA Biogenesis and Processing from PAR-CLIP of SnoRNA Core Proteins and Small RNA Sequencing Genome Biology. May, 2013 | Pubmed ID: 23706177 Analysis of CDS-located MiRNA Target Sites Suggests That They Can Effectively Inhibit Translation Genome Research. Apr, 2013 | Pubmed ID: 23335364 A Biophysical MiRNA-mRNA Interaction Model Infers Canonical and Noncanonical Targets Nature Methods. Mar, 2013 | Pubmed ID: 23334102 Dicer Partners Expand the Repertoire of MiRNA Targets Genome Biology. Nov, 2012 | Pubmed ID: 23194401 Argonaute CLIP--a Method to Identify in Vivo Targets of MiRNAs Methods (San Diego, Calif.). Oct, 2012 | Pubmed ID: 23022257 Genome-wide Analysis of Pre-mRNA 3' End Processing Reveals a Decisive Role of Human Cleavage Factor I in the Regulation of 3' UTR Length Cell Reports. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22813749 Micro-ARN-194 Est Une Cible De Facteur De Transcription 1 (Tcf1, HNF1α) Dans L'expression De Foie Et Contrôles Adulte Crépus-6 Hepatology (Baltimore, Md.). Jan, 2012 | Pubmed ID: 21887698 Sarcome De Kaposi Herpèsvirus MicroARN Cible La Caspase 3 Et Réglemente L'apoptose PLoS Pathogens. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22174674 PAPD5, Une Polymérase De Poly (a) Non Canonique Ornées D'un Motif De Liaison à L'ARN Inhabituelle RNA (New York, N.Y.). Sep, 2011 | Pubmed ID: 21788334 MicroARN 103 Et 107 Réglementent La Sensibilité à L'insuline Nature. Jun, 2011 | Pubmed ID: 21654750 Une Analyse Quantitative Des Méthodes CLIP Pour Identifier Les Sites De Liaison Des Protéines De Liaison à L'ARN Nature Methods. Jul, 2011 | Pubmed ID: 21572407 Conservée De Génération De Quelques Produits à PiRNA Loci BMC Genomics. 2011 | Pubmed ID: 21247452 CLIPZ : Une Base De Données Et D'analyse Environnement Pour Les Sites De Liaison Déterminée Expérimentalement Des Protéines De Liaison à L'ARN Nucleic Acids Research. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21087992 Analyse Des Cibles ARN Pré-messager in Situ Du Facteur D'épissage Humain SF1 Révèle Une Fonction Dans L'épissage Alternatif Nucleic Acids Research. Mar, 2011 | Pubmed ID: 21062807 Décrypter Le Rôle Des Protéines De Liaison à L'ARN Dans Le Contrôle Post-transcriptionnelle De L'expression Génique Briefings in Functional Genomics. Dec, 2010 | Pubmed ID: 21127008 Expression Protéomique De Knockdown UPF1 Dans Les Cellules HeLa Révèle Autorégulation Des HnRNP A2/B1 Médiée Par épissage Alternatif Entraînant Désintégration De MRNA Médiée Par Un Non-sens BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20946641 Transcriptome à L'échelle D'identification De L'ARN-binding Protein Et Sites Cibles MicroARN Par PAR-CLIP Cell. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20371350 Activité De Micro-ARN Est Supprimée Dans Les Ovocytes De Souris Current Biology : CB. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20116252 L'ARNpno PMBI-52 (SNORD 115) Est Transformé En Petits RNAs Et Réglemente L'épissage Alternatif Human Molecular Genetics. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20053671 Contribution Relative Des Caractéristiques De Séquence Et La Structure De La Liaison De L'ARNm De L'Argonaute/EIF2C-miRNA Complexes Et La Dégradation Des Cibles De MiRNA Genome Research. Nov, 2009 | Pubmed ID: 19767416 Expression Et Le Traitement D'un Petit ARN Nucléolaire Du Génome Du Virus Epstein - Barr PLoS Pathogens. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19680535 Noyale : Un Micro-ARN Intégrée Expression Atlas Et Cible Prédiction Ressource Nucleic Acids Research. Jul, 2009 | Pubmed ID: 19468042 Le Réseau Transcriptionnel Qui Contrôle L'arrêt De La Croissance Et De Différenciation Dans Une Lignée De Cellules Humaines De Leucémie Myéloïde Nature Genetics. May, 2009 | Pubmed ID: 19377474 MiR-375 Maintient La Masse De Cellules Alpha Et Bêta Pancréatique Normale Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2009 | Pubmed ID: 19289822 MiARN Hybridation in Situ Dans Le Formaldéhyde Et Le SEE Des Tissus Fixés Nature Methods. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19137005 Caractérisation Moléculaire De L'homme Complexes Ribonucléoprotéiques Argonaute Contenant Et Leurs ARNm Cible Lié RNA (New York, N.Y.). Dec, 2008 | Pubmed ID: 18978028 Une Analyse Comparative Des Cibles ARNm Des Protéines Humaines PUF-famille Indique Une Interaction Avec Le Système De Réglementation De MiRNA PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18776931 Expression élevée De La Polycistron MiR-17-92 Et MiR-21 Dans Le Carcinome Hépatocellulaire Hepadnavirus Associée Contribue Au Phénotype Malin The American Journal of Pathology. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18688024 MicroARN Contrôlent La Méthylation De L'ADN De Novo Par Le Biais De Réglementation Des Répresseurs Transcriptionnels Dans Les Cellules Souches Embryonnaires De Souris Nature Structural & Molecular Biology. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18311153 Analyse Computationnelle De L'ADNc Révèle Fréquente Couplage Entre La Transcriptionnelles Et épissage De Programmes DNA Research : an International Journal for Rapid Publication of Reports on Genes and Genomes. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18276623 Analyse Computationnelle De Petits ARN Clonage Données Methods (San Diego, Calif.). Jan, 2008 | Pubmed ID: 18158128 Spécifiques à Un Brin 5'-O-méthylation De Duplex SiRNA Contrôles De Sélection Strand Guide Et Spécificité De Ciblage RNA (New York, N.Y.). Feb, 2008 | Pubmed ID: 18094121 Règlement Du Foie Humain De Delta-aminolévulinique Synthase Acide Par Les Acides Biliaires Hepatology (Baltimore, Md.). Dec, 2007 | Pubmed ID: 17975826 Cofacteurs Cellulaires Affectant Virus De L'hépatite C Et De Réplication Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17616579 Un Atlas Des Mammifères MicroRNA Expression Basée Sur Les Petits ARN Séquençage Bibliothèque Cell. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17604727 Type De Virus De La Maladie De Marek 2 (MDV-2)-microARN Codé Ne Montrer Aucune Conservation De Séquence Avec Ceux Codés Par MDV-1 Journal of Virology. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17459919 Inférence De MiRNA Cibles En Utilisant L'analyse évolutive De Conservation Et De La Voie BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17331257 Technologies Quantitatives établissent Un Profil MicroRNA Roman De La Leucémie Lymphoïde Chronique Blood. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17327404 Effets De Dicer Et Argonaute Régulation à La Baisse Sur Les Taux D'ARNm Dans Les Cellules HEK293 Humaines Nucleic Acids Research. 2006 | Pubmed ID: 16971455 Une Nouvelle Classe De Petits ARN Liez à La Protéine MILI Dans Des Testicules De Souris Nature. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16751777 Les Types Et La Prévalence D'autre Formes D'épissage Current Opinion in Structural Biology. Jun, 2006 | Pubmed ID: 16713247 Un Modèle Physique Simple Permet De Prédire Les Variations De Longueur De Petites Exon PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683028 SPA : Un Algorithme Probabiliste Pour Alignement épissé PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683023 Micro-ARN Virus-encodé : Nouveaux Régulateurs De L'expression Génique Trends in Microbiology. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16531046 Signatures De Cellule-type Spécifique Des MicroARN Sur L'expression De L'ARNm Cible Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16477010 Identification Des MicroARN En Cluster En Utilisant Une Méthode De Prédiction Ab Initio BMC Bioinformatics. 2005 | Pubmed ID: 16274478 Les Profils MiRNA De Développement Du Poisson Zèbre Comme Déterminé Par L'ARN Clonage Petit Genes & Development. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15937218 Identification Des MicroARN De La Famille Des Herpèsvirus Nature Methods. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15782219 Analyse De Virus De L'immunodéficience Humaine Cytopathicity En Utilisant Une Nouvelle Méthode De Quantification Dynamique Virale En Culture Cellulaire Journal of Virology. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15767404 Identification Du Virus De La MicroARN Codés Science (New York, N.Y.). Apr, 2004 | Pubmed ID: 15118162 SMASHing Sites Réglementaires Dans L'ADN Par Des Comparaisons De Séquences Homme-souris Proceedings / IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 2003 | Pubmed ID: 16452803 Le Profil De Petit ARN Cours De Développement Chez Drosophila Melanogaster Developmental Cell. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12919683 Décroissance Des Taux De MRNA Humain : Corrélation Avec Les Caractéristiques Fonctionnelles Et Les Attributs De La Séquence Genome Research. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12902380 Caractérisation Systématique Des Protéines Contenant Du Zinc-finger Dans Le Transcriptome De Souris Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819142 Impact D'initiation Alternative, épissure Et Terminaison D'appel Sur La Diversité De La Transcription De L'ARNm Codée Par Le Transcriptome De Souris Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819126 Splice Variation Souris ADNc Identifiés Par La Cartographie Du Génome De La Souris Genome Research. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12213775 Regroupement Probabiliste Des Séquences : Inférence Nouveau Régulons Bactérienne De Génomique Comparative Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May, 2002 | Pubmed ID: 12032281 Extrémité 3' séquençage bibliothèque préparation avec A-seq2 Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biology PAR-Clip - Une méthode pour identifier transcriptome à l'échelle des sites de liaison des protéines liant l'ARN Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biology
Extrémité 3' séquençage bibliothèque préparation avec A-seq2 Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biology
PAR-Clip - Une méthode pour identifier transcriptome à l'échelle des sites de liaison des protéines liant l'ARN Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biology