Mihaela Zavolan Computational and Systems Biology, Biozentrum University of Basel Biography Publications Institution JoVE Articles Mihaela Zavolan has not added a biography. If you are Mihaela Zavolan and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications The Gcn4 Transcription Factor Reduces Protein Synthesis Capacity and Extends Yeast Lifespan Nature Communications. Sep, 2017 | Pubmed ID: 28878244 Automated Incorporation of Pairwise Dependency in Transcription Factor Binding Site Prediction Using Dinucleotide Weight Tensors PLoS Computational Biology. Jul, 2017 | Pubmed ID: 28753602 TFAP2A is a Component of the ZEB1/2 Network That Regulates TGFB1-induced Epithelial to Mesenchymal Transition Biology Direct. Apr, 2017 | Pubmed ID: 28412966 Explicit Modeling of SiRNA-Dependent On- and Off-Target Repression Improves the Interpretation of Screening Results Cell Systems. Feb, 2017 | Pubmed ID: 28215525 High-throughput Identification of C/D Box SnoRNA Targets with CLIP and RiboMeth-seq Nucleic Acids Research. Mar, 2017 | Pubmed ID: 28031372 Patterns of Ribosomal Protein Expression Specify Normal and Malignant Human Cells Genome Biology. Nov, 2016 | Pubmed ID: 27884178 TUT-DIS3L2 is a Mammalian Surveillance Pathway for Aberrant Structured Non-coding RNAs The EMBO Journal. Oct, 2016 | Pubmed ID: 27647875 A Comprehensive Analysis of 3' End Sequencing Data Sets Reveals Novel Polyadenylation Signals and the Repressive Role of Heterogeneous Ribonucleoprotein C on Cleavage and Polyadenylation Genome Research. 08, 2016 | Pubmed ID: 27382025 Corrigendum to "Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions" [Methods (2015) 90-99] Methods (San Diego, Calif.). Jul, 2016 | Pubmed ID: 27372217 Redesigning CLIP for Efficiency, Accuracy and Speed Nature Methods. May, 2016 | Pubmed ID: 27243472 An Updated Human SnoRNAome Nucleic Acids Research. Jun, 2016 | Pubmed ID: 27174936 Roquin Recognizes a Non-canonical Hexaloop Structure in the 3'-UTR of Ox40 Nature Communications. Mar, 2016 | Pubmed ID: 27010430 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Oct, 2015 | Pubmed ID: 26365243 Cooperative Target MRNA Destabilization and Translation Inhibition by MiR-58 MicroRNA Family in C. Elegans Genome Research. Nov, 2015 | Pubmed ID: 26232411 Comparative Assessment of Methods for the Computational Inference of Transcript Isoform Abundance from RNA-seq Data Genome Biology. Jul, 2015 | Pubmed ID: 26201343 Inferring Gene Expression Regulatory Networks from High-throughput Measurements Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 26188125 MiR-184 Regulates Pancreatic β-Cell Function According to Glucose Metabolism The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2015 | Pubmed ID: 26152724 Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 25892562 Reflections on the RNA World RNA (New York, N.Y.). Apr, 2015 | Pubmed ID: 25780126 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25628353 MiR-CLIP Capture of a MiRNA Targetome Uncovers a LincRNA H19-miR-106a Interaction Nature Chemical Biology. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25531890 Global 3' UTR Shortening Has a Limited Effect on Protein Abundance in Proliferating T Cells Nature Communications. 2014 | Pubmed ID: 25413384 Reconstitution of CPSF Active in Polyadenylation: Recognition of the Polyadenylation Signal by WDR33 Genes & Development. Nov, 2014 | Pubmed ID: 25301781 Embryonic Stem Cell-specific MicroRNAs Contribute to Pluripotency by Inhibiting Regulators of Multiple Differentiation Pathways Nucleic Acids Research. Aug, 2014 | Pubmed ID: 25030899 Identification and Consequences of MiRNA-target Interactions--beyond Repression of Gene Expression Nature Reviews. Genetics. Sep, 2014 | Pubmed ID: 25022902 Structural and Functional Implications of the QUA2 Domain on RNA Recognition by GLD-1 Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24838563 Fifteen Years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: Life Science Databases, Tools and Support Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24792157 MicroRNA-7a Regulates Pancreatic β Cell Function The Journal of Clinical Investigation. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24789908 Widespread Context Dependency of MicroRNA-mediated Regulation Genome Research. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24668909 PAR-CLIP (Photoactivatable Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation): a Step-by-step Protocol to the Transcriptome-wide Identification of Binding Sites of RNA-binding Proteins Methods in Enzymology. 2014 | Pubmed ID: 24581442 ISMARA: Automated Modeling of Genomic Signals As a Democracy of Regulatory Motifs Genome Research. May, 2014 | Pubmed ID: 24515121 Seq and CLIP Through the MiRNA World Genome Biology. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24460822 TSSer: an Automated Method to Identify Transcription Start Sites in Prokaryotic Genomes from Differential RNA Sequencing Data Bioinformatics (Oxford, England). Apr, 2014 | Pubmed ID: 24371151 Argonaute2 Mediates Compensatory Expansion of the Pancreatic β Cell Cell Metabolism. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24361012 Means to an End: Mechanisms of Alternative Polyadenylation of Messenger RNA Precursors Wiley Interdisciplinary Reviews. RNA. Mar-Apr, 2014 | Pubmed ID: 24243805 3'-UTR Poly(T/U) Tract Deletions and Altered Expression of EWSR1 Are a Hallmark of Mismatch Repair-deficient Cancers Cancer Research. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24158095 Timescales and Bottlenecks in MiRNA-dependent Gene Regulation Molecular Systems Biology. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24301800 Modulation of Epigenetic Regulators and Cell Fate Decisions by MiRNAs Epigenomics. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24283881 Modeling the Binding Specificity of the RNA-binding Protein GLD-1 Suggests a Function of Coding Region-located Sites in Translational Repression RNA (New York, N.Y.). Oct, 2013 | Pubmed ID: 23974436 Translation-dependent Displacement of UPF1 from Coding Sequences Causes Its Enrichment in 3' UTRs Nature Structural & Molecular Biology. Aug, 2013 | Pubmed ID: 23832275 Insights into SnoRNA Biogenesis and Processing from PAR-CLIP of SnoRNA Core Proteins and Small RNA Sequencing Genome Biology. May, 2013 | Pubmed ID: 23706177 Analysis of CDS-located MiRNA Target Sites Suggests That They Can Effectively Inhibit Translation Genome Research. Apr, 2013 | Pubmed ID: 23335364 A Biophysical MiRNA-mRNA Interaction Model Infers Canonical and Noncanonical Targets Nature Methods. Mar, 2013 | Pubmed ID: 23334102 Dicer Partners Expand the Repertoire of MiRNA Targets Genome Biology. Nov, 2012 | Pubmed ID: 23194401 Argonaute CLIP--a Method to Identify in Vivo Targets of MiRNAs Methods (San Diego, Calif.). Oct, 2012 | Pubmed ID: 23022257 Genome-wide Analysis of Pre-mRNA 3' End Processing Reveals a Decisive Role of Human Cleavage Factor I in the Regulation of 3' UTR Length Cell Reports. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22813749 MicroRNA-194 è Una Destinazione Del Fattore Di Trascrizione 1 (Tcf1, HNF1α) Adulti Espressione Fegato E Controlli Del Frizzled-6 Hepatology (Baltimore, Md.). Jan, 2012 | Pubmed ID: 21887698 Sarcoma Di Kaposi Herpesvirus MicroRNA Target Caspase 3 E Regola L'apoptosi PLoS Pathogens. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22174674 PAPD5, Una Polimerasi Di Poli (a) Canonica Con Un Insolito Motivo Di RNA-binding RNA (New York, N.Y.). Sep, 2011 | Pubmed ID: 21788334 MicroRNA 103 E 107 Regolano La Sensibilità All'insulina Nature. Jun, 2011 | Pubmed ID: 21654750 Un'analisi Quantitativa Dei Metodi CLIP Per Identificare I Siti Di Legame Della RNA-binding Proteins Nature Methods. Jul, 2011 | Pubmed ID: 21572407 Conservato Generazione Di Prodotti Brevi a PiRNA Loci BMC Genomics. 2011 | Pubmed ID: 21247452 CLIPZ: Un Database E Analisi Ambiente Per I Siti Di Legame Sperimentalmente Risoluto Di RNA-binding Proteins Nucleic Acids Research. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21087992 Analisi Degli Obiettivi Pre-mRNA in Situ Del Fattore Umano Di Splicing SF1 Rivelano Una Funzione Di Splicing Alternativo Nucleic Acids Research. Mar, 2011 | Pubmed ID: 21062807 Decifrare Il Ruolo Di RNA-binding Proteins Nell'espresione Controllo Dell'espressione Genica Briefings in Functional Genomics. Dec, 2010 | Pubmed ID: 21127008 Proteomica Di Espressione Di Atterramento Di UPF1 in Cellule HeLa Rivela Autoregolazione Del HnRNP A2/B1 Mediata Da Splicing Alternativo Con Conseguente Nonsense Mediated Decay MRNA BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20946641 Transcriptome Identificazione Dei Siti Di RNA-binding Protein E MicroRNA Bersaglio Da PAR-CLIP Cell. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20371350 Attività Di MicroRNA è Soppressa Nei Oocytes Del Mouse Current Biology : CB. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20116252 SnoRNA MBII-52 (SNORD 115) Viene Trasformato in Piccolo RNAs E Regola Lo Splicing Alternativo Human Molecular Genetics. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20053671 Contributo Relativo Di Sequenza E Struttura Caratteristiche Per L'associazione Di MRNA Di Complessi Argonaute/EIF2C-miRNA E La Degradazione Di MiRNA Target Genome Research. Nov, 2009 | Pubmed ID: 19767416 Espressione E L'elaborazione Di Un Piccolo RNA Nucleolar Dal Genoma Del Virus Epstein - Barr PLoS Pathogens. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19680535 MirZ: Un MicroRNA Integrato Espressione Atlas E Destinazione Previsione Risorsa Nucleic Acids Research. Jul, 2009 | Pubmed ID: 19468042 La Rete Di Transcriptional Che Controlla L'arresto Della Crescita E Differenziazione in Una Linea Cellulare Umana Leucemia Mieloide Nature Genetics. May, 2009 | Pubmed ID: 19377474 MiR-375 Mantiene Normale Massa Alfa - E Beta-cellula Pancreatica Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2009 | Pubmed ID: 19289822 MiRNA L'ibridazione in Situ in Formaldeide E Tessuti EDC-fisso Nature Methods. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19137005 Caratterizzazione Molecolare Di Umane Argonaute-contenenti Ribonucleoproteina Complessi E Loro MRNA Bersaglio Associato RNA (New York, N.Y.). Dec, 2008 | Pubmed ID: 18978028 Analisi Comparativa Dei Bersagli Di MRNA Per Le Proteine PUF-famiglia Umane Suggeriscono Vasta Interazione Con Il Sistema Normativo Di MiRNA PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18776931 Elevata Espressione Di MiR-17-92 Polycistron E MiR-21 Nel Carcinoma Epatocellulare Associato Hepadnavirus Contribuisce Al Fenotipo Maligno The American Journal of Pathology. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18688024 MicroRNA Controllo De Novo Metilazione Del DNA Attraverso La Regolazione Di Transcriptional Repressori in Cellule Staminali Embrionali Di Topo Nature Structural & Molecular Biology. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18311153 Analisi Computazionale Del Full-length CDNAs Rivelano Frequente Accoppiamento Tra Programmi Di Transcriptional E Splicing DNA Research : an International Journal for Rapid Publication of Reports on Genes and Genomes. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18276623 Analisi Computazionale Di Piccolo RNA Clonazione Dati Methods (San Diego, Calif.). Jan, 2008 | Pubmed ID: 18158128 Specifiche Del Filamento 5'--O Metilazione Di SiRNA Duplex Controlli Guida Filo Selezione E Specificità Di Targeting RNA (New York, N.Y.). Feb, 2008 | Pubmed ID: 18094121 Regolamento Di Synthase Acido Delta-aminolevulinico Fegato Umano Di Acidi Biliari Hepatology (Baltimore, Md.). Dec, 2007 | Pubmed ID: 17975826 Cellulare Cofattori Che Influenzano L'infezione Da Virus Dell'epatite C E Replica Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17616579 Un Atlante Di Espressione Di MicroRNA Mammiferi Basato Su Piccole Sequenze Di RNA Libreria Cell. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17604727 Tipo Di Virus Di Malattia Di Marek (MDV-2) 2-codificato MicroRNA Non Visualizza Nessuna Conservazione Di Sequenza Con Quelli Codificati Da MDV-1 Journal of Virology. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17459919 Inferenza Di MiRNA Destinazioni Mediante Analisi Conservazione E Percorso Evolutivo BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17331257 Tecnologie Quantitative Stabiliscono Un Profilo Di MicroRNA Romanzo Della Leucemia Linfocitica Cronica Blood. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17327404 Effetti Della Cubettatrice E Argonaute Down-regulation Sui Livelli Di MRNA Nelle Cellule HEK293 Umane Nucleic Acids Research. 2006 | Pubmed ID: 16971455 Una Nuova Classe Di Piccolo RNAs Legarsi Alla Proteina MILI Nei Testicoli Del Mouse Nature. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16751777 I Tipi E La Prevalenza Di Alternativa Splice Forme Current Opinion in Structural Biology. Jun, 2006 | Pubmed ID: 16713247 Un Semplice Modello Fisico Prevede Variazioni Di Lunghezza Piccola Esone PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683028 SPA: Un Algoritmo Probabilistico Per Allineamento Impiombato PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683023 MicroRNA Virus Codificato: Romanzo Regolatori Dell'espressione Genica Trends in Microbiology. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16531046 Specifici Del Tipo Di Cellula Firme Di MicroRNA Sull'espressione Del MRNA Bersaglio Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16477010 Identificazione Di MicroRNA in Cluster Utilizzando Un Metodo Di Previsione Ab Initio BMC Bioinformatics. 2005 | Pubmed ID: 16274478 I Profili Di MiRNA Evolutiva Di Zebrafish Come Determinato Da Piccoli RNA Clonazione Genes & Development. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15937218 Identificazione Di MicroRNA Della Famiglia Herpesvirus Nature Methods. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15782219 Analisi Del Virus Dell'immunodeficienza Umana Cytopathicity Utilizzando Un Nuovo Metodo Per La Quantificazione Dinamica Virale in Coltura Cellulare Journal of Virology. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15767404 Identificazione Di Virus Codificato MicroRNA Science (New York, N.Y.). Apr, 2004 | Pubmed ID: 15118162 SMASHing Siti Normativi Nel DNA Di Confronto Uomo-topo Sequenza Proceedings / IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 2003 | Pubmed ID: 16452803 Il Profilo Di Piccolo RNA Durante Lo Sviluppo Di Drosophila Melanogaster Developmental Cell. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12919683 Tariffe Dei MRNAs Umana Di Deperimento: Correlazione Con Le Caratteristiche Funzionali E Attributi Di Sequenza Genome Research. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12902380 Caratterizzazione Sistematica Delle Proteine Contenenti Zinco-dito in Transcriptome Del Mouse Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819142 Impatto Dell'iniziazione Alternative Splicing E Terminazione Sulla Diversità Dei Trascritti Di MRNA Codificato Da Transcriptome Del Mouse Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819126 Splice Variante in Mouse Full-length CDNAs Identificato Dalla Mappatura Per Il Genoma Del Mouse Genome Research. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12213775 Clustering Probabilistica Delle Sequenze: La Deduzione Di Nuovi Regulons Batterica Di Genomica Comparativa Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May, 2002 | Pubmed ID: 12032281 3' fine sequenziamento preparazione libreria con A-seq2 Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biology PAR-Clip - un metodo per identificare trascrittoma livello i siti di legame delle proteine RNA binding Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biology
3' fine sequenziamento preparazione libreria con A-seq2 Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biology
PAR-Clip - un metodo per identificare trascrittoma livello i siti di legame delle proteine RNA binding Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biology