Mihaela Zavolan Computational and Systems Biology, Biozentrum University of Basel Biography Publications Institution JoVE Articles Mihaela Zavolan has not added a biography. If you are Mihaela Zavolan and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications The Gcn4 Transcription Factor Reduces Protein Synthesis Capacity and Extends Yeast Lifespan Nature Communications. Sep, 2017 | Pubmed ID: 28878244 Automated Incorporation of Pairwise Dependency in Transcription Factor Binding Site Prediction Using Dinucleotide Weight Tensors PLoS Computational Biology. Jul, 2017 | Pubmed ID: 28753602 TFAP2A is a Component of the ZEB1/2 Network That Regulates TGFB1-induced Epithelial to Mesenchymal Transition Biology Direct. Apr, 2017 | Pubmed ID: 28412966 Explicit Modeling of SiRNA-Dependent On- and Off-Target Repression Improves the Interpretation of Screening Results Cell Systems. Feb, 2017 | Pubmed ID: 28215525 High-throughput Identification of C/D Box SnoRNA Targets with CLIP and RiboMeth-seq Nucleic Acids Research. Mar, 2017 | Pubmed ID: 28031372 Patterns of Ribosomal Protein Expression Specify Normal and Malignant Human Cells Genome Biology. Nov, 2016 | Pubmed ID: 27884178 TUT-DIS3L2 is a Mammalian Surveillance Pathway for Aberrant Structured Non-coding RNAs The EMBO Journal. Oct, 2016 | Pubmed ID: 27647875 A Comprehensive Analysis of 3' End Sequencing Data Sets Reveals Novel Polyadenylation Signals and the Repressive Role of Heterogeneous Ribonucleoprotein C on Cleavage and Polyadenylation Genome Research. 08, 2016 | Pubmed ID: 27382025 Corrigendum to "Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions" [Methods (2015) 90-99] Methods (San Diego, Calif.). Jul, 2016 | Pubmed ID: 27372217 Redesigning CLIP for Efficiency, Accuracy and Speed Nature Methods. May, 2016 | Pubmed ID: 27243472 An Updated Human SnoRNAome Nucleic Acids Research. Jun, 2016 | Pubmed ID: 27174936 Roquin Recognizes a Non-canonical Hexaloop Structure in the 3'-UTR of Ox40 Nature Communications. Mar, 2016 | Pubmed ID: 27010430 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Oct, 2015 | Pubmed ID: 26365243 Cooperative Target MRNA Destabilization and Translation Inhibition by MiR-58 MicroRNA Family in C. Elegans Genome Research. Nov, 2015 | Pubmed ID: 26232411 Comparative Assessment of Methods for the Computational Inference of Transcript Isoform Abundance from RNA-seq Data Genome Biology. Jul, 2015 | Pubmed ID: 26201343 Inferring Gene Expression Regulatory Networks from High-throughput Measurements Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 26188125 MiR-184 Regulates Pancreatic β-Cell Function According to Glucose Metabolism The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2015 | Pubmed ID: 26152724 Quantifying the Strength of MiRNA-target Interactions Methods (San Diego, Calif.). Sep, 2015 | Pubmed ID: 25892562 Reflections on the RNA World RNA (New York, N.Y.). Apr, 2015 | Pubmed ID: 25780126 Accurate Transcriptome-wide Prediction of MicroRNA Targets and Small Interfering RNA Off-targets with MIRZA-G Nucleic Acids Research. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25628353 MiR-CLIP Capture of a MiRNA Targetome Uncovers a LincRNA H19-miR-106a Interaction Nature Chemical Biology. Feb, 2015 | Pubmed ID: 25531890 Global 3' UTR Shortening Has a Limited Effect on Protein Abundance in Proliferating T Cells Nature Communications. 2014 | Pubmed ID: 25413384 Reconstitution of CPSF Active in Polyadenylation: Recognition of the Polyadenylation Signal by WDR33 Genes & Development. Nov, 2014 | Pubmed ID: 25301781 Embryonic Stem Cell-specific MicroRNAs Contribute to Pluripotency by Inhibiting Regulators of Multiple Differentiation Pathways Nucleic Acids Research. Aug, 2014 | Pubmed ID: 25030899 Identification and Consequences of MiRNA-target Interactions--beyond Repression of Gene Expression Nature Reviews. Genetics. Sep, 2014 | Pubmed ID: 25022902 Structural and Functional Implications of the QUA2 Domain on RNA Recognition by GLD-1 Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24838563 Fifteen Years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: Life Science Databases, Tools and Support Nucleic Acids Research. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24792157 MicroRNA-7a Regulates Pancreatic β Cell Function The Journal of Clinical Investigation. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24789908 Widespread Context Dependency of MicroRNA-mediated Regulation Genome Research. Jun, 2014 | Pubmed ID: 24668909 PAR-CLIP (Photoactivatable Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation): a Step-by-step Protocol to the Transcriptome-wide Identification of Binding Sites of RNA-binding Proteins Methods in Enzymology. 2014 | Pubmed ID: 24581442 ISMARA: Automated Modeling of Genomic Signals As a Democracy of Regulatory Motifs Genome Research. May, 2014 | Pubmed ID: 24515121 Seq and CLIP Through the MiRNA World Genome Biology. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24460822 TSSer: an Automated Method to Identify Transcription Start Sites in Prokaryotic Genomes from Differential RNA Sequencing Data Bioinformatics (Oxford, England). Apr, 2014 | Pubmed ID: 24371151 Argonaute2 Mediates Compensatory Expansion of the Pancreatic β Cell Cell Metabolism. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24361012 Means to an End: Mechanisms of Alternative Polyadenylation of Messenger RNA Precursors Wiley Interdisciplinary Reviews. RNA. Mar-Apr, 2014 | Pubmed ID: 24243805 3'-UTR Poly(T/U) Tract Deletions and Altered Expression of EWSR1 Are a Hallmark of Mismatch Repair-deficient Cancers Cancer Research. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24158095 Timescales and Bottlenecks in MiRNA-dependent Gene Regulation Molecular Systems Biology. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24301800 Modulation of Epigenetic Regulators and Cell Fate Decisions by MiRNAs Epigenomics. Dec, 2013 | Pubmed ID: 24283881 Modeling the Binding Specificity of the RNA-binding Protein GLD-1 Suggests a Function of Coding Region-located Sites in Translational Repression RNA (New York, N.Y.). Oct, 2013 | Pubmed ID: 23974436 Translation-dependent Displacement of UPF1 from Coding Sequences Causes Its Enrichment in 3' UTRs Nature Structural & Molecular Biology. Aug, 2013 | Pubmed ID: 23832275 Insights into SnoRNA Biogenesis and Processing from PAR-CLIP of SnoRNA Core Proteins and Small RNA Sequencing Genome Biology. May, 2013 | Pubmed ID: 23706177 Analysis of CDS-located MiRNA Target Sites Suggests That They Can Effectively Inhibit Translation Genome Research. Apr, 2013 | Pubmed ID: 23335364 A Biophysical MiRNA-mRNA Interaction Model Infers Canonical and Noncanonical Targets Nature Methods. Mar, 2013 | Pubmed ID: 23334102 Dicer Partners Expand the Repertoire of MiRNA Targets Genome Biology. Nov, 2012 | Pubmed ID: 23194401 Argonaute CLIP--a Method to Identify in Vivo Targets of MiRNAs Methods (San Diego, Calif.). Oct, 2012 | Pubmed ID: 23022257 Genome-wide Analysis of Pre-mRNA 3' End Processing Reveals a Decisive Role of Human Cleavage Factor I in the Regulation of 3' UTR Length Cell Reports. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22813749 MicroRNA-194 Frizzled 6의 성인 간 및 컨트롤 식에서 (Tcf1, HNF1α)의 전사 인자 1의 대상입니다 Hepatology (Baltimore, Md.). Jan, 2012 | Pubmed ID: 21887698 종과 육 종 Herpesvirus MicroRNAs Caspase 3 대상 및 Apoptosis를 규제 합니다 PLoS Pathogens. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22174674 PAPD5, 특이 한 RNA 바인딩 모티브로 비정규 많은 효소 RNA (New York, N.Y.). Sep, 2011 | Pubmed ID: 21788334 MicroRNAs 103과 107 인슐린 감도 조절 Nature. Jun, 2011 | Pubmed ID: 21654750 RNA 의무적인 단백질의 바인딩 사이트를 식별 하기 위한 클립 방법의 정량 분석 Nature Methods. Jul, 2011 | Pubmed ID: 21572407 PiRNA Loci에 짧은 제품의 세대를 보존된 합니다 BMC Genomics. 2011 | Pubmed ID: 21247452 CLIPZ: 한 데이터베이스 및 분석 환경 실험적으로 결정된 바인딩 사이트에 대 한 RNA 의무적인 단백질의 Nucleic Acids Research. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21087992 인간 접합 인자 Sf1의 원래의 장소에 미리 MRNA 표적 분석 대체 접합에 기능을 밝힙니다 Nucleic Acids Research. Mar, 2011 | Pubmed ID: 21062807 유전자 발현의 Post-transcriptional 컨트롤에 RNA 의무적인 단백질의 역할을 해독 Briefings in Functional Genomics. Dec, 2010 | Pubmed ID: 21127008 UPF1 최저의 HeLa 세포에서의 Proteomics 식 HnRNP A2/B1 대체 접합 결과 MRNA 감퇴 말도 중재에 의해 중재의 Autoregulation을 보여준다 BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20946641 Transcriptome 수준 식별 파 클립에 의해 RNA 바인딩 단백질과 MicroRNA 대상 사이트의 Cell. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20371350 MicroRNA 활동 마우스 Oocytes에서 표시 되지 않습니다 Current Biology : CB. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20116252 SnoRNA MBII-52 (SNORD 115) 작은 Rnas로 대체 접합 규제 하 고 있습니다 Human Molecular Genetics. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20053671 시퀀스와 구조 기능 Argonaute/EIF2C-미르 단지 MRNA 바인딩과 MiRNA 대상의 저하의 상대적 기여도 Genome Research. Nov, 2009 | Pubmed ID: 19767416 표현과 엡 스타인-바 바이러스 게놈에서 작은 Nucleolar RNA의 처리 PLoS Pathogens. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19680535 MirZ: 통합된 MicroRNA 식 아틀라스와 대상 예측 리소스를 Nucleic Acids Research. Jul, 2009 | Pubmed ID: 19468042 성장 검거와 인간의 골수성 백혈병 세포 라인에 차별화를 제어 하는 Transcriptional 네트워크 Nature Genetics. May, 2009 | Pubmed ID: 19377474 미르-375 정상적인 췌 장 알파 및 베타 세포 질량을 유지 한다 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2009 | Pubmed ID: 19289822 포 름 알 데히드와 EDC 고정 조직에서 제자리 교 잡에서 미르 Nature Methods. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19137005 인간의 Argonaute 포함 된 Ribonucleoprotein 단지 및 그들의 바인딩된 대상 Mrnas의 분자 특성 분석 RNA (New York, N.Y.). Dec, 2008 | Pubmed ID: 18978028 인간의 PUF 가족 단백질의 MRNA 대상의 비교 분석 MiRNA 규제 시스템과 광범위 한 상호 작용을 제안합니다 PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18776931 미르-17-92 Polycistron 미르-21 Hepadnavirus 관련 된 간세포 암 종에서의 높은 식 악성 표현 형에 기여 한다 The American Journal of Pathology. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18688024 MicroRNAs 드 노 보 DNA 메 틸 화 Transcriptional Repressors 마우스 배아 줄기 세포에서의 레 귤 레이 션을 통해 제어합니다 Nature Structural & Molecular Biology. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18311153 전체 길이 Cdnas의 전산 분석 Transcriptional 접합 프로그램 결합을 자주 보여준다 DNA Research : an International Journal for Rapid Publication of Reports on Genes and Genomes. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18276623 작은 RNA 복제 데이터의 계산 분석입니다 Methods (San Diego, Calif.). Jan, 2008 | Pubmed ID: 18158128 메 물가 관련 5'-O-틸 SiRNA Duplexes 컨트롤 가이드의 선택과 특이성을 대상으로 가닥 RNA (New York, N.Y.). Feb, 2008 | Pubmed ID: 18094121 담 즙 산에 의해 인간의 간 델타 Aminolevulinic Acid Synthase의 규제 Hepatology (Baltimore, Md.). Dec, 2007 | Pubmed ID: 17975826 셀룰러 Cofactors C 형 간염 바이러스 감염 및 복제에 영향을 미치는 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17616579 작은 RNA 라이브러리 시퀀싱에 따라 포유류 MicroRNA 표현 아틀라스 Cell. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17604727 마렉의 질병 바이러스 타입 2 (MDV-2)-인코딩된 MicroRNAs MDV 1 의해 그 없는 시퀀스 절약 보여 Journal of Virology. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17459919 진화 보존 및 경로 분석을 사용 하 여 MiRNA 대상의 유추 BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17331257 정량적 기술 만성 림프모구 백혈병의 새로운 MicroRNA 프로필을 설정합니다 Blood. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17327404 인간의 HEK293 세포의 MRNA 수준에 Dicer와 Argonaute 다운 레 귤 레이 션의 효과 Nucleic Acids Research. 2006 | Pubmed ID: 16971455 작은 Rnas의 소설 클래스 마우스 Testes에서 밀리 단백질에 바인딩합니다 Nature. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16751777 형식 및 대안의 유행 결합 형태 Current Opinion in Structural Biology. Jun, 2006 | Pubmed ID: 16713247 간단한 물리적 모델 작은 Exon 길이 변화를 예측 하고있다 PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683028 스파: Spliced 정렬에 대 한 확률적 알고리즘입니다 PLoS Genetics. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16683023 바이러스로 인코딩된 MicroRNAs: 유전자 발현의 소설 레 귤 레이 터 Trends in Microbiology. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16531046 셀 유형별 대상 MRNA 표현에 Micrornas의 서명 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16477010 Ab 론 적 예측 방법을 사용 하 여 클러스터 된 Micrornas의 식별 BMC Bioinformatics. 2005 | Pubmed ID: 16274478 작은 RNA 복제 정한 Zebrafish의 발달 MiRNA 프로필 Genes & Development. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15937218 Herpesvirus 가족의 Micrornas의 식별입니다 Nature Methods. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15782219 인간 면역 결핍 바이러스 Cytopathicity Quantitating 세포 배양에서 바이러스 성 역학에 대 한 새 메서드를 사용 하 여 분석 Journal of Virology. Apr, 2005 | Pubmed ID: 15767404 바이러스로 인코딩된 Micrornas의 식별입니다 Science (New York, N.Y.). Apr, 2004 | Pubmed ID: 15118162 인간 마우스 시퀀스 비교 하 여 DNA에 규제 사이트 스매싱 Proceedings / IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 2003 | Pubmed ID: 16452803 Drosophila Melanogaster 개발 하는 동안 작은 RNA 프로 파일 Developmental Cell. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12919683 인간의 Mrnas의 부패: 기능적 특성과 시퀀스 특성와의 상관 관계 Genome Research. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12902380 마우스 Transcriptome 아연 손가락 포함 된 단백질의 체계적인 특성화 Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819142 대체 개시, 접합, 그리고 종료 마우스 Transcriptome 의해 MRNA 성적표의 다양성에의 영향 Genome Research. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12819126 마우스 전체 길이 CDNAs 마우스 게놈에 매핑하여 식별에 변화를 결합 Genome Research. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12213775 확률의 시퀀스 클러스터링: 비교 유전체학에 의해 새로운 세균 Regulons를 유추 합니다 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May, 2002 | Pubmed ID: 12032281 3' 끝 시퀀싱 A seq2 라이브러리 준비 Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biology PAR - 클립 - RNA 단백질의 바인딩 Transcriptome 전체 바인딩 사이트를 식별하는 방법 Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biology
3' 끝 시퀀싱 A seq2 라이브러리 준비 Georges Martin1, Ralf Schmidt1, Andreas J. Gruber1, Souvik Ghosh1, Walter Keller1, Mihaela Zavolan1,2 1Computational and Systems Biology, Biozentrum, University of Basel, 2Swiss Institute of Bioinformatics, Biozentrum, University of Basel JoVE 56129 Biology
PAR - 클립 - RNA 단백질의 바인딩 Transcriptome 전체 바인딩 사이트를 식별하는 방법 Markus Hafner1, Markus Landthaler2, Lukas Burger3, Mohsen Khorshid3, Jean Hausser4, Philipp Berninger4, Andrea Rothballer1, Manuel Ascano1, Anna-Carina Jungkamp2, Mathias Munschauer2, Alexander Ulrich1, Greg S. Wardle1, Scott Dewell5, Mihaela Zavolan3, Thomas Tuschl1 1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University JoVE 2034 Biology