Robert A. Edwards Department of Biology San Diego State University Biography Publications Institution JoVE Articles Robert A. Edwards has not added a biography. If you are Robert A. Edwards and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications Genomic Comparison of the Closely-Related Salmonella Enterica Serovars Enteritidis, Dublin and Gallinarum PloS One. 2015 | Pubmed ID: 26039056 Multidimensional Metrics for Estimating Phage Abundance, Distribution, Gene Density, and Sequence Coverage in Metagenomes Frontiers in Microbiology. 2015 | Pubmed ID: 26005436 RASTtk: a Modular and Extensible Implementation of the RAST Algorithm for Building Custom Annotation Pipelines and Annotating Batches of Genomes Scientific Reports. 2015 | Pubmed ID: 25666585 Microbial Taxonomy in the Post-genomic Era: Rebuilding from Scratch? Archives of Microbiology. Apr, 2015 | Pubmed ID: 25533848 Sequencing at Sea: Challenges and Experiences in Ion Torrent PGM Sequencing During the 2013 Southern Line Islands Research Expedition PeerJ. 2014 | Pubmed ID: 25177534 Comparative Genomics of 274 Vibrio Cholerae Genomes Reveals Mobile Functions Structuring Three Niche Dimensions BMC Genomics. 2014 | Pubmed ID: 25096633 A Highly Abundant Bacteriophage Discovered in the Unknown Sequences of Human Faecal Metagenomes Nature Communications. 2014 | Pubmed ID: 25058116 Local Genomic Adaptation of Coral Reef-associated Microbiomes to Gradients of Natural Variability and Anthropogenic Stressors Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24982156 FOCUS: an Alignment-free Model to Identify Organisms in Metagenomes Using Non-negative Least Squares PeerJ. 2014 | Pubmed ID: 24949242 Wnt Signaling Directs a Metabolic Program of Glycolysis and Angiogenesis in Colon Cancer The EMBO Journal. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24825347 Excited State Photoreaction Between the Indole Side Chain of Tryptophan and Halocompounds Generates New Fluorophores and Unique Modifications Photochemistry and Photobiology. Sep-Oct, 2014 | Pubmed ID: 24738707 Angiogenic Sprouting is Regulated by Endothelial Cell Expression of Slug Journal of Cell Science. May, 2014 | Pubmed ID: 24554431 The Cytokine IL-22 Promotes Pathogen Colonization by Suppressing Related Commensal Bacteria Immunity. Feb, 2014 | Pubmed ID: 24508234 The SEED and the Rapid Annotation of Microbial Genomes Using Subsystems Technology (RAST) Nucleic Acids Research. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24293654 Microbial Genomic Taxonomy BMC Genomics. 2013 | Pubmed ID: 24365132 Combining De Novo and Reference-guided Assembly with Scaffold_builder Source Code for Biology and Medicine. 2013 | Pubmed ID: 24267787 Draft Genome Sequence of the Fish Pathogen Piscirickettsia Salmonis Genome Announcements. 2013 | Pubmed ID: 24201203 Probiotic Bacteria Reduce Salmonella Typhimurium Intestinal Colonization by Competing for Iron Cell Host & Microbe. Jul, 2013 | Pubmed ID: 23870311 Circadian Clock Regulates the Host Response to Salmonella Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2013 | Pubmed ID: 23716692 Explaining Microbial Phenotypes on a Genomic Scale: GWAS for Microbes Briefings in Functional Genomics. Jul, 2013 | Pubmed ID: 23625995 Multivariate Analysis of Functional Metagenomes Frontiers in Genetics. 2013 | Pubmed ID: 23579547 Structure and Function of a Cyanophage-encoded Peptide Deformylase The ISME Journal. Jun, 2013 | Pubmed ID: 23407310 A Bioinformatic Analysis of Ribonucleotide Reductase Genes in Phage Genomes and Metagenomes BMC Evolutionary Biology. 2013 | Pubmed ID: 23391036 Applying Shannon's Information Theory to Bacterial and Phage Genomes and Metagenomes Scientific Reports. 2013 | Pubmed ID: 23301154 Intracellular Trafficking of the KV1.3 Potassium Channel is Regulated by the Prodomain of a Matrix Metalloprotease The Journal of Biological Chemistry. Mar, 2013 | Pubmed ID: 23300077 SEED Servers: High-performance Access to the SEED Genomes, Annotations, and Metabolic Models PloS One. 2012 | Pubmed ID: 23110173 Reference-independent Comparative Metagenomics Using Cross-assembly: CrAss Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2012 | Pubmed ID: 23074261 Real Time Metagenomics: Using K-mers to Annotate Metagenomes Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2012 | Pubmed ID: 23047562 Metabolic Trajectory of Cellular Differentiation in Small Intestine by Phasor Fluorescence Lifetime Microscopy of NADH Scientific Reports. 2012 | Pubmed ID: 22891156 Microfluidic PCR Combined with Pyrosequencing for Identification of Allelic Variants with Phenotypic Associations Among Targeted Salmonella Genes Applied and Environmental Microbiology. Oct, 2012 | Pubmed ID: 22885744 Sequencing of Seven Haloarchaeal Genomes Reveals Patterns of Genomic Flux PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22848480 Taxonomic and Functional Microbial Signatures of the Endemic Marine Sponge Arenosclera Brasiliensis PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22768320 Diversification of the Salmonella Fimbriae: a Model of Macro- and Microevolution PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22701679 Genome-wide Study of the Defective Sucrose Fermenter Strain of Vibrio Cholerae from the Latin American Cholera Epidemic PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22662140 MiR-23a Promotes the Transition from Indolent to Invasive Colorectal Cancer Cancer Discovery. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22628407 PhiSpy: a Novel Algorithm for Finding Prophages in Bacterial Genomes That Combines Similarity- and Composition-based Strategies Nucleic Acids Research. Sep, 2012 | Pubmed ID: 22584627 Genome Sequences of the Ethanol-tolerant Lactobacillus Vini Strains LMG 23202T and JP7.8.9 Journal of Bacteriology. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22582376 Genome Sequence of the Bacterioplanktonic, Mixotrophic Vibrio Campbellii Strain PEL22A, Isolated in the Abrolhos Bank Journal of Bacteriology. May, 2012 | Pubmed ID: 22535939 Muscle Sarcomas and Alopecia in A/J Mice Chronically Treated with Nicotine Life Sciences. Nov, 2012 | Pubmed ID: 22521759 새우 병원 체 브리 Harveyi CAIM 1792의 게놈 시퀀스를 초안 Journal of Bacteriology. Apr, 2012 | Pubmed ID: 22461546 호 단백질 Calprotectin에 의해 아연 격리 염증된 창 자에 살 모 넬 라 성장을 강화 합니다 Cell Host & Microbe. Mar, 2012 | Pubmed ID: 22423963 PhiSiGns: an Online Tool to Identify Signature Genes in Phages and Design PCR Primers for Examining Phage Diversity BMC Bioinformatics. 2012 | Pubmed ID: 22385976 TNF-α 업-레 귤 레이 션 EGFR 표현과 인간의 저 승 Myofibroblasts에서 시그널링을 유도 합니다 American Journal of Physiology. Gastrointestinal and Liver Physiology. Feb, 2012 | Pubmed ID: 22301110 살 모 넬 라 Enterica Serovar Enteritidis에서에서 ELPhiS Prophage 특성화 LK5 변형 Applied and Environmental Microbiology. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22247173 PHACTS, 분류 페이지의 라이프 스타일에 대 한 전산 접근 Bioinformatics (Oxford, England). Jan, 2012 | Pubmed ID: 22238260 살 균 소 박테리아 관계 및 CRISPR 요소 혹 미생물의 Metagenomic 조사에 의해 밝혀 Environmental Microbiology. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22004549 인간의 병원 체 브리 Cholerae 아마존의 게놈 시퀀스 Journal of Bacteriology. Oct, 2011 | Pubmed ID: 21952545 Nicotinic 수용 체 α7 저 승 CD4 T 세포의 사이토카인 유발 변경 Murine 모델 Th1/Th17-Th2 중재 Colitis 대에서 니코틴 Dichotomous 응답 중재 Journal of Immunology (Baltimore, Md. : 1950). Sep, 2011 | Pubmed ID: 21784975 타고 난 면역 반응 린 규제 요소 바인딩 단백질-1a를 통해 한 대 식 세포에 지질 물질 대사 연결 Cell Metabolism. May, 2011 | Pubmed ID: 21531336 NIMA 관련 키 1 (NEK1)의 돌연변이 염색체 불안정을 리드 Molecular Cancer. 2011 | Pubmed ID: 21214959 API 서비스를 웹을 통해 씨앗 게놈 데이터베이스 액세스: 프로그래머를 위한 도구 BMC Bioinformatics. 2010 | Pubmed ID: 20546611 Transposases 자연에서 가장 풍부한, 가장 유비 쿼터 스 유전자는 Nucleic Acids Research. Jul, 2010 | Pubmed ID: 20215432 Cancer Research. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20145124 소 혈 청 알 부 민 Glutaraldehyde 생존 돼지 모델에서 완전히 Sutureless 강경 Heminephrectomy에 대 한 Journal of Endourology / Endourological Society. Mar, 2010 | Pubmed ID: 20059350 Lysogeny 및 포자 형성 균에 멕시코만에서 분리 합니다 Applied and Environmental Microbiology. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20008174 GAAS Metagenomic 도구와 바이러스와 미생물의 추정 평균 4 개의 주요 Biomes에서 게놈 크기 PLoS Computational Biology. Dec, 2009 | Pubmed ID: 20011103 DNA 불일치의 Epigenetic 억압 염증과 Hypoxia 선 동적인 장 질병에 관련 된 대 장 암에 의해 수리 Cancer Research. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19638594 스트레스 산호 Holobionts의 Metagenomic 분석입니다 Environmental Microbiology. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19397678 Electrosurgical의 결과의 평가 유도 대 장 부상 조직 접착제/토끼 모델에서 Sutured 수리 대 실 란 트로 치료 된다 Journal of Endourology / Endourological Society. Mar, 2009 | Pubmed ID: 19275489 '부 표' 스텐: 돼지 모델에서 Ureteric 스텐 내재 프로토 타입의 평가 BJU International. Jul, 2009 | Pubmed ID: 19154469 복 강경 해 부 장치를 사용 하 여 돼지 가슴 덕트의 밀봉 Vivo에서 림프의 비교 연구 The Journal of Urology. Jan, 2009 | Pubmed ID: 19010491 Metagenomic 분석 스트레스 유발 산호 Porites Compressa에 있는 헤 르 페 스와 같은 바이러스의 생산을 나타냅니다 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2008 | Pubmed ID: 19017800 비교 Metagenomics 호스트 특정 Metavirulomes와 치킨 맹 미생물의 수평 유전자 전송 요소를 보여준다 PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18698407 비뇨 기계 조직 공학에 대 한 골 수 줄기 세포입니다 World Journal of Urology. Aug, 2008 | Pubmed ID: 18654786 바이오 가스 원자로에서 고립 된 메탄 생성 미생물 커뮤니티의 Taxonomic 구성과 유전자 내용입니다 Journal of Biotechnology. Aug, 2008 | Pubmed ID: 18611419 바이러스 성과 유아 창 자에서 역학입니다 Research in Microbiology. Jun, 2008 | Pubmed ID: 18541415 건강 하 고 표백 산호와 관련 된 바이러스 성 사회입니다 Environmental Microbiology. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18479440 상피 Dysregulation Gi2 알파/쥐의 발병 초기 Colitis 관련 된 대 장 암에 대 한 역할 Inflammatory Bowel Diseases. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18340649 기능 Metagenomic 9 Biomes의 프로 파일링입니다 Nature. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18337718 Cystotomy 섬유 소 수리 접착제 후 치유와 돼지 모델에서 Sutured 폐쇄의 비교 Journal of Endourology / Endourological Society. Jan, 2008 | Pubmed ID: 18315486 생물 다양성 및 현대의 스트로마톨라이트와 Thrombolites 페이지의 Biogeography Nature. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18311127 4 개의 산호 환초 북부 라인 제도에서 미생물 생태 PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18301735 짧은 환경 DNA의 Phylogenetic 분류 조각 Nucleic Acids Research. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18285365 RAST 서버: 급속 한 주석 서브 시스템 기술을 사용 하 여 BMC Genomics. 2008 | Pubmed ID: 18261238 세균성 탄소 해안 바다에서 일반 종에 의해 처리 합니다 Nature. Feb, 2008 | Pubmed ID: 18223640 코로나 유도 신경 및 간 질환에 대 한 타고 난 호스트 방어에 신호 NKG2D 수용 체에 대 한 차동 역할에 대 한 증거 Journal of Virology. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18094157 Metagenomic 및 작은 소 단위 RRNA 분석 박테리아, 고세균, 곰 팡이, 그리고 토양에 있는 바이러스의 유전적 다양성을 공개 Applied and Environmental Microbiology. Nov, 2007 | Pubmed ID: 17827313 CXC Chemokine 리간드 10 마우스 간염 바이러스 게놈에서의 식의 결과 바이러스 성 유도 신경 및 간 질병 으로부터 보호 Journal of Immunology (Baltimore, Md. : 1950). Jul, 2007 | Pubmed ID: 17617609 트립토판 표면 접근성의 결정에 대 한 단백질에 있는 레이블 트립토판 잔류물을 Indole 화학의 개발 Protein Science : a Publication of the Protein Society. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17525468 Gialpha2-에 MAPK와 PGE2 종속 IL-11 생산 감소 /-저 승 Myofibroblasts American Journal of Physiology. Gastrointestinal and Liver Physiology. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17332478 국립 미생물 병원 체 데이터베이스 리소스 (NMPDR): 게놈 플랫폼 기반 하위 시스템 주석으로 Nucleic Acids Research. Jan, 2007 | Pubmed ID: 17145713 4 해양 지역 해양 Viromes입니다 PLoS Biology. Nov, 2006 | Pubmed ID: 17090214 환경에서 분리 된 세균 지역 사회에 새로운 유전자를 찾는 Bioinformatics (Oxford, England). Jul, 2006 | Pubmed ID: 16873483 Trichloroethanol의 질량 분석에 의해 단백질 2 차원 Polyacrylamide 젤에서 시각 Analytical Chemistry. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16579625 Pyrosequencing를 사용 하 여 깊은 곳에 빛을 발산 하 내 미생물 생태학 BMC Genomics. 2006 | Pubmed ID: 16549033 비교 Metagenomics에 통계의 응용입니다 BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 16549025 CD4 + 및 CD8 + T Cxcr3에 대 한 차등 역할 세포 CNS의 밀매 다음과 같은 바이러스 성 감염 European Journal of Immunology. Mar, 2006 | Pubmed ID: 16479546 저 분자 무게 단백질 티로신 가수분해의 새 균의 Subtilis Journal of Bacteriology. Jul, 2005 | Pubmed ID: 15995210 바이러스 성 Metagenomics입니다 Nature Reviews. Microbiology. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15886693 G 알파 I2-/-생쥐의 주변 T 세포에서 TGF-베타 응답 장애인된 Journal of Immunology (Baltimore, Md. : 1950). May, 2005 | Pubmed ID: 15879107 인산 가수분해는 새 균의 Subtilis 단백질 티로신 효소 Ywqe의 체 외 특성화 Journal of Bacteriology. May, 2005 | Pubmed ID: 15866923 등장과 연쇄 상 구 균 Pyogenes 세계적으로 전파 M1T1 클론의 다양화에 대 한 가로 취득된 유전자 계정과 Prophages 모자이크 Journal of Bacteriology. May, 2005 | Pubmed ID: 15866915 로봇 급진적인 전립선: PT2 긍정적인 여백 줄이기 위해 기술 Urology. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15596205 얼룩 없이 Polyacrylamide 젤에 단백질의 보이는 형광 검출 Analytical Biochemistry. Mar, 2004 | Pubmed ID: 14769330 베타-galactosidase (대장균)의 Trp-999 바인딩, 촉매, 그리고 Allolactose, 자연 Lac 오 페론 유도의 합성에 대 한 키 찌 꺼 기 이다 Biochemistry. Feb, 2003 | Pubmed ID: 12578395 Halocompounds와 트립토판의 빛을 이용한 반응 Photochemistry and Photobiology. Apr, 2002 | Pubmed ID: 12003125 밀접 하 게 관련된 Salmonellae 비교 유전체학입니다 Trends in Microbiology. Feb, 2002 | Pubmed ID: 11827811 자외선 조명을 사용 하 여 아크릴 아 미드 젤에 단백질의 시각화 Analytical Biochemistry. Feb, 2002 | Pubmed ID: 11811971 파지 Phenomics : 생리 학적 접근 방법은 소설 바이러스 성 단백질의 특성을 Savannah E. Sanchez1, Daniel A. Cuevas2, Jason E. Rostron1, Tiffany Y. Liang3, Cullen G. Pivaroff1, Matthew R. Haynes1, Jim Nulton4, Ben Felts4, Barbara A. Bailey4, Peter Salamon4, Robert A. Edwards1,5,6, Alex B. Burgin7, Anca M. Segall1, Forest Rohwer1 1Department of Biology, San Diego State University, 2Computational Science Research Center, San Diego State University, 3Bioinformatics and Medical Informatics Research Center, San Diego State University, 4Department of Mathematics and Statistics, San Diego State University, 5Department of Computer Science, San Diego State University, 6Mathematics and Computer Science Division, Argonne National Laboratory, 7SPARC Committee, Broad Institute Immunology and Infection
파지 Phenomics : 생리 학적 접근 방법은 소설 바이러스 성 단백질의 특성을 Savannah E. Sanchez1, Daniel A. Cuevas2, Jason E. Rostron1, Tiffany Y. Liang3, Cullen G. Pivaroff1, Matthew R. Haynes1, Jim Nulton4, Ben Felts4, Barbara A. Bailey4, Peter Salamon4, Robert A. Edwards1,5,6, Alex B. Burgin7, Anca M. Segall1, Forest Rohwer1 1Department of Biology, San Diego State University, 2Computational Science Research Center, San Diego State University, 3Bioinformatics and Medical Informatics Research Center, San Diego State University, 4Department of Mathematics and Statistics, San Diego State University, 5Department of Computer Science, San Diego State University, 6Mathematics and Computer Science Division, Argonne National Laboratory, 7SPARC Committee, Broad Institute Immunology and Infection
