1.8: 发展史

系统发育涉及生物体或生物体群的进化多样化。一组有名字的生物称为分类单元（单数）。分类群（复数）可以跨越进化层次结构的不同层次。例如，包含所有鸟类的组是一个分类单元（包括 Aves 类），而所有种类的雏菊的组（Bellis 属）是一个分类单元。系统发育同样可以只包括一个属（即描述物种关系）或跨越整个王国。

通常，系统发育由称为系统发育树的树表示。这是一个分支图，显示了不同生物之间的进化关系，最密切相关的物种被归为一组。每个感兴趣的分类单元都描绘在分支的尖端，分支代表这些分类单元之间的关系。密切相关的分类群共享其基因组的较大部分，从而导致形态相似。姐妹类群共享一个直接的共同祖先，由共享节点表示。

树中的节点描述了区分分类群的形态特征或分子变化。直接连接到特定节点的所有分类群共享最近的共同祖先。因此，树的根是树中所有分类群共享的祖先。从根早期进化并保持不分枝的谱系称为基底分类单元。没有根的树表示分类群的关系，但不提供有关共享共同祖先的信息。

树枝的长度可能有意义，也可能没有意义。在缩放树中，分支的长度可以表示时间或自分类群从共同祖先进化以来发生的变化数。