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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
提出了一种利用生物发光标记细菌对肠出血性大肠杆菌 (大肠杆菌) 进行殖民化的小鼠模型的详细协议。在活体动物中, 通过非侵入性的体内成像系统来检测这些生物发光细菌, 可以提高我们目前对大肠杆菌定植的认识。
肠出血性大肠杆菌 (肠出血性大肠杆菌) O157:H7, 是 causesdiarrhea、出血性结肠炎 (HS) 和溶血尿毒症综合征 (溶血尿毒症) 的食源病原体, 可殖民到人类肠道。为了研究肠内大肠杆菌定植的详细机制在体内,必须有动物模型来监测和量化大肠杆菌的定植。通过将生物发光表达质粒转化为肠出血性大肠杆菌来监测和定量活寄主中大肠杆菌的定植, 我们在这里展示了一种小鼠大肠杆菌的定植模型。用生物发光标记的大肠杆菌接种的动物, 通过非侵入性的体内成像系统检测, 显示了小鼠强烈的生物发光信号。感染后1和2天后, 生物发光信号仍可在受感染的动物身上检测到, 这表明在寄主中至少有2天发生了大肠杆菌的殖民。我们还表明, 这些发光的肠外大肠杆菌定位到小鼠肠道, 特别是在盲肠和结肠, 从前体图像。这种鼠肠大肠杆菌定植模型可以作为一种工具, 以提高目前的知识, 肠出血性大肠杆菌的殖民机制。
大肠杆菌 O157:H7 是一种病原体, 引起腹泻1, HS2, 溶血症3, 甚至急性肾功能衰竭4通过污染的水或食物。肠出血性大肠杆菌是一个致病性 enterobacterium 和殖民的胃肠道的人1。当出血性大肠杆菌第一次坚持宿主肠道上皮, 他们通过 III. 型分泌系统 (T3SS) 将定植因子注入宿主细胞, 该类型作为分子注射器诱导附加和谦逊 (a/E) 病变随后执行附着力 (殖民化)5。enterocyte 避嫌 (李) 致病性岛5的轨迹编码了这些涉及 A/E 病变形成的基因。
生物发光是一种光产生化学反应, 荧光素酶催化其基底荧光素生成可见光 6.这种酶法通常要求存在氧或三磷酸腺苷 (ATP)6。生物发光成像 (BLI) 允许研究人员的可视化和量化的寄主病原体相互作用的活动物7。BLI 可以通过以下生物发光细菌来表征活体动物的细菌感染周期, 它们迁移到并侵入不同的组织7;这揭示了感染的动态发展。此外, 动物的细菌负荷与生物发光信号8有关;因此, 简单直接地估计实验动物的病理状况是一种方便的指标。
这里使用的质粒包含荧光素酶操纵, luxCDABE, 这是从细菌Photorhabdus luminescens编码其自己的荧光素酶基板7,9。通过将这种荧光素酶表达质粒转化为细菌, 可以通过观察活动物中的这些生物发光细菌来监测其定植和感染过程。总体而言, BLI 和生物发光标记的细菌允许研究人员监测细菌数量和位置, 细菌的生存能力与抗生素/治疗治疗, 和细菌基因表达感染/殖民化6,7. 报告了许多致病细菌, 表达了luxCDABE操纵检查其感染周期和/或感染中的基因表达。这些细菌, 包括致肾盂肾炎大肠杆菌 10, 出血性大肠杆菌8, 11, 12, 13,致病大肠杆菌 (EPEC)8 , 柠檬酸杆菌rodentium14,15, 沙门氏菌伤寒16, 李斯特氏李斯特氏增生17, 耶尔森氏菌小肠结肠炎 18, 19,和霍乱弧菌20已被记录在案。
已开发了几个实验模型, 以促进研究肠大肠杆菌的殖民化在体外和体内21,22,23。然而, 缺乏适当的动物模型来研究肠内大肠杆菌的定植在体内, 从而导致缺乏细节。为促进对肠内大肠杆菌定植机制的研究,在体内, 建立动物模型来观察和量化活体动物的肠外培养是一种无创的方法是很有价值的。
这篇手稿描述了一个老鼠大肠杆菌的殖民模型, 使用一个生物发光表达系统来监测大肠杆菌在活寄主时间的殖民化。小鼠灌接种生物发光标记的大肠杆菌, 并在小鼠身上检测到无侵入性的体内成像系统13中的发光信号。感染了生物发光标记的大肠杆菌病的小鼠在2天后的肠道感染后显示出明显的生物发光信号, 这表明这些细菌在感染后2天后在宿主肠道内被殖民。前体图像数据表明, 这种殖民化在小鼠的盲肠和结肠中特别存在。利用该模型, 通过体内成像系统, 在活体宿主中检测出生物发光大肠杆菌的定植, 研究肠道细菌定植的详细机制, 从而促进对大肠杆菌诱发的生理和病理改变。
注意: 根据疾病控制和预防中心 (CDC) 生物安全指导 (https://www.cdc.gov/), 大肠杆菌 O157:H7 是生物安全等级 2 (BSL-2) 病原体。因此, 所有涉及肠出血性大肠杆菌的实验程序都必须在 BSL-2 设施中进行。在进行实验时, 要穿上实验室的大衣和手套。在认证的生物安全柜 (BSC) 工作。对实验台进行70% 乙醇消毒实验。所有接触 (或潜在接触) 肠出血性大肠杆菌的仪器或设备应使用70% 乙醇或漂白剂进行消毒。污染 (或可能污染的) 废物应小心密封和蒸压。如有必要, 戴上口罩、护眼、双手套或连身裤。6周大的 C57BL/6 雌性小鼠在国立成武大学实验动物中心 (NCKU) 购买和维护。动物实验由 NCKU 的机构动物护理和使用委员会批准 (批准号 104-039)。
1. Bioluciferase 标记的大肠杆菌生成
2. 生物发光大肠杆菌制备口服疫苗
注: 在图 1中介绍了大肠杆菌制备和小鼠口服饲实验程序的时间流程图, 以帮助实验性的准备工作。
3. 小鼠口服饲肠出血性大肠杆菌
4. 可视化
5. 数据采集
注意: 用于数据采集的软件列在材料表中。
我们通过口服饲对6周大的雌性 C57BL/6 小鼠进行生物发光标记的肠内毒素 (~ 109细菌细胞) 的管理。在1小时内对小鼠进行口服大肠杆菌疫苗接种后, 通过体内成像系统检查动物的荧光信号, 如图 7所示。结果表明, 饲小鼠具有生物发光标记的大肠杆菌的强烈发光信号。我们检查了2天后感染的信号。如图 8A所示, 接种了生物发光标记的野生型大肠杆菌 EDL933 的小鼠在感染后2天内显示出强烈的生物发光信号, 这表明在寄主中的大肠杆菌在2天内被殖民。我们还灌感染的生物发光标记 EDL933ΔrfaD (ΔrfaD)到鼠标 (图 8A)。这个突变体在脂多糖 (LPS) 中叛逃, 已被证明可以减少在我们以前的研究中宿主的殖民化。如图 8A所示, 在ΔrfaD感染的小鼠中没有检测到发光信号, 这表明在小鼠体内没有或更少的细菌细胞被殖民。荧光信号的量化显示在图 8B中。接下来, 确定了这些生物发光标记细菌的位置。被感染的老鼠被人道地牺牲, 整个肠道都被除去。小鼠肠道2天后感染被放置在9厘米培养皿和映像前体 (图 9A)。荧光标记的 EDL933 感染小鼠的肠道组织显示, 盲肠和结肠的生物发光信号显著增加, 这表明这些荧光性大肠杆菌在感染小鼠的盲肠和结肠中被殖民2天, 在最小。相比之下, 感染了生物发光标记的ΔrfaD (图 9A),发现其肠道组织中的发光信号减少, 这与体内图像一致 (图8A).荧光信号的量化显示在图 9B中。

图 1: 时间轴实验准备流程图的.
概述了制备荧光大肠杆菌和预处理小鼠链霉素所需的时间。(A) 出血性大肠杆菌的准备工作。(B) 小鼠制剂。请单击此处查看此图的较大版本.

图 2:体内成像系统采集控制面板.
在成像样品之前, 打开 IVIS 采集控制面板。选择 "发光"、"照片" 和 "叠加"。将曝光时间设置为 "自动"。将 Binning 设置为 "介质"。设置ƒ/停止为1的发光和8的照片。ƒ/停止控制 CCD 探测器接收的光量。一旦样品准备好进行成像, 点击 "获取" 获取图像。请单击此处查看此图的较大版本.

图 3:工具面板面板.
在图像获取后, 使用 "工具面板" 面板来量化发光强度。打开 "工具面板" 面板并图像数据。选择一个 ROI 工具来范围的图像上的发光信号。请单击此处查看此图的较大版本.

图 4: 用于量化的样本的发光信号.
在 ROI 工具包围的图像上的发光信号区域。这里显示的所有发光信号都在红色圆圈中。请单击此处查看此图的较大版本.

图 5: ROI 度量.
在环绕发光信号并单击 "工具面板" 面板上的 "测量 ROIs" 后, 将显示值。柱总通量值 (p/秒) 用于生物发光强度量化。请单击此处查看此图的较大版本.

图 6: 添加不同的量化信息.
通过单击 "ROI 度量" 面板左上角的 "配置测量", 可以选择其他所需的量化值/信息。请单击此处查看此图的较大版本.

图 7: 在接种荧光性肠出血后小鼠的代表性图像.
口服饲在1小时内接种荧光性大肠杆菌的小鼠的代表性图像。颜色刻度表示亮度 (p/秒/厘米2/sr)。请单击此处查看此图的较大版本.

图 8: 2 天后用生物发光标记的小鼠的图像.
(A) 表示在感染后2天后口服饲的小鼠接种的荧光野型肠内 EDL933 和 EDL933 的图像:ΔrfaD 。(B) 对感染肠出血性大肠杆菌的小鼠的生物发光强度进行量化。误差线指示标准偏差。显示有代表性的图像。所有实验都独立进行了三次, 每次有 2-3 只动物, 误差条表示标准偏差。P 值表示通过 t 检验进行统计分析的结果。颜色刻度表示亮度 (p/秒/厘米2/sr)。请单击此处查看此图的较大版本.

图 9: 具有生物发光标记的大肠杆菌的感染小鼠肠道组织的图像.
(A) 接种后2天, 用生物发光标记的大肠杆菌, 小鼠被安乐死, 整个肠道组织被切除并成像前体。显示有代表性的图像。(B) 定量测定感染肠出血性大肠杆菌的小鼠肠道组织的生物发光强度。所有实验都独立进行了三次, 每次有 2-3 只动物, 误差条表示标准偏差。P 值表示通过 t 检验进行统计分析的结果。颜色刻度表示亮度 (p/秒/厘米2/sr)。缩放条代表1厘米.请单击此处查看此图的较大版本.
| 步骤 | 温度 | 时间 | 周期数 |
| 初始变性 | 95°c | 10分钟 | 1 |
| 变性 | 95°c | 30秒 | 35 |
| 退火 | 58.4 °c | 30秒 | |
| 扩展 | 72°c | 1.5 分钟 | |
| 最终扩展名 | 72°c | 10分钟 | 1 |
| 举行 | 4°c | ∞ | 1 |
表 1: 聚合酶链反应 (PCR) 条件
| 底漆名称 | 序列 |
| nptII F | 5 ' CCTATGCATAATAATTCCGCTAGCTTCACG3 ' |
| nptII 河 | 5 ' GCTCCACCGATAATATTCCTGAGTCATACT3 ' |
表 2: 用于放大的底漆序列 nptII
作者没有什么可透露的。
提出了一种利用生物发光标记细菌对肠出血性大肠杆菌 (大肠杆菌) 进行殖民化的小鼠模型的详细协议。在活体动物中, 通过非侵入性的体内成像系统来检测这些生物发光细菌, 可以提高我们目前对大肠杆菌定植的认识。
我们从医学研究部、美梅医疗中心 (台湾台南) 等地认识到, 帮助小鼠感染, 以及国立诚武大学实验动物中心的支持。这项工作得到了科技部长 (多数) 赠款 (多数 104-2321-006-019、105-2321-b-006-011、and106-2321-B-006-005) 的支持。
| 摇床培养箱 | YIH DER | LM-570R | 细菌培养 |
| 轨道摇动培养箱 | FIRSTEK | S300 | 细菌培养 |
| pBSL180 | nptII 基因来源 | ||
| pAKlux2 | luxCDABE纵子来源 | ||
| T&用于 | TA 克隆的克隆试剂盒Yeastern Biotech | FYC001-20P | |
| Nsi I | NEB | R0127S | 用于质粒克隆 |
| Sca I | NEB | R0122S | 用于质粒克隆 |
| Spe I-HF | NEB | R0133S | 用于质粒克隆 |
| Sma I | NEB | R0141S | 用于质粒克隆 |
| T4 连接酶 | NEB | M0202S | 用于质粒克隆 |
| Ex | Taq TaKaRa | RR001A | 用于 PCR 扩增 |
| 10X Ex Taq 缓冲液 | TaKaRa | RR001A | 用于 PCR 扩增 |
| dNTP 混合物 | TaKaRa | RR001A | 用于 PCR 扩增 |
| PCR 机器 | 应用 Biosystem | 2720 热循环仪 | 用于 PCR 扩增 |
| 甘油 | SIGMA | G5516-1L | 用于细菌储存溶液 |
| NaCl | Sigma | 31434-5KG-R | 用于制备 LB 培养基的化学品,10 g/L |
| 胰蛋白胨 | CONDA pronadisa | Cat 1612.00 | 用于制备 LB 培养基的化学品,10 g/L |
| 酵母提取物粉末 | Affymetrix | 23547-1 KG | 用于制备 LB 培养基的化学品,5 g/L |
| 琼脂 | CONDA pronadisa | Cat 1802.00 | 化学品,用于制造 LB 琼脂 |
| 卡那霉素 | Sigma | K4000-5G | 抗生素,用于 seleciton |
| 链霉素 | Sigma | S6501-100G | 抗生素,消除小鼠体内微生物群 |
| EDL933 感受态细胞 | 自制方法在补充文件中 | ||
| 电穿孔仪 | MicroPulser | 用于电穿孔 | |
| 电穿孔比色 | 皿Gene Pulser/MicroPulser | 1652086 | 用于电穿孔 |
| 高速离心机 | Beckman Coulter | Avanti, J-26S XP | 用于离心细菌 |
| 固定角转子 | Beckman Coulter | JA25.5 | 用于离心细菌 |
| 固定角转子 | Beckman Coulter | JLA10.5 | 用于离心细菌 |
| 离心瓶 | Beckman Coulter | REF357003 | 用于离心细菌 |
| Thermo | Fisher Scientific | 3141-0500 | 离心瓶用于离心细菌 |
| Eppendorf 生物分光光度计 Plus | eppendorf | AG 22331 Hamburg | 用于测量细菌 C57BL/6 小鼠的 OD600 值 |
| NCKU | 实验动物中心 | ||
| 实验服、 | 人员防护 | 手套||
| 异氟醚 | Panion 和BF Biotech Inc. 公司 | G-8669 | 小鼠麻醉用 |
| 医药级 1ml 注射器 | 用于小鼠口服强饲 | ||
| 可重复使用的 22 G 球形尖饲针 | φ0.9 mm X L 50 mm | 用于小鼠口腔灌胃 | |
| 手术 剪刀 | 用于小鼠实验 | ||
| Xenogen IVIS 200 成像系统 | Perkin Elmer | IVIS 光谱 | 用于生物发光图像捕获 |
| Living Image Software | Perkin Elmer | 4.1 版 | 用于量化图像数据 |