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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
该协议详细介绍了一种高通量自动化兼容方法,用于分离人外周血单核细胞用于生物样本库和其他目的。
外周血单核细胞 (PBMC) 是单核细胞和淋巴细胞的异质性群体。冻存的 PBMC 在长期储存中具有稳定的活力,使其成为许多下游研究目的的理想细胞类型,包括流式细胞术、免疫测定和基因组测序。通常, PBMC 通过密度梯度离心分离,但这是一种低通量工作流程,难以扩展且成本高昂。本文介绍了一种使用基于磁珠的 PBMC 分离方法的高通量工作流程,该方法可快速实现。比较了使用密度梯度分离获得的 PBMC 的总细胞浓度、活力和群体分布,两种技术的细胞活力和细胞类型比例相当。分离的 PBMC 在采血后 9 天内表现出超过 70% 的活力,尽管与采集后 24 小时内处理的 PBMC 相比,5 天后的产量下降了一半。总之,本文介绍了一种 PBMC 方案,该方案利用基于微珠的方法来适应高通量工作流程,并证明基于微珠的手动和自动方法都可以提高处理能力并为各种预算提供灵活性。
外周血单核细胞 (PBMC) 分离是一种将淋巴细胞和单核细胞与其他全血成分分离和分离的技术。PBMC 是一种用途广泛的细胞类型,可用于多种应用,包括但不限于免疫疗法、疫苗开发、靶标或生物标志物鉴定以及抗体/小分子药物开发 1,2。这些细胞可以从健康或患病个体中分离出来,可以立即用于下游工艺或冷冻保存以备将来研究3。在某些情况下,下游目的已知,而在其他情况下,如生物样本库的常见情况,PBMC 被分离并储存起来以备将来未指定的应用4。
密度梯度离心是从全血中分离 PBMC5、6、7 的传统技术,利用离心过程中基于细胞密度的组成细胞类型的差异分离。虽然这种方法可能存在一些变化,但全血通常用磷酸盐缓冲盐水 (PBS) 稀释,在专用或标准离心管中的密度梯度介质上分层,然后旋转。结果有四个不同的层:顶层血浆富含血小板,密度梯度培养基上方有一层薄的 PBMC,最后,底层由红细胞 (RBC) 和粒细胞组成。尽管这种方法以前被称为"金标准"8,但放大生产存在局限性,例如处理时间长、离心机容量大、难以分装其他血液制品(即血浆和红细胞)以及难以实现自动化。虽然这种方法9 可以实现自动化,但它确实需要对液体处理器进行全面编程(离心模块完全自动化),并且仍然是一个漫长的过程。
此后,提出了一种替代工作流程,该工作流程使用免疫磁珠分离,使用八支架磁力架进行手动处理,或使用仪器进行全自动处理。该方法利用添加到细胞中的抗体混合物并结合不需要的细胞群,在本例中为血小板、粒细胞和红细胞。随后通过磁分离去除这些不需要的细胞群,留下阴性组分中的单核细胞和淋巴细胞群,这些细胞群可用于下游处理10。这种阴性选择方法比阳性选择方法更快,后者需要额外的步骤才能从 PBMC 中去除抗体和磁珠复合物。阴性选择还具有优势,因为它已被描述为保持细胞功能的一种方式11,12。
质量控制血液标本和内部生成的数据(例如细胞计数、活力和处理时标本的年龄)来自皇家阿尔弗雷德王子医院新南威尔士州卫生全州生物银行的同意研究(HREC 批准:2019/ETH06776)。在 EDTA 管中收集经过处理(即血浆耗尽)、未筛查和去识别化的成人血液样本。这些质控血液标本在采集后不到 72 小时内进行处理,并用于比较密度梯度和基于磁珠的方法的 PBMC 分离实验。有关代表性结果中使用的密度梯度分离方法,请参见 补充文件 1 中的程序。用于本研究的试剂和设备的详细信息列在 材料表中。
1. 全血制备
2. Buffy 外套系列
3. PBMC 纯化 - 手动方法
注:每个磁体架最多可由一名操作员处理 8 个样品。
4. PBMC 纯化 - 自动化方法
注: 一台自动化 PBMC 仪器最多可处理 4 个样品。单个操作员可以并行运行多台仪器。
5. 细胞计数
6. 冻存制备
7. 统计数据分析
当使用基于微珠或密度梯度分离方法分离 PBMC 时,测量 PBMC 分离前(即全血中)和分离后淋巴细胞、单核细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞的比例。两种方法均显著富集淋巴细胞和单核细胞的比例(图 2A、B)。此外,在通过基于微珠的方法分离的 PBMC 中,中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞(即粒细胞)的比例显着降低(图 2C-F)。密度梯度和基于微珠的方法之间淋巴细胞、单核细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞和粒细胞的比例没有显著差异(图 2)。此外,还计算了上面列出的细胞类型的回收率百分比(参见补充图 1)。两种方法的平均细胞活力均超过 95%,并且没有显着差异(图 3A)。还使用 8 μm 至 50 μm 的尺寸范围(直径)对 PBMC 进行计数,其中密度梯度分离方法产生的细胞总数大约高出两倍(图 3B)。
接下来,将基于磁珠的自动方法与手动方法进行了比较。使用手动或自动方法未发现细胞活力(图 4A)或总细胞计数(图 4B)的显著差异。比较了处理这 8 个样品的时间,包括无需人工干预的免提时间。8 个样品的总处理时间为 43 min ,而 8 个样品的总处理时间为 43 min。手册 57 分钟 vs.自动化方法。自动化方法包括 35 分钟的免提处理(图 4C)。
PBMC 分离的基于微珠的工作流程(全血和血浆等分)进行了 9 个月的试点,其中前 820 名参与者使用手动平台从未经筛选的人血中分离 1410 个 PBMC 样本,然后在接下来的 590 名参与者使用自动化方法。根据研究验收标准,处理在采集当天或采集后最多 10 天内进行,处理延迟主要是由于样品运输时间。使用手动或自动方法,在收集后 24 小时内处理的 PBMC 具有最高的活力和回收率(图 5)。5 天内加工的 PBMC 的平均细胞活力为 >90%,10 天内加工的 PBMC 的平均细胞活力为 >70%(图 5A)。与在 24 小时内处理的标本相比,5 天后平均 PBMC 产量下降了 50%(图 5B)。

图 1:从血沉棕黄层中分离微珠的 PBMC 方案的示意图。请单击此处查看此图的较大版本。

图 2:通过密度梯度和基于微珠的方法分离 PBMC 前后全血中淋巴细胞、单核细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞和粒细胞的比例。匹配全血 PBMC 前分离(正方形)和分离后通过密度梯度(空心圈)或基于珠子(闭合圈)方法 (n = 8) 确定的 PBMC 中淋巴细胞 (A)、单核细胞 (B)、中性粒细胞 (C)、嗜酸性粒细胞 (D)、嗜碱性粒细胞 (E) 和粒细胞 (F) 的百分比。ns = 不显著,*p < 0.05,由单因素方差分析(A 和 B)或 Friedman 检验 (C- 确定)F) 的请单击此处查看此图的较大版本。

图 3:通过密度梯度和基于磁珠的方法分离的 PBMC 的活力和总细胞计数。 (A) 使用密度梯度(正方形、深色条)处理的样品的平均 (± SD) 细胞活力与基于 beads(圆圈、Open Bar)方法,用于 8 个配对样品。ns = 配对 t 检验不显著。(B) 使用密度梯度(正方形、深色条)处理的样品的总细胞计数 与基于 beads(圆圈、Open Bar)方法,用于 8 个配对样品。*p < 0.05 使用配对 t 检验确定。 请单击此处查看此图的较大版本。

图 4:手动和自动基于微珠的方法的比较。 (A) 使用手动(正方形、深色条形)处理的样品的平均 (± SD) 细胞活力与基于 Beads 的自动化(圆圈、Open Bar)方法,用于 8 个配对样品。ns = Mann-Whitney 检验不显著。(B) 使用手动(正方形)处理的样品的总细胞计数 与基于 8 个配对样品的基于微珠的自动化(圆圈)方法。ns = 配对 t 检验不显著。(C) 使用手动处理的 8 个样品的处理时间 与自动化方法,包括手动操作(浅色条形)和无需干预的时间段(深色条形)。 请单击此处查看此图的较大版本。

图 5:根据样品采集和 PBMC 储存之间的时间,手动或使用自动化方法分离的 PBMC 的活力和产量。 (A) 使用手动(深色条)处理的参与者样品的平均 (± 95% CI) 细胞活力与基于微珠的自动化(Open Bar)方法。详细说明参与者编号的表格。ns = 不显著。na = 不适用。*p < 0.05(通过 Tukey 多重比较检验)。(B) 使用手动(深色条形)处理的参与者样品的总细胞计数 与基于微珠的自动化(Open Bar)方法。详细说明参与者编号的表格。ns = 不显著。na = 不适用。*p < Tukey 多重比较检验的 0.05。由于重复数小于 3,因此 Automated Day 10 没有值。 请单击此处查看此图的较大版本。
补充图 1: 使用密度梯度和基于磁珠的方法获得的差异细胞百分比回收图。 使用密度梯度法(正方形、暗条形)和基于磁珠的方法(圆圈、开放条形)(n = 8)使用全血分离前的绝对细胞计数和分离后的细胞悬液计算百分比。ns = 不显著,*p < 0.05,由未配对 的 t 检验确定。 请点击此处下载此文件。
补充文件 1:密度梯度协议。请点击此处下载此文件。
补充文件 2:在 PBS 中制备 0.1 M EDTA,pH 值为 8.0。请点击此处下载此文件。
补充文件 3:为生成代表性数据而执行的详细过程。请点击此处下载此文件。
作者声明没有利益冲突。
该协议详细介绍了一种高通量自动化兼容方法,用于分离人外周血单核细胞用于生物样本库和其他目的。
新南威尔士州卫生局全州生物样本库感谢新南威尔士州卫生病理学、新南威尔士州卫生和医学研究办公室以及悉尼地方卫生区的支持。此外,作者非常感谢 Omico 和新南威尔士州卫生部全州生物样本库支持的其他研究,感谢他们允许发布内部生成的数据并将未使用的标本用于研究目的。作者感谢 Jennifer Bryne 教授(悉尼大学新南威尔士州健康病理学)的重要领导和讨论。 图 1 是使用 BioRender.com 创建的。
| 细胞冷冻保存培养基 CS10,100 mL (冷冻储存器) | StemCellTM Technologies | 07930 | |
| II 类生物安全柜 | Thermo ScientififcTM51033311 | ||
| CoolCell 1 mL FX | BioTools | BCS-407P | 这是使用的控制速率冷冻容器。 |
| 蒸馏水 | Bacto Laboratories | 561832 | |
| DxH 500 血液分析仪 | Beckman Coulter Life Sciences | B40601 | 简称外部自动细胞计数仪。 |
| EasyEightsTM EasySepTM 磁吸 | StemCellTM Technologies | 18103 | |
| EasySepTM 直接人PBMC分离试剂盒 | StemCellTM Technologies | 19654 | 试剂盒包括磁珠管和混合物管 |
| 乙二胺四乙酸 | Sigma-Aldrich Pty Ltd | E6758-500G | 从 EDTA 盐制备 0.1M EDTA 溶液的说明位于补充文件 2 中。 |
| LymphoprepTM 密度梯度培养基 | StemCellTM 技术 | 7851 | |
| Megafuge ST4 Plus 离心机 | Thermo ScientififcTM | >THR75009903 | |
| Orion Star A211 pH 计电极 | Thermo ScientififcTMSTARA2110 | ||
| 猎户座™ROSS Ultra™玻璃三极管™pH/ATC 复合电极 | Thermo ScientififcTM | 8302BNURCA | |
| 磷酸盐缓冲盐水 (PBS),溶液,1X,500mlLife | Technologies Australia Pty Ltd | 10010023 | |
| Prism | GraphPad | ||
| RoboSepTM 缓冲液 1X | StemCellTM Technologies | 20104 | 软件用于统计分析。 |
| RoboSepTM-S | StemCellTM Technologies | 21000 | 全自动细胞分离仪。 |
| RoboSep™滤芯吸头 | StemCellTM Technologies | 20125 | |
| SepMateTM-50 (IVD) 管 | StemCellTM Technologies | 85460 | IVD - 体外诊断。也称为 SepMateTM-50 管 |
| Vi-CELL XR Cell Anlayzer | Beckman Coulter Life Sciences | 内部自动细胞计数仪。仪器已过时,不再可供购买(截至 2022 年 12 月 31 日)。替代仪器是 ViCell BLU 细胞活力分析仪(货号 C19196)。 | |
| Vi-CELL XR 四联装试剂盒 | Beckman Coulter 生命科学 | 383722 |