בקרה אפיגנטית מתייחסת לשינויים בביטוי הגנים שניתנים להורשה ללא שינויים ברצף הגנטי. זה מתרחש במהלך תהליך התפתחותי רגיל, ויכול גם להיגרם כתוצאה מגורמים סביבתיים, כגון דיאטה, חשיפה לחומרים רעילים, ולחץ. בקרה אפיגנטית מתרחשת בשלושה מנגנונים עיקריים.מתילציה של דנ”א, שינוי בהיסטונים, ותהליכים מבוססי רנ”א. במתילציה של דנ”א, קבוצות מתיל CH3 מתווספות לבסיסים ספציפיים. זה משנה את יכולתם של חלבונים מווסתים, כגון גורמי שעתוק, להיקשר לדנ”א.וזה בדרך כלל מונע מהגן לעבור שעתוק. שינוי בהיסטונים כרוך בהוספת קבוצות כימיות, כגון קבוצות מתיל או אצטיל, לחלבונים בשם היסטונים, שבהם נעטף הדנ”א עצמו כדי ליצור כרומטין. שינויים אלה משפיעים על מידת קיפול הכרומטין.או שהם מרחיבים אותו, מה שמקל על השעתוק, או שהם דוחסים אותו, מה שמעכב את השעתוק. סוגים שונים של רנ”א גם יכולים להשפיע אפיגנטית, לרבות מיקרו-רנ”א ורנ”א התערבותי קטן, אשר יכולים לשנות את מבנה הכרומטין. וגם רנ”א שליח, אשר יכול לעבור מתילציה ובכך לשנות את תרגום גנים.בכל מנגון באשר הוא, שינויים אלה עוברים בתורשה לתאי הבת. ולפעמים אף עוברים בתורשה במשך דורות של פרטים, ויוצרים שינויים פנוטיפיים ארוכי-טווח בלי לשנות את הגנום.