Bei den meisten Säugetierarten besitzen weibliche Individuen zwei X-Chromosomen, während männliche Individuen ein X und ein Y-Chromosom besitzen. Folglich können Mutationen des einen X-Chromosoms bei weiblichen Individuen durch das Vorhandensein eines normalen Allels des zweiten X-Chromosoms verdeckt werden. Im Gegensatz dazu führt eine Mutation auf dem X-Chromosom bei männlichen Säugetieren häufiger zu beobachtbaren biologischen Defekten, da kein normales X-Chromosom zum Ausgleich vorhanden ist. Merkmalsvariationen, die durch Mutationen auf dem X-Chromosom entstehen, werden als X-chromosomale Variationen bezeichnet.
Ein gut untersuchtes Beispiel für ein X-chromosomales Merkmal ist die Farbenblindheit. Wenn eine Mutation in den Genen auftritt, die für die rote und grüne Farbwahrnehmung der Photorezeptoren in der Netzhaut verantwortlich sind, kann es zu einer Farbenblindheit kommen. Diese rezessive Mutation kann bei Frauen zwar auch zur Farbenblindheit führen, dafür müssen sie jedoch zwei mutierte X-Chromosomen besitzen. Die Farbenblindheit kommt daher viel häufiger bei Männern vor, die nur ein X-Chromosom haben und daher keine zweite Kopie um diese könnte diese Mutation möglicherweise zu kompensieren.
Die Farbenblindheit wird von der Mutter auf den Sohn übertragen. Ein mutiertes X-Chromosom wird von der Mutter auf die Hälfte ihrer Söhne übertragen, die von ihrem Vater ein Y-Chromosom erhalten. Die farbenblinden Männer geben das Allel für die Farbenblindheit an alle ihre Töchter weiter, welche dann entweder ein Träger oder farbenblind sind, je nachdem welches mütterliches Allel ihnen vererbt wurde. Gelegentlich kann diese Art des X-gebundenen Mutation auch durch spontane Mutationen entstehen und nicht als durch die Vererbung von Mutter oder Vater.
Ein weiteres gut untersuchtes Beispiel für eine X-chromosomale Erkrankung ist die Hämophilie. Dabei handelt es sich um eine Blutungsstörung, die durch ihre hohe Verbreitung in den europäischen Königshäusern bekannt geworden ist. Die Hämophilie wird durch eine Mutation in einem Blutgerinnungsfaktor verursacht, entweder VIII oder IV. Dies führt zu längeren Blutungen nach einer Verletzung und kann spontane Gelenkblutungen verursachen. Obwohl es derzeit keine Heilung für die Hämophilie gibt, wird die Möglichkeit einer Gentherapie erforscht.
Weil menschliche Männer und Frauen eine unterschiedliche Anzahl von X-Chromosomen erben, weisen auch die vom X-Chromosom kodierten Eigenschaften zwischen den Geschlechtern verschiedene Ausdrucksmuster aus. Von Genen auf dem X-Chromosom kodierte Eigenschaften gelten als X-gebundene Eigenschaften. Da Frauen zwei Kopien des X-Chromosoms haben und Männer nur eine, betrifft eine rezessive Mutation in einem X-verknüpften Gen Männer oft mehr als Frauen, die auf dem anderen X-Chromosom eine normale Kopie des Gens haben können.
Ein Beispiel für eine X-chromosomale Eigenschaft, die Männer häufiger als Frauen haben ist die Farbenblindheit. Ihre gebräuchlichste Form ist auf Mutationen in den Genen zurückzuführen, die für die roten und grünen Farb-Photorezeptoren auf dem X-Chromosom liegen.
Mit zwei X-Chromosomen und zwei Kopien jedes Gens, können Frauen diese Mutationen kompensieren, wenn sie normale Kopien der gleichen Gene auf dem anderen X-Chromosom tragen. Ohne eine Sicherungskopie hinterlässt eine Mutation jedoch Männer mit eingeschränkter Farbempfindlichkeit, was es für sie dann schwierig macht, zwischen rot, gelb und grün zu unterscheiden.
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