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Research Article
Kasper Mølgaard*1, Anne Rahbech*1, Özcan Met1, Inge Marie Svane1, Per thor Straten1,3, Claus Desler2, Marlies J. W. Peeters1
1National Center for Cancer Immune Therapy, Department of Oncology,University Hospital Herlev, 2Department of Cellular and Molecular Medicine, Center for Healthy Aging,University of Copenhagen, 3Department of Immunology and Microbiology, Inflammation and Cancer Group,University of Copenhagen
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Die metabolische Anpassung ist für T-Zellen von grundlegender Bedeutung, da sie Differenzierung, Persistenz und Zytotoxizität bestimmt. Hier wird ein optimiertes Protokoll zur Überwachung der mitochondrialen Atmung in ex vivo Zytokin-differenzierten humanen primären T-Zellen vorgestellt.
Während der Aktivierung passt sich der Stoffwechsel von T-Zellen an Veränderungen an, die sich auf ihr Schicksal auswirken. Eine Erhöhung der mitochondrialen oxidativen Phosphorylierung ist für die T-Zell-Aktivierung unerlässlich, und das Überleben von Gedächtnis-T-Zellen hängt vom mitochondrialen Umbau ab. Folglich beeinflusst dies das langfristige klinische Ergebnis von Krebsimmuntherapien. Veränderungen der T-Zell-Qualität werden oft durch Durchflusszytometrie unter Verwendung bekannter Oberflächenmarker und nicht direkt durch ihren Stoffwechselzustand untersucht. Dies ist ein optimiertes Protokoll zur Messung der mitochondrialen Atmung primärer menschlicher T-Zellen in Echtzeit mit einem extrazellulären Flussanalysator und den Zytokinen IL-2 und IL-15, die den T-Zell-Stoffwechsel unterschiedlich beeinflussen. Es wird gezeigt, dass der Stoffwechselzustand von T-Zellen durch die Messung des Sauerstoffverbrauchs bei der Hemmung von Schlüsselkomplexen im Stoffwechselweg eindeutig unterschieden werden kann und dass die Genauigkeit dieser Messungen in hohem Maße von der optimalen Inhibitorkonzentration und der Inhibitorinjektionsstrategie abhängt. Dieses standardisierte Protokoll wird dazu beitragen, die mitochondriale Atmung als Standard für die T-Zell-Fitness bei der Überwachung und Untersuchung von Krebsimmuntherapien zu implementieren.
Die korrekte Entwicklung und Funktion von T-Zellen ist für die Fähigkeit des Immunsystems, Antigene zu erkennen und darauf zu reagieren, unerlässlich. Die mitochondriale oxidative Phosphorylierung (OxPhos) ändert sich je nach Zustand der T-Zelle. Naive T-Zellen verwenden OxPhos überwiegend zur Produktion von ATP, während aktivierte T-Zellen einen metabolischen Übergang durchlaufen, bei dem die Glykolyse dominant wird1. Nach der Effektorphase kehrt die kleine verbleibende Teilmenge der Gedächtnis-T-Zellen in einen von OxPhos2,3 dominierten Stoffwechselzustand zurück. Die Veränderungen von OxPhos folgen der Differenzierung von T-Zellen in einem solchen Maße, dass auch Teilmengen von T-Zellen durch ihre spezifischen OxPhos-Eigenschaften unterschieden werden können1. Umgekehrt ist OxPhos wichtig für die Funktion von T-Zellen, und die Hemmung von OxPhos blockiert nachweislich die Proliferation und Zytokinproduktion von T-Zellen4. Daher ist die Fähigkeit, die Eigenschaften von T-Zell-OxPhos präzise und reproduzierbar zu quantifizieren, ein leistungsfähiges Werkzeug für jeden, der mit T-Zellen arbeitet.
In diesem Protokoll werden die Eigenschaften von T-Zell-OxPhos mit einem extrazellulären Flussanalysator gemessen. Die Kernfunktion dieses Analysators besteht darin, kontinuierlich den Sauerstoffgehalt der Wachstumsmedien der zu analysierenden Zellen zu messen. Es wird angenommen, dass Sauerstoff, der aus den Wachstumsmedien entfernt wird, von den Zellen aufgenommen wird. Durch die Behandlung der Zellen mit einer Vielzahl von Oxphos-Inhibitoren oder Modifikatoren ist ein Abfall der Sauerstoffaufnahme mit der gehemmten oder modulierten Funktion verbunden. Zum Beispiel führt die Hemmung der ATP-Synthase zu einer reduzierten zellulären Aufnahme von Sauerstoff, der sonst zur Herstellung von ATP durch oxidative Phosphorylierung verwendet würde. Andere Geräte, einschließlich der Clark-Elektrode und des Oroboros-Instruments, bieten eine ähnliche Funktionalität, und jedes Instrument hat unterschiedliche Vorteile und Mängel. Eine breite Palette von Zelltypen kann für Studien in diesen Geräten verwendet werden, aber ein besonders herausfordernder Zelltyp sind menschliche primäre T-Lymphozyten5. Aufgrund ihrer geringen Größe, ihres schlechten Ex-vivo-Überlebens und ihrer nicht adhärenten Eigenschaften können menschliche primäre T-Zellen schwierig zu untersuchen sein.
Dies ist ein Protokoll zur Untersuchung der mitochondrialen Atmung menschlicher primärer T-Zellen durch einen extrazellulären Analysator. Das Protokoll ist in einen Optimierungslauf unterteilt, bei dem optimale Konzentrationen der Zellzahl pro Well, sowie die optimale Konzentration von Oligomycin und FCCP, bestimmt werden. Weiterhin ein Assay-Lauf, bei dem die optimierten Bedingungen genutzt werden.
Unter Verwendung von aus Blut gewonnenen humanen PBMCs und ex vivo primären T-Zellkulturen zeigt dieses Protokoll die Bedeutung einer optimalen Inhibitorkonzentration und die Relevanz der Verwendung separater anstelle einer sequentiellen Injektion von mitochondrialen Inhibitoren bei der Arbeit mit empfindlichen Zelltypen. Schließlich wird gezeigt, dass dieser Assay subtile Unterschiede in der mitochondrialen Atmung bei Polarisation mit den Zytokinen IL-2 und IL-15 robust nachweisen kann.
Die Experimente wurden nach den Richtlinien des Herlev-Krankenhauses und der Hauptstadtregion Dänemarks durchgeführt.
HINWEIS: Dieses Protokoll enthält Anweisungen für einen Optimierungslauf und einen Assays-Lauf. Es steht klar im Text, wenn Anweisungen für einen Optimierungslauf oder einen Assay-Lauf gelten. Führen Sie einen Optimierungslauf durch, bevor Sie mit den Assay-Läufen fortfahren
1. Menschliche periphere Blut mononukleär (PBMC) Isolierung von Buffy Coats
2. Kultivierung aktivierter humaner primärer T-Lymphozyten
3. Extrazellulärer Flusstest
Eine korrekte Bestimmung der OxPhos-Eigenschaften ist ein unverzichtbares Werkzeug bei der Untersuchung von T-Zellen. Wenn die Assay-Bedingungen jedoch nicht optimiert wurden, besteht ein erhebliches Risiko irreführender oder fehlerhafter Ergebnisse. In diesem Protokoll liegt ein starker Fokus auf der Optimierung der Zellzahl pro Vertiefung und der zu verwendenden Konzentrationen von Oligomycin und FCCP. In der beschriebenen Einrichtung werden Oligomycin und FCCP inkrementell in dieselbe Vertiefung gegeben, wodurch die Konzentration der mitochondrialen Modulatoren erhöht wird. Die optimale Konzentration von Oligomycin und FCCP kann aus den resultierenden OCR-Kurven der Bohrlöcher als die Konzentration bestimmt werden, bei der ein Plateau erreicht wird.
Im repräsentativen Durchlauf wird Oligomycin in zunehmender Konzentration zugegeben und hemmt die ATP-Synthase (Komplex V der Elektronentransportkette), was zu einer verminderten mitochondrialen Atmung führt. Ein Plateau in der OCR wird erreicht, nachdem die akkumulative Konzentration der Bohrlöcher 1 μM erreicht hat. Aufgrund dieser Konzentration und steigender Konzentrationen wurde die OCR nicht weiter reduziert (Abbildung 1A). Bei Bohrlöchern, die mit einer inkrementellen Konzentration des Entkopplers FCCP behandelt wurden, stiegen die OCR-Spiegel wie erwartet an, bis sie nach Zugabe von 0,2 μM FCCP ein Plateau erreichten, was darauf hindeutet, dass bei dieser Konzentration eine vollständige Entkopplung erzielt wurde (Abbildung 1B). Eine Optimierung der pro Vertiefung plattierten Zellen ist wichtig für einen korrekten und reproduzierbaren Assay. Wenn die verwendete Zellzahl zu niedrig ist, ist der Sauerstoffgehalt, der von den Zellen aus den Assay-Medien entfernt wird, zu niedrig, um vom Analysator korrekt gemessen zu werden. Auf der anderen Seite, wenn die Anzahl der Zellen pro Vertiefung zu hoch ist, kann der Sauerstoffverbrauch der Zellen so hoch werden, dass das System den Sauerstoffgehalt der Assay-Medien nach jeder Messung nicht wieder auffüllen kann, was zu einer zunehmend hypoxischen Umgebung und einer fehlerhaften OxPhos-Charakterisierung führt.
Im repräsentativen Durchlauf wurden die Zellen mit einer Dichte von 200.000 und 400.000 Zellen pro Vertiefung ausgesät (Abbildung 2A-C). Für einen Lauf mit 200.000 Zellen ist die anfängliche OCR etwa die Hälfte eines Laufs mit 400.000 Zellen pro Well. Für die FCCP-Behandlung beträgt die maximale OCR 61,6 pmol/min (200.000 Zellen) gegenüber 190,4 pmol/min (400.000 Zellen). Nach der Behandlung mit Oligomycin kollabiert die OCR im Durchlauf mit 200.000 Zellen in eine einstellige OCR (6,4 pmol/min). Dies ist niedriger als die OCR des Laufs, mit 400.000 Zellen pro gut behandeltem Oligomycin (25,8 pmol / min).
Aus dem Optimierungslauf geht daher hervor, dass für zukünftige Assays eine Zellzahl von 400.000 Zellen pro Vertiefung erforderlich war, wobei 1 μM Oligomycin und 0,2 μM FCCP verwendet wurden. In der vom Hersteller empfohlenen klassischen Einrichtung werden Oligomycin und FCCP nacheinander mit der endgültigen Zugabe von Antimycin A zugegeben. Für T-Zellen ist dies nicht der optimale Ansatz, da die Oligomycin-Behandlung die Entkopplung nach der FCCP-Behandlung begrenzt (Abbildung 3A, B). In dieser vorgestellten Methode wird empfohlen, jede Bedingung in doppelten Vertiefungen auszuführen und eine Bohrung mit Oligomycin und die andere mit FCCP zu behandeln, mit einer abschließenden Zugabe von Antimycin A für beide Wells. Durch diesen Ansatz hat die Oligomycin-Behandlung keinen Einfluss auf die OCR nach der FCCP-Behandlung. Dieser Ansatz ermöglicht die Bestimmung der gleichen mitochondrialen Eigenschaften wie beim klassischen Aufbau, bei dem Medikamente nacheinander hinzugefügt werden (Abbildung 3C).
Abschließend wurde untersucht, ob die Wirkungen der Zytokine IL-2 und IL-15 auf den Stoffwechsel von ex vivo kultivierten menschlichen primären T-Zellen differenziert werden können. Tatsächlich besaßen IL-15-kultivierte Zellen eine höhere maximale Atmung und eine höhere Ersatzatmungskapazität, wie bereits gezeigt wurde1 (Abbildung 4A-E). Die Basalatmung und die ATP-Produktion waren nicht betroffen. Zusammengenommen zeigen diese Daten, dass die mitochondriale Atmung von ex vivo kultivierten menschlichen primären T-Zellen mit dem extrazellulären Flussanalysator erfolgreich analysiert werden kann.

Abbildung 1: Sauerstoffverbrauchsrate (OCR), gemessen während der Titration der Inhibitoren Oligomycin und FCCP in ex vivo kultivierten humanen primären T-Zellen. (A) OCR während der schrittweisen Titration von Oligomycin von 0-1,25 μM Endkonzentration. (B) OCR während der schrittweisen Titration von FCCP von 0-0,5 μM Endkonzentration. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 2: Der Einfluss der Zellkonzentration auf OCR-Messungen in ex vivo kultivierten menschlichen primären T-Zellen. OCR-Messungen von ex vivo kultivierten humanen primären T-Zellen mit 200.000 oder 400.000 Zellen pro Well nach Injektion von entweder (A) FCCP oder (B) Oligomycin. (C) Basale Atmung, maximale Atmung, ATP-Produktion und freie Atemkapazität menschlicher primärer T-Zellen mit 200.000 oder 400.000 Zellen pro Bohrloch. Repräsentativ für drei unabhängige Experimente. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 3: Einmalige oder sequentielle Injektion von mitochondrialen Modulatoren . (A) Repräsentative OCR-Messungen während des Ausgangswerts und nach der Injektion von Oligomycin und FCCP (a,b) oder Antimycin A (c) als einzelne Einzelinjektionen oder als sequentielle Injektionen. (B) OCR-Werte vor der Injektion (Basalatmung) oder nach der Injektion von Oligomycin oder FCCP als Einzelinjektionen oder sequentielle Injektionen. (C) Schematische Darstellung der Injektions- und Messstrategie. Vertreter eines unabhängigen Experiments Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 4: Unterschiede in der mitochondrialen Atmung in zytokindifferenzierten humanen primären T-Zellen. (A-D) Basale Atmung, maximale Atmung, ATP-Produktion und freie Atemkapazität menschlicher primärer T-Zellen, die sieben Tage lang mit IL-2 oder IL-15 kultiviert wurden (n = 3). (E) Repräsentative Parzellen von (A-D) mit Injektionen von Oligomycin oder FCCP (a) oder Antimycin A (b). Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.
| Zytokin | [Lagerbestand] | Verdünnungsfaktor | [Finale] | |
| Bedingung 1 | IL-2 | 3 x 106 HE/ml | 30,000 | 100 U/ml |
| Zustand 2 | IL-15 | 2 x 105 HE/ml | 2,000 | 100 U/ml |
Tabelle 1: Herstellung von Zytokinkulturen zur Steuerung metabolischer Veränderungen in T-Zellen.
| Oligomycin | FCCP | |||||
| Arbeitssol. | Abschließende Konk. | Bd. | Arbeitssol. | Abschließende Konk. | Bd. | |
| Anschluss A | 5,0 μM | 0,50 μM | 20 μL | 2,0 μM | 0,2 μM | 20 μL |
| Anschluss B | 3,0 μM | 0,75 μM | 22 μL | 1,30 μM | 0,3 μM | 22 μL |
| Anschluss C | 3,0 μM | 1,0 μM | 24 μL | 1,30 μM | 0,4 μM | 24 μL |
| Anschluss D | 3,0 μM | 1,25 μM | 27 μL | 1,30 μM | 0,5 μM | 27 μL |
Tabelle 2: Strategie zur Herstellung von mitochondrialen Inhibitoren und Modulatoren. Präparationskonzentrationen, Arbeitskonzentrationen und Injektionsstrategien für einen Optimierungslauf.
| Aktion | Details | Details zur Messung |
| Grundlinie | Baseline-Messungen | 3 Messungen |
| Injektion | Port A Injektion | 3 Messungen |
| Injektion | Port-B-Einspritzung | 3 Messungen |
| Injektion | Port-C-Einspritzung | 3 Messungen |
| Injektion | Port-D-Einspritzung | 3 Messungen |
| Messen | Zusätzliche Messungen | Wahlfrei |
Tabelle 3: Protokollentwurf eines Optimierungslaufs mit Titration von mitochondrialen Inhibitoren und Modulatoren unter Verwendung von 4 Injektionen mit jeweils 3 Messungen.
| Element der mitochondrialen oxidativen Phosphorylierung | Erklärung |
| Basale Atmung | Die Basalatmung ist ein Basismaß für die Sauerstoffrate, die von den stimulierten T-Zellen vor der Zugabe von mitochondrialen Inhibitoren verbraucht wird. Es ist ein Maß für den Sauerstoffverbrauch, der verwendet wird, um den zellulären ATP-Bedarf zu decken, der sich aus einem mitochondrialen Protonenleck ergibt. Als solches bietet es einen Überblick über den Protonenstrom, der erzeugt wird, um ATP-Synthese und Protonenleck zu liefern. Es ist jedoch auch eine Maßnahme, die in Abhängigkeit von den in den Wachstumsmedien vorhandenen Substraten, der Stimulation der Zellen vor dem Assay und anderen extrinsischen Faktoren verändert werden kann. Die Grundatmung ist daher ein Maß, das verwendet wird, um zwei oder mehr verschiedene Zelltypen und / oder verschiedene Behandlungen zu vergleichen, von denen angenommen wird, dass sie den zellulären Stoffwechselzustand der Zellen beeinflussen. Die Basalatmung wird als Differenz in der OCR vor der Zugabe von mitochondrialen Modulatoren (Oligomycin oder FCCP) und nach der Zugabe von Antimycin A berechnet. |
| Maximale Atmung | Dieses Maß ist die maximale Sauerstoffrate, die für die oxidative Phosphorylierung verbraucht werden kann. Die Sauerstoffrate, die durch oxidative Phosphorylierung verbraucht wird, wird sowohl durch die Fähigkeit der Elektronentransportkette, Protonen durch die innere mitochondriale Membran zu pumpen, als auch durch die Fähigkeit der ATP-Synthase, den Protonengradienten zu verwenden, um ATP aus ADP zu phosphorylieren, bestimmt. Die Geschwindigkeit der ATP-Synthase wird durch das freie ADP-Substrat und damit durch den allgemeinen energetischen Zustand der Zelle begrenzt. Bei der Behandlung der Zellen mit dem mitochondrialen Entkoppler FCCP können Protonen frei über die innere mitochondriale Membran zurückgehen. Dies ahmt eine Situation nach, in der die Zellen einen ungesättigten Energiebedarf haben, und die maximale Atmung ist daher ein Maß für die maximale Sauerstoffrate, die von der Elektronentransportkette verbraucht werden kann. Die maximale Atmung wird als Unterschied in der OCR von Zellen, die mit FCCP behandelt wurden, und Zellen, die mit Antimycin A behandelt wurden, berechnet |
| ATP-Umsatz | Die ATP-verknüpfte Atmung wird als Unterschied in der OCR nach Hemmung der ATP-Synthase unter Verwendung von Oligomycin gemessen. Der Sauerstoff, der sonst für die Phosphorylierung von ADP durch oxidative Phosphorylierung verbraucht würde, wird nicht mehr verwendet, da dieser Prozess gestoppt wird. Die ATP-gebundene Atmung ist daher relativ zu ATP, das durch oxidative Phosphorylierung erzeugt wird. Veränderungen in der AT-verknüpften Atmung sind eine Reaktion der Mitochondrien auf einen veränderten ATP-Bedarf der Zelle Die ATP-verknüpfte Atmung wird als Differenz in der OCR vor der Zugabe von mitochondrialen Modulatoren (Oligomycin oder FCCP) und nach der Zugabe von Oligomycin berechnet |
| Freie Atemkapazität | Die freie Atemkapazität ist ein Maß für eine theoretische zusätzliche Kapazität zur Produktion von ATP als Reaktion auf einen erhöhten Energiebedarf. Es ist definiert als der Unterschied zwischen Basalatmung und maximaler Atmung. Veränderungen der freien Atmungskapazität können ein Indikator für die Fitness und Flexibilität der Mitochondrien und Zellen sein. |
Tabelle 4: Erklärung der verschiedenen Komponenten der mitochondrialen Atmung, die mit dem Flussanalysator untersucht werden
Die Autoren erklären keinen Interessenkonflikt.
Die metabolische Anpassung ist für T-Zellen von grundlegender Bedeutung, da sie Differenzierung, Persistenz und Zytotoxizität bestimmt. Hier wird ein optimiertes Protokoll zur Überwachung der mitochondrialen Atmung in ex vivo Zytokin-differenzierten humanen primären T-Zellen vorgestellt.
Kasper Mølgaard und Anne Rahbech erhielten Stipendien von Tømmermester Jørgen Holm og Hustru Elisa f. Hansens Mindelegat. Kasper Mølgaard erhielt auch ein Stipendium von Børnecancerfonden.
| 24-Well-Gewebekulturplatte | Nunc | 142485 | |
| Anti-CD3xCD28-Kügelchen | Gibco | 11161D | |
| Antimycin A | Merck | A8674 | |
| Carbonylcyanid 4-(Trifluormethoxy)-phenylhydrazon (FCCP) | Sigma-Aldrich | C2920 | |
| Cell-Tak | Corning | 354240 | Zur Beschichtung |
| von Dimethyl Sulfoxid (DMSO) | Sigma Aldrich | D9170 | |
| Humanserum | Sigma Aldrich | H4522 | Hitze inaktiviert bei 56 μde; C für 30 min |
| IL-15 | Peprotech | 200-02 | |
| IL-2 | Peprotech | 200-15 | |
| Lymphoprep | Stemcell Technologies | 07801 | |
| Oligomycin | Merck | O4876 | |
| PBS | Thermo Fisher | 10010023 | |
| RPMI 1640 | Gibco-Thermo Fisher | 61870036 | |
| Seepferdchen Calibrant | Agilent Technologies | 102416-100 | |
| Seepferdchen XF 1,0 M Glukoselösung | Agilent Technologies | 103577-100 | |
| Seepferdchen XF 100 mM Pytuvatlösung | Agilent Technologies | 103578-100 | |
| Seepferdchen XF 200 mM Glutaminlösung | Agilent Technologies | 103579-100 | |
| Seepferdchen XF RPMI medium, pH7,4 | Agilent Technologies | 103576-100 | XF RPMI-Medien |
| Seahorse XFe96 Analysator | Agilent Technologies | Flux-Analysator | |
| Seahorse XFe96 Zellkultur-Mikrotiterplatten | Agilent Technologies | 102416-100 | XF Zellkulturplatte |
| Seahorse XFe96 Sensorkartusche | Agilent Technologies | 102416-100 | |
| Natriumbicarbonat-Konzentrat 0,1 M (NaHCO3) | Sigma Aldrich | 36486 | |
| Natriumhydroxidlösung 1 N (NaOH) | Sigma Aldrich | S2770-100ML | |
| X-VIVO 15 | Lonza | BE02-060F | |
| T-Zellperlen-Magnet DynaMag-2 Magnet | Thermo Fisher | 12321D | |