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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Presentamos un protocolo para la medición de consumo de oxígeno y la acidificación extracelular en el cerebro de larvas y adultos de Drosophila melanogaster . Se utiliza un analizador metabólico con un protocolo adaptado y optimizado. Micro-tejido restricciones son un componente fundamental de este protocolo y fueron diseñadas y creadas específicamente para su uso en este análisis.
Este protocolo describe un método para medir el metabolismo en el cerebro de larvas y adultos de Drosophila melanogaster . Cuantificación de metabolismo en órganos enteros proporciona un conocimiento de tejido nivel de utilización de la energía que no puede ser captada cuando se analizan líneas celulares y células primarias. Si bien este análisis es ex vivo, permite la medición de una serie de células especializadas que trabajan juntos para realizar una función en un tejido y modelos más de cerca el órgano en vivo . La reprogramación metabólica se ha observado en muchas enfermedades neurológicas, incluyendo neoplasias y enfermedades neurodegenerativas. Este protocolo fue desarrollado para ayudar a la investigación de la comunidad de D. melanogaster de metabolismo en modelos de enfermedad neurológica utilizando un analizador metabólico comercialmente disponible. Medición de metabolismo del cerebro entero en el analizador metabólico es difícil debido a la geometría del cerebro. Este analizador requiere muestras para permanecer en la parte inferior de una placa de 96 pocillos. Muestras de células y tejidos punzonados pueden adherirse a la superficie de la placa celular o utilizar placas de esferoide, respectivamente. Sin embargo, la forma esférica, tridimensional del cerebro de D. melanogaster impide que el tejido adherido a la placa. Este protocolo requiere una restricción de micro-tejido especialmente diseñada y fabricada que evita este problema evitando cualquier movimiento del cerebro mientras sigue permitiendo las mediciones metabólicas de dos sondas de sensor de estado sólido del analizador. Consumo de oxígeno y las tasas de acidificación extracelular son reproducibles y sensibles al tratamiento con inhibidores metabólicos. Con una optimización menor, este protocolo puede ser adaptado para su uso con cualquier tejido entero o modelo de sistema, siempre que el tamaño de la muestra no excede la cámara generada por el sistema de seguridad. Mientras que dentro de este protocolo se describen las mediciones metabólicas basales y un análisis después de un tratamiento con los inhibidores mitocondriales, innumerables condiciones experimentales, tales como preferencia de fuente de energía y medio ambiente de crianza, podrían ser interrogadas.
La reprogramación metabólica ha sido identificado en muchas enfermedades neurológicas, incluyendo Glioblastoma Multiforme (GBM), enfermedad de Huntington y desorden depresivo importante (MDD)1,2,3. Como metabolismo se convierte en el foco de las estrategias terapéuticas, herramientas para la investigación metabólica básica han avanzado. Sin embargo, la mayoría de estos métodos fueron diseñada para el estudio de líneas celulares y células primarias o analizar grandes tejidos posteriores a la fijación o - congelación. Algunos enfoques han dependido de los kits a medida simplista metabolitos específicos, mientras que otros han utilizado más costosos y complejos análisis utilizando cromatografía en combinación con la espectrometría de masas4 para el mismo objetivo. Para entender el paisaje metabólico mayor,5,6 y el análisis de flujo metabólico de perfiles metabólicos (MFA)7 surgió para complementar los estudios de Genómica proteómica a gran escala. Perfiles proporciona una representación cuantitativa de los metabolitos de una célula o tejido en un punto en el tiempo, mientras que la AMF se amplía sobre esto por que permite el seguimiento de los metabolitos marcados en el tiempo. Esta última ha sido útil en revelar cómo las fuentes de energía se utilizan diferentemente en una célula o tejido en un estado de enfermedad8. Sin embargo, estos métodos incluyen la medición de la tasa metabólica en general.
Para interrogar el estado metabólico general de los sistemas de modelo pequeño, métodos tradicionales, como el electrodo de Clark9 y10de la calorimetría indirecta, pueden ser utilizados para medir el consumo de oxígeno o configurados para parada de respirometría de flujo, a medir la concentración de dióxido de carbono y oxígeno respectivamente. Estas técnicas, ofreciendo con precisión conocer la lectura de reprogramación metabólica a nivel de organismo, tienen limitaciones. El uso del electrodo de Clark puede ser técnicamente difícil y no está diseñado para estudios de alto rendimiento. El respirómetro de flujo de parada no puede funcionar con la sensibilidad necesaria para análisis de células o tejidos. Hace varios años, la nueva tecnología fue desarrollada específicamente para estas pequeñas aplicaciones11. Estos instrumentos fueron diseñados inicialmente para medir el consumo de oxígeno y la acidificación extracelular de líneas celulares y células primarias en un formato de 24 o 96 pocillos. La simplicidad de la configuración y datos de salida había establecido este método como alternativa a los enfoques tradicionales. Esta metodología es una herramienta poderosa para las células, y los avances recientes han permitido la medición de tejido golpes12,13,14. Sin embargo, los métodos utilizados en estos ensayos no permiten la medición de órganos completos de sistemas modelo pequeño.
El análisis metabólico de modelos de la enfermedad a menudo implica la interacción entre las células de función especializada que se encuentra en el mismo tejido. Por ejemplo, las células gliales producen metabolitos utilizados por las neuronas. Estas interacciones metabólicas son necesarias para la supervivencia neuronal15. Sistemas modelo pequeño son ventajosos para investigar preguntas como éstas. Estudios para medir el metabolismo de un órgano entero, que contiene una variedad de tipos celulares, se sumará a la comprensión de la utilización de energía en vivo. Becker et al informó recientemente, un método para medir el consumo de oxígeno en toda mosca cabezas16. Poniendo un número de cabezas juntos en un pocillo de una placa de 24 pocillos celular, las lecturas de consumo de oxígeno fueron obtenidas usando un analizador metabólico. Aunque esto funciona bien para las cabezas, que se separan fácilmente del cuerpo, es mucho más difícil para órganos como el cerebro de larvas, ya que una gran cantidad necesita ser disecado para este método. Por lo tanto, se desarrolló un método utilizando una placa de 96 pocillos de la célula, que aumenta la sensibilidad de las lecturas de acidificación extracelular y consumo de oxígeno, para ensayo un solo cerebro entero larval.
El analizador metabólico utilizado en este estudio requiere que la muestra se mide para permanecer en el fondo del pozo de una placa celular de 96 pozos. Para las células y tejidos relativamente planos, esto no es un reto; sin embargo, para D. melanogaster cerebros de larvas y adultos, no es posible usando protocolos de capa de placa tradicional. La forma tridimensional esférica de los cerebros no fiable se adhiere a la superficie de la placa, y los que lo hacen a menudo están dañados al intentar colocarlos correctamente en el pozo. Una parte crítica de este nuevo protocolo es el diseño y desarrollo de micro-tejido restricciones17 que proporcionar un compartimiento pequeño para el cerebro a residir en sin interferir con las mediciones metabólicas. La cámara generada es de aproximadamente 0,016 en altura y ofrece suficiente espacio para contener fácilmente muchos cerebros de D. melanogaster . Las restricciones consisten en malla de nylon unido a un anillo de polímero inerte y se discutirá más en los Resultados de representante. Usando estas restricciones minimiza el tiempo necesario para preparar la medición metabólica cerebros disecados. Optimizar el proceso de medición genera acidificación extracelular tarifas y consumo de oxígeno constante, reproducible después de seis ciclos de medición (de 25 min). Los cerebros siguen siendo metabólicamente activos bajo estas condiciones durante un mínimo de 2 h, que permite inyecciones de terapéutica, los inhibidores u otros tratamientos a través de los puertos de la entrega de la droga de analizador metabólico cartucho. Este protocolo también puede ser fácilmente adaptado para otros tejidos y sistemas de modelo pequeño18.
El protocolo que se detalla a continuación describe cómo analizar el consumo de oxígeno en un todo cerebro larvas de Drosophila cuando con estrés mitocondrial. Al estrés del cerebro, oligomycin se agrega al inhibir la sintasa de ATP19. La disminución en el consumo de oxígeno basal lecturas muestra una medida de la cantidad de ATP dependiendo de la respiración en el cerebro. Otras disminuciones en el consumo de oxígeno después de tratamientos con rotenona20 y antimycin A21, inhibidores de los complejos de la cadena de transporte de electrones I y III, respectivamente, indican la cantidad de consumo de oxígeno no mitocondrial en el cerebro. Este ensayo es un ejemplo de respiración mitocondrial como en un cerebro de mosca puede compararse y cómo este protocolo se puede utilizar para comparar el metabolismo en diferentes genotipos. Sin embargo, este protocolo puede ser adaptado para medir consumo de oxígeno basal simplemente y tipos de acidificación extracelular, así como en cuanto a diseño más elaborados estudios investigando la utilización de la energía específica o hipótesis de utilización de sustrato.
1. ensayo de preparación (día 1)
2. ensayo preparación de medios de comunicación (día 2)
3. instalación del Software para el análisis metabólico de los cerebros de Drosophila melanogaster (día 2)
4. preparación del cartucho para la calibración (día 2)
5. preparación de las Micro-tejidos limitantes (día 2)
6. disección de la Drosophila melanogaster cerebros Larval (día 2)
7. Además de los cerebros disecados a la placa de la célula de análisis metabólico de 96 pocillos (día 2)
8. Además de las limitantes de Micro-tejido a la placa de la célula de análisis metabólico de 96 pocillos (día 2)
9. Además de la placa de la célula para el analizador metabólico y el inicio del ensayo (día 2)
10. medición posterior análisis (día 2)
El protocolo presentado aquí requiere el uso de restricciones de micro tejidos que cumplen con las especificaciones que se describen a continuación. Otros métodos para mantener el cerebro en su lugar en la parte inferior de la placa de 96 pocillos celular era fracasado (figura 2A y 2B). En primer lugar, probaron a varios agentes para aumentar la adherencia del tejido a la placa. Un adhesivo de tejido disponible en el mercado (Tabla de materiales) se recomienda para el uso de las células y organoides con placas celulares y placas de esferoide, respectivamente. Inicialmente, cerebros parecen adherirse a la superficie bien; sin embargo, las lecturas de consumo (OCR) de oxígeno son bajas, y observando los pozos después del ensayo reveló que los cerebros no fueron Unidos a la superficie bien (figura 2A). Los mismos resultados se produjeron con pegamento (figura 2A). A continuación, fabricación de pantallas pequeñas para mantener el cerebro dentro de una pequeña cámara en la parte inferior del pozo se ha intentado (figura 2B).
Pantallas metálicas producen lecturas altas de OCR solas, como pantallas de metal con un anillo de polímero que mantiene la pantalla en su lugar (figura 2B). Red de malla de plástico fue utilizado con el mismo anillo de polímero. Este dispositivo causa una lectura negativa de OCR obtener. Finalmente, las restricciones del tejido micro fueron diseñadas utilizando un polímero inerte para el anillo de un diámetro exterior de 0,146 en un diámetro interno de 0.1335 en un grueso de 0.0125 en y una altura de 0,016 en (deTabla de materiales). Pegamento (Tabla de materiales) fue utilizado para colocar el anillo a una malla de nylon con un tamaño de poro específico de 0.0039 en diámetro (Tabla de materiales). El tamaño del poro es crítico, ya que permite el intercambio de los medios de comunicación y metabolito sin la formación de burbujas de aire, sin embargo, todavía actúa como una barrera para el cerebro. Estas restricciones sólo resultan en poco o ningún OCR lectura y cuando se utiliza con cerebros, permiten lecturas reproducibles (figura 2A y 2B). La verificación después de que el análisis demostró que los cerebros estaban todavía en la posición correcta en los pozos. Estas restricciones de tejido no están comercialmente disponibles pero pueden fabricarse siguiendo la especificación antedicha. Mientras que esto requiere fabricación precisa, la mayoría tiendas de máquina será capaces de reproducir este asiento de seguridad utilizando los materiales anteriormente.
El protocolo se ha optimizado aún más para tener en cuenta los medios de prueba, el tiempo permitido antes de ejecutar el ensayo y la temperatura (figura 3). Inicialmente, los ensayos se establecieron en el medio de Schneider para modelar el ambiente larval en vivo . Sin embargo, los medios utilizados no contienen agentes tampón ya que el pH se utiliza para medir la ECAR. Este medios, por lo tanto, tienen que ser personalizado hecho, que es costoso. Para optimizar esto, se utilizan un medios de análisis disponibles en el mercado diseñado para el análisis metabólico (Tabla de materiales) en lugar de los medios de comunicación de Schneider. Los niveles de OCR eran sin cambios, incluso cuando el aumento de los niveles de glucosa un poco a las condiciones modelo ensayo medios de comunicación (Figura 3A). Desde este punto en todos los ensayos se llevaron a cabo en el medio de ensayo. Los suplementos a los medios de comunicación fueron optimizados mediante la observación de si el consumo de oxígeno y las tarifas de acidificación extracelular demostraron una respuesta al tratamiento con los inhibidores mitocondriales conocidos. A continuación, se analizó el tiempo de espera entre las disecciones y los funcionamientos de ensayo. Una incubación de 3 h disminuyó significativamente los niveles de OCR (figura 3B). Figura 3D muestra la diferencia en el sexto punto de tiempo, que es cuando los niveles de OCR y ECAR estabilizan para cerebros adultos y larvas. Así, el protocolo indica que para empezar el ensayo inmediatamente después de las disecciones, a menos que el experimento requiere un equilibrio de temperatura, en que caso una incubación de menos de 30 minutos se sugiere. El analizador metabólico se almacena en una incubadora que se establece en 11 ° C para permitir una temperatura de 25 ° C durante todo el ensayo. Si las temperaturas son elevadas debido a la temperatura ambiente y a la operación del equipo, los niveles reducidos de OCR se observan (figura 3). Esto se presume para ser debido a la muerte del tejido.
Cuando se siguen las condiciones optimizadas, los ensayos con larvas y adultos cerebros resultado lecturas de OCR ligeramente superior a 150 pmol/min en la estabilizado tiempo sexto punto, ~ 25 min en el ensayo (Figura 4B). Esta tasa se mantiene por al menos 30 min (Figura 4A) y hasta 2 h (datos no mostrados). La ECAR es ligeramente inferior en el cerebro adulto que en el cerebro de larvas en el punto sexto del tiempo (figura 4) y se mantiene durante al menos 30 minutos (figura 4). Este hallazgo corresponde a un aumento de la glicolisis durante las etapas larvales para apoyar el crecimiento. Una inyección con un inhibidor mitocondrial, como oligomycin, reduce las lecturas de OCR para revelar la respiración dependiente de ATP y más tratamiento con rotenona y antimycin A baja el OCR para revelar el consumo de oxígeno no mitocondrial (figura 5A ). Este dato demuestra que estos inhibidores son capaces de penetrar en el tejido cerebral y pueden ser usados para comparar la respiración mitocondrial en los cerebros de diferentes genotipos. Para este ensayo, la mezcla, esperar, y momentos de medida fueron optimizados por observación de los niveles de oxígeno, no la tasa de consumo y que después de la mezcla, el nivel de oxígeno volvió al nivel de antes de la medición.

Figura 1: esquema de las mediciones de OCR y ECAR de cerebro larvas en el analizador metabólico. El cartucho se prepara un día antes de ejecutar el ensayo. Al día siguiente, las drogas se agregan a los puertos de inyección del cartucho. Cerebros de larvas de D. melanogaster se disecan, y se micro-tejido restricciones para garantizar el cerebro a la parte inferior del pozo. La placa de la célula con los cerebros se ensayaron en el analizador metabólico y los datos son analizados. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2: Micro-tejido restricciones no son metabólicamente activas y mantienen el cerebro en una cámara en la parte inferior de una placa bien. (A) el OCR de cerebros larvas melanogaster Oregon-R D. se mide en pocillos recubiertos con adhesivo tisular (Tabla de materiales) o cuando los cerebros son super pegados en el fondo del pozo. Los resultados se comparan con los de cerebro colocado en la parte inferior del pozo utilizando micro-tejido restricciones. (B) el OCR se mide en pocillos que contengan medios de ensayo y metal, metal con un anillo de polímero, red de malla de plástico y un anillo de polímero o micro-tejido restricciones. p-valor < 0.05, ** p-valor < 0,01, *** p-valor < 0.001, *** p-valor < 0.0001. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 3: optimización de los medios de comunicación, tiempo de incubación y temperatura. (A) el OCR es medido en Oregon-R D. melanogaster larvas cerebros medios Schneider (S2) con piruvato de sodio añadido, S2 con glucosa y piruvato de sodio añadido, ensayo medios con glucosa y sodio piruvato añadido. (B) el OCR se mide en el cerebro de larvas después de 3 h de incubación antes de la prueba, o después de 30 min de incubación antes de la prueba. (C) el OCR se mide en el cerebro de larvas en serie temperaturas de 33 ° C y 25 ° C. El sexto punto del tiempo se graficaron. (D) el OCR se mide en el cerebro de larvas después de 3 h de incubación antes de la prueba, o después de 30 min de incubación antes de la prueba. Los datos se divulga para el sexto punto del tiempo. p-valor < 0.05, ** p-valor < 0,01, *** p-valor < 0.001, *** p-valor < 0.0001. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 4: El OCR y ECAR reproducible se miden en adulto y larval de D. melanogaster cerebros. (A) el OCR se mide en cerebros de adultos y larvas de Oregon-R D. melanogaster por 30 min (B) datos de la OCR del sexto punto de tiempo del panel A se graficaron. Este es el momento en que se estabilice la lectura OCR. ECAR el (C) se mide en cerebros de adultos y larvas de D. melanogaster por 30 min (D) datos de la ECAR del sexto punto de tiempo del panel A se graficaron. Este es el momento en que las lecturas de ECAR estabilizan. p-valor < 0.05, ** p-valor < 0,01, *** p-valor < 0.001, *** p-valor < 0.0001. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 5: Oligomycin disminuye los niveles de cerebro larvas OCR de D. melanogaster a revelar respiración dependiente de ATP, y rotenona/antimycin A otros baja el OCR para revelar el consumo de oxígeno mitocondrial-no. (A) el OCR se mide en cerebros larvas melanogaster Oregon Rd después de un tratamiento con un 20 oligomycin μm y 5 μm rotenona/antimycin A mezcla. El control y la moderación sólo pozos fueron inyectados con los medios de ensayo. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Vuelco de M. tiene una patente provisional para las restricciones del tejido micro que se describe en este protocolo17.
Presentamos un protocolo para la medición de consumo de oxígeno y la acidificación extracelular en el cerebro de larvas y adultos de Drosophila melanogaster . Se utiliza un analizador metabólico con un protocolo adaptado y optimizado. Micro-tejido restricciones son un componente fundamental de este protocolo y fueron diseñadas y creadas específicamente para su uso en este análisis.
Las acciones de la Bloomington Drosophila Stock Center (NIH P40OD018637) fueron utilizadas en este estudio. La investigación en esta publicación fue apoyada por la red institucional desarrollo Award (IDeA) para la excelencia en la investigación biomédica desde el Instituto Nacional de General médica Ciencias de los institutos nacionales de salud, bajo el número de concesión P20GM103430 y por la Fundación de Rhode Island. Autores agradecen las aguas J. y correa Snodgrass P. por su apoyo en el desarrollo de este protocolo.
| Medio de ensayo | Agilent | 102365-100 | |
| Solución de calibración | Agilent | 100840-000 | |
| Corning Cell-Tak Cell Adhesivo para tejidos | Sigma Aldrich | DLW354240 | |
| delrin | Grainger | 2XMK6 | |
| Drosophila Schneider Media | Thermo Fisher | 21720-024 | |
| Dumont Alta precisión Pinzas (estilo 5) | Ted Pella | 5622 | |
| Loctite 409 | Amazon | ||
| Mitostress kit | Agilent | 103015-100 | oligomicina, rotenona y antimicina A incluidos |
| Insertos de Netwell (6 pocillos) | Malla | de nailon VWR29442-136 | |
| Suministro de componentes | U-CMN-64 | ||
| Parafilm M Película de envoltura | Fisher Scientific | S37440 | |
| PYREX | Fisher Scientific | 13-748B | |
| Seahorse XFe96 Analizador | Agilent | ||
| Wave v2.4 XFe96 software analizador | Agilent | https://www.agilent.com/en/products/cell-analysis/software-download-for-wave-desktop | descarga gratuita para mac o windows |
| XFe96 catridge y placas de celdas | Agilent | 102416-100 |