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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Aquí, presentamos un protocolo guía de manejo de organoide de próstata primario humano y sugerir criterios de valoración para evaluar el fenotipo. Siembra, mantenimiento de la cultura, recuperación de gel de la matriz, cuantificación morfológica, incrustar y seccionamiento, FFPE seccionamiento, todo Monte tinción y aplicación de ensayos comerciales se describen.
Este papel describe un protocolo detallado para tridimensional (3D) de cultivo, manejo y evaluación de organoides de próstata primario humano. El proceso implica la siembra de células epiteliales escasamente en un gel de matriz 3D en una microplaca de 96 pocillos con los cambios de los medios de comunicación para cultivar expansión en organoides. Morfología se evalúa entonces todo bien capturando imágenes z-stack. Compresión de pilas de z crea una imagen en foco que organoides se miden para cuantificar una gran variedad de productos, incluyendo la circularidad, la redondez y la zona. DNA, RNA y proteínas se pueden recoger en organoides recuperado del gel de la matriz. Poblaciones celulares de interés pueden evaluarse por la disociación de organoides y citometría de flujo. Formol-fijación--inclusión en parafina (FFPE) seguido de seccionamiento se utiliza para la evaluación histológica y anticuerpos. Conjunto montaje coloración inmunofluorescente conserva morfología organoide y facilita la observación de la localización de la proteína en organoides en situ. Ensayos comerciales que tradicionalmente se utilizan para las células de la monocapa 2D pueden modificarse para 3D organitas. Utilizan juntos, las técnicas en este protocolo proporcionan una robusta caja de herramientas para cuantificar la expresión de marcadores de diferenciación, crecimiento organoide próstata y características morfológicas.
Organoides son una valiosa herramienta para el estudio de la organogénesis y la enfermedad. Ofrecen una alternativa menos costosa a modelos animales y organoides derivados del paciente están evolucionando como estrategia de medicina personalizada1,2,3. Este sistema de cultivo (3D) tridimensional implica la siembra de células madre o progenitoras (extraídas del tejido o inducida de células madre pluripotentes) en un gel de matriz extracelular componentes (gel de la matriz)4. Las células proliferan y diferencian, dando lugar a estructuras organotypic que recapitulan la jerarquía celular y morfología de los órganos de la unidad funcional de interés. Organoides se han cultivado con células procedentes de una variedad de órganos, incluyendo glándulas salivales, estómago, intestino, hígado, próstata, pulmón y cerebro4. Aunque existen numerosos protocolos que describen los pasos para establecer organitas próstata5,6, es difícil encontrar métodos suficientemente detallados sobre cómo lograr criterios de valoración cuantitativas de organoides. Este artículo resume los métodos desarrollados para las células humanas de próstata primarias y detalla una serie de puntos finales sugeridos para determinar los fenotipos de organoide. Estas técnicas fueron optimizadas para próstata organoides y pueden ser aplicables a otros cultivos celulares 3D.
Organoide próstata culturas han surgido recientemente como un modelo valioso en vitro que carece de las limitaciones de las culturas de monocapa utilizando estableció líneas celulares inmortalizadas. Epitelio benigno de próstata y cáncer de próstata es un desafío al modelo en vitro con líneas celulares inmortalizadas. El número de líneas celulares benignos es limitado, y todos han experimentado transformación con oncogenes7. Células epiteliales próstata primarias en monocapas no se diferencian en las células luminales y carecen de receptores de andrógeno8. La mayoría de líneas celulares de cáncer de próstata no tienen receptores androgénicos funcionales, un importante mediador de estado temprano de la enfermedad y falta clave los cambios genéticos que se han encontrado en tumores de pacientes9. Organoide próstata culturas pueden cultivarse fácilmente de epitelio benigno y son valiosas en el estudio de propiedades de células madre, células progenitoras, la diferenciación y efectos de los cambios experimentales en el microambiente4,5. Cáncer de próstata organitas pueden cultivarse como parte de un enfoque de la medicina de precisión para modelado de enfermedad del paciente y la respuesta a terapias10.
Este protocolo ha sido recopilada de los protocolos que utilizan diversos tipos celulares, pero se ha optimizado aquí para su uso en células humanas de próstata primarias. Complementa los protocolos descritos por aserradores, Clevers y Shen5,6 que describen el crecimiento, pases, proyección de imagen de campo claro, criopreservación y aislamiento de ARN y ADN de próstata mouse y organitas humano. Se modifica el protocolo conjunto de montaje de Mahé et al. 11, organitas epitelial gastrointestinal que describe en vivo imagen y congelados e inclusión en parafina. Borten et al. 12 se describe el análisis de mama, colon y cáncer colorrectal organoide morfología de proyección de imagen de campo claro. Además, Richards et al. 13 utiliza un método para la evaluación morfológica de próstata organitas. Finalmente, Hu et al. 14 describe un método de adhesión próstata organitas en una diapositiva de la cámara durante la noche antes de la tinción inmunofluorescente para observar las células y la dispersión de las esferas para el análisis de citometría de flujo.
El objetivo de este protocolo es demostrar detalladamente estos métodos técnicamente desafiantes como un protocolo, incluyendo la siembra de la célula; los medios de comunicación y de la matriz del gel mantenimiento; colección de células por citometría de flujo; ARN, ADN y extracción de proteínas; evaluación morfológica de análisis de campo brillante z-stack; inclusión, de transformación y seccionamiento para tinción histológica; y todo por inmunofluorescencia o análisis de la sonda fluorescente. La importancia biológica y la interpretación de estos diferentes criterios de valoración variarán entre anticuerpos utilizados para análisis y diseño experimental. A través de la utilización de este protocolo, los usuarios deben sentirse preparados para establecer un experimento con un conjunto de puntos finales.
Células epiteliales prostáticas primarias humanas (PrE) se establecieron en el laboratorio por el protocolo descrito por Peehl15,16 y mantiene a un número limitado de pasajes (hasta cuatro) como se describió anteriormente17, pero también son disponibles de proveedores comerciales. Hepatocitos libre de suero basado en los medios de comunicación6, KSFM-base13y R-spondin acondicionado 15 medios de comunicación se publican como haber elaborado con éxito organitas. KSFM-basado requiere la menor cantidad de aditivos, por lo que se describe aquí.
El siguiente protocolo se optimizó utilizando células epiteliales próstata primarias humanas de tejido de pacientes de la Universidad de Illinois en Chicago Hospital. Todos los tejidos humanos utilizados para estos experimentos eran adquiridos a través de una Junta de revisión institucional aprobó protocolo o exención de la Universidad de Illinois en Chicago. Mientras que las condiciones de cultivo variará dependiendo del tipo de células de interés, los extremos se pueden aplicar a organoides de otros tejidos.
1. siembra de células epiteliales en Gel de la matriz y cambiando los medios de comunicación
2. colección de organoides del Gel de la matriz de
Nota: Organoides es necesario para cambios de matriz gel, pases o puntos finales de extracción de RNA, la extracción de ADN, extracción de proteínas y citometría de flujo.
3. todo bien imagen adquisición y análisis de la morfología de organoide

4. parafina y la fijación de formalina incrustación de organoides para extremos histológicas
5. inmunofluorescente tinción de FFPE y organitas seccionado
6. montaje de conjunto de organoides para la tinción inmunofluorescente
7. montaje de conjunto de organoides para ensayos y sondas fluorescentes
Nota: Hay disponibles en el mercado ensayos y sondas/tintes fluorescentes (los ejemplos se incluyen en la lista de materiales) modificable para su uso en organoides todo montado para observar una variedad de extremos útiles19. El protocolo siguiente es para el kit de proliferación de EdU marcado con fluorescencia, sin embargo cualquier kit puede modificarse para su uso con una muestra montada en conjunto.
Sobre cultura exitosa de organoides de próstata primario humano, morfología y diferenciación pueden evaluarse mediante análisis de imágenes de campo claro y FFPE y técnicas de tinción montaje en conjunto.
El proceso de captura de imágenes de campo claro se ilustra en la figura 1A. Organoides son cultivados en una matriz 3D y dispersos a través de diferentes planos focales. Para observar organitas en foco a través de muchos aviones, se sugiere utilizar una imagen de la Fed (figura 1B, derecha) en lugar de un solo plano de z (figura 1B, izquierda). En el laboratorio, organitas cultivadas bajo diferentes condiciones experimentales pueden resultar en cambios en la morfología. Usando el área, circularidad (definido por lo parecido del organoide es un círculo) y radio max/min (medida de longitud) indicar a los usuarios de forma y tamaño de organoides y proporcionan una lectura cuantificable de morfología. Para enfatizar la utilidad de estas medidas, imágenes representativas de organoides con área similar pero diferentes morfología se muestran en la figura 1, en el cual un organoide largo será menos circular y tienen una mayor relación de máximos y mínimos que un esférico organoide.
Incrustación de organoides para la histología es un extremo útil para observar el interior de las muestras y asegurar que la necrosis no está presente dentro de la base de un organoide. Disponen de un flujo de trabajo para este proceso y los resultados representativos de las muestras bajo un microscopio de campo brillante sin manchas, seccionadas en la figura 2AB, C. Figura 3A muestra un organoide maltratado (izquierda) comparado con el bien entregado organitas en Figura 3A (derecha) y la figura 3B. Para determinar el estado de diferenciación de la muestra, se recomienda mirar basocelular marcadores (citoqueratina 5 y p63)8 junto con luminal de la célula marcadores (citoqueratina 8)8. Si se desea teñir organitas en situ, tinción de montaje en conjunto es una alternativa conveniente, y estos resultados representativos se proporcionan en la figura 3D.

Figura 1: evaluación de la morfología de organoides en cultura 3D. (A) imagen colección y compresión de flujo de trabajo para humanos organitas próstata primaria adquirida por una luz transmitida invertido microscopio con un motorizado X / Y etapa y compañero software de escaneo. (B) imágenes representativas de una sola z-pila (izquierda) vs. una imagen de la Fed (derecha) de una muestra de bien conjunto de organoides próstata primario humano, mostrando que más organitas están enfocadas al z-pilas múltiples se combinan en una sola imagen proyectada (barra de escala = 1000 μm). (C) imágenes representativas para el área, circularidad y max/min relación de organoides de próstata primario humano morfológicamente disímiles que tienen la misma área (barra de escala = 200 μm). Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2: organoide incrustar representante secciones de resultados y flujo de trabajo. (A) organoide de próstata primario humano incrustar el flujo de trabajo. (B) imagen representativa de una diapositiva sin mancha, fresca que contiene organitas próstata primario humano bajo el microscopio de campo brillante con agar (flecha verde), gel de histología (flecha negra), burbuja (flecha azul), organoides (flechas rojas) (barra de escala = 1000 μ m). (C) mancha diapositiva recién cortada (izquierda) vs. diapositiva seca sin manchas (derecha), organoides (flechas rojas) aparecen transparente cuando se seca (barra de escala = 500 μm) y son más difíciles de distinguir bajo el microscopio de campo brillante. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 3: tinción histológica en organoides seccionado y todo montado. (A) H & E tinción de un organoide de próstata primario humano roto por mal uso (uso agresivo, protocolo de procesamiento incorrecto, izquierda) junto a un organoide bien manejado (derecha) (barra de escala = 100 μm). (B) humano organoide de próstata primario que ha sido formalina-fijos, parafina-encajado, seccionadas y teñidas con citoqueratina basal 5 o luminal cytokeratin 8 (arriba) o basal p63 y citoqueratina luminal 8 (abajo) y fotografiada con microscopio confocal ( barra de escala = 100 μm). (C) un organoide próstata primario a largo humano montado en conjunto a teñidos con citoqueratina basal 5 o luminal citoqueratina 8 y contratinción con phalloidin y DAPI, fotografiada con microscopio confocal (barra de escala = 100 μm). (D) un organoide celular próstata primario humano montado todo manchado con fluorescencia etiquetada EdU y contador teñidas con Hoescht, fotografiada con microscopio confocal (barra de escala = 500 μm) por favor haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Los autores no tienen nada que revelar.
Aquí, presentamos un protocolo guía de manejo de organoide de próstata primario humano y sugerir criterios de valoración para evaluar el fenotipo. Siembra, mantenimiento de la cultura, recuperación de gel de la matriz, cuantificación morfológica, incrustar y seccionamiento, FFPE seccionamiento, todo Monte tinción y aplicación de ensayos comerciales se describen.
Agradecemos a los miembros de la UIC Biorespository, Dr. Klara Valyi-Nagy y Alex Susma, así como los urólogos, los Drs. Michael Abern, Daniel Moreira y Simone Crivallero, para la facilitación de la adquisición de tejido para las culturas de célula primaria. Agradecemos a los pacientes de Urología de la UIC para donar sus tejidos para investigación. Este trabajo fue financiado, en parte, por el Departamento de defensa de la próstata cáncer de investigación programa salud disparidades Idea Premio PC121923 (Nonn) y UIC centro clínico y traducción recibió educación para (clínicos y científicos traslacionales PECTS) programa (McCray y Richards) y por los institutos nacionales de Salud Instituto Nacional del cáncer, Grant números U54CA202995, U54CA202997 y U54CA203000, conocida como la Chicago salud equidad colaborativo (Nonn y Richards). El contenido es responsabilidad exclusiva de los autores y no representan necesariamente las opiniones oficiales de los institutos nacionales de salud o el Departamento de defensa.
| Células de interés | |||
| Queratinocitos-SFM (KSFM) | ThermoFisher Scientific | 17005042 | |
| Suero bovino fetal, sin carbón, regiones aprobadas por el USDA (FBS) | ThermoFisher Scientific | 12676029 | |
| 5α-Dihidrotestosterona (DHT) | Sigma-Aldrich | D-073-1ML | |
| Fondo plano, célula de poliestireno de 96 pocillos placa tratada para cultivo | ThermoFisher Scientific | 161093 | |
| Matrigel (gel de matriz) | Corning | Varios | Matrix-gel: factor de crecimiento reducido, sin rojo de fenol, etc. dependiendo de la aplicación |
| Cubitera | |||
| Campana de cultivo celular Tubos | |||
| de microcentrífuga de 1,5 mL o cónicos de 15 | mL ThermoFisher Scientific 05-408-130 | , 339650 | |
| Centrífuga | |||
| Dispasa (proteasa neutra) | STEMCELL Technologies | 7923 | proteasa neutra |
| Hanks' solución salina equilibrada (HBSS) | ThermoFisher Scientific 14025076 | ||
| TrypLE Express (enzimas de disociación celular) | ThermoFisher Scientific | 12605036 | Enzimas de disociación celular (la tripsina también puede funcionar, dependiendo del tipo de célula, pero TrypLE es más suave y se recomienda para células primarias) |
| TRIzol | ThermoFisher Scientific | 15596018 | solución de extracción de ARN sugerida |
| Tampón de lisis y extracción RIPA | ThermoFisher Scientific | 89900 | solución de extracción de proteínas sugerida |
| DNAzol | ThermoFisher Scientific | 10503027 | solución de extracción | de
| ADN sugerida | Organoides | ||
| Fondo plano, poliestireno Placa tratada para cultivo celular de 96 pocillos | Microscopio de campo claro | ThermoFisher Scientific | 161093|
| con capacidad | de cámara | Ej. EVOS FL Auto Imaging System | |
| Software | de análisis fotográfico | por ejemplo, Photoshop, CELLESTE, ImageJ, MorphoLibJ, CellProfiler | |
| Software | de gráficos | , por ejemplo, Graphpad, Excel, etc | |
| Organoides | Bolsa de hielo Cinta adhesiva Puntas de|||
| pipeta (1000 μ | |||
| L) | |||
| Hoja de afeitar Dispasa | |||
| STEMCELL Technologies | 7923 | ||
| Agarosa | Sigma-Aldrich | A9045 | |
| HistoGel (histology-gel) | ThermoFisher Scientific | HG-4000-012 | |
| Lápiz | |||
| "Émbolo" de jeringa | de insulina de 1 cc | ||
| Casette de tejido | Thomas Scientific | 1202D72 | |
| Contenedor para contener fijador | |||
| 10% de formalina tamponada neutra (NBF) | Pluma Sigma-Aldrich | HT501128 | |
| Histology, pluma | Sigma-Aldrich | Z648191-12EA | STATMARK | resistente al
| EtOH Etanol (grado histológico) | Fisher Scientific | A405P-4 | Para la fijación y diluciones graduadas durante el procesamiento |
| Xilenos | Sigma-Aldrich | 214736-1L Agua | |
| desionizada | |||
| Parafina | Leica | varios | |
| Procesador | de tejidos | ||
| Estación | de trabajo de inclusión | ||
| Economy Tissue Float | Bath Daigger | EF4575E XH-1001 | |
| Microtomo | |||
| Cuchillas de micrótomo | Ted Pella | 27243 | |
| Portaobjetos de microscopio cargados positivamente | Thomas Scientific | 1158B91 | |
| Horno de laboratorio | ThermoFisher Scientific | PR305225G | |
| Kit de tinción de hematoxilina y eosina | Vector Laboratories | H-3502 | Sugerencia de H& Kit de tinción |
| E ABC Peroxidasa Kit de tinción estándar | ThermoFisher Scientific | 32020 | Kit de tinción inmunohistoquímica sugerido |
| Anticuerpo primario (AR) del receptor de andrógenosTecnología | de señalización celular | 5153S | Anticuerpo primario sugerido para IHQ |
| FFPE, muestra de organoide seccionada horneada en un portaobjetos | |||
| Etanol (grado histológico) | Fisher Scientific | Las dilucionesde A405P-4 | deben realizarse con agua desinoizada |
| Xilenos | Sigma-Aldrich | 214736-1L Agua | |
| desionizada (DI H2O) | |||
| Solución de recuperación de antígenos | Sigma-Aldrich, Abcam | C9999, ab93684 | |
| 1x solución salina tamponada con fosfato - PBS | ThermoFisher Scientific | 10010023 | |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X100-1L | |
| Suero de caballo normal | thermoFisher Scientific | 31874 | |
| Bovin Albúmina sérica | Sigma-Aldrich | A2058 | |
| Counterstain (DAPI, Hoescht) | Sigma-Aldrich | D9542 | |
| Azida de sodio | Sigma-Aldrich | S2002 | sugerida para almacenamiento pero no necesaria |
| Microscopio | confocal | ||
| Coplin | Fisher Scientific | 19-4 | |
| Gradilla | IHC World | M905-12DGY | |
| Placa de tinción | IHC World | M900-12B | |
| Cámara de desobstrucción | Biocare Medical | DC2012 | |
| Cámara de humedad | Thomas Scientific | 1219D68 | |
| Bolígrafo de barrera hidrofóbica | Vector Laboratories | H-4000 | |
| Anticuerpo primario de citoqueratina 8/18 (CK8) | ARP American Research Products | 03-GP11 | anticuerpo primario sugerido para IF |
| anticuerpo p63-alfa (p63) | Cell Signaling Technology | 4892S | anticuerpo primario sugerido para IF |
| Queratina 5 Anticuerpo policlonal (CK5) | Biolegend | 905501 | primario sugerido anticuerpo para FI |
| Cabra anti-conejo secundario | ThermoFisher Scientific | A21245 | anticuerpo secundario sugerido para la detección de p63 o CK5 (no usar al mismo tiempo) |
| Anti-conejillo de indias de cabra secundario | ThermoFisher Scientific | A-11075 | anticuerpo secundario sugerido para la detección de CK8 |
| Cubreobjetos de microscopio | Globe Scientific | 1414-10 | |
| Medios | de montaje antidecoloraciónThermoFisher Scientific | S36972 | |
| Organoides Puntas de | |||
| pipeta (1000 μ L) | |||
| Puntas de pipeta (200 μ L) | |||
| Portaobjetos de cámara de 8 pocillos | ThermoFisher Scientific | 154534PK | También es posible utilizar una placa confocal, dependiendo de la preferencia del usuario |
| Cell-Tak | Corning | CB40240 | reactivo adherente opcional |
| 1x solución salina tamponada con fosfato (PBS) | ThermoFisher Scientific | 10010023 | |
| 4% paraformaldehído (PFA) | Biotium | 22023 | se pueden utilizar otros fijadores como el metanol o la formalina |
| 50mM NH4Cl | sigma-Aldrich | 254134 | |
| Triton™ X-100 (detergente no iónico) | Sigma-Aldrich | X100-1L | |
| Suero de caballo normal (NHS) | thermoFisher Scientific | 31874 | |
| Bovin Albúmina sérica (BSA) | Sigma-Aldrich | A2058 | |
| Contratinción (DAPI, Hoescht) | Sigma-Aldrich | D9542 | |
| Contratinción (faloidina) | thermoFisher Scientific | A22287 | |
| Azida sódica | sigma-Aldrich | S2002 | sugerida para almacenamiento, pero no obligatoria |
| Microscopio | confocal | ||
| Anticuerpo primario de citoqueratina 8/18 (CK8) | ARP American Research Products | 03-GP11 | anticuerpo primario sugerido para el FI |
| Anticuerpo p63-alfa (p63) | Cell Signaling Technology | 4892S | anticuerpo primario sugerido para el FI |
| Anticuerpo policlonal de queratina 5 (CK5) | Biolegend | 905501 | anticuerpo primario sugerido para el ayuno intermitente |
| anti-conejo de cabra | ThermoFisher Scientific | A21245 | anticuerpo secundario sugerido para la detección de p63 o CK5 (no usar al mismo tiempo) |
| anti-conejillo de indias de cabra | ThermoFisher Scientific | A-11075 | anticuerpo secundario sugerido para la detección de CK8 |
| Visikol HISTO-M | Visikol | varios | agentes de limpieza opcionales |
| Organoides Puntas de | |||
| pipeta (1000 μ L) | |||
| Puntas de pipeta (200 μ L) | |||
| Portaobjetos de cámara de 8 pocillos | ThermoFisher Scientific | 154534PK | También es posible utilizar un plato confocal, dependiendo de la preferencia del usuario |
| Cell-Tak | Corning | CB40240 | |
| 1x solución salina tamponada con fosfato - PBS | ThermoFisher Scientific | 10010023 | |
| Ensayo celular de interés | Varios | Varios | Ensayo de proliferación Click-iT EdU Alexa Fluor (kit de proliferación de EdU marcado con fluorescencia), kit de peroxidación lipídica Image-iT, etc.) y sondas/colorantes fluorescentes (por ejemplo, kit de salud mitocondrial HCS, CellMask, ensayos de viabilidad LIVE/DEAD, reactivos CellROD, etc.) |
| Organoides Cubo | |||
| de hielo | |||
| Campana de cultivo celular | Tubos|||
| Eppendorf de 1,5 mL o cónicos de 15 mL | |||
| Microcentrífuga | |||
| Dispasa | STEMCELL Technologies | 7923 | |
| TrypLE Express (enzimas de disociación celular) | ThermoFisher Scientific | 12605036 | Enzimas de disociación celular (la tripsina también puede funcionar, dependiendo del tipo de célula, pero TrypLE es más suave y se recomienda para células primarias) |
| Hanks' solución salina equilibrada (HBSS) | ThermoFisher Scientific | 14175079 | |
| Tubo de flujo con filtro de células Snap Cap | Fisher Scientific | 08-771-23 | |
| Anticuerpo de citoqueratina 5 - FITC | Millipore Sigma | FCMAB291F | Anticuerpo de flujo sugerido Anticuerpo |
| de citoqueratina 8 - Alexafluor 405 | Abcam | ab210139 | Anticuerpo de flujo sugerido |
| CD49f - Alexafluor 647 | BioLegend | 313609 | Anticuerpo de flujo sugerido |
| CD26 - PE | BioLegend | 320576 | Anticuerpo de flujo sugerido |
| Citómetro | de flujo |