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Research Article
Wen-Yang Hu1, Dan-Ping Hu1, Lishi Xie1, Lynn A. Birch1, Gail S. Prins1,2,3
1Department of Urology, College of Medicine,University of Illinois at Chicago, 2Department of Pathology, College of Medicine,University of Illinois at Chicago, 3University of Illinois Cancer Center, College of Medicine,University of Illinois at Chicago
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Utilisant les cellules épithéliales primaires humaines de prostate, nous rapportons une nouvelle méthode biomarqueur-libre de caractérisation fonctionnelle des cellules de tige-comme par un test sphéroïde-basé d'étiquette-rétention. Un protocole étape par étape est décrit pour l'étiquetage des cellules BrdU, CFSE ou Far Red 2D; formation sphénoïde tridimensionnelle; identification des cellules souches de conservation de l'étiquette par immunocytochimie; et l'isolement par FACS.
Malgré les progrès de la recherche sur les cellules souches adultes, l'identification et l'isolement des cellules souches à partir de spécimens de tissus demeure un défi majeur. Bien que les cellules souches résidentes soient relativement calmes avec des contraintes de niche dans les tissus adultes, elles entrent dans le cycle cellulaire dans la culture tridimensionnelle sans ancre (3D) et subissent à la fois une division cellulaire symétrique et asymétrique, donnant naissance à la fois à la tige et à l'ancêtre. Cellules. Ces derniers prolifèrent rapidement et constituent la principale population cellulaire à divers stades de l'engagement de la lignée, formant des sphéroïdes hétérogènes. Utilisant les cellules épithéliales humaines normales primaires de prostate (HPrEC), un test sphéroïde, d'étiquette-rétention a été développé qui permet l'identification et l'isolement fonctionnel des cellules souches sphéroïdes-initiatrices à une résolution simple de cellules.
HPrEC ou lignées cellulaires sont cultivées en deux dimensions (2D) avec BrdU pendant 10 jours pour permettre son incorporation dans l'ADN de toutes les cellules de division, y compris les cellules souches auto-renouvelables. Le lavage commence lors du transfert à la culture 3D pendant 5 jours, au cours desquels les cellules souches se renouvellent par division asymétrique et initient la formation sphéroïde. Tandis que les cellules souches de fille relativement calmes conservent l'ADN parental BrdU-étiqueté, les ancêtres de fille prolifèrent rapidement, perdant l'étiquette brdU. Le BrdU peut être remplacé par des colorants pro CFSE ou Far Red, qui permettent l'isolement des cellules souches vivantes par le FACS. Les caractéristiques des cellules souches sont confirmées par la formation in vitro de sphéroïdes, les essais de régénération des tissus in vivo et la documentation de leurs divisions cellulaires symétriques/asymétriques. Les cellules souches isolées qui conservent l'étiquette peuvent être rigoureusement interrogées par des études moléculaires et biologiques en aval, y compris l'ARN-seq, le ChIP-seq, la capture d'une seule cellule, l'activité métabolique, le profilage du protéome, l'immunocytochimie, la formation d'organoïdes et la régénération des tissus in vivo. Fait important, cette approche d'isolement des cellules souches fonctionnelles sans marqueuridentifie les cellules souches à partir de spécimens de cancer frais et de lignées de cellules cancéreuses provenant de plusieurs organes, ce qui suggère une large applicabilité. Il peut être utilisé pour identifier les biomarqueurs de cellules souches du cancer, dépister les produits pharmaceutiques ciblant les cellules souches cancéreuses et découvrir de nouvelles cibles thérapeutiques dans les cancers.
La prostate humaine contient l'épithélium luminal avec la fonction sécrétrice et les cellules basales la sous-jacente s'il y a un composant neuroendocrine peu commun de cellules. Les cellules épithéliales, dans ce cas, sont générées à partir d'une population rare de cellules souches de la prostate qui sont relativement calmes in vivo et agissent comme un système de réparation pour maintenir l'homéostasie glandulaire tout au long de la vie1. Malgré de nombreux progrès, l'identification et l'isolement fonctionnel des cellules souches de la prostate demeurent un défi majeur dans le domaine. Les biomarqueurs de cellules souches, y compris les méthodologies basées sur les marqueurs de surface cellulaire combinés à la cytométrie du débit sont couramment utilisés pour la recherche sur les cellules souches2,3,4. Cependant, les résultats pour l'enrichissement et l'isolement varient considérablement en fonction des combinaisons de marqueurs et de la spécificité d'anticorps5,6, soulevant des questions au sujet de l'identité des cellules isolées. Une autre approche largement utilisée pour l'enrichissement cellulaire de type souche est la culture sphéroïde tridimensionnelle (3D)2,3,4. Bien que les cellules souches résidentes soient relativement calmes in vivo avec des contraintes de niche, elles subissent une division cellulaire dans la culture de la matrice 3D (à la fois symétrique et asymétrique), générant à la fois des cellules souches et progénitrices qui se reproduisent rapidement vers l'engagement de lignée7,8. Les sphéroïdes formés sont un mélange hétérogène contenant à la fois des cellules souches et des cellules progénitrices à divers stades de l'engagement de la lignée, y compris les cellules progénitrices à un stade précoce et avancé. Ainsi, les essais utilisant l'ensemble des sphéroïdes ne sont pas exclusifs aux cellules souches, ce qui rend l'identification des propriétés uniques des cellules souches non concluante. Par conséquent, il est essentiel de créer des essais pour identifier et séparer les cellules souches de la prostate de leurs ancêtres filles. À cette fin, l'objectif du protocole actuel est d'établir un système d'analyse qui permet l'identification efficace et l'isolement des cellules souches des tissus de la prostate humaine suivies d'une analyse robuste en aval de leurs fonctions biologiques.
La rétention à long terme de l'étiquette 5-bromo-2'-deoxyuridine (BrdU) est largement utilisée pour le traçage in vivo et in vitro des cellules souches en fonction de leur temps de doublement prolongé9,10. L'approche actuelle pour l'identification et l'isolement de cellules souches de prostate décrites ci-dessus est basée sur leurs caractéristiques quiescentes relatives et leurs propriétés d'étiquette-rétention dans une population épithéliale mélangée. En outre, sur la base de l'hypothèse de l'ADN brin immortel, seules les cellules souches peuvent subir une division asymétrique des cellules. La cellule souche représente la cellule fille qui contient l'ADN parental plus ancien tandis que la cellule progénitrice, qui est une cellule fille engagée, reçoit l'ADN nouvellement synthétisé. La propriété unique de cellules souches décrite ci-dessus est exploitée pour effectuer l'étiquetage BrdU dans les cellules souches parentales dans les cultures primaires, puis suivre leur étiquette après BrdU-washout lors du transfert à la culture sphéroïde 3D sans ancrage. Tandis que la majorité des cellules épithéliales primaires de prostate maintiennent un phénotype basal et de transit amplifiant dans la culture 2D, il y a également une population rare de cellules souches multipotentes réapprovisionnant et maintenant l'homéostasie épithéliale comme démontré par la formation des sphéroïdes ou des organoïdes entièrement différenciés avec les médias de culture correspondants sur le transfert aux systèmes 3D3,12. Dans notre protocole actuel, en utilisant des sphéroïdes de la prostate HPrEC ou des tests de rétention BrdU, CFSE ou Far Red à base de prostasphere, suivis du tri des cellules activées par la fluorescence (FACS), nous identifions les cellules souches qui conservent l'étiquette dans les sphéroïdes à un seul niveau cellulaire13.
Fait important, nous avons confirmé en outre les caractéristiques des cellules souches des cellules de rétention d'étiquette dans les sphéroïdes à un stade précoce par rapport aux cellules progénitrices avec engagement de lignée. Ceux-ci incluent la division asymétrique de cellules souches, la capacité de formation sphéroïde in vitro et la capacité de régénération in vivo de tissu, l'activité élevée d'autophagie, la biogenèse augmentée de ribosome et l'activité métabolique diminuée. Par la suite, l'analyse de RNAseq a été exécutée. Des gènes exprimés différemment dans les cellules sphéroïdes qui conservent l'étiquette ont été observés qui peuvent servir de nouveaux biomarqueurs pour les cellules souches de la prostate humaine. Cette approche de conservation de l'étiquette à base de sphéroïdes peut s'appliquer aux échantillons de cancer afin d'identifier de la même façon un petit nombre de cellules souches cancéreuses, offrant ainsi des possibilités translationnelles de gérer les populations résistantes à la thérapeutique13. Présenté ci-dessous est le test de rétention d'étiquette à base de prostasphère à l'aide de cellules épithéliales primaires humaines de la prostate (HPrEC) à titre d'exemple.
Toutes les manipulations cellulaires et les préparations pour les médias doivent être effectuées avec une technique aseptique dans un coffret de sécurité biologique de classe II (BSC).
1. Culture et entretien des cellules HPrEC en 2D
2. Étiquetage HPrEC avec BrdU, CFSE, ou Far Red pro-colories
REMARQUE : Les cellules peuvent procéder à l'étape 2.1 ou à l'étape 2.2 suivie du transfert à la culture de prostasphere 3D comme décrit à l'étape 3.1.
3. Formation de prostasphere dans le système de culture de membrane de sous-sol 3D
4. Identification des cellules souches de la prostate brdU-retenues par coloration immunofluorescente
5. Isolement des cellules souches de la prostate qui retiennent l'étiquette CFSE par tri FACS
Les cellules épithéliales normales primaires de prostate sont placées dans des plats de culture fibronectin-enduits et la croissance cellulaire est maintenue dans la culture 2D(figure 1a). Lors du transfert dans la culture 3D avec une matrice de membrane de sous-sol, les cellules épithéliales différenciées meurent lentement. Seules les cellules souches de la prostate peuvent survivre dans une culture sans ancrage et former des sphéroïdes en 5 jours (figure 1b).
L'étiquetage double des cellules épithéliales de prostate dans la culture 2D suivie de la formation sphéroïde dans la culture 3D indique la colocalisation de BrdU, de CFSE, et de rouge lointain dans les mêmes cellules d'étiquette-retenue(figure 2a-i).
Les cellules de conservation de l'étiquette présentent des caractéristiques des cellules souches dans les sphéroïdes du jour 5. La double immunostaining montre que les cellules d'étiquette-retenue présentent des niveaux plus bas de protéine de cytokatin KRT14 ; diminution de la protéine de jonction cellulaire E-cadherin14; protéines à marqueur précoce de cellules souches wnt10B13,15,16 et ALDH1A1; a augmenté la protéine autophagie LC3, un indicateur de l'activité de flux d'autophagie17; et augmenté la myosine IIB (Figure 3a-f).
Un essai de rétention d'étiquette sphéroïde détecte également avec succès les cellules souches cancéreuses dans les échantillons de cancer de la prostate (figure 4). Cela permettra la découverte de véritables biomarqueurs pour les cellules cancéreuses semblables à des tiges et a le potentiel d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour le cancer de la prostate.

Figure 1 : Maintien du HPrEC dans la culture 2D et formation sphéroïde dans la culture 3D. (a) Une culture primaire 2D de HPrEC a été BrdU-étiqueté et transféré à la culture 3D avec la formation de prostasphere le jour 5 (b). Barres d'échelle de 400 m. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de ce chiffre.

Figure 2 : Identification des cellules de rétention d'étiquetteà longue durée dans les prostasphères primaires. Double étiquetage de BrdU (rouge) et CFSE (vert); CFSE (vert) et Far Red (rouge); BrdU (vert) et Far Red (rouge) ont identifié les mêmes cellules souches avec la rétention de l'ADN parental. Toutes les étiquettes BrdU, CFSE ou Far Red dans les cellules progénitrices qui divisent rapidement (DAPI, bleu) ont été diluées et perdues (a-i). Les images représentatives montrent BrdU/CFSE (a-c) (panneau supérieur), CFSE/Far Red (d-f) (panneau moyen) et BrdU/Far Red (g-i) (panneau inférieur) co-étiquetage dans les cellules de prostasphère unique (PS). Barres d'échelle de 50 m. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de ce chiffre.

Figure 3 : Cellules PS qui conservent l'étiquette et qui présentent des propriétés de cellules souches. Par rapport aux cellules progénitrices non-label-retenues, les cellules souches BrdU ou CFSE qui conservent l'étiquette présentent (a) des niveaux inférieurs de cytokératine 14 (KRT 14),( b) diminution des niveaux d'E-cadhérine, (c) niveaux élevés de Wnt10B, (d) niveaux plus élevés d'ALDH1A1, (e) augmentation de LC3, et (f) a augmenté myosin IIBs. Barres d'échelle de 50 m. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de ce chiffre.

Figure 4 : Utilisation de l'exemple de conservation de l'étiquette à base de sphère pour l'identification des cellules souches cancéreuses. Les cellules souches de cancer de CFSE-retenue de cancer dans les sphéroïdes dérivés des spécimens humains de cancer de la prostate ont montré la protéine e-cadhérine réduite relative aux cellules progénitrices non étiquetées. Barres d'échelle de 50 m. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de ce chiffre.
Les auteurs n'ont pas de relations financières à divulguer.
Utilisant les cellules épithéliales primaires humaines de prostate, nous rapportons une nouvelle méthode biomarqueur-libre de caractérisation fonctionnelle des cellules de tige-comme par un test sphéroïde-basé d'étiquette-rétention. Un protocole étape par étape est décrit pour l'étiquetage des cellules BrdU, CFSE ou Far Red 2D; formation sphénoïde tridimensionnelle; identification des cellules souches de conservation de l'étiquette par immunocytochimie; et l'isolement par FACS.
Cette étude a été soutenue par des subventions du National Cancer Institute R01-CA172220 (GSP, WYH), R01-ES02207 (GSP, WYH). Nous remercions le Flow Cytometry Core de l'Université de l'Illinois à Chicago pour son aide sur le tri cellulaire.
| 0,05 % Trypsine-EDTA | Gibco | 25300-054 | |
| Seringues à tuberculine de 1 mL Tubes | de microcentrifugationBectin Dickinson | BD 309625 | |
| 1,5 mL, boîtes de culture stériles | |||
| de 100 mm Plaque | de cultureCorning/Falcon | 353003 | |
| 12 puits Centrifugeuse | Corning/Falcon | 353043 | |
| 15 mL tubes | Corning/Falcon | 352097 | |
| 22 x 22 mm lamelles, carré | Corning | 284522 | Pour MatTek Plat de culture 35 mm |
| 24 x lamelles de 50 mm | Corning | 2975245 | |
| 26G x 1,5 pouce Aiguille hypodermique | Monoject | 1188826112 | |
| 2N HCl | |||
| 35 mm Plat de culture avec couvercle fond en verre | MatTek Corp | P35G-0-10-C | Fond en verre n° 0, non revêtu, irradié |
| 40 µ ; passoire à cellules en nylon poreux Corning | 352340 | ||
| Incubateur de culture à 5 % de CO2, 37 ° ; C | Forma | ||
| 50 mL tubes à centrifuger | Corning/Falcon | 352098 | |
| 5mL Tube à fond rond en polystyrène avec capuchon à pression | Corning | 352235 | 35 µ ; |
| Plaques de culture à 6 puits | en maille de nylonCorning | 353046 | |
| lames de chambre à 8 puits | Millipore Sigma | PEZGS0816 | |
| Milieu de montage aqueux contenant DAPI | Vector Laboratories | H-1200 | A Enceinte |
| de sécurité biologique, certifiée | |||
| BrdU (5-bromo-2'-désoxyuridine) | Sigma-Aldrich | B5002 | 1 mM solution mère dans DMSO |
| Centrifugeuse pour tubes de microcentrifugation de 1,5 mL | Centrifugeuse Eppendorf | ||
| pour tubes de 15 mL | Beckman Coulter | Allegra 6 | |
| CFSE (ester de carboxyfluorescéine succinimidylique) | Thermo Fisher Scientific | C34554 | 5 mM solution mère dans |
| la cytochalasine D | DMSOThermo Fisher Scientific | PHZ1063 | |
| Dispase 1U/mL | StemCell Technologies | 07923 | |
| FACS CellSorter MoFlo XDP | Beckman Coulter | s | |
| Far-Red pro-colorant | Thermo Fisher | C34564 | 5 mM solution mère dans du sérum |
| veau fœtal DMSO (FBS) | |||
| Fibronectin | Sigma-Aldrich | F0895 | Pour enrober des boîtes de culture de 100 mm |
| Microscope fluorescent avec caméra numérique couleur | Microscope fluorescent Carl Zeiss | Axioskop 20 ; Axiocamera numérique couleur Chèvre | |
| anti-IgG de souris (H+L) Anticorps secondaire hautement adsorbé croisé, Alexa Fluor 488 | Thermo Fisher | A-11029 | |
| HPrEC (Cellules épithéliales primaires normales de la prostate humaine) | Technologie de cellule Lifeline | FC-0038 | Regroupé à partir de 3 jeunes donneurs d’organes (19-21 ans et moins) indemnes de la maladie ; 1 x 105 cellules/mL ; stocké dans un seau à glace à l’azote liquide |
| et de la glace | |||
| Microsope inversé avec appareil photo | numérique | ||
| Matrigel, faible facteur de croissance, sans rouge de phénol | Corning | 356239 | |
| Méthanol | Corning | A452-4 | |
| Anticorps anti-BrdU de souris | Signalisation cellulaire | 5292S | |
| Anticorps IgG de souris ( contrôle négatif) | Santa Cruz Biotechnology | sc-2025 | |
| Sérum de chèvre normal | Vector Laboratories | S-1000 | |
| Saline tamponnée au phosphate (PBS), pH 7,4 | Sigma-Aldrich | P5368-10PAK | |
| Pipettors et pointes, différentes tailles | |||
| PrEGM (ProstaLife Epithelial Cell Growth Medium) | Lifeline Cell Technology | LL-0041 | |
| Iodure de propidium (PI) | R & D Systems | 5135/10 | 10 &mu ; g/mL d’IP dans le PBS stocké à 4 ° ; C dans le noir |
| Pipettes sérologiques, différentes tailles | |||
| Logiciel pour le comptage de sphères et les mesures | de taille | ||
| Logiciel : images 3D à l’aide d’Imaris un logiciel d’imagerie avec des capacités | de dessin de forme libre | ||
| Triton X-100 | Millipore Sigma | T8787 | |
| Bain d’eau, 37 ° ; Images | d’empilement z C|||
| à l’aide d’un microscope | confocal à fluorescence inversée en lumière transmise |