細胞には、複数のウイルスが同時に感染することがあります。2つのウイルスが同じ細胞内で複製するために分解してゲノムを露出させると、ゲノムの類似した領域が対になって配列を交換する「組換え」と呼ばれるプロセスが起こります。また、分割されたゲノムを持つウイルスは、再結合と呼ばれるプロセスでセグメントを交換できます。
病気の中には、複数の種に感染するものがあります。例えば、豚は、通常の豚に感染するウイルスに加えて、人間や鳥に感染するウイルスにも感染する可能性があります。ウイルスは同じ細胞に感染すると再結合するため、豚は他の種のウイルスを再結合して新しいウイルスを作る混合容器のような役割を果たし、人間に感染することもあります。このような現象は、他の生物種からの感染物質が人間に侵入する経路となることが懸念されます。動物から人間に感染する病気を人獣共通感染症といいます。人間は、このようなウイルスにさらされた経験がないために、非常に感染しやすいです。
インフルエンザA型は、ウイルス感染症の「混合容器説」の典型的な例です。ブタ、鳥、ヒトのA型インフルエンザウイルスがブタの宿主の中で再編成されたことが研究で証明されています。その結果、ヒトと鳥の遺伝子を含む二重再々変異ウイルスや、ヒト、鳥、ブタの遺伝子を含む三重再々変異ウイルスが生まれました。オランダでは、ヒトと鳥インフルエンザの遺伝子を含む再々変異ウイルスが豚からヒトに感染しました。
