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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
In plantaでは、栄養素と毒物のフラックスの測定は、植物の栄養と毒性の研究に不可欠です。ここでは、カリウム(K+)およびアンモニア/アンモニウム(NH3/NH4+)フラックスを例に、無傷の植物根の流入および流出測定のための放射性トレーサープロトコルについて説明します。このような手法の利点と制限について説明します。
栄養素と毒物の一方向の流入と流出、そしてその結果としての正味のフラックスは、植物の栄養と毒物学の中心です。放射性同位元素追跡は、植物内、および植物とその環境との間のフラックスを測定するために使用される主要な技術です。放射性トレーサープロトコルで得られたフラックスデータは、特定のミネラル栄養素や毒物の輸送システムの容量、メカニズム、調節、エネルギーの解明に役立ち、細胞内ミネラルや代謝物プールのコンパートメント化と代謝回転率に関する洞察を得ることができます。ここでは、植物生物学で使用される2つの主要な放射性同位元素プロトコル、直接流入(DI)とトレーサー排出(CATE)によるコンパートメント分析について説明します。私たちは、モデル種オオムギ(Hordeum vulgare L.)の無傷の苗木において、カリウム(K+)を栄養素として、アンモニア/アンモニウム(NH3/NH4+)を毒物としてフラックス測定することに焦点を当てています。これらのプロトコールは、他の実験システム(例えば、異なる種、切除された植物材料、その他の栄養素/毒物)に容易に適応させることができます。これらのプロトコルの利点と制限について説明します。
栄養素や毒物の取り込みと分布が強く、植物の成長に影響を与える。したがって、基本的な輸送プロセスの研究は、特に栄養の最適化と環境ストレス( 例えば 、塩ストレス、アンモニウム毒性)の文脈で、植物生物学や農学1,2の研究の主要な領域を構成している。植物中のフラックスを測定するための方法の中で最高経営責任者は、1950年代に大幅に開発された放射性同位体トレーサーを使用することである( 例えば 、3を参照)、今日広く使用され続けています。そのような根培地および/または組織への蓄積から栄養枯渇の測定などMIFE(微小電極イオン磁束推定)とSIET(イオン選択性電極法をスキャン)のようなイオン選択性振動マイクロ電極の使用、の使用などの他の方法は、イオン選択性蛍光色素は、広く適用されるが、正味のインフルエンザを検出する能力が制限されているXES( すなわち 、流入と流出の差)。放射性同位体の使用は、一方で、研究者は動力学的パラメーターを解決するために使用することができる一方向性フラックスを分離し、定量化するユニークな能力を可能にする( 例えば 、K MおよびV max)は 、容量への洞察を提供し、エネルギー論、交通システムのメカニズム、および規制、。放射性トレーサーで作られた単方向フラックス測定は反対方向に磁束が高く、細胞内プールの代謝回転が急速4である条件の下で特に有用である。トレースされた同位体は、同じ要素の別の同位体を背景に観察されているため、また、放射性トレーサーの方法は、(以下に、「ディスカッション」を参照)の測定は、多くの他の技術とは異なり、かなり高い基質濃度下で行うことを可能にする。
ここでは、単方向であり、nの放射性同位体を測定するための詳細な手順を提供完全な植物ミネラル栄養素や毒物のらフラックス。重点が存在する場合、高濃度( 例えば 、1〜において、カリウム(K +)のフラックス測定に有毒植物主要栄養素5、アンモニア/アンモニア(NH 3 / NH 4 +)、しかし、別の主要栄養素を説明する10ミリモル)2。私たちは、モデル系の大麦( オオムギ L の無傷の苗に、それぞれ、NH 4 +(T 1/2 = 9.98分)の放射性同位元素42 K +(T 1/2 = 12.36時間)と13 NH 3月 13日を使用します。)、2主要プロトコルの説明において:トレーサー流出(CATE)による直接流入(DI)とコンパートメント解析。私たちは、この記事は、単純に各プロトコルを実行するために必要な手順を説明し、最初から注意してください。計算と理論の適切な、簡潔な説明が提供される場合、各技術の詳細な博覧会の背景と理論は対象4,6-9上のいくつかの重要な論文に記載されています。重要なことは、これらのプロトコルは他の栄養素/毒物の分析をフラックスに広く譲渡する( 例えば 、24のNa +、22 Na +の、86のRb +、13 NO 3 - )および他の植物種に、いくつかの注意事項ではあるが(下記参照) 。また、放射性物質を扱うすべての研究者が機関の電離放射線安全·レギュレータを介して配置されたライセンスの下で働かなければならない重要性を強調。
1工場の文化と準備
実験的ソリューション/材料の作製
コンテンツ ">注:以下は、一般的に実験前に1日に実行されます。3放射性トレーサーを準備
注意:以下の安全のステップが放射能で作業する前に注意する必要があります。
4。直接流入(DI)の測定
トレーサー流出(CATE)測定による5。コンパートメント解析
図1は 、高で成長した無傷の大麦の苗の根に、NH 3の流入のために(13をN)DI技術を使用して見つかった等温線を示している(10 mM)を、NH 4 +、およびいずれか(0.02 mM)の低または高(5 mMの)K +。 (;溶液のpH 13の変化によって調整する[NH 3] EXT)NH 3のフラックスは、外部のNH 3濃度の関数としてプロットされた場合の等温線は、ミカエリス·メンテン速度論を表示します。 NH 3フラックスは高K +よりも低K +で有意に高かった。ミカエリス·メンテン動力学的パラメータを分析すると、V maxは強く高K +(205対で減少している間、K Mは 、K +レベル(それぞれ低及び高K +、150対90μM)との間で比較的安定していたことを示した80マイクロモルのG -1時間-1)。したがって、データは、K +レベル regulatエス窒素輸送(V maxは効果 )ではなく、トランスポーターの結合部位についてのK +とNH 3との間に直接的な競争(K M効果 )による。むしろ、K +は、アクアポリンの活性の調節を介してのような他の手段(詳細については、13を参照)によってNH 3フラックスを調節し得る。
DIはまた、栄養に移行する、または薬理学的薬剤の適用に流入における比較的速い変化を捕捉するのに便利です。たとえば、 図2は中程度(0.1 mM)を-K +と高い(10 mM)を-NH 4 +条件で成長させ、完全な大麦の苗の根にある+ -uptake系Kの急速な可塑性を強調しています。ここでは、外部溶液からNH 4 +離脱の 5分以内のK +流入における〜350%の増加を観察した。この「アンモニウム離脱効果」(「AWE」)はK +に感受性であることが見出された+)を、バリウム(Ba 2 +)、およびセシウム(Cs +)。いくつかのシロイヌナズナ遺伝子型におけるDIと電気生理学的測定を用いて、、AtAKT1決定的シロイヌナズナ K +チャネルの活性の変化にAWEの大半を帰することができましたし、高親和性K +トランスポーター、AtHAK5 14。
図3のプロットが低い(0.1 mM)のK +と(1 mM)の中程度で成長した予め標識大麦の苗の根から時間をかけて42のK +の定常状態流出、NO 3 - 。これらのトレースはCATE法は、さまざまな栄養/薬理学的物質を加えると流出の急速かつ大幅な変更を明らかにすることができる方法を示しています。 K +流出の実質的、即時の阻害は、10mMのCs +、K + -チャネルブロッカー、または急激な増加のアプリケーションのいずれかの際に観察された(0.1から10mmまで)のK +引当金の。これらの結果は、外向き整流性K +チャネル15の固有のゲーティング特性を記述する分子の研究と一致しているのに対し 、迅速かつ強力に10mMのNH 4 +のアプリケーションはK +流出を刺激した。この効果は、NH 4 + 17の導入の際に起こることが知られているルートセル16の原形質膜を横切る電位勾配の脱分極を介して外向き整流性K +チャネルの活性化によって説明することができる。したがって、この方法を用いて、私たちは、K +チャネルは大麦10の根のK +流出を媒介すること、 植物体中で 、示すことができた。
最後に、 表1は、42 K +流出([K +] EXT = 0.1 mM)をオオムギ種子における定常状態の測定から抽出されたCATEパラメータを示していまたは10mM NH 4 +、後者は有毒なシナリオを表す- lingsのいずれか1 mMのNO 3を用いて成長させた。高いNH 4 +の状態は、すべてのK +フラックスの抑制、および細胞質K +濃度の大幅な減少をもたらす([K +] CYT)観察されたように、通常は恒常的に(健康な成長条件の下で18〜100 mMのに維持され、 例えば 、 表1において、NO 3の下-電源)。

図1。13 NH 3流入等温線は、K +電源が窒素輸送を調節する方法を明らかにした。NH 3の流入をNHの外部濃度を変化させる機能として、 3] EXT)高い(10 mM)のNH 3 / NH 4 +と(赤0.02ミリモル)、ローまたはハイのどちらか(5ミリモル、青)のK +で成長した大麦の苗の無傷の根。ミカエリス·メンテンの等温線の解析高K +の規定は、NH 3 -uptakeトランスポーターの基質親和性( すなわち 、K M)は比較的ほとんど影響を持っていますが、大幅に輸送能力( すなわち 、V maxを減少させることを明らかにし、「代表的な結果を参照してください')。ヘンダーソン·ハッセルバルヒ方程式に従って、NH 4 +比:注、[NH 3]拡張の変化は、このように、NH 3、NaOHで外部溶液のpHをシフトすることによって設立され、された。エラーバーは4-7のSEMが複製を示している。 (Coskun らから再生された。急速なアンモニアガス輸送アカウントを植物の根中のNH 3 / NH 4 +の毒性の下で無駄な膜貫通サイクリング。 工場Physiol。163、1859年から1867年(2013年)。)

図2:NH 4 +撤退が大幅に低い(0.1 mM)のK +および高で成長させ、完全な大麦の苗の根に、定常状態でのチャネル媒介K +流入、K +流入を刺激し、NH 4 +の撤退時に(10 mM)のNH 4 +。刺激されたK +流入に対するK + -チャネル遮断薬(10mMのTEA +の、5mMののBa 2 +、および10mMのCs +)の効果が顕著である。一方向ANOVAダネットの多重比較ポストホック付き;アスタリスクは-NH 4 +と治療のペア(* P <0.01 <0.05、*** P <0.001間の有意性の異なるレベルを表す試験)。括弧内のアスタリスクは、コントロールと-NH 4 +ペア(スチューデントのt -test)との間の有意水準を示す。エラーバーは、> 4の複製のSEMを示している。 (大麦及びシロイヌナズナ。 植物Physiol。162、496から511(2013)の根のCoskun ら容量およびカリウムチャネルと高親和性トランスポーターの可塑性から再生。)

。図3のK +流出は、低K +条件下での低い(0.1 mM)のK +と適度な(1 mM)のNO 3で成長した無傷の大麦の苗の根の定常状態42 K +流出チャネル媒介 - であり 、 (tで= 15.5分;矢印参照)即効性の10mMのCsCl、5mMのK 2 SO4、5mMの(NH 4)2 SO 4上で流出。各プロットは3-13回の反復(SEM <平均値の15%)の平均を表す。 (。Coskun ら規制と大麦の根からのカリウム放出のメカニズムから再生: インプランタ 42のK +分析の新しいフィトール 188、1028年から1038年(2010)。)
| [K +] 内線 | N源 | 流入 | 流出 | 正味フラックス | E:私レシオ | プールサイズ | 半減期 |
| (MM) | (マイクロモルgの-1時間-1) | (MM) | (分) | ||||
| 0.1 | 1 NO 3 - | 7.22±0.23 | 1.86±0.18 | 5.36±0.18 | 0.25±0.02 | 98.84±14.08 | 28.18±3.40 |
| 10 NH 4 + | 1.89±0.13 | 0.57±0.05 | 1.32±0.10 | 0.30±0.01 | 28.39±3.40 | 32.50±4.69 |
表1に定常状態K +フラックスおよびcさまざまなN個の規定に基づくompartmentation定常状態のフラックスと0.1 mMのK +で成長させた大麦苗のコンパートメント解析、およびいずれかの適度なNO 3 - (1 mMの、のCa 2 +塩として)または高NH 4 +(10mMの、などのSO 4 2-塩)。エラーが> 8回の反復の平均±SEMを示している。 (Coskun らから再生規制と大麦根からのカリウム放出のメカニズム:。カリウムチャンネルのインプランタ 42のK +分析の新しいフィトール 188、1028年から1038年(2010)とCoskun ら能力と可塑性と高大麦とシロイヌナズナの根における親和性トランスポーター。 植物Physiol。162、496から511(2013)。)
著者らは開示するものは何もない。
In plantaでは、栄養素と毒物のフラックスの測定は、植物の栄養と毒性の研究に不可欠です。ここでは、カリウム(K+)およびアンモニア/アンモニウム(NH3/NH4+)フラックスを例に、無傷の植物根の流入および流出測定のための放射性トレーサープロトコルについて説明します。このような手法の利点と制限について説明します。
この作業は、カナダ自然科学工学評議会(NSERC)、カナダ研究委員長(CRC)プログラム、およびカナダイノベーション財団(CFI)の支援を受けました。
| ガンマ | カウンターPerkinエルマー | モデル:ウォラック1480ウィザード3 " | |
| Geiger-Müllerカウンター | Ludlum Measurements Inc. | モデル3サーベイメーター | |
| 400mlガラスビーカー | VWR | 89000-206 | 予吸収・吸収・脱着液用 |
| ガラスファンネル | VWR | 89000-466 | 流出漏斗用 |
| 大型チューブ | VWR | 529297 | 排出ファンネル用 |
| 中管 | VWR | 684783 | 結束用 |
| 小型チューブ | VWR | 63013-541 | 曝気用 |
| エアレーションマニホールド | Penn Plax Air Tech | vat 5.5 | 加圧された空気を溶液に制御/分配するには |
| ガラスシンチレーションバイアル | VWR | 66022-128 | ガンマ計数用 |
| ガラス遠心分離管 | VWR | 47729-576 | スピン乾燥ルートサンプル用 |
| Kimwipes | VWR | 470173-504 | スピン乾燥ルートサンプル用 |
| 解剖ハサミ | VWR | 470001-828 | |
| 鉗子 | VWR | 470005-496 | |
| 低速臨床遠心分離機 | 国際機器株式会社 | 76466M-4 | 回転乾燥根サンプル用 |
| 1 ml ピペット | Gilson | F144493 | |
| 10 ml ピペット | Gilson | F144494 | |
| 1 ml ピペットチップ | VWR | 89079-470 | |
| 10 ml ピペットチップ | VWR | 89087-532 | |
| 分析天びん | メトラー・トレド | PB403-S/FACT |