ChroPアプローチは、クロマチンの遺伝子座特異的プロテオームの風景を分析するために、チップと質量分析を組み合わせ

この手順の全体的な目標は、機能的に異なるクロマチンドメインのプロテオミクス組成を特徴付け、さまざまな要素がどのように相乗して転写状態を決定するかを理解することです。8。これは、まず培養細胞から核を調製し、酵素的または機械的手段によってクロマチンを最適な長さの断片に消化することによって達成されます。第2のステップは、ヒストンの翻訳後修飾または関心領域を特異的にマークすることが知られているタンパク質に対するベイト抗体を用いた免疫沈降により、バルククロマチンから異なる機能ドメインを精製することです。

次に、免疫精製されたクロマチンタンパク質をSDSページによって分離し、質量分析の前にインゲルを消化します。次のステップは、高分解能装置での液体クロマトグラフィー質量分析です。最終的に、質量分析の生データはアドホックソフトウェアによって分析され、続いてスペクトルの手動検査が行われ、ヒストン修飾が同定および定量化され、インプットに対する免疫沈降材料の相対存在量の計算またはSLAC比およびSLAC比および可溶性ペプチドを餌の競合物質として使用した競争実験のいずれかに基づいて、タンパク質が濃縮されます。 HiSTO修飾パターンと分散との間の相互作用についての洞察を得ることができ、その特定のクロマチン領域とそれによって動員される核相互作用に到達することができます。