Name: 酵母呼吸と発酵代謝を分析するバッチ文化の指数関数的成長カイネティクス (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-09-30T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 38 s
Description: 学ぶ Saccharomyces cerevisiae の呼吸・発酵代謝解析法。バッチ培養の指数関数的成長カイネティクスを用いて、Warburg効果とCrabtree効果の分子基盤を解明し、バイオテクノロジー研究に応用する。

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1. 文化メディアと接種材料の準備
<ol><li>2% 酵母エキス ペプトン右旋糖 (YPD) 液体培地の 100 ml (1 グラム酵母エキス、ペプトン、カゼインの 2 g と 2 g のブドウ糖 100 mL に蒸留水を追加)。メディアの 3 mL を 15 mL 滅菌の円錐管に分配します。オートクレーブ 121 ° C および 1.5 psi で 15 分メディア。 注意: メディアが 4-8 ° C で最大 1 ヶ月間保存できます。</li>
	<li>グリセロール-20 ° C で保存酵母細胞の 250 μ L とクールな滅菌 2 %ypd スープの 3 ml コニカル チューブに接種します。200 rpm で攪拌と 30 ° C で軌道シェーカーで一晩インキュベートします。</li>
	<li>ペトリ皿 (60 × 15 mm2) 滅菌 2 %ypd 寒天でいっぱい連勝 (酵母 10 g を抽出、カゼイン ペプトン 20 g、ブドウ糖 20 g、20 g を 1,000 mL の細菌の寒天の蒸留水を追加) 滅菌ループを使って円錐管で育った細胞で。隔離されたコロニーは成長を示すまでは、30 ° C でシャーレを孵化させなさい。</li>
	<li>クールな滅菌 2 %ypd スープの 10 ml の円錐管に単一の隔離されたコロニーを接種前接種を準備し、200 rpm で連続攪拌 30 ° C で一晩それを孵化させなさい。</li>
</ol>2. 文化メディアとマイクロ プレートの成長曲線
<ol><li>1 %ypd 液 10 mL を準備 (0.1 グラム酵母エキス、ペプトン、0.2 g と蒸留水 10 mL にブドウ糖の 0.1 g を追加)、2 %ypd スープ 10 mL (0.1 グラム酵母エキス、ペプトン、0.2 g と蒸留水 10 mL にブドウ糖の 0.2 g を追加)、10 %ypd スープ 10 ml (0.1 グラム酵母エキス、ペプトン、0.2 g と 1 g を 10 mL のブドウ糖の蒸留水を追加)。オートクレーブ 1.5 psi、121 ° C で 15 分間のこれらの成長媒体。 注: 文化メディア発酵成長のコントロールとして機能します。</li>
	<li>2% の酵母エキス ペプトン エタノール (型) 液 10 mL と 2% の酵母エキス ペプトン グリセロール (YPG) 液 10 mL を準備します。2% のタイプ: 0.1 グラム酵母エキス、ペプトン、0.2 g と蒸留水 10 mL にエタノール 0.2 mL を追加。2% の YPG: 0.1 グラム酵母エキス、ペプトン、0.2 g と蒸留水 10 mL にグリセリン 0.2 mL を追加。オートクレーブ 1.5 psi、121 ° C で 15 分間のこれらの成長媒体。 注: グリセリンとエタノールは、ミトコンドリアの呼吸により代謝されて排他的非発酵性の炭素源です。このため、彼らは呼吸成長コントロールとして使用されます。このステップでは、酵母エキス ペプトン (YP) スープ (10 g 酵母エキスと 1,000 mL の蒸留水でカゼイン ペプトン 20 g) をベースとした成長の表現型に及ぼす影響をテストの種類と培地の炭素源の濃度を変更ことができます。炭素以外の他の栄養素の効果をテストするため、実験の目的によると合成完了 (SC) 培地は補われます。SC 中のベースはアミノ酸、硫酸アンモニウム 5 g なし基本酵母窒素の 1.8 g [(NH4)2など4]、リン酸二水素ナトリウム (NaH2PO4) の 1.4 g とドロップ アウトの 2 g を蒸留水 1,000 mL にミックスします。炭素源と必要な濃度の窒素ソース メディアを補足します。</li>
	<li>フタ付き滅菌マイクロ プレート (10 x 10 も) の各ウェルに実験的なデザインの適切な培地の 145 μ L を追加し、事前接種の 5 μ L とそれらを接種します。 注: 目的は、酵母のエネルギー代謝に及ぼす物質/化合物をスクリーニングするため、物質/化合物がこのステップの間に追加する必要があります。また、マイクロ プレート、ふた付きの任意の型は役に立つはず。</li>
	<li>48 h. メジャー 600 の光学濃度 (OD) の 200 rpm で一定の攪拌と 30 ° C でマイクロ プレート リーダーのウェル プレートを孵化させなさい nm 30 分または 60 分毎。 注: マイクロ プレート リーダーにマイクロ プレートをインキュベートするオプションが設定されていない場合 OD のすべての測定の間同じ条件で軌道シェーカーで孵化する可能性があります。</li>
</ol>3. 成長曲線の三角フラスコを振って
<ol><li>20 mL 三角フラスコとオートクレーブに適した培地の 4.8 mL を追加します。外径600 ナノメートルクールな滅菌の 2 %ypd スープ 〜 2 で事前接種文化 200 μ L を各フラスコを接種します。24 h の 250 rpm で一定の攪拌と 30 ° C でそれらを孵化させなさい。 注: 潜伏期間が 24 時間よりも高い場合は、50 mL 三角フラスコとオートクレーブに適した培地の 12 mL を追加します。事前接種の 500 μ L とそれらを接種します。また、発酵の成長コントロール (1%、2%、または 10% ブドウ糖と YP メディア) および呼吸成長コントロール (YP メディア 2% グリセロールまたはエタノール) を考慮することが重要です。</li>
	<li>動揺円錐フラスコ培養の 100 μ L を取ると蒸留水 1 mL 分光光度計のキュベット、900 μ L で希釈して、軽くピペッティングで混ぜます。600 で外径を測定 nm の吸光度すべて 2 h。本当の OD を得るためには、結果を 10 倍します。</li>
</ol>4. データ処理および速度論的パラメーターの計算
<ol><li>
統計パッケージ ソフトウェアで新しいプロジェクト ファイルを作成します。「新しいテーブルとグラフ」のセクションでは、下の"XY"を選択してください。
	<ol>
<li>選択: 「サンプル データ」セクションの"空のデータのテーブルを含むスタート"を。</li>
		<li>「点と線」グラフの種類を選択します。「下位の列をレプリケートまたはエラー値」のセグメントで選択"X"セクションを残すと"Y"セクションを選択: 「並べてサブで (10) 複製値を入力し平均、SD エラー プロット」。[作成] ボタンをクリックします。 注意: 表形式、X 列が 1 つといくつかの Y 列をそれぞれ以前に選ばれた 10 のサブ。</li>
	</ol>
</li>
	<li>書き込みが OD で測定された X 列の時間 (例えば0、30、60、90 分または 0, 1, 1.5, 2 h)。Y 列の文化から得られた値を記述します。</li>
	<li>Y 列データを対数変換指数的な成長フェーズを識別します。「分析」ボタンをクリックして、 「変換」分析を選択、選択 Y を使用して、Y 値 Log(Y) を =。移動「結果のギャラリー」、 「変換」データ テーブルを選択する「分析」ボタンをクリックし、 「線形回帰」の分析を選択します。線形行動に従っていない OD 値を除外します。値を除外するには、データ テーブルでそれらを選択し、 "Ctrl + E"を入力します。 注: 指数関数的成長方程式指数段階とよくフィットするので指数段階に従っていない値を除外することが重要です。</li>
	<li>「データ テーブル ギャラリー」では、データ テーブルを選択"データ 1"。「分析」ボタンをクリックし、 「XY 分析」間「非線形回帰 (カーブ フィット)」の分析を選択します。</li>
	<li>データを分析し、 "OK"ボタンをクリックを選択します。「フィット」タブで「指数方程式」セクションを選択し、 「急激な成長方程式」を選択 ( Xはセル濃度、 X0がゼロの時は、 μ に細胞濃度は特定の成長率で、 tは時間)。継ぎ手方法として「最小二乗フィット」を使用し補間セクションを選択されていないまま。「OK」ボタンををクリックしてします。 注: 非線形フィット結果] タブは、 「結果のギャラリー」です。ソフトウェア計算して 2 倍の時間 (Dt) と固有成長率 (μ)。ソフトウェアは、[結果] タブに、 Kとしてμを示しています。</li>
	<li>新しいプロジェクト ファイルを開き、 「新しいテーブルとグラフ」セクション列を選択します。「空のデータのテーブルを開始」オプションを選択し、目的のグラフを選択します。SD は「作成する」ボタン選択平均をプロットするを選択します。</li>
	<li>「結果のギャラリー」は、非線形フィット結果] タブからμやDtの値をコピーし、列に貼り付けます。最後に、 「分析」ボタンを選択し、さまざまな nutrimental 条件の速度論的パラメーターを比較する「列解析」セクションで目的解析を選択します。 注: 速度論的パラメーター発酵成長コントロール (1%、2%、または 10% ブドウ糖と YP メディア) から入手し、呼吸成長コントロール (YP メディア 2% グリセロールまたはエタノール) は発酵とミトコンドリアの呼吸のしきい値を確立するのに役立ちますそれぞれ。運動の比較栄養状態と呼吸と発酵の成長の物質/化合物からのパラメーターは、呼吸または発酵代謝に影響の可能性を識別するのに役立ちます。</li>
</ol>

<ol><li>Parrella, E., Longo, V. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+chronological+life+span+of+Saccharomyces+cerevisiae+to+study+mitochondrial+dysfunction+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">The chronological life span of Saccharomyces cerevisiae to study mitochondrial dysfunction and disease.</a> Methods. 46 (4), 256-262 (2008).</li>
<li>Rosas Lemus, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+glycolysis-derived+hexose+phosphates+in+the+induction+of+the+Crabtree+effect%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">The role of glycolysis-derived hexose phosphates in the induction of the Crabtree effect.</a> Journal of Biological Chemistry. , (2018).</li>
<li>Xu, X. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Warburg+effect+or+reverse+Warburg+effect%3F+A+review+of+cancer+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Oncology+Research+and+Treatment%22%5BJournal%5D)">Warburg effect or reverse Warburg effect? A review of cancer metabolism.</a> Oncology Research and Treatment. 38 (3), 117-122 (2015).</li>
<li>De Deken, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Crabtree+effect%3A+a+regulatory+system+in+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+General+Microbiology%22%5BJournal%5D)">The Crabtree effect: a regulatory system in yeast.</a> Journal of General Microbiology. 44 (2), 149-156 (1966).</li>
<li>Hagman, A., Sall, T., Piskur, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+the+yeast+short-term+Crabtree+effect+and+its+origin%5BTitle%5D)+AND+%22The+FEBS+Journal%22%5BJournal%5D)">Analysis of the yeast short-term Crabtree effect and its origin.</a> The FEBS Journal. 281 (21), 4805-4814 (2014).</li>
<li>Hammad, N., Rosas-Lemus, M., Uribe-Carvajal, S., Rigoulet, M., Devin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Crabtree+and+Warburg+effects%3A+Do+metabolite-induced+regulations+participate+in+their+induction%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta%22%5BJournal%5D)">The Crabtree and Warburg effects: Do metabolite-induced regulations participate in their induction?</a> Biochim Biophys Acta. 1857 (8), 1139-1146 (2016).</li>
<li>Keating, E., Martel, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antimetabolic+Effects+of+Polyphenols+in+Breast+Cancer+Cells%3A+Focus+on+Glucose+Uptake+and+Metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Nutrition%22%5BJournal%5D)">Antimetabolic Effects of Polyphenols in Breast Cancer Cells: Focus on Glucose Uptake and Metabolism.</a> Frontiers in Nutrition. 5, 25(2018).</li>
<li>Pfeiffer, T., Morley, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+evolutionary+perspective+on+the+Crabtree+effect%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Molecular+Biosciences%22%5BJournal%5D)">An evolutionary perspective on the Crabtree effect.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 1, 17(2014).</li>
<li>Olivares-Marin, I. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interactions+between+carbon+and+nitrogen+sources+depend+on+RIM15+and+determine+fermentative+or+respiratory+growth+in+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+Microbiology+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Interactions between carbon and nitrogen sources depend on RIM15 and determine fermentative or respiratory growth in Saccharomyces cerevisiae.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 102 (10), 4535-4548 (2018).</li>
<li>Monod, J. <a target="_blank" href="https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.mi.03.100149.002103">The growth of bacterial cultures.</a> Annual Review of Microbiology. 3 (1), 371-394 (1949).</li>
<li>Cui, S., Xu, S. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022247X07002260">Analysis of mathematical models for the growth of tumors with time delays in cell proliferation.</a> Journal of Mathematical Analysis and Applications. 336 (1), 523-541 (2007).</li>
<li>Benzekry, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Classical+mathematical+models+for+description+and+prediction+of+experimental+tumor+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Public+Library+of+Science+Computational+Biology%22%5BJournal%5D)">Classical mathematical models for description and prediction of experimental tumor growth.</a> Public Library of Science Computational Biology. 10 (8), e1003800(2014).</li>
<li>Ramos-Gomez, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resveratrol+induces+mitochondrial+dysfunction+and+decreases+chronological+life+span+of+Saccharomyces+cerevisiae+in+a+glucose-dependent+manner%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bioenergetics+and+Biomembranes%22%5BJournal%5D)">Resveratrol induces mitochondrial dysfunction and decreases chronological life span of Saccharomyces cerevisiae in a glucose-dependent manner.</a> Journal of Bioenergetics and Biomembranes. 49 (3), 241-251 (2017).</li>
<li>Madrigal-Perez, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Energy-dependent+effects+of+resveratrol+in+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Yeast%22%5BJournal%5D)">Energy-dependent effects of resveratrol in Saccharomyces cerevisiae.</a> Yeast. 33 (6), 227-234 (2016).</li>
<li>Peleg, M., Corradini, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+growth+curves%3A+what+the+models+tell+us+and+what+they+cannot%5BTitle%5D)+AND+%22Critical+Reviews+in+Food+Science+and+Nutrition%22%5BJournal%5D)">Microbial growth curves: what the models tell us and what they cannot.</a> Critical Reviews in Food Science and Nutrition. 51 (10), 917-945 (2011).</li>
</ol>

著者が明らかに何もありません。

J. モノー10細菌文化の成長の研究、微生物学の基本的な方法を表明した長い時間が経ちました。分子ツールの出現は、使用状況や技術として成長の研究を遅らせます。多数の相互に関連するプロセスを含む成長の複雑さにもかかわらず、内在するメカニズムを数理モデル11を使用して記述できます。これは最も複雑な分子メカニズム12を明らかにする補完的なツールとして使用できる堅牢なアプローチです。
このメソッドから信頼性の高い結果を得るには、次の重要な手順を考慮する重要です。250 rpm で攪拌は、呼吸器の条件で成長下を使用する場合撹拌速度 (150-180 rpm) 我々 は観察に減るので呼吸成長を発揮低炭素源で良好な成長を達成するために重要です。新鮮な株式を用いたプロトコルを開始することが重要だし、も法で統一された表現型を維持するために重要です。成長速度しきい値は系統によって異なります、試金で使用される条件に従って検証される必要があります。指数方程式は既にプ...

酵母の生育生理・分子機構の多数を識別するために貴重なツールとして務めています。成長は主に 3 つの方法によって測定: スポット テスト、コロニー形成単位のカウントは、成長曲線のシリアル希薄。これらの手法は、特定の応答または表現型を調査する単独または様々 な基板、環境条件、変異体、および化学薬品との組み合わせで使用できます。
ミトコンドリアの呼吸は、成長カイネティクスを未知のメカニズムを発見するため正常に適用されている生物学的プロセスです。この場合、非発酵性の炭素の成長媒体の補充源 (ミトコンドリア呼吸により代謝されて排他的) エタノールや乳酸、グリセロールなどの評価により、カーボンおよびエネルギー源として、呼吸器の成長、酸化的リン酸化アクティビティ1の摂動を検出することが重要であります。その一方で、発酵の背後にあるメカニズムを解読するための方法として成長速度論的モデルを使用する複雑です。
クラブツリーとウォーバーグの効果2,3などの特定の表現型の背後にある分子メカニズムを明らかにする発酵とミトコンドリアの呼吸の研究が欠かせません。Crabtree の効果は解糖系フラックスの増加、ミトコンドリア呼吸の抑制、発酵、発酵性炭水化物高濃度の存在下で ATP を生成するための主要な道の確立によって特徴付けられる (>0.8 mM)4,5。Warburg 効果は、発酵の主な製品は、哺乳類細胞、乳酸6されて代謝アナログ違い Crabtree の効果です。確かに、Warburg 効果は、さまざまな癌細胞の糖代謝と酸素7存在下でも消費トリガーによって展示されます。これにより、呼吸から発酵 Crabtree の効果への切り替えの分子基盤を勉強 (エタノール生産) のためのバイオ テクノロジーの影響と潜在的な影響の両方にいるがん研究
出芽酵母成長クラブツリーと Warburg 効果を研究する適切なツールがあります。このアイデアは酵母指数段階の ATP を生成するために使用する中央の経路がミトコンドリアの呼吸と発酵が成長を維持するために不可欠であるという事実に基づいています。例えば、酵母の成長は ATP 生成経路の機能に密接に関連しています。出芽酵母は、ミトコンドリア呼吸生成約 18 ATP 分子グルコース分子あたりの発酵だけ 2 ATP 分子を生成するのに対しそれ故にそれは期待成長率が新陳代謝の細道の緊密なリンクを持っていることATP8を生産します。この点で、発酵が ATP を生成する主要ルートと、酵母は低 ATP 生産のための糖取り込み率を増加を補正します。逆に、ミトコンドリア呼吸を使用して、ATP の主要な源として酵母細胞でブドウ糖の消費は低いです。これは ATP の生成方法を決定する前に感覚の炭水化物の可用性には、酵母にとって重要だを示します。発酵とミトコンドリア呼吸に切り替えるグルコース可用性が重要な役割を果たしているため、酵母。血糖値の高い量の存在下では、酵母は、ATP 生成に中央ルートとして発酵を好みます。興味深いことに、酵母を発酵すると、比増殖速度は最大限に維持されます。その一方で、ブドウ糖の低レベルで出芽酵母は低い成長率を維持するミトコンドリア呼吸を使用して ATP を生成します。それによって、グルコースと他の炭素源の利用の濃度の変化は発酵と呼吸成長間酵母の嗜好の変化を誘発します。指数方程式のこの事実を考慮して、1 つは倍加時間 (Dt) と特定の成長率 (μ) などの速度論的パラメーターの生物学的意義を取得できます。たとえば、酵母の主要な道としてミトコンドリア呼吸を使用する場合、低いμ値が発見されました。逆に、発酵を支持する条件の下で高いμの値が見つかりました。発酵とミトコンドリア呼吸に影響を与えるすべての化学物質の考えられるメカニズムを測定するこの手法を使用することがあります酵母。
本稿の目的は、ミトコンドリアの呼吸または発酵に及ぼす特定物質/化合物をスクリーニングするための成長速度論に基づく方法を提案することです。

<table><tbody><tr><td>オービタルシェーカー</td><td>Thermo Scientific</td><td>4353</td><td>接種インキュベーションまたは円錐形ファスク培養用</td></tr><tr><td>Bioscreen&nbsp;</td><td>成長曲線</td><td>C MBR</td><td>マイクロプレートでのバッチ培養用</td></tr><tr><td>グルコース</td><td>シグマ&nbsp;</td><td>G7021</td> カゼインからの<td>YPDブロス調製</td></tr><tr><td>ペプトン、酵素消化</td><td>物Sigma&nbsp;</td><td>82303</td><td>YPDブロス調製用</td></tr><tr><td>酵母エキス</td><td>Sigma&nbsp;</td><td>09182-1KG-F</td><td>YPDブロス調製用</td></tr><tr><td>細菌寒天</td><td>シグマ&nbsp;</td><td>A5306</td><td>YPD寒天調製用</td></tr><tr><td>NaH2PO4</td><td>Sigma&nbsp;</td><td>S8282</td><td>SCブロス製剤</td></tr><tr><td>用(NH4)2SO4</td><td>Sigma&nbsp;</td><td>A4418</td><td>SCブロス調製用</td></tr>酵母<tr><td>窒素塩基、アミノ酸および硫酸アンモニウムなし</td>、<td>シグマ&nbsp;</td><td>Y1251</td><td>SCブロス調製用</td></tr><tr><td>酵母合成ドロップアウト培地サプリメントSigma</td><td>&nbsp;</td><td>Y1501</td><td>SCブロス調製用</td></tr><tr><td>硫酸アンモニウム顆粒</td><td>J.T. Baker</td><td>0792-R</td><td>中程度のサプリメントの例</td></tr><tr><td>レスベラトロール</td><td>Sigma&nbsp;</td><td>R5010</td><td>中程度のサプリメント用例</td></tr><tr><td>ガラクトース</td><td>シグマ&nbsp;</td><td>G8270</td><td>中程度のサプリメントの場合 例</td></tr><tr><td>スクロース</td><td>シグマ&nbsp;</td><td>S7903</td><td>培地補充例</td></tr><tr><td>アブソリュートエタノール</td><td>メルク</td><td>107017</td><td>培地補充例</td></tr><tr><td>グリセロール</td><td>J.T. Baker</td><td>2136-01</td><td>培地補充例</td></tr><tr><td>GraphPad プリズム</td><td>GraphPadソフトウェア</td><td></td><td>データ解析</td></tr><tr><td>用 ハニカムマイクロプレート</td><td>Thermo Scientific</td><td>9502550</td><td>マイクロプレート培養用</td></tr></tbody></table>

酵母呼吸と発酵代謝を分析するバッチ文化の指数関数的成長カイネティクス

Saccharomyces cerevisiae Exponential Growth Kinetics in Batch Culture to Analyze Respiratory and Fermentative Metabolism

指数段階の酵母細胞が発酵やミトコンドリアの呼吸によって ATP を生産することによって成長を支えます。発酵性の炭素濃度は主に酵母細胞が ATP; を生成する方法を制御します。したがって、発酵性炭水化物含量の変化は、出芽酵母のエネルギー代謝を駆動します。本稿では、濃度の変化の影響と呼吸と発酵の代謝に炭素源の性質を推定する指数の酵母の増殖に基づく高スループット方法について説明します。出芽酵母の成長はマイクロ プレートで測定または円錐動揺 600 の光学濃度 (OD) を決定することによってフラスコ nm。その後、成長曲線は、対指数段階の特定および選定し装備は指数関数的成長方程式運動パラメーターを取得する時間のプロットの OD で組み込まれています。2 倍時間が高い低固有成長率は一般に呼吸成長を表します。逆に、下方の 2 倍の時間で特定の成長率は、発酵の成長を示します。倍加時間と特定の成長率のしきい値は、非発酵性の炭素源や発酵性の糖の高濃度など、よく知られている呼吸または発酵条件を使用して推定されます。これは、各特定の緊張に取得されます。最後に、計算の速度論的パラメーターは、酵母が発酵および/または呼吸の成長を示すかどうかを確立するしきい値と比較されます。この方法の利点は、発酵や呼吸代謝に及ぼす物質/化合物を理解するための相対的なシンプルさです。成長が、複雑な複雑な生物学的プロセスであることを強調することが重要です。したがって、このメソッドからの予備的なデータは、酸素消費量の定量化と発酵副産物の蓄積によって確証する必要があります。これにより、この手法は、邪魔されたり、発酵や呼吸代謝を高める化合物/物質のスクリーニングとして使用できます。

成長曲線は、予め酵母酵母の呼吸と発酵の表現型の間で区別する使用できます。したがって、我々 は実行バッチ培養酵母(BY4742) の発酵の成長を誘導するために報告されている別グルコース濃度: 1%, 2%, 10% (w/v)9。発酵の表現型を示す文化には、小さな遅れ位相と高い成長率 (図 1) と指数段階があります。乳酸、グリセロール、エタノール、呼吸; を介してのみが代謝する炭素源したがって、それらの炭素源を使用して酵母の培養を行った。主に酸化的リン酸化によるエネルギーを得る文化は、長い遅れ位相と指数段階 (図 2) で成長の遅い速度を示した。
成長曲線の解析は、定性的な情報だけを提供しますしたがって、定量的な情報を入手する速度論的パラメーターを計算...

ここで指数方程式に酵母の急激な成長をあてはめによる呼吸と発酵の代謝を推定するためのプロトコルを提案する.速度論的パラメーターの計算は、発酵やミトコンドリア呼吸に及ぼす物質・化合物のスクリーニングが可能です。

Saccharomyces cerevisiae cells in the exponential phase sustain their growth by producing ATP through fermentation and/or mitochondrial respiration. The ...

この方法は、ウォーバーグの背後にある分子基盤やクラブツリー効果など、バイオテクノロジーおよび生物医学分野の重要な質問に答えるのに役立ちます。この技術の主な利点は、呼吸および発酵代謝における特定の物質の効果のハイスループット研究を可能にすることです。3ミリリットルの冷たい無菌2%酵母エキスペプトンデキストロース(YPDスープ)を含む15ミリリットルの円錐チューブを接種し、250マイクロリットルのS.cerevisiae酵母細胞を20°Cの陰性グリセロールで保存します。30°Cと200 rpmで軌道シェーカーで酵母を一晩インキュベートします。翌朝、60ミリリットル、2%YPD寒天で満たされたペトリ皿にストリーキングのために。分離されたコロニーが観察されるまで、30°Cで皿を培養します。その後、10ミリリットルのクールで無菌の2%YPDスープを含む新しい円錐形のチューブに単一の単一の単一のコロニーを接種し、摂氏30度で一晩培養します。マイクロプレートの成長曲線セットアップでは、ふた付きの無菌10-10ウェルマイクロプレートの各ウェルに適切な実験文化培地の145マイクロリットルを加え、一晩培養物の5マイクロリットルで各ウェルを接種します。その後、マイクロプレートリーダーに30°Cでマルチウェルプレートを200rpmで一定の攪拌で48時間インキュベートし、30分または60分ごとに600ナノメートルで光学密度を測定します。振られた円錐形のフラスコ成長曲線のセットアップのために、摂氏30度および250rpmでインキュベーションのための2の600ナノメートル光学密度で200マイクロオノキュラム培養の適切な無菌培養の4.8ミリリットルを含む20ミリリットルの円錐形のフラスコを接種する。1分間に250回転での撹拌は、低い攪拌速度で呼吸状態における酵母の増殖の減少を観察したため、呼吸成長を発揮する低濃度の炭素源で適切な成長を達成するために重要です。2時間毎に600ナノメートルでの光学密度を24時間測定できるように、1ミリリットル分光光度計キュベットで900マイクロリットルの蒸留水で振った円錐形フラスコ培養液の100マイクロリットルを1ミリリットルの分光光度計キュベットで薄め、ピペットで穏やかに混合する。データ処理の場合、適切な統計パッケージソフトウェアで、新しいプロジェクトファイルを作成し、新しいテーブルとグラフメニューを開いて、[XY]を選択します。サンプル データ メニューで、空のデータ テーブルとポイントと接続線グラフで開始を選択します。複製またはエラー値の場合は、サブ列で X セクションを選択解除したままにします。[Y] セクションで、[並べて並べられたサブ列に 10 個の反復値を入力し、平均とエラー SD をプロットする] を選択します。次に、[作成] をクリックします

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Biology

生物学

酵母の老化時系列は定常期での時間に関連付けられている細胞の生存率の損失を指します。ここでは、定量的に酵母系列寿命を決定するためのハイスループット法を説明します。...

高齢者の細胞の伸長によって酵母年表寿命の定量化

ここでは、エージング中規制またはゲノムDNAの不安定性に寄与する遺伝子/経路を研究するために酵母の時系列の寿命モデルと組み合わせることができるDNAの突然変異試験のセットを説明します。...

使用年齢に依存するゲノム不安定性を研究して S.出芽酵母時系列寿命モデル

このプロトコルは、蛍光を実行するための実験手順を説明...

蛍光を用いたmRNA分子の可視化と分析<em&gt;その場で</emで&gt;ハイブリダイゼーション<em&gt;サッカロミセス·セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）</em

特定のmRNAの定常状態レベルは、mRNAの合成および減衰の速度によって決定される。ゲノムワイドなmRNAの分解速度または特定のmRNAの崩壊速度は、mRNAの半減期を決定することによって測定することができる。このプロトコルは、Saccharomyces cerevisiae中のmRNA減衰率の測定に焦点を当てています。...

mRNAの崩壊料金の測定で<em&gt;サッカロマイセス·セレビシエ</em&gt;使い方<em&gt; rpb1-1</em&gt;株

この記事では、タンパク質分解の遺伝的要件を決定するための酵母増殖ベースのアッセイについて説明します。また、ウェスタンブロッティングに適した酵母タンパク質の迅速な抽出方法を示し、分解要件を生化学的に確認します。これらの技術は、さまざまなタンパク質の分解を監視するために適応させることができます。...

増殖に基​​づく決定とタンパク質分解に対する遺伝的要件の生化学的確認で<em&gt;サッカロマイセス·セレビシエ</em

私たちは、個々の酵母細胞の成長表現型を、酵母（ODELAY）の生存アレイの1細胞倍加評価と称する経時的顕微鏡法を用いて固体培地上でコロニー中に増殖させる際に定量する方法を提示する。コロニーに成長する遺伝的に同一の細胞の集団の異種性を直接観察および定量することができる。...

ODELAY：酵母増殖の多パラメータ定量化のための大規模法

このプロトコルでは、定量的かつ包括的に複数の栄養源の代謝を調査する実験手順について説明します。このワークフローは、同位体トレーサー実験と分析手順の組み合わせに基づいて決定する微生物による消費された栄養素の運命と分子 synthetized...

複数の栄養源の微生物代謝を調査するため同位体トレーサー実験の組み合わせに基づいてワークフロー

ここでは、核分裂細胞および発芽酵母細胞の蛍光顕微鏡画像における脂質液滴の自動検出および定量的記述のMATLAB実装を提示する。...

自動画像処理による核分裂および発芽酵母における脂質液滴含有量の解析

液体クロマトグラフィーとタンデム質量分析法を用いたサッ カロミセス・セレビシエ の定量的メタボロミクス

酵母全細胞におけるミトコンドリア呼吸は、細胞の生体エネルギー学の貴重な指標です。ここでは、さまざまな酵母種に適用できるこの表現型を定量化するためのプロトコルを紹介します。...

酵母全細胞におけるミトコンドリア呼吸の定量化

このプロトコルは生物発光レポーターを採用しており、 Saccharomyces eubayanus...

インビボ 酵母中の生物発光レポーターを用いた代謝移行期の転写活性のモニタリング

学ぶ Saccharomyces cerevisiae の呼吸・発酵代謝解析法。バッチ培養の指数関数的成長カイネティクスを用いて、Warburg効果とCrabtree効果の分子基盤を解明し、バイオテクノロジー研究に応用する。

酵母呼吸と発酵代謝を分析するバッチ文化の指数関数的成長カイネティクス

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