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Research Article
Tony W. Chen*1, Matthew R. Broadus*1, Stacey S. Huppert2, Ethan Lee1,3
1Department of Cell and Developmental Biology and Program in Developmental Biology,Vanderbilt University Medical Center, 2Division of Gastroenterology, Hepatology & Nutrition and Division of Developmental Biology,Cincinnati Children's Hospital Medical Center, 3Vanderbilt Ingram Cancer Center,Vanderbilt University School of Medicine
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
방법은 Xenopus의 계란 추출물 및 단백질 분해의 저분자 변조기에 대한 고 처리량 스크리닝을 위해 그 적응 방사성 표지와 루시퍼 라제 융합 단백질을 이용하여 단백질 분해 분석에 대해 설명한다.
는 Xenopus laevis의 계란 추출물. Xenopus의 계란 추출물이 세포주기 및 신호 전달 경로 1-3 포함하여 많은 세포 맥락에서 단백질 회전율을 연구하는 데 사용 된 다양한 세포 과정의 생화학을 공부 잘 특징으로, 강력한 시스템입니다. 여기서, 방법이 중요한로 Wnt 경로의 구성 요소, β-catenin의의 분해를 촉진하기 위해 최적화 된 Xenopus의 계란 추출물을 분리에 설명되어 있습니다. 두 가지 방법은 Xenopus의 계란 추출물에서 β-카테닌 단백질 분해를 평가하기 위해 설명되어 있습니다. 다른 하나는보다 쉽게 높은 처리량 분석 (반딧불 루시 페라 제 - 태그 융합 단백질)에 대해 조정하는 동안 한 가지 방법은, ([35 S] - 방사성 표지 단백질) 시각 정보를합니다. 설명 된 기술은 β-카테닌 단백질 회전율을 평가하고 해당 매출에 공헌 분자 구성 요소를 식별하는 데 사용될 수 있지만, 이에 한정되지 않는다. 또한 ABIL루시 페라 제 - 태그 단백질의 양적 및 손쉬운 판독과 함께 균일 한 Xenopus의 계란 추출물의 큰 볼륨을 정화하는 ITY이 시스템은 쉽게 β-catenin의 분해 변조기에 대한 높은 처리량 검사에 적용 할 수 있습니다.
는 Xenopus laevis의 계란 추출물은 세포 골격 역학, 핵 조립 및 수입, 세포 사멸, 유비퀴틴 대사, 세포주기의 진행, 신호 전달, 단백질 회전율 1-17를 포함하여 많은 세포 생물 학적 과정을 연구하기 위해 광범위하게 사용되어왔다. 계란 추출물은 본질적으로 이러한 프로세스를 실행하고 조사를 활성화하는 데 필요한 모든 필수 세포질 구성 요소가 포함되어 희석 세포질을 나타 내기 때문에 Xenopus의 계란 추출물 시스템은 세포 프로세스의 군단의 생화학 적 분석에 대한 의무입니다. 계란 추출물 많은 양의 물질 (예, 단백질 정제 또는 고 처리량 스크리닝) 18-20의 많은 양을 필요로 생화학 적 조작에 대해 한 번에 제조 할 수있다. 또 다른 장점은 Xenopus의 계란 추출물에서 특정 단백질의 농도가 정확하게 재조합 단백질 및 / 또는 endog immunodepletion의 첨가에 의해 조절 될 수 있다는 것이다또한 단백질의 발현을 제어하기 어렵다 플라스미드 DNA의 형질 대조적 enous 단백질. 또, 사용 가능한 재조합 단백질의 결여는 외생 첨가 mRNA의 번역을 위해 새로 제조 Xenopus의 계란 추출물의 고용량을 활용 관심 단백질을 코딩하는 전 사체의 첨가에 의해 극복 될 수있다.
단백질 분해의 규제는 많은 세포 경로의 조절에 중요합니다 21. Xenopus의 계란 추출물이 시스템은 전사와 번역의 혼란의 영향없이 단백질 회전율을 모니터링 할 수있는 여러 가지 방법에 대해 허용하는 단백질 분해를 연구하기 위해 광범위하게 사용되어왔다을 처리합니다. Wnt 신호 전달 경로 개발과 질병에 중요한 역할을 담당하고 매우 보존 신호 통로입니다. β-카테닌,이 Wnt 경로의 주요한 효과기의 회전율은 매우 증가 된 정상 상태 L에게 규제되고,β-catenin이의 거시기는이 Wnt 표적 유전자의 활성화를 위해 중요합니다. β-catenin의 분해의 중요성은 β-catenin의 분해를 억제로 Wnt 경로에 돌연변이가 ~ 대장 암 (22)의 모든 산발적 인 케이스의 90 %에서 발견되는 사실에 의해 강조 표시됩니다. 이 Wnt 경로의 구성 요소에 의한 β-catenin의 저하가 충실히 매출의 메커니즘을 연구 할뿐만 아니라 분해 2, 19, 20, 23 ~ 29의 새로운 작은 분자 변조기를 식별하는 Xenopus의 계란 추출물에 효과적으로 요약 할 수있다.
세포주기를 공부 Xenopus의 계란 추출물의 제조 방법은 이전 조브 공보 30-32에 기술되었다. 현재 프로토콜은 이러한 방법의 변형을 설명하고의 분해에 최적화되어 있습니다 [35 S] - 방사성 표지 된 β-catenin의와 루시 페라 제 - 태그 β-catenin이있는Xenopus의 계란 추출물. 방사성 동위 원소 분해 분석은 오토 라디오를 통해 단백질 수준을 직접 시각화 할 수 있습니다. [35 S] 메티오닌이어서 직접 분해 반응에 첨가 될 수있는 시험 관내 번역 반응을 사용하여 관심의 단백질에 도입된다. 또한, 방사성 표지 단백질 회전율 분석은 단백질 안정성에 영향을 미칠 수있는 그 단백질 또는 에피토프 태그에 대한 항체를 요구하지 않는다. 단백질 수준에서도 작은 변화, 방사성 표지 된 단백질 밴드의 강도의 변화에 반영 용이 오토 라디오 그래피에 의해 시각되므로 [35 S]를-방사성 표지 분해 분석은 단백질 회전율이 시각화를위한 매우 유용한 방법을 나타낸다.
순서 반딧불 루시페라아제에 β-카테닌의 퓨전 (이하, 간단히 「루시퍼 "라 함), 단백질 수준의 정밀하고 손쉬운 정량적 측정을 허용β-catenin의 회전율 19, 20의 운동 특성을 결정합니다. 루시퍼 라제 분석의 주요 장점은 쉽게 확장되어 강한 양적 시스템을 제공한다는 것이다. 다음 프로토콜은 β-catenin의 분해 및 신규 β-catenin의 변조기의 높은 처리량 검사를위한 강력하고 효율적이며 효과적인 방법을 시금위한 간단한 방법을 제공합니다.
Xenopus의 계란 추출물 1. 준비
참고 : 각 개구리 사용할 계란 추출물의 약 1 ㎖를 얻을 수 있습니다. 10 개구리의 추출물을 통상 한번에 제조하고, 후술 버퍼의 부피는 10 개구리 Xenopus의 계란 추출물 준비를 행하는이다된다. 버퍼 볼륨은 계란 추출물의 크거나 작은 제제에 따라 조정될 수있다. 이런 방법으로 준비합니다 일관 단백질 농도보기 ≥ 50 ㎎ / ㎖를 얻었다. 이명 실시한 경우 계란을 수집하고 엑기스로 그들을 처리 과정은 가장 효율적이다. (기본 개구리 사육 기술의 경우, 시브 등. 33 참조).
2. β-catenin의 분해 분석을 위해 추출 준비
Xenopus의 계란 추출물 3. 방사성 표지 된 β-catenin의 분해 분석
주 : 달리 명시하지 않는 한 모든 단계는 얼음에서 수행해야합니다.
Xenopus의 계란 추출 4. β-catenin이 - 루시 페라 열화 분석
달리 언급하지 않는 한 얼음의 모든 단계를 수행합니다.
Xenopus의 계란 추출물의 β-catenin의 저하의 회로도는 그림 2A에 표시됩니다. 35 S 표지 β-catenin의이 Xenopus의 계란 추출물에 배양, 분취 량 (1 ML 상당 추출) 적절한 시간에 제거하고 샘플을 실시 하였다 SDS-PAGE는 오토 라디오 그래피 하였다. 이 Wnt 경로의 구성 요소에 의한 β-catenin의 분해는 유비퀴틴 - 프로 테아 좀 시스템 (2)에 의해 매개되며, Xenopus의 추출물 [35 S] - 방사성 표지 된 β-catenin의 저하는 프로 테아 좀 억제제 MG132 그림 2B의 첨가에 의해 억제된다. 이 Wnt 경로의 구성 요소에 의한 β-catenin의 저하는 GSK3 (34)에 의해 인산화에 따라 달라집니다. 제노의 안정화 1) β-catenin의 (SA) 돌연변이 (GSK3 인산화 사이트 알라닌으로 변이) : GSK3 의존 저하가 쉽게 Xenopus의 계란 추출물을 사용하여 여러 가지 방법으로 설명 할 수있다야생 형 β-카테닌 단백질 그림 2B에 고름 계란 추출물 상대. 2) GSK3 (LiCl을)의 작은 분자 억제제는 유사하게 β-catenin의 (그림 2C)의 분해를 억제한다. 3) 마지막으로, Xenopus의 계란 추출물에서 GSK3의 고갈은 β-카테닌의 분해를 억제; 저하 외인성 GSK3의 첨가에 의해 구출 될 수 2D-E 피규어.
방사성 표지 된 β-catenin의 분해 분석은 분해의 모드 (세포 사멸 분열 대 즉 유비퀴틴 - 매개 분해)의 특히 정보를 시각적 인 평가를 제공합니다. 오토 라디오 그래피, 그러나, 노동 집약적 및, 대부분의 경우, 통로의 고 처리량 분석에 제한 (예를 들어,이 Wnt 경로의 소분자 변조기 스크리닝)이다. β-카테닌-루시퍼 라제 분해 분석은 더 쉽고 빠르게 정량화 출사 발광량 그대로 AM 정비례β-catenin이 - 루시 페라 제 단백질의 ount. 이 기능은 높은 처리량 분석에 대한 루시 페라 제 분석은 간단하고 쉽게 적응할 수 있습니다.
그것은 루시 페라 제 융합 nonfusion 단백질의 그것과 유사한 특성을 가지고 결정하는 것이 중요합니다. 이것은 경험적으로 내부적으로 N-말단, C-말단, 또는에 루시페라아제 단백질을 융합에 의해 결정될 수있다. β-catenin의의 N-또는 C-말단에 루시 페라 제의 융합은 Xenopus의 계란 추출물 2, 19, 20에서 포유 동물 세포 또는 회전율을 incultured이 Wnt 표적 유전자를 활성화하는 능력에 영향을주지 않습니다.
Xenopus의 계란 추출물 대표 β-catenin이 - 루시 페라 제의 분해 분석은 β-catenin이 - 루시 페라 제의 열화가 융합의 방사성 동위 원소 표지 된 단백질과 루시 페라 제 활동의 SDS-PAGE/autoradiography에 의해 평가 된 그림 (a)에 표시됩니다. degradatio의 비율β-catenin이 - 루시 페라 제의 n은 태그가 지정되지 않은 β-카테닌 단백질과 유사하다. β-catenin의 - 루시 페라 제 융합 저하의 규제는 β-catenin이 - 루시 페라 매출의 억제를 초래하여 LiCl의 추가 또는 GSK3의 고갈로 nonfusion 단백질과 본질적으로 동일하다. 도 3B-C에 나타낸 바와 같이, β-카테닌-루시퍼 라제 단백질의 방사성 신호의 변화는 시간에 루시 페라 제의 효소 활성의 변화를 평행. β-catenin이 - 루시 페라 제 (시험 관내 전사 - 번역 시스템에서 생성 특히 융합 단백질)를 사용하여 발생하는 문제는 내부 번역 시작 사이트 또는 조기 번역 종료 그림 3D의 사용으로 인해 발생하는 배경 루시 페라 제 신호입니다. 이 문제는 가끔 IVT 반응에 사용 된 DNA의 농도를 최적화함으로써 극복 될 수있다. 우리가 변할 때 우리는, 그러나, 배경 루시퍼 라제 활성의 감소가 관찰되지 않았다우리의 특정 β-catenin이 - 루시 페라 제의 구조에 대한 플라스미드 DNA 농도. 우리가 상기 내부 병진 개시 위치 및 / 또는 β-카테닌-루시페라아제 융합 단백질의 번역 후 조기 종료를 최소화하기 위해 돌연변이 유발을 통해 융합 단백질을 재 설계해야 할 것 같다. 루시퍼 라제 단백질 Xenopus의 계란 추출물도 3a에서 분해 반응의 시간 경과에 걸쳐 비교적 안정되어 있기 때문에 전장 β-카테닌 융합 절두 루시퍼 라제 단백질의 비율이 알려진 경우, 그러나,이 백그라운드 신호는 단순히 차감 될 수있다 .
루시 페라 제 분석의 강도는 β-catenin이 저하 변조기 높은 처리량 검사를 수행 할 수있는 멀티 웰 형식으로 확장 할 수있는 용량입니다. 그림 4에서, 대표 바둑판 분석을 억제하는 β-catenin의 분해 억제제, MG132을 사용하여 표시됩니다 프로 테아. 바둑판 실험의 결과는 분석이 96 - 웰 형식으로 균일하고 재현성 및 높은 처리량 검사에 대한 적합성을 보여줍니다 있음을 나타냅니다.

그림 1. 집중 Xenopus의 계란 추출물의 제조 방법의 개략도가. 계란이 HCG 주사 Xenopus의에서 수집되는 저속 (400 XG) 스핀으로 압축하고, 분쇄하고 중간 속도 (15,000 XG로 구분 여성을 laevis의 ) 스핀. , 등의 림프 낭에 피하 주사주의 깊게 나쁜 계란을 제거하고 텍스트에 명시된 바와 같이 신중하게 낮은 품질의 어두운 추출물에서 높은 품질의 세포질 추출물을 분리주의하십시오.
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Xenopus의 계란 추출물에 배양 할 때 IVT의 반응에 의해 제조 그림 2. β-catenin이는 Xenopus의 알 추출물.)의 분해 분석. B의 회로도를 배양 할 때 견고하게 저하) [35 S] 표지 β-catenin의이 견고하게 저하됩니다. Xenopus의 계란 추출물에 MG132 (200 μM)를 첨가 β-catenin의 분해를 억제한다. GSK3의 β-catenin의 내 phosphosites (β-catenin의 SA) 또는 LiCl을 (25 ㎜) C)의 첨가 알라닌에 돌연변이는 β-catenin의 분해. D) Axin (아미노산 506-560의 GSK3 결합 부위가) 효율적으로 고갈을 억제 GSK3는 Xenopus의 계란에서 추출한. E)는 GSK3 고갈 Xenopus의 계란 추출물은 β-catenin의 분해를 억제하고 O를 추가로 구출 될 수있다F 재조합 GSK3 (0.1 ㎎ / ㎖). 의 LiCl (25 ㎜) 블록 GSK3 고갈 추출물에서 β-catenin의 분해를 구출하는 재조합 GSK3의 용량을 첨가. 더 큰 이미지를 보려면 여기를 클릭하십시오.

Xenopus의 계란 추출물에 배양 할 때 그림 3. 루시 페라 제 - 태그 β-catenin의이 저하됩니다.) 방사선 표지의 β-catenin의 - 루시 페라 제 태그가없는 β-카테닌 단백질과 유사한 속도로 저하됩니다. 야생형 단백질과 마찬가지로하여 LiCl (25 ㎜)의 첨가는 β-카테닌-루시퍼 열화를 억제한다. 혼자 루시 페라 제 눈에 띄게 Xenopus의 계란 추출물 넘겨하지 않습니다. β-catenin의 - 루시퍼의 루시 페라 제 활동의 변화. D 루시퍼 라 아제 활성을 측정에 의해 평가 ASE의 융합의 단백질 수준의 변화를 평행. B)의 LiCl (25 ㎜)의 추가 또는 GSK3 C의 고갈) 체외에 대한) 면역 블롯을 β-catenin이 - 루시 페라 제 회전율을 억제 번역 β-catenin의 - (안티 - 루시 페라 항체를 사용하여) 루시 페라 가능성이 방사성 동위 원소 분해 분석에 비해 높은 배경에 기여하는 특정 준비합니다 무료 루시퍼 단백질의 상당한 양을 공개했다. 더 큰 이미지를 보려면 여기를 클릭하십시오.

Xenopus의 추출물에서 β-catenin이 - 루시 페라 제의 그림 4. 규제 저하에 적용 할 수 있습니다높은 처리량 형식입니다. β-catenin의 분해 억제제 MG132 (450 μM)를 사용하여 β-catenin이 - 루시 페라 제를위한 대표 바둑판 분석. 음영 처리 된 열은 MG132 처리 우물을 표시하고 가벼운 열 (DMSO) 처리 된 우물 차량을 나타냅니다. 높은 처리량 검사의 잠재적 인 사용에 대한 허용 분석을 나타내는 0.3의 점수의 정량화 및 Z-팩터 계산 결과.
저자는 더 경쟁 재정적 이익이 없다는 것을 선언합니다.
방법은 Xenopus의 계란 추출물 및 단백질 분해의 저분자 변조기에 대한 고 처리량 스크리닝을 위해 그 적응 방사성 표지와 루시퍼 라제 융합 단백질을 이용하여 단백질 분해 분석에 대해 설명한다.
우리는 원고의 중요한 읽기 로리 리 감사합니다. TWC는 미국 심장 협회 (American Heart Association) Predoctoral 원정대 (12PRE6590007)에 의해 지원된다. MRB는 국립 암 연구소 교육 교부금 (T32의 CA119925)에 의해 지원된다. SSH는 건강의 국립 연구소 (R01DK078640)에 의해 지원된다. EL는 건강의 국립 연구소 (R01GM081635 및 R01GM103926)에 의해 지원된다.
| 임산부 혈청 성선 자극 호르몬 (PMSG) | ProSpec | hor-272-A | 사용 전 증류수로 재구성. |
| 인간 융모성 성선 자극 호르몬 | 시그마 | CG10-10VL | |
| 염화칼륨 | 피셔 | BP366-1 | |
| 염화나트륨 | 연구 제품 국제 | S23020-5000.0 | |
| 염화마그네슘 | 피셔 | BP214-500 | |
| 염화칼슘 | 아크로스 유기물 | AC42352-5000 | |
| HEPES | Fisher | BP310-1 | |
| Cysteine | Acros Organics | AC17360-1000 | |
| Leupeptin | Sigma | L2884-10MG | |
| 아프로티닌 | Sigma | A1153-10MG | |
| 펩스타틴 | Sigma | P4265-5MG | |
| Cytochalasin B | Sigma | C8273-10MG | |
| 3 ml 주사기: Luer Lock tip | Becton Dickinson | 309657 | |
| 27 G 바늘 | Becton Dickinson | 305109 | |
| 96 잘 단단한 백색 폴리스티렌 microplate, 둥근 바닥 | Corning | 3605 | |
| Steady-Glo luciferase 분석 체계 | Promega | E2520 | -80 °에 장기 저장; C, -20 °에서 최대 1개월 동안 저장할 수 있습니다. C |
| TNT Sp6 결합 망상적혈구 용해물 시스템 | Promega | L4600 | |
| TNT Sp6 고수율 밀 배아 단백질 발현 시스템 | Promega | L3260 | 일반적으로 망상적혈구 용해물보다 수율이 높음 |
| EasyTag Express 단백질 라벨링 믹스 [S35] | Perkin Elmer | NEG772007MC | |
| 크레아틴 포스페이 | 트Sigma | 27920-5G | |
| ATP | Sigma A2383-5G | ||
| 크레아틴 포스포키나제 | Sigma | C3755-35KU | |
| 디메틸 설폭사이드(DMSO) | Sigma | D8418-50ML | |
| Dual-Glo 루시페라제 분석 시스템 | Promega | E2920 | Steady-Glo |
| 50ml 원심분리기 튜브 | 와 동일한 보관 조건Fisher Scientific | 0556214D | |
| Sorvall SS-34 고정각 로터 | Thermo Scientific | 28020 | |
| 115V 50/60Hz 미니 원심분리기 | Fisher Scientific | 05-090-128 | |
| mMessage mMachine Sp6 kit | Ambion | AM1340 | |
| Anti-firefly luciferase 항체 | Abcam | ab16466 | |
| Anti-GSK3 항체 | BD Transduction Laboratories | 610201 | |
| FLUOStar Optima | BMG Labtech | ||
| Sorvall RC-6 Plus 원심분리기 | Thermo Scientific | ||
| 16 ° C 인큐베이터 | Percival Scientific |