Gdy opuszczają retikulum endoplazmatyczne (ER), odpowiednio złożone i złożone białka są selektywnie pakowane w pęcherzyki. Pęcherzyki te są transportowane przez białka motoryczne oparte na mikrotubulach i łączą się ze sobą, tworząc pęcherzykowe klastry rurkowe, a następnie docierają do aparatu Golgiego, eukariotycznych organelli endomembranowych, które często mają charakterystyczny wygląd przypominający wstęgę.

Aparat Golgiego jest główną stacją sortowania i wysyłki produktów ER. Nowo pojawiające się pęcherzyki dostają się do cispłciowej powierzchni Golgiego – strony skierowanej w stronę ER – i są transportowane przez zbiór cystern w kształcie naleśników, otoczonych błoną. Każda cysterna zawiera unikalne kompozycje enzymów i przeprowadza określone modyfikacje białek. W miarę jak białka przechodzą przez sieć cis Golgiego, niektóre z nich są fosforylowane i ulegają usunięciu pewnych modyfikacji węglowodanów, które zostały dodane w ER. Białka następnie przemieszczają się przez przyśrodkową cysternę, gdzie mogą być glikozylowane w celu utworzenia glikoprotein. Po modyfikacji w transcysternie białka otrzymują znaczniki, które określają ich komórkowe miejsce przeznaczenia.

W zależności od znaczników molekularnych, białka są pakowane w pęcherzyki i transportowane do określonych lokalizacji komórkowych, w tym lizosomu i błony plazmatycznej. Specyficzne markery na błonach tych pęcherzyków pozwalają im zadokować w odpowiednim miejscu komórkowym. Ponadto fosfolipidy błonowe mogą być modyfikowane w Golgim, a Golgi może wytwarzać i wydzielać niektóre polisacharydy.

Co ciekawe, Golgi w pełni rozkłada się i ponownie składa podczas podziału komórki. Wcześniej aparat Golgiego był rozumiany jako statyczna struktura, przez którą białka stopniowo się przemieszczały. Ostatnio naukowcy zaczęli postrzegać kolekcję Golgi cisternae jako dynamiczne struktury, rozwijające się od cis do trans twarzy sieci jako całość.