Podczas gdy prawo segregacji Mendla mówi, że dwa allele jednego genu są rozdzielone na różne gamety, pozostaje inne pytanie, w jaki sposób dziedziczone są różne geny. Na przykład, czy gen dla wysokich roślin jest dziedziczony wraz z genem dla zielonego groszku? Mendel zadał to pytanie, eksperymentując z krzyżówką dwuhybrydową; krzyżówka, w której oboje rodzice są homozygotyczni pod względem dwóch odrębnych cech, co daje pokolenie F₁, które jest heterozygotyczne pod względem obu cech.

Pomyślmy o dwóch roślinach homozygotycznych, jednej z okrągłym żółtym groszkiem (genotyp YYRR) i jednej z pomarszczonym zielonym groszkiem (yyrr). W pokoleniu F₁ odkrył, że wszystkie rośliny wykazywały obie dominujące cechy (żółtą i okrągłą; YyRr). Jednak w pokoleniu F₂rośliny miały kombinacje cech, które występowały w przewidywalnym stosunku: na każde 16 roślin 9 było żółtych i okrągłych, 3 były żółte i pomarszczone, 3 były zielone i okrągłe, a 1 była zielona i pomarszczona. Na podstawie tego wyniku Mendel zasugerował, że włączenie zielonego allelu do gamety nie ma wpływu na to, czy ta gameta otrzyma allel okrągły, czy pomarszczony: każda kombinacja była równie prawdopodobna. Prawo niezależnego asortymentu Mendla mówi, że geny nie wpływają na siebie nawzajem w odniesieniu do sortowania na gamety.

Naukowcy wiedzą teraz, że niezależny asortyment występuje, ponieważ chromosomy łączą się losowo podczas mejozy I, wzdłuż płytki metafazowej. W rezultacie geny na różnych chromosomach będą sortować się niezależnie. Oznacza to również, że dwa geny znajdujące się na tym samym chromosomie naruszają prawo niezależnego sortowania, zwłaszcza gdy są bardzo blisko siebie, ponieważ prawie zawsze będą dziedziczone razem. Zjawisko to określa się mianem “sprzężenia” na poziomie chromosomu. Sprzężone geny nie wykazują stosunku 9:3:3:1 w pokoleniu F₂ krzyżówki dwuhybrydowej.