Niektóre procesy biochemiczne, takie jak rozwój embrionalny i regulacja wzrostu komórek, zależą od represji określonych genów. Białka wiążące DNA, znane jako eukariotyczne inhibitory transkrypcji, regulują tłumienie ekspresji genów u eukariontów. Obecność tych inhibitorów w wymaganym miejscu i czasie w komórce jest wywoływana przez obecność hormonów i dodatkowych sygnałów z innych komórek.

Eukariotyczne inhibitory transkrypcji zwykle zawierają dwie odrębne domeny, domenę wiążącą DNA i domenę represorową. Domeny represorowe inhibitorów transkrypcji mogą wiązać się z innymi białkami, takimi jak podstawowe regulatory transkrypcji, aktywatory, koaktywatory i korepresory. Domeny represji można niejasno podzielić na podstawie ich aminokwasów składowych, takich jak domeny bogate w alaninę, domeny bogate w glutaminę i domeny bogate w prolinę. Można je również podzielić na domeny kwasowe lub zasadowe oraz jako hydrofilowe lub hydrofobowe. Domeny te są często wymienne, a różne domeny represorowe mogą łączyć się z tą samą domeną wiążącą DNA.

Eukariotyczne inhibitory transkrypcji mogą pełnić swoją funkcję poprzez trzy główne mechanizmy – hamowanie wiązania DNA, blokowanie aktywacji i wyciszanie genów.

Hamowanie wiązania DNA albo zapobiega wiązaniu się aktywatora z miejscem promotora lub wzmacniacza, albo może uniemożliwić zespołowi inicjacji transkrypcji wiązanie miejsca początkowego transkrypcji lub pudełka TATA. Może to nastąpić albo poprzez wiązanie inhibitora z miejscem regulatorowym lub początkowym, albo poprzez powiązanie domeny hamującej z aktywatorami, koaktywatorami lub białkami zaangażowanymi w maszynerię transkrypcyjną. Na przykład u ludzi inhibitor transkrypcji NF-E wiąże się z pudełkiem CCAAT płodowego genu γ-globiny i hamuje wiązanie aktywatora CP1.

Aktywacja blokująca zapobiega dotarciu sygnału z aktywatora transkrypcji związanego z promotorem lub wzmacniaczem do miejsca rozpoczęcia transkrypcji. Może się to zdarzyć, gdy inhibitor wiąże się z miejscem sąsiadującym z promotorem lub wzmacniaczem, na przykład w regulacji c-myc, gdzie inhibitor myc-PRF wiąże się obok promotora. Może również wystąpić poprzez wiązanie się inhibitora z aktywatorem związanym z DNA. Ten rodzaj represji występuje, gdy inhibitor GAL80 w drożdżach wiąże się z aktywatorem GAL4, gdy jest związany z promotorem.

Wyciszanie genów występuje, gdy inhibitor blokuje lub dezorganizuje kompleks inicjacji transkrypcji poprzez jednoczesne wiązanie się z jednym z białek tworzących maszynerię i z miejscem na DNA w pobliżu miejsca rozpoczęcia transkrypcji, zakotwiczając w ten sposób maszynerię transkrypcyjną. Na przykład u drożdży inhibitor α-2 dezaktywuje geny specyficzne dla kojarzenia typu a, wiążąc się jako dimer z aktywatorem GRM i sekwencjami DNA graniczącymi z miejscem wiązania GRM.