As células às vezes são infectadas por mais de um vírus ao mesmo tempo. Quando dois vírus se desmontam para expor os seus genomas para replicação na mesma célula, regiões semelhantes dos seus genomas podem unir-se e trocar sequências em um processo chamado recombinação. Alternativamente, vírus com genomas segmentados podem trocar segmentos em um processo chamado rearranjo.
Algumas doenças podem infectar várias espécies. Por exemplo, os porcos podem ser infectados por alguns vírus de humanos e aves, além dos vírus que geralmente infectam porcos. Como os vírus podem recombinar quando co-infectam a mesma célula, os porcos podem agir como “recipientes de mistura” que recombinam vírus de outras espécies para criar novos vírus que às vezes podem infectar humanos. Este fenómeno preocupante representa uma via pela qual material infeccioso de outras espécies pode entrar na população humana. Doenças que passam de animais para humanos são conhecidas como zoonoses. Os humanos podem ser altamente susceptíveis a esses vírus por não terem histórico de exposição que teria criado imunidade.
A influenza A é um óptimo exemplo da teoria do “recipiente de mistura” da doença viral. Investigações demonstraram que os vírus da gripe A em porcos, aves e humanos reassociaram-se dentro de hospedeiros suínos. Esses eventos produziram vírus “reassociados duplos” que continham genes de vírus de humanos e aves e vírus “reassociados triplos” que continham genes de vírus de humanos, aves e suínos. Nos Países Baixos, um vírus reassociado composto por genes da gripe humana e das aves foi transmitido de porcos para humanos.
Algumas células podem estar infetadas por duas cepas diferentes de um vírus ao mesmo tempo, causando uma confusão de ambas as sequências genéticas, em um processo denominado recombinação viral. Mais especificamente, depois que os vírus entram no citoplasma da célula, eles se desmontam e começam a replicar seus genomas. As regiões semelhantes de cada genoma podem emparelhar e trocar peças, reconectando as fitas.
Alternativamente, os vírus podem trocar alguns de seus segmentos em um processo chamado rearranjo, em que novos vírus feitos dentro da célula pode ter uma mistura das cepas. Metade dos segmentos da cepa um e a outra metade da cepa dois. Esses vírus recém-formados, agora evoluíram de dois vírus originais, formando populações que podem continuar a mudar ao longo do tempo.
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