Обзор анализа биомаркеров bGDGT для палеоклиматологии

An Overview of bGDGT Biomarker Analysis for Paleoclimatology
JoVE Science Education
Earth Science
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Science Education Earth Science
An Overview of bGDGT Biomarker Analysis for Paleoclimatology

5,569 Views

08:28 min
February 27, 2015
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Overview

Источник: Лаборатория Джеффа Салакапа – Массачусетский университет в Амхерсте

На протяжении всей этой серии видео природные образцы были извлечены и очищены в поисках органических соединений, называемых биомаркерами, которые могут передавать информацию о климате и окружающей среде прошлого. Одним из проанализированных образцов был осадок. Осадочные породы накапливаются в течение геологического времени в бассейнах, углублениях в Земле, в которые осадочные породы попадают под действием жидкости (воды или воздуха), движения и силы тяжести. Существует два основных типа бассейнов: морские (океаны и моря) и озерные (озера). Как можно догадаться, в этих условиях живут очень разные типы жизни, в значительной степени обусловленные разницей в солености между ними. За последние несколько десятилетий геохимики-органики обнаружили набор биомаркеров, или соединений, которые могут быть использованы для описания климата или окружающей среды, некоторые из которых работают в морской среде, а некоторые — в озере. Здесь мы обратим наше внимание на озерную область и разветвленные тетраэфиры глицерина диалкилглицерина (рис. 1).

В этом разделе мы сосредоточимся на анализе земной палеотемпературы с использованием разветвленных тетратеров глицерина диалкилглицерина (Рисунок 1; brGDGTs) и прокси MBT/CBT. Этот прокси был первоначально описан Weijers et al.1 и основан на распределении кольцевых и ответвляющихся структур в брГДГТ. Они обнаружили, что циклизация разветвленных тетраэфиров (КПТ) напрямую связана с pH почвы.

CBT = -log ((Ib + IIb) / (I + II))

И что метилирование разветвленных тетраэфиров (MBT) определялось среднегодовой температурой воздуха (MAAT) и, в меньшей степени, pH почвы.

MBT = (I + Ib + Ic) / (I + Ib + Ic) + (II + IIb + IIc) + (III + IIIb + IIIc)

Таким образом, взятые вместе и откалиброванные, MBT/CBT связывают распределение brGDGTs как с температурой почвы, так и с pH.

MBT = 0.122 + (0.187 x CBT) + (0.020 x MAAT)

Разветвленные GDGT считаются мембранными липидами, и их производство первоначально приписывалось анаэробным ацидобактериям, живущим в почве и торфе2-5, но последующие исследования показали, что они также могут производиться в кислородных и бескислородных озерных и морских водных толще и отложениях6-9. Гипотеза гласит, что ацидобактерии преобразуют участки метилирования в циклизации в ответ на понижение температуры с целью увеличения ненасыщенности (циклизация эффективно удаляет два атома водорода) и поддержания текучести мембраны (по аналогии, насыщенный жир (сливочное масло) является твердым веществом комнатной температуры, в то время как ненасыщенный жир (оливковое масло) является жидкостью), но разветвленные ГДГТ еще не были идентифицированы в качестве основных мембранных липидов в культурах ацидобактерий. Таким образом, их точное происхождение неизвестно.

Калибровка разветвленных GDGT по переменным окружающей среды (температура, pH, соленость, осадки и т.д.) является темой широкомасштабных исследований. Лаборатории органической геохимии по всему миру участвуют в задаче разработки как глобальныхкалибровок 1,10, так и региональных11-13 между разветвленными GDGT и (в первую очередь) температурой. Таким образом, приведенные выше уравнения регулярно уточняются и совершенствуются.

Разветвленные GDGT обычно извлекаются из озерных отложений, хотя прибрежные морские отложения также были исследованы. Экстракты подвергают силикагелевой колонке для очистки GDGT от других соединений, которые могут не поддаваться LC или которые могут хроматографически соэлюироваться с GDGT. ГДГТ выходят в виде полярной фракции, которая элюируется метанолом.

После того, как общий липидный экстракт очищен, извлеченный и очищенный образец запускается на высокопроизводительном жидкостном хроматографе, соединенном с масс-спектрометром химической ионизации. Относительная концентрация ГДГТ определяется путем получения площади под кривой для выбранного массового иона (м/з; Рисунок 1) для каждого из соединений в компьютерном программном обеспечении, предназначенном именно для этой цели (например, Agilent Chemstation). Затем эти области помещаются в выбранное калибровочное уравнение, чтобы получить определение палеотемпературы.

Figure 1
Рисунок 1. Структуры разветвленных GDGT, используемые для вычисления температуры через прокси MBT/CBT (использованы с разрешения доктора Ислы Кастаньеды, который создал изображение). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.

Органические соединения, называемые биомаркерами, могут быть использованы в науках о Земле в качестве палеотермометров для сопоставления информации о климате и окружающей среде прошлого.

Живые организмы вырабатывают эти биомаркеры, которые предоставляют нам информацию об окружающей среде, в которой они жили. Они могут выступать в качестве посредника, чтобы сообщить нам информацию о прошлых событиях, таких как температура Земли миллионы лет назад.

Наземная палеотемпература может быть проанализирована с помощью биомаркеров, обнаруженных в отложениях пресноводных бассейнов. Одним из ключевых классов этих биомаркеров являются разветвленные диалкилглицериновые тетраэфиры или разветвленные GDGT.

В этом видео мы познакомимся с областью исследований, называемой палеоклиматологией, которая изучает прошлые изменения в пресноводной среде на протяжении сотен миллионов лет. Это помогает пролить свет на текущие и будущие изменения климата и окружающей среды.

Осадочные породы накапливаются в течение геологического времени из-за движения флюидов и силы тяжести в осадочных бассейнах или низких областях земной коры. К осадочным бассейнам относятся океаны, которые собирают морские отложения, или озера, которые собирают озерные отложения. Морские и озерные бассейны содержат различные типы организмов, что в значительной степени обусловлено разницей в солености между ними. Таким образом, морские и озерные бассейны содержат разные биомаркеры.

Считается, что разветвленные GDGT представляют собой мембранные липиды анаэробных ацидобактерий. Исследования показывают, что организмы-продуценты изменяют свойства мембраны в ответ на изменение температуры.

Это изменение вызвано превращением метилированных сайтов на разветвленных GDGT в циклизованные центры при более низких температурах, тем самым повышая текучесть мембраны. Это изменение в структуре затем может быть соотнесено с температурой через прокси. Прокси — это измеряемые физические явления, которые коррелируют с неизмеримой переменной.

Этот прокси связывает количество метилирования или ОБТ и циклизаций (КПТ) в биомаркере с температурой. Экспериментально полученное уравнение может связать MBT и CBT со среднегодовой температурой воздуха в прошлом.

Чтобы изучить взаимосвязь между разветвленными биомаркерами GDGT и температурой почвы, необходимо собрать озерные отложения, извлечь их одним из трех методов, очистить и проанализировать.

Чтобы начать изучение взаимосвязи между разветвленными биомаркерами GDGT и температурой почвы, молекулы липидов сначала извлекаются из озерных отложений с использованием различных методов. Экстракция с помощью ультразвука является самым простым и наименее затратным методом получения общего липидного экстракта, или TLE, из образца осадка. Для этого используется ультразвуковая ванна, которая перемешивает образец во флаконе, содержащем органический растворитель. Смесь метанола и дихлорметана используется для выделения биомаркеров с широким диапазоном полярностей. Другой метод экстракции использует экстракцию по методу Сокслета. Экстрактор Сокслета обеспечивает обратный поток, или непрерывный цикл, органического растворителя из колбы с круглым дном вверх в конденсатор, который охлаждается холодной водой и возвращается. Конденсированный растворитель попадает в стекловолоконный наперсток, в котором находится образец. После заполнения камера откачивает органический растворитель обратно в колбу с круглым дном, что обеспечивает непрерывную экстракцию с течением времени.

Этот метод полезен при извлечении больших масс осадочных пород и подготовке больших объемов эталонов для калибровки приборов. Наконец, ускоренная экстракция растворителем, или ASE, является запатентованным методом экстракции, в котором используется высокая температура и давление для увеличения кинетики процесса экстракции. Прибор ASE вмещает до 24 отдельных образцов и позволяет точно контролировать все параметры в процессе экстракции. Благодаря своей скорости и простоте использования, ASE обычно используется в качестве стандартного метода экстракции растворителем.

После того, как образец липидов экстрагируется с помощью одного из этих методов, он очищается для подготовки к анализу. Как правило, силикагелевая колоночная хроматография используется для очистки липидного образца на основе его полярности. Для этого небольшая стеклянная колонка загружается в мелкий порошок диоксида кремния, называемый гелем. Затем колонка насыщается аполярным растворителем, обычно гексаном, а затем образец загружается сверху. Разделение экстракта основано на сродстве целевого соединения либо к твердой фазе, либо к фазе растворителя.

Полярные соединения, в данном случае разветвленные GDGT, больше притягиваются к полярному кремнезему, чем к аполярному гексану. Таким образом, аполярные соединения, такие как углеводороды, среднеполярные соединения, такие как кетоны и спирты, а также высокополярные соединения будут перемещаться по колонне с разной скоростью и в ответ на растворители с возрастающей полярностью.

Затем элюенты собираются в отдельные фракции.

Очищенные GDGT затем анализируются с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии в сочетании с масс-спектрометром (LC-MS). LC-MS сначала разделяет соединения, а затем анализирует их на основе соотношения массы к заряду.

Это позволяет определить относительную концентрацию каждого типа GDGT с использованием площади под кривой для выбранного массового иона. MBT рассчитывается как доля молекул группы 1 к общему количеству.

Затем КПТ рассчитывается как отрицательный логарифм с использованием молекул групп 1 и 2. Затем MBT и CBT подключаются к экспериментально полученному уравнению, чтобы прийти к определению палеотемпературы.

Определение палеотемпературы с помощью биомаркеров полезно в ряде приложений в науке о Земле.

Во-первых, палеотермометрия позволяет определять температуру Земли в течение длительных периодов времени. С помощью различных методик температура Земли была оценена еще 500 миллионов лет назад. Это говорит нам о температурном диапазоне, в котором развивались различные формы жизни, и служит основой для исследований влияния температуры на биосферу, гидросферу, литосферу и атмосферу Земли в прошлом и, соответственно, в будущем.

Более поздние тенденции в температуре Земли также могут быть количественно оценены по записям, построенным с помощью палеотермометрии. Температура поверхности Земли увеличилась почти на 1 градус с 1850 года по настоящее время, с выраженной тенденцией к потеплению в последние два десятилетия. Чтобы понять антропогенное воздействие на глобальный климат, необходимо разработать точные палеоклиматические данные и использовать их в качестве контекста.

Вы только что посмотрели обзор разветвленного глицерина, диалкилглицерина, тетраэфира палеотермометрии. Теперь вы должны понять, как используются разветвленные биомаркеры GDGT, а также общую технику их извлечения и очистки. В следующих видеороликах этой серии мы рассмотрим этот сложный процесс более подробно.

Спасибо за просмотр!

Procedure

Органические соединения, называемые биомаркерами, могут быть использованы в науках о Земле в качестве палеотермометров для сопоставления информации о климате и окружающей среде прошлого.

Живые организмы вырабатывают эти биомаркеры, которые предоставляют нам информацию об окружающей среде, в которой они жили. Они могут выступать в качестве посредника, чтобы сообщить нам информацию о прошлых событиях, таких как температура Земли миллионы лет назад.

Наземная палеотемпература может быть проанализирована с помощью биомаркеров, обнаруженных в отложениях пресноводных бассейнов. Одним из ключевых классов этих биомаркеров являются разветвленные диалкилглицериновые тетраэфиры или разветвленные GDGT.

В этом видео мы познакомимся с областью исследований, называемой палеоклиматологией, которая изучает прошлые изменения в пресноводной среде на протяжении сотен миллионов лет. Это помогает пролить свет на текущие и будущие изменения климата и окружающей среды.

Осадочные породы накапливаются в течение геологического времени из-за движения флюидов и силы тяжести в осадочных бассейнах или низких областях земной коры. К осадочным бассейнам относятся океаны, которые собирают морские отложения, или озера, которые собирают озерные отложения. Морские и озерные бассейны содержат различные типы организмов, что в значительной степени обусловлено разницей в солености между ними. Таким образом, морские и озерные бассейны содержат разные биомаркеры.

Считается, что разветвленные GDGT представляют собой мембранные липиды анаэробных ацидобактерий. Исследования показывают, что организмы-продуценты изменяют свойства мембраны в ответ на изменение температуры.

Это изменение вызвано превращением метилированных сайтов на разветвленных GDGT в циклизованные центры при более низких температурах, тем самым повышая текучесть мембраны. Это изменение в структуре затем может быть соотнесено с температурой через прокси. Прокси — это измеряемые физические явления, которые коррелируют с неизмеримой переменной.

Этот прокси связывает количество метилирования или ОБТ и циклизаций (КПТ) в биомаркере с температурой. Экспериментально полученное уравнение может связать MBT и CBT со среднегодовой температурой воздуха в прошлом.

Чтобы изучить взаимосвязь между разветвленными биомаркерами GDGT и температурой почвы, необходимо собрать озерные отложения, извлечь их одним из трех методов, очистить и проанализировать.

Чтобы начать изучение взаимосвязи между разветвленными биомаркерами GDGT и температурой почвы, молекулы липидов сначала извлекаются из озерных отложений с использованием различных методов. Экстракция с помощью ультразвука является самым простым и наименее затратным методом получения общего липидного экстракта, или TLE, из образца осадка. Для этого используется ультразвуковая ванна, которая перемешивает образец во флаконе, содержащем органический растворитель. Смесь метанола и дихлорметана используется для выделения биомаркеров с широким диапазоном полярностей. Другой метод экстракции использует экстракцию по методу Сокслета. Экстрактор Сокслета обеспечивает обратный поток, или непрерывный цикл, органического растворителя из колбы с круглым дном вверх в конденсатор, который охлаждается холодной водой и возвращается. Конденсированный растворитель попадает в стекловолоконный наперсток, в котором находится образец. После заполнения камера откачивает органический растворитель обратно в колбу с круглым дном, что обеспечивает непрерывную экстракцию с течением времени.

Этот метод полезен при извлечении больших масс осадочных пород и подготовке больших объемов эталонов для калибровки приборов. Наконец, ускоренная экстракция растворителем, или ASE, является запатентованным методом экстракции, в котором используется высокая температура и давление для увеличения кинетики процесса экстракции. Прибор ASE вмещает до 24 отдельных образцов и позволяет точно контролировать все параметры в процессе экстракции. Благодаря своей скорости и простоте использования, ASE обычно используется в качестве стандартного метода экстракции растворителем.

После того, как образец липидов экстрагируется с помощью одного из этих методов, он очищается для подготовки к анализу. Как правило, силикагелевая колоночная хроматография используется для очистки липидного образца на основе его полярности. Для этого небольшая стеклянная колонка загружается в мелкий порошок диоксида кремния, называемый гелем. Затем колонка насыщается аполярным растворителем, обычно гексаном, а затем образец загружается сверху. Разделение экстракта основано на сродстве целевого соединения либо к твердой фазе, либо к фазе растворителя.

Полярные соединения, в данном случае разветвленные GDGT, больше притягиваются к полярному кремнезему, чем к аполярному гексану. Таким образом, аполярные соединения, такие как углеводороды, среднеполярные соединения, такие как кетоны и спирты, а также высокополярные соединения будут перемещаться по колонне с разной скоростью и в ответ на растворители с возрастающей полярностью.

Затем элюенты собираются в отдельные фракции.

Очищенные GDGT затем анализируются с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии в сочетании с масс-спектрометром (LC-MS). LC-MS сначала разделяет соединения, а затем анализирует их на основе соотношения массы к заряду.

Это позволяет определить относительную концентрацию каждого типа GDGT с использованием площади под кривой для выбранного массового иона. MBT рассчитывается как доля молекул группы 1 к общему количеству.

Затем КПТ рассчитывается как отрицательный логарифм с использованием молекул групп 1 и 2. Затем MBT и CBT подключаются к экспериментально полученному уравнению, чтобы прийти к определению палеотемпературы.

Определение палеотемпературы с помощью биомаркеров полезно в ряде приложений в науке о Земле.

Во-первых, палеотермометрия позволяет определять температуру Земли в течение длительных периодов времени. С помощью различных методик температура Земли была оценена еще 500 миллионов лет назад. Это говорит нам о температурном диапазоне, в котором развивались различные формы жизни, и служит основой для исследований влияния температуры на биосферу, гидросферу, литосферу и атмосферу Земли в прошлом и, соответственно, в будущем.

Более поздние тенденции в температуре Земли также могут быть количественно оценены по записям, построенным с помощью палеотермометрии. Температура поверхности Земли увеличилась почти на 1 градус с 1850 года по настоящее время, с выраженной тенденцией к потеплению в последние два десятилетия. Чтобы понять антропогенное воздействие на глобальный климат, необходимо разработать точные палеоклиматические данные и использовать их в качестве контекста.

Вы только что посмотрели обзор разветвленного глицерина, диалкилглицерина, тетраэфира палеотермометрии. Теперь вы должны понять, как используются разветвленные биомаркеры GDGT, а также общую технику их извлечения и очистки. В следующих видеороликах этой серии мы рассмотрим этот сложный процесс более подробно.

Спасибо за просмотр!

Transcript

Органические соединения, называемые биомаркерами, могут быть использованы в науках о Земле в качестве палеотермометров для сопоставления информации о климате и окружающей среде прошлого.

Живые организмы вырабатывают эти биомаркеры, которые предоставляют нам информацию об окружающей среде, в которой они жили. Они могут выступать в качестве посредников, чтобы сообщать нам информацию о прошлых событиях, таких как температура Земли миллионы лет назад.

Наземная палеотемпература может быть проанализирована с помощью биомаркеров, обнаруженных в отложениях пресноводных бассейнов. Одним из ключевых классов этих биомаркеров являются разветвленные диалкилглицериновые тетраэфиры или разветвленные GDGT.

В этом видео мы познакомимся с областью исследований, называемой палеоклиматологией, которая изучает прошлые изменения в пресноводной среде на протяжении сотен миллионов лет. Это помогает пролить свет на текущие и будущие изменения климата и окружающей среды.

Осадочные породы накапливаются в течение геологического времени из-за движения флюидов и силы тяжести в осадочных бассейнах или низких областях земной коры. К осадочным бассейнам относятся океаны, которые собирают морские отложения, или озера, которые собирают озерные отложения. Морские и озерные бассейны содержат различные типы организмов, что в значительной степени обусловлено разницей в солености между ними. Таким образом, морские и озерные бассейны содержат разные биомаркеры.

Считается, что разветвленные GDGT представляют собой мембранные липиды анаэробных ацидобактерий. Исследования показывают, что организмы-продуценты изменяют свойства мембраны в ответ на изменение температуры.

Это изменение вызвано превращением метилированных сайтов на разветвленных GDGT в циклизованные сайты при более низких температурах, тем самым повышая текучесть мембраны. Это изменение в структуре затем может быть соотнесено с температурой через прокси. Прокси — это измеряемые физические явления, которые коррелируют с неизмеримой переменной.

Этот прокси связывает количество метилирования или ОБТ и циклизаций (КПТ) в биомаркере с температурой. Экспериментально полученное уравнение может связать MBT и CBT со среднегодовой температурой воздуха в прошлом.

Чтобы изучить взаимосвязь между разветвленными биомаркерами GDGT и температурой почвы, необходимо собрать озерные отложения, извлечь их одним из трех методов, очистить и проанализировать.

Чтобы начать изучение взаимосвязи между разветвленными биомаркерами GDGT и температурой почвы, молекулы липидов сначала извлекаются из озерных отложений с использованием различных методов. Экстракция с помощью ультразвука является самым простым и наименее затратным методом получения общего липидного экстракта, или TLE, из образца осадка. Для этого используется ультразвуковая ванна, которая перемешивает образец во флаконе, содержащем органический растворитель. Смесь метанола и дихлорметана используется для выделения биомаркеров с широким диапазоном полярностей. Другой метод экстракции использует экстракцию по методу Сокслета. Экстрактор Сокслета обеспечивает обратный поток, или непрерывный цикл, органического растворителя из колбы с круглым дном вверх в конденсатор, который охлаждается холодной водой и возвращается. Конденсированный растворитель попадает в стекловолоконный наперсток, в котором находится образец. После заполнения камера откачивает органический растворитель обратно в колбу с круглым дном, что обеспечивает непрерывную экстракцию с течением времени.

Этот метод полезен при извлечении больших масс осадочных пород и подготовке больших объемов эталонов для калибровки приборов. Наконец, ускоренная экстракция растворителем, или ASE, является запатентованным методом экстракции, в котором используется высокая температура и давление для увеличения кинетики процесса экстракции. Прибор ASE вмещает до 24 отдельных образцов и позволяет точно контролировать все параметры в процессе экстракции. Благодаря своей скорости и простоте использования, ASE обычно используется в качестве стандартного метода экстракции растворителем.

После того, как образец липидов экстрагируется с помощью одного из этих методов, он очищается для подготовки к анализу. Как правило, силикагелевая колоночная хроматография используется для очистки липидного образца на основе его полярности. Для этого небольшая стеклянная колонка загружается в мелкий порошок диоксида кремния, называемый гелем. Затем колонка насыщается аполярным растворителем, обычно гексаном, а затем образец загружается сверху. Разделение экстракта основано на сродстве целевого соединения либо к твердой фазе, либо к фазе растворителя.

Полярные соединения, в данном случае разветвленные GDGT, больше притягиваются к полярному кремнезему, чем к аполярному гексану. Таким образом, аполярные соединения, такие как углеводороды, среднеполярные соединения, такие как кетоны и спирты, а также высокополярные соединения будут перемещаться по колонне с разной скоростью и в ответ на растворители с возрастающей полярностью.

Затем элюенты собираются в отдельные фракции.

Очищенные GDGT затем анализируются с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии в сочетании с масс-спектрометром (LC-MS). LC-MS сначала разделяет соединения, а затем анализирует их на основе соотношения массы к заряду.

Это позволяет определить относительную концентрацию каждого типа GDGT с использованием площади под кривой для выбранного массового иона. MBT рассчитывается как доля молекул группы 1 к общему количеству.

Затем КПТ рассчитывается как отрицательный логарифм с использованием молекул групп 1 и 2. Затем MBT и CBT подключаются к экспериментально полученному уравнению, чтобы прийти к определению палеотемпературы.

Определение палеотемпературы с помощью биомаркеров полезно в ряде приложений в науке о Земле.

Во-первых, палеотермометрия позволяет определять температуру Земли в течение длительных периодов времени. С помощью различных методик температура Земли была оценена еще 500 миллионов лет назад. Это говорит нам о температурном диапазоне, в котором развивались различные формы жизни, и служит основой для исследований влияния температуры на биосферу, гидросферу, литосферу и атмосферу Земли в прошлом и, соответственно, в будущем.

Более поздние тенденции в температуре Земли также могут быть количественно оценены по записям, построенным с помощью палеотермометрии. Температура поверхности Земли увеличилась почти на 1 градус с 1850 года по настоящее время, с выраженной тенденцией к потеплению в последние два десятилетия. Чтобы понять антропогенное воздействие на глобальный климат, необходимо разработать точные палеоклиматические данные и использовать их в качестве контекста.

Вы только что посмотрели обзор разветвленного глицерина, диалкилглицерина, тетраэфира палеотермометрии. Теперь вы должны понять, как используются разветвленные биомаркеры GDGT, а также общую технику их извлечения и очистки. В следующих видеороликах этой серии мы рассмотрим этот сложный процесс более подробно.

Спасибо за просмотр!