Журнал
/
/
/
Получение метаболитов из кораллового голобионта, отделенной ткани коралла-хозяина и клеток Symbiodiniaceae для анализа методом газовой хроматографии-масс-спектрометрии
JoVE Journal
Биология
Для просмотра этого контента требуется подписка на Jove  Войдите в систему или начните бесплатную пробную версию.
JoVE Journal Биология
Preparation of Metabolites from a Coral Holobiont, Separated Coral Host Tissue, and Symbiodiniaceae Cells for Gas Chromatography-Mass Spectrometry Analysis

Получение метаболитов из кораллового голобионта, отделенной ткани коралла-хозяина и клеток Symbiodiniaceae для анализа методом газовой хроматографии-масс-спектрометрии

English

Сгенерировано автоматически

101 Views

03:15 min

October 13, 2023

DOI:

03:15 min
October 13, 2023

7 Views
, , , ,

ТРАНСКРИПТ

Automatically generated

Для извлечения внутриклеточных метаболитов из лиофилизированного голобионта в лиофилизированный голобионт добавляют 400 мкл 100% холодного метанола с внутренними нормами. Затем добавьте 10 миллиграммов промытых кислотой стеклянных шариков и поместите трубку в предварительно охлажденную бисерную мельницу. Вставьте при частоте 50 герц на три минуты.

После лизиса добавьте 600 микролитров холодного метанола и вортекс на одну минуту. Поместите трубку на шейкер для гриля при температуре четыре градуса Цельсия на 30 минут. Для извлечения метаболитов из отделенных лиофилизированных симбиодиных клеток добавьте 200 микролитров холодного метанола с внутренними нормами в высушенные симбиодиниальные клетки.

Затем добавьте промытые кислотой стеклянные шарики и поместите трубку в предварительно охлажденную вставку бисерной мельницы с температурой 50 герц. Через три минуты добавьте 800 микролитров метанола и вортекс на 30 секунд. Для извлечения метаболитов из отделенной лиофилизированной ткани хозяина добавьте один миллилитр холодного метанола, содержащего внутренние стандарты, в высушенный материал хозяина и заведите его в течение 20 секунд.

Затем поместите трубку в плавающий держатель трубки для ультразвуковой обработки при температуре четыре градуса Цельсия на 30 минут. Затем для очистки экстракта метаболитов центрифугируйте все образцы при температуре 3000G в течение 30 минут при четырех градусах Цельсия. Осторожно переложите надосадочную жидкость в новую двухмиллилитровую микроцентрифужную трубку, не потревожив гранулу.

Повторно суспендируйте гранулу в одном миллилитре 50% холодного метанола и энергично перемешайте в течение одной минуты. Снова центрифугируете, затем соберите и объедините надосадочную жидкость полярных экстрактов с полуполярными экстрактами из того же образца. Центрифугируйте объединенные экстракты при 16, 100 г в течение 15 минут для удаления осадков.

Для анализа аликвот 50 микролитров каждого экстракта в стеклянную вставку и концентрат с помощью вакуумного концентратора в течение 30 минут при 30 градусах Цельсия. Анализ GCMS выявил 107 аннотированных метаболитов во всех видах лечения, включая набор аминокислот, органических кислот, углеводов, жирных кислот и стерильных. K означает, что кластеризация идентифицировала три различных кластера выборок.

Образцы голобионтов были промежуточными между разделенной фракцией хозяина и симбионтом. Несмотря на то, что K означает, кластерные распределения, параллельные координаты и визуализация тепловой карты в относительном обилии метаболитов указывают на то, что профиль голобионта более точно соответствует профилю фракции хозяина, значительно отличается как от профиля хозяина, так и от профиля симбионта. Профили хозяина и симбионта значительно отличались друг от друга со 100 отдельными метаболитами, значительно различаясь между фракцией хозяина и симбионта.

Read Article