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Fundamentos de la Microbiología Ambiental

Esta colección proporciona una introducción a las comunidades microbianas en el medio ambiente y sus roles en los ecosistemas; y también explora métodos comunes usados para estudiar Microbiología Ambiental.

  • Environmental Microbiology

    06:15
    Determinación del contenido de humedad en el suelo

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Bradley Schmitz

    Suelos contienen normalmente una cantidad finita de agua, que puede ser expresado como el "contenido de humedad del suelo". Esta humedad existe dentro de los espacios de poro entre los agregados del suelo (espacio de poros entre agregados) y dentro de agregados del suelo (espacio de poros intra agregados) (figura 1). Normalmente este espacio de poros está ocupado por aire y/o agua. Si los poros están ocupados por aire, el suelo está completamente seco. Si los poros están llenos de agua, el suelo se dice que ser saturada. Figura 1. Espacio poroso en el suelo.

  • Environmental Microbiology

    10:47
    Técnica aséptica en ciencias ambientales

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Luisa Ikner

    Técnica aséptica es una habilidad fundamental ampliamente practicada en el campo de la Microbiología Ambiental que requiere un equilibrio de mindfulness y práctica en el laboratorio. Uso correcto de esta técnica reduce la probabilidad de contaminación bacteriana o micótica de reactivos, medios de cultivo y muestrastales. También es vital para garantizar la integridad de los datos y mantener la pureza de las bibliotecas de cultura que puede ser conformada por muy rara y difícil de cepas en condiciones asépticas. Fuentes de contaminación en el ambiente de laboratorio incluyen aire microorganismos (incluidos los adherirse al polvo y la pelusa partículas) microbios presentan en el espacio de trabajo de banco de laboratorio y cristalería no esterilizada o equipo y microbios transfieren desde el cuerpo y el cabello del investigador. El uso de la técnica aséptica es también una medida de seguridad que reduce el potencial para la transmisión de microorganismos a los investigadores, que es particularmente importante cuando se trabaja con agentes patógenos.

  • Environmental Microbiology

    09:30
    Tinción de Gram de la Bacteria de fuentes ambientales

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Luisa Ikner

    El espectro de la investigación en Microbiología Ambiental es amplio en alcance y potencial de aplicación. Si el trabajo es báscula de mesa con aislamientos bacterianos conocidos, o en el campo recolectando muestras de suelo o agua que contienen aislamientos bacterianos desconocidos, la capacidad de rápidamente yalmente discernir las poblaciones cultivables de interés sigue siendo de gran importancia para microbiólogos ambientales aún hoy con la abundancia de técnicas moleculares disponibles para su uso. Este vídeo demuestra una tal técnica, conocida como tinción de Gram.

  • Environmental Microbiology

    10:03
    Visualizarse los microorganismos del suelo mediante el contacto Deslice análisis y microscopia

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Bradley Schmitz

    Suelo compone de la capa delgada en la superficie terrestre, que contienen factores bióticos y abióticos que contribuyen a la vida. La porción abiótica incluye partículas inorgánicas de tamaño y forma que determinan la textura del suelo. La parte biótica incorpora residuos de plantas, raíces, materia orgánica ynismos. Diversidad y abundancia de microbios del suelo es expansivo, ya que un gramo de suelo contiene 107-8 bacterias, actinomicetos 106-8 , 105-6 hongos, levadura3 10, 104-6 protozoos, algas3-4 10 y 5 nematodos3 . Los factores bióticos y abióticos forman arquitecturas alrededor de raíces de la planta, conocidas como la rizosfera, que proporcionan condiciones favorables para los microorganismos del suelo. Factores bióticos y abióticos promoción la vida en los suelos. Sin embargo, también contribuyen dinámica estresante que limitan microbios. Estrés biótico implica competencia entre vida para adaptarse y sobrevivir en condiciones ambientales. Por ejemplo, los microbios pueden secretar sustancias inhibidoras o tóxicas para dañar microorganismos vecinos. Penicillium notatum es un hongo notorio, ya que reduce la competencia por nutrimentos mediante la producción de un antimicrobiano, que los seres

  • Environmental Microbiology

    08:57
    Hongos filamentosos

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Bradley Schmitz

    Hongos son organismos eucariotas heterótrofos y con la excepción de levaduras, son aerobios. Son abundantes en suelos superficiales y son importantes para su papel en el ciclo de nutrientes y la descomposición de materia orgánica y contaminantes orgánicos. Blanco hongos (phanerochaete chryosporium) porplo, (figura 1) se saben para degradar compuestos aromáticos de putrefacción. Figura 1. Blanco rot en abedul.

  • Environmental Microbiology

    09:58
    Extracción de ADN de la comunidad de colonias bacterianas

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Luisa Ikner

    Métodos tradicionales de análisis de comunidades microbianas en suelos generalmente han implicado o ensayos culturales utilizando la dilución y metodología en medios selectivos y diferenciales o ensayos de recuento directo de la galjanoplastia. Conteo directo ofrece información sobre el número total de bacteriasntes, pero ninguna información sobre el número o la diversidad de las poblaciones presentes en la comunidad. Cuenta de placa permite enumeración total cultural o las poblaciones culturales y por lo tanto, proporciona información sobre las diferentes poblaciones presentes. Sin embargo, dado que menos del 1% de bacterias del suelo son fácilmente cultivable, información cultural ofrece sólo un pedazo de la imagen. La fracción real de la comunidad que puede ser cultivada depende el medio elegido para cuentas culturales. Selecciona cualquier medio solo para las poblaciones que mejor se adapten a ese medio particular. En los últimos años han puesto de manifiesto las ventajas de estudiar la comunidad ADN extraído de muestras de suelo. Este enfoque basado en el nonculture se piensa para ser más representativo de la comunidad real presente que los enfoques basados en la cultura. Además de proporcionar información sobre los tipos de poblaciones presentes, este enfoque también puede propor

  • Environmental Microbiology

    13:33
    Detección de microorganismos ambientales con la reacción en cadena de polimerasa y la electroforesis en Gel de

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Bradley Schmitz

    Reacción en cadena de polimerasa (PCR) es una técnica utilizada para detectar microorganismos que están presentes en entornos atmosféricos, agua y suelo. Amplificando la secciones específicas de la DNA, PCR puede facilitar la detección e identificación de microorganismos de la blanco a la especie, cepa yr/patovar nivel. La técnica también puede ser utilizada para caracterizar comunidades enteras de microorganismos en las muestras. El cultivo de microorganismos en el laboratorio usando medios de cultivo especializados es una técnica larga y permanece en uso para la detección de microorganismos en muestras ambientales. Muchos microbios en el ambiente natural, mientras viva, mantienen bajos niveles de actividad metabólica y/o duplicación veces y así se refieren como viables pero no cultivables organismos (VBN). El uso de técnicas basadas en la cultura solo puede detectar estos microbios y, por lo tanto, no proporciona una evaluación exhaustiva de poblaciones microbianas en muestras. El uso de la PCR permite la detección de microbios cultivables, organismos VBN, y los que ya no están vivos o activos, como la amplificación de secuencias genéticas no requieren generalmente el enriquecimiento previo de microorganismos presentes en muestras ambientales. Sin embargo, la PCR no puede dis

  • Environmental Microbiology

    12:03
    Análisis de muestras ambientales mediante RT-PCR del ARN

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Bradley Schmitz

    Reacción en cadena reversa de la transcripción-polimerasa (RT-PCR) implica el mismo proceso que la PCR convencional — temperatura ciclismo para amplificar ácidos nucleicos. Sin embargo, mientras que la PCR convencional sólo amplifica los ácidos desoxirribonucleico (ADN), RT-PCR permite la amplificación de los ácidos icos (RNA) mediante la formación de ADN complementario (cDNA). Esto permite que organismos basados en RNA dentro del entorno para ser analizados utilizando métodos y tecnologías que están diseñados para el ADN. Muchos de los virus encontrados en el ambiente usan RNA como su material genético. Varias basadas en RNA patógenos virales, como el Norovirusy organismos indicadores, tales como virus de moteado suave del pimiento (PMMoV), no tienen métodos de detección basados en la cultura para la cuantificación. Para detectar la presencia de estos virus de RNA en muestras ambientales de suelo, agua, agricultura, etc., ensayos moleculares dependen de RT-PCR para convertir el RNA en DNA. Sin RT-PCR, microbiólogos no sería capaces de análisis y de investigación de numerosos virus RNA-basado que plantean riesgos para la salud humana y ambiental. RT-PCR se puede también emplear como una herramienta para medir la actividad microbiana en el medio ambiente. ARN mensaje

  • Environmental Microbiology

    09:56
    Cuantificación de microorganismos ambientales y virus utilizando qPCR

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Bradley Schmitz

    Reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR), también conocido como PCR en tiempo real, es una técnica molecular utilizada para la enumeración de microorganismos en el ambiente. Antes de este enfoque, cuantificación de microorganismos fue limitada en gran medida a las técnicas clásicas basadas en laa. Sin embargo, el cultivo de microbios de muestras ambientales puede ser particularmente difícil, y generalmente se mantiene número 1 y el 10% de los microorganismos presentes en muestras ambientales son detectable utilizando estas técnicas. El advenimiento de la qPCR en investigación Microbiología Ambiental por lo tanto ha avanzado el campo enormemente permitiendo más precisa determinación de las concentraciones de microorganismos como causantes de enfermedades de patógenos en muestras ambientales. Sin embargo, una limitación importante de qPCR como una técnica microbiológica aplicada es que viva y viables de las poblaciones no pueden ser distinguidas de poblaciones inactivas o inertes. Este video muestra el uso de qPCR para detectar virus del moteado suave de pimienta de una muestra de agua ambiental.

  • Environmental Microbiology

    08:16
    Análisis de la calidad del agua a través de organismos indicadores

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Luisa Ikner

    Análisis de calidad de agua controla influencias antropogénicas tales como contaminantes, nutrientes, patógenos y cualquier otro componente que puede afectar la integridad del agua como un recurso. Contaminación fecal contribuye patógenos microbianos que amenazan la planta, el animal y la salud humana con la enfermedad. entes demandas de agua y estrictas normas de calidad exigen que agua suministrado para recursos humanos o ambientales supervisar niveles del patógeno bajo. Sin embargo, monitoreo de cada patógeno asociado con la contaminación fecal no es factible, como técnicas de laboratorio implican costos, tiempo y mano de obra extensa. Por lo tanto, la detección de organismos indicadores proporciona una técnica simple, rápida y rentable para controlar patógenos asociados con las condiciones insalubres.

  • Environmental Microbiology

    10:57
    Aislamiento de bacterias fecales de muestras de agua por filtración

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Luisa Ikner

    La calidad del agua destinada para el uso en ajustes agrícolas, recreativos y domésticos es de gran importancia debido al potencial de brotes de enfermedades transmitidas por el agua. Agentes microbianos implicados en tales acontecimientos incluyen parásitos, bacterias y virus que están en alto número en las heces deonas infectadas y animales. Transmisión a los anfitriones nuevos y susceptibles luego puede ocurrir vía la ruta fecal-oral por ingestión de agua contaminada. Por lo tanto, la capacidad para monitorear las fuentes de agua para la presencia de microorganismos patógenos es importante para garantizar la salud pública. Debido al gran número y variedad de patógeno fecal-oral potenciales que pueden estar presentes en el agua y sus concentraciones variables, resulta poco práctico y caro de ensayo directamente para cada uno de ellos sobre una base regular. Por lo tanto, los ensayos microbiológicos para el control de la calidad del agua emplean bacterias coliformes indicador. Coliformes comprenden, en parte, la microflora intestinal normal de los mamíferos de sangre caliente, son no patógenas y constantemente se excretan en las heces. Por lo tanto, la detección de bacterias coliformes en el agua significa que se produjo un comunicado de fecal, y que microorganismos patógenos perjudiciales

  • Environmental Microbiology

    09:16
    Detección de bacteriófagos en muestras ambientales

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Alex Wassimi

    Los virus son un grupo de entidades biológicas que infectan a los organismos eucariotas y procariotas. Son parásitos obligados que no capacidad metabólica y con el fin de replicar, se basan sobre el metabolismo del huésped para producir piezas virales que uno mismo-montan dentro de las células del huésped.

    Los son ultramicroscópicos, demasiado pequeños para ser vistos con el microscopio de luz, visible sólo con la mayor resolución del microscopio electrónico. Una partícula viral consiste en un genoma de ácido nucleico, DNA o RNA, rodeado por una cubierta proteica, denominada cápside, compuesta por subunidades proteicas o capsómeros. En algunos virus más complejos, la cápside está rodeada por una envoltura de lípidos adicionales, y algunas tienen apéndices superficiales espiga o cola. Virus que infectan el tracto intestinal de humanos y animales son conocidos como virus entéricos. Son excretados en las heces y puede ser aislados de las aguas residuales domésticas. Virus que infectan bacterias se denominan bacteriófagos, y los que infectan a las bacterias coliformes se llaman colífagos (figura 1). Los fagos de las bacterias coliformes se encuentran en cualquier lugar se encuentran las bacterias coliformes. Figura 1. Col

  • Environmental Microbiology

    10:56
    Cultivo y enumeración de bacterias a partir de muestras de suelo

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaAutores que demuestran: Bradley Schmitz y Luisa Ikner

    Superficie de suelos es una mezcla heterogénea de partículas orgánicas e inorgánicas que se combinan juntos para formar agregados secundarios. Dentro y entre los agregados están vacíos o poros que visualmente contienen aire y agua. Estas condiciones crean un ecosistema ideal para las bacterias, los suelos contienen grandes poblaciones de bacterias, generalmente sobre 1 millón por gramo de suelo. Las bacterias son los más simples de los microorganismos, conocidos como procariotas. Dentro de este grupo de procariota, existen los microbios filamentos conocidos como actinomicetos. Actinomicetos son realmente bacterias, pero con frecuencia se consideran ser un grupo único dentro de la clasificación de las bacterias debido a su estructura filamentosa, que consta de varias celdas ensartados a hifas de forma. Este experimento utiliza glicerol caso medios de comunicación que seleccionen para las colonias actinomycete, durante la dilución y chapado. Típicamente, los actinomicetos son aproximadamente el 10% de la población bacteriana total. Las bacterias y los actinomicetos se encuentran en cada ambiente de la tierra, pero la abundancia y diversidad de estos microbios en el suelo es incomparable. Estos microbios son también esenciales para la vida humana y afectan lo que la gent

  • Environmental Microbiology

    12:22
    Análisis de la curva de crecimiento bacteriano y sus aplicaciones ambientales

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Luisa Ikner

    Las bacterias se encuentran entre las más abundantes formas de vida en la tierra. Se encuentran en cada ecosistema y son vitales para la vida diaria. Por ejemplo, afectan las bacterias lo que come, beber y respirar, y hay células bacterianas más dentro de un cuerpo de células de mamíferos. Debido a la importancia de las rias, es preferible estudiar una especie particular de bacterias en el laboratorio. Para ello, las bacterias se cultivan bajo condiciones controladas en cultivo puro, lo que significa que sólo un tipo de bacteria está bajo consideración. Las bacterias crecen rápidamente en cultivo puro, y número de células aumenta dramáticamente en un corto periodo de tiempo. Midiendo la tasa de población de la célula aumentan con el tiempo, una "curva de crecimiento" a desarrollarse. Esto es importante cuando se pretende utilizar o inocular a un número conocido de la cepa bacteriana, por ejemplo, para mejorar el crecimiento de las plantas, incrementar la biodegradación de compuestos orgánicos tóxicos o producir antibióticos u otros productos naturales a una escala industrial.

  • Environmental Microbiology

    09:28
    Enumeración de las algas mediante metodología cultivable

    Fuente: Laboratorios del Dr. Ian Pepper y el Dr. Charles Gerba - Universidad de ArizonaDemostrando autor: Bradley Schmitz

    Las algas son un grupo muy heterogéneo de microorganismos que tienen un rasgo común, es decir, la posesión de pigmentos fotosintéticos. En el ambiente, las algas pueden causar problemas para los propietarios de la piscina por el aumento en el agua. Las algas también pueden causar problemas en las aguasrficiales, como lagos y embalses, debido a que liberan toxinas algales. Más recientemente, las algas están siendo evaluadas como nuevas fuentes de energía a través biocombustibles algas. Algas son realmente las bacterias clasificadas como cianobacterias. Cyanobacteria no sólo producir, sino que también tiene la capacidad para fijar nitrógeno de la atmósfera. Otras algas son eucariotas, desde organismos unicelulares hasta organismos multicelulares complejos, como algas. Estos incluyen las algas verdes, los euglenoides, los dinoflagelados, las doradas Algas marrones, diatomeas, las algas marrones y las algas rojas. En los suelos, las poblaciones de algas son frecuentemente 106 por gramo. Estos números son menores que los números correspondientes para bacterias, actinomicetos y hongos, sobre todo porque la luz solar necesaria para la fotosíntesis no puede penetrar bajo la superficie del suelo. Porque las algas son fototróficas, obtención de energía de la fotosíntesis y e

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