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真核細胞では 転写因子はDNAに結合できるタンパク質 そして遺伝子の発現を調節する 転写を開始するには 各RNAポリメラーゼはプロモーター領域に結合するために 一般転写因子と呼ばれる 異なるタンパク質をいくつか必要とする 例えば、TFIIDと呼ばれるタンパク質の最初で最大のものは 他のタンパク質と一緒に ほとんどのプロモーターで見つかる TATAボックス領域にバインドされる それらはプロモーター領域にポリメラーゼを動員し 開始前複合体を形成する 一方、特定の転写因子は エンハンサー部位と呼ばれる遠位調節領域に結合できる 転写開始部位から離れて 時には数千塩基対 遺伝子の上流または下流 そしてより高い転写速度を誘導する ループと呼ばれるプロセスでは DNA鎖はメディエータータンパク質および 開始前複合体を伴いタンパク質間相互作用を確立する 転写因子がエンハンサー部位に結合するよう 曲がってしまう 転写を促進するためにエンハンサー部位に結合する 特異的転写因子は活性化剤として知られている また、転写を遮断または減少させるものは リプレッサーと呼ばれる 特定の転写因子と および遠位調節要素は 示差的遺伝子発現を可能にする 異なる遺伝子のオン/オフなどのように その細胞が生育初期に 皮膚細胞かニューロンになるかを調べる 関連する機能遺伝子の 協調転写と同様に 1, 500以上の異なる転写因子が ヒトで確認されており それは開発初期の細胞型の決定から さまざまな環境条件への 細胞応答まで 広範囲の重要な遺伝子を調節する
哺乳類では、組織特異的な転写因子が多様な細胞機能に貢献しています。例えば、ヘモグロビンの主成分であるβグロビンの遺伝子は、全身の細胞に存在しています。例えば、ヘモグロビンの主成分であるβグロビンの遺伝子は、全身の細胞に存在しますが、βグロビン遺伝子のプロモーター配列に結合できる転写因子が赤血球にしか発現していないため、赤血球でのみ発現しています。また、組織特異的な転写因子は、その変異が生体全体に影響を与えることなく、特定の組織や体の一部の機能のみを損なう可能性があります。
さらに複雑なのは、真核生物の転写因子がコンビナトリアル・コントロール（組み合わせによる調節）を発揮していることです。いくつかの転写因子の活性化因子と抑制因子が組み合わされることで、遺伝子を追加することなく、1つの遺伝子が異なる制御を受け、さまざまな環境変化に適応することが可能になります。
