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33.1: Arbres phylogénétiques

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Phylogenetic Trees

33.1: Phylogenetic Trees

33.1: Arbres phylogénétiques

Phylogenetic trees come in many forms. It matters in which sequence the organisms are arranged from the bottom to the top of the tree, but the branches can rotate at their nodes without altering the information. The lines connecting individual nodes can be straight, angled, or even curved.

The length of the branches can depict time or the relative amount of change among organisms. For instance, the branch length might indicate the number of amino acid changes in the sequence that underlies the phylogenetic tree. The exact meaning must be shown clearly on a legend accompanying the phylogenetic tree. If such a legend is not present, the branch length is arbitrary, and the reader should not infer any information.

Trees may or may not have a root. The tree is unrooted if the most recent common ancestor of all organisms of interest is unknown. In this case, the depiction of the phylogenetic relationships resembles a snowflake, not a tree. The scientist can root the tree by including an outgroup into the analysis. An outgroup is an organism that is not closely related to any of the organisms that the scientist wishes to arrange on the tree.

Les arbres phylogénétiques se présentent sous de nombreuses formes. Il importe dans quelle séquence les organismes sont disposés du bas vers le haut de l’arbre, mais les branches peuvent tourner à leurs nœuds sans modifier l’information. Les lignes reliant les nœuds individuels peuvent être droites, inclinées ou même courbées.

La longueur des branches peut représenter le temps ou la quantité relative de changement entre les organismes. Par exemple, la longueur de la branche peut indiquer le nombre de changements d’acides aminés dans la séquence qui sous-tend l’arbre phylogénétique. Le sens exact doit être clairement indiqué sur une légende accompagnant l’arbre phylogénétique. Si une telle légende n’est pas présente, la longueur de la branche est arbitraire, et le lecteur ne doit pas déduire d’informations.

Les arbres peuvent ou non avoir une racine. L’arbre n’est pas enraciné si l’ancêtre commun le plus récent de tous les organismes d’intérêt est inconnu. Dans ce cas, la représentation des relations phylogénétiques ressemble à un flocon de neige, pas à un arbre. Le scientifique peut enraciner l’arbre en incluant un outgroup dans l’analyse. Un outgroup est un organisme qui n’est pas étroitement lié à l’un des organismes que le scientifique souhaite organiser sur l’arbre.

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