Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove

33.1: Fylogenetische bomen
INHOUDSOPGAVE

JoVE Core
Biology

A subscription to JoVE is required to view this content. You will only be able to see the first 20 seconds.

Education
Phylogenetic Trees
 
TRANSCRIPT

33.1: Phylogenetic Trees

33.1: Fylogenetische bomen

Phylogenetic trees come in many forms. It matters in which sequence the organisms are arranged from the bottom to the top of the tree, but the branches can rotate at their nodes without altering the information. The lines connecting individual nodes can be straight, angled, or even curved.

The length of the branches can depict time or the relative amount of change among organisms. For instance, the branch length might indicate the number of amino acid changes in the sequence that underlies the phylogenetic tree. The exact meaning must be shown clearly on a legend accompanying the phylogenetic tree. If such a legend is not present, the branch length is arbitrary, and the reader should not infer any information.

Trees may or may not have a root. The tree is unrooted if the most recent common ancestor of all organisms of interest is unknown. In this case, the depiction of the phylogenetic relationships resembles a snowflake, not a tree. The scientist can root the tree by including an outgroup into the analysis. An outgroup is an organism that is not closely related to any of the organisms that the scientist wishes to arrange on the tree.

Fylogenetische bomen zijn er in vele vormen. Het maakt uit in welke volgorde de organismen van onder naar boven in de boom zijn gerangschikt, maar de takken kunnen op hun knooppunten draaien zonder de informatie te veranderen. De lijnen die individuele knooppunten met elkaar verbinden, kunnen recht, hoekig of zelfs gebogen zijn.

De lengte van de takken kan de tijd of de relatieve hoeveelheid verandering tussen organismen weergeven. De vertakkingslengte kan bijvoorbeeld het aantal aminozuurveranderingen aangeven in de sequentie die ten grondslag ligt aan de fylogenetische boom. De exacte betekenis moet duidelijk worden weergegeven op een legende bij de fylogenetische boom. Als zo'n legenda niet aanwezig is, is de vertakkingslengte willekeurig en mag de lezer geen informatie afleiden.

Bomen kunnen al dan niet een wortel hebben. De boom is onbeworteld als de meest recente gemeenschappelijke voorouder van alle interessante organismen onbekend is. In dit geval lijkt de afbeelding van de fylogenetische relaties op een sneeuwvlok, niet op een boom. De wetenschapper kan de boom rooten by het opnemen van een outgroup in de analyse. Een outgroup is een organisme dat niet nauw verwant is aan een van de organismen die de wetenschapper in de boom wil rangschikken.


Aanbevolen Lectuur

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
simple hit counter