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33.1: Phylogenetische Bäume
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PROTOKOLLE

33.1: Phylogenetische Bäume

Phylogenetische Stammbäume gibt es in vielen Formen. Die Reihenfolge, in der die Organismen von unten nach oben im Baum angeordnet sind, ist von Bedeutung. Äste können sich jedoch auch inihren Knoten drehen, ohne die Information zu verändern. Die Linien, die die einzelnen Knoten verbinden, können gerade, gewinkelt oder sogar gekrümmt sein.

Die Länge der Äste kann die Zeit oder das relative Ausmaß der Veränderung zwischen den Organismen widerspiegeln. Die Länge der Äste kann zum Beispiel die Anzahl der Aminosäureänderungen in der Sequenz anzeigen, die dem phylogenetischen Stammbaum zugrunde liegt. Die genaue Bedeutung muss auf einer Legende, die den phylogenetischen Baum begleitet, klar angegeben werden. Wenn eine solche Legende nicht vorhanden ist, kann man die Zweiglänge als willkürlich ansehen. Der Leser sollte daraus keine Informationen ableiten.

Bäume können eine Wurzel haben oder nicht. Der Baum ist entwurzelt, wenn der jüngste gemeinsame Vorfahre aller interessierenden Organismen nicht bekannt ist. In diesem Fall ähnelt die Darstellung der phylogenetischen Beziehungen einer Schneeflocke und nicht einem Baum. Der Wissenschaftler kann den Baum verwurzeln, indem er eine Außengruppe in die Analyse einbezieht. Eine Nebengruppe ist ein Organismus, der mit keinem der Organismen, die der Wissenschaftler auf dem Baum anordnen wollte, eng verwandt ist.


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