Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove

4.1: Ligand Bağlanma Alanı
İÇİNDEKİLER

JoVE Core
Molecular Biology

A subscription to JoVE is required to view this content. You will only be able to see the first 20 seconds.

Education
Ligand Binding Sites
 
TRANSKRİPT

4.1: Ligand Bağlanma Alanı

Proteinler, çok çeşitli temel işlemleri gerçekleştiren dinamik makromoleküllerdir; bununla birlikte, çoğu proteinin aktivitesi, ligandlar olarak bilinen diğer moleküller veya iyonlarla etkileşimlerine bağlıdır.

Protein-ligand etkileşimleri oldukça spesifiktir; çok sayıda potansiyel ligand herhangi bir zamanda bir hücresel proteini çevrelese de, sadece belirli bir ligand bu proteine bağlanabilir. Dahası, bir ligand sadece ligand bağlama bölgesi olarak bilinen proteinin yüzeyindeki özel bir alana bağlanır. Bir proteinin ligand bağlama bölgesinin özgüllüğü, bölgeye şeklini ve kimyasal reaktivitesini veren amino asit zincirinin düzenlenmesi ile belirlenir. Bu nedenle, bir ligand bağlama bölgesi ligandına tamamlayıcı bir şekil sağlar ve ligandı kimyasal etkileşimler yoluyla yerinde tutar. Bu kimyasal etkileşimler genellikle nonkovalenttir; bununla birlikte, bu etkileşimler geri dönüşümlü ve zayıf olduğundan, bu etkileşimlerin çoğunun proteini ve ligandını bir arada tutmak için eş zamanlı gerçekleşmesi gerekir.

Ligand bağlanma bölgelerindeki etkileşim mekanizmalarını aydınlatan araştırmalar genellikle in silico modelleme ve in vitro yaklaşımlar içerir. In silico modelleme, önceden bilinen protein yapılarını karşılaştırmak için bilgisalarları ve protein-ligand kompleksinin optimal bağlanma şeklini ve enerji durumunu belirlemek üzere tahminler yapmak evrimsel verileri kullanır. In vitro yaklaşımlar, laboratuvarda bağlanma ve kinetik analizler yoluyla ligand bağlanması için kanıt sağlayarak in silico tahminleri güçlendirir. Ligand bağlama araştırmaları, proteinlerin işlevlerini ve hem sağlıklı hem de hastalıklı koşullarda spesifik hücresel süreçleri nasıl gerçekleştirdiklerini anlamak için önemlidir. Örneğin, bazı genetik koşullar ve kanserler bir proteinin dizisini değiştirebilir ve sonuçta ligand bağlama yeteneğini etkileyebilir. Ek olarak, bu araştırmalar aynı zamanda bilim insanlarının, ilgili bir proteinin ligand bağlanma bölgesini hedef alarak spesifik etkileşimlere ve minimal yan etkilere sahip ilaçlar tasarlamalarına izin verir.


Önerilen Okuma

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
simple hit counter