A especiação geralmente ocorre durante uma longa escala de tempo evolucionária, durante a qual a espécie pode ser isolada ou continuar a interagir. Se duas espécies emergentes começarem a cruzar-se, as barreiras reprodutivas podem ser fracas, e o fluxo genético pode ocorrer novamente. Neste ponto, a seleção de híbridos entre as duas populações pode estabilizar o grupo recém-misturado em uma única população ou reforçar a distinção entre eles como novas espécies. A especiação pode ocorrer gradual ou rapidamente, e em alguns casos é pontuada entre longos períodos sem alteração seguido de rápidas taxas de especiação.
Em casos de especiação onde duas ou mais populações se tenham isolado por algum tempo, elas podem reconectar-se. Por exemplo, em longos períodos de seca ou mudanças climáticas, grandes lagos podem ser divididos em muitos lagos menores, isolando os habitantes. A vasta diversidade de espécies de peixes ciclídeos Africanos foi alimentada, em parte, por períodos de fragmentação dessa população. Quando as condições mudaram, e os lagos fragmentados voltaram a fundir-se, as populações isoladas voltaram a entrar em contato.
Quando ocorre a reconexão, se as barreiras reprodutivas pré-zigóticas forem fracas, indivíduos das duas populações diferentes podem começar a reproduzir-se. Se a aptidão da progenia híbrida for maior ou inalterada em relação aos progenitores, as populações podem integrar-se e fundir-se. Esse processo é referido como estabilidade. No entanto, se os descendentes híbridos forem menos aptos do que os descendentes não híbridos das populações progenitoras ou as barreiras pré-zigóticas para a reprodução forem fortalecidos com o tempo, as duas populações continuarão a divergir mesmo em simpatria—um processo conhecido como reforço. Nos peixes ciclídeos, muitas novas linhagens e espécies foram provavelmente geradas desta forma.
As espécies podem evoluir em diferentes taxas, dependendo do tempo de geração, da força das pressões de seleção e das condições ambientais específicas. Geralmente, a mudança acontece lentamente, com alterações a ocorrer em pequenos incrementos ao longo do tempo até que uma nova espécie que não se cruza mais com outras espécies emerge. Este conceito é conhecido como gradualismo filético. Por exemplo, se pássaros com bicos um pouco mais longos puderem cavar mais fundo em árvores para obter larvas, toda a população pode inclinar-se para bicos mais longos ao longo do tempo, e eventualmente, tornarem-se distintos dos seus parentes de bico curto.
No entanto, também é possível que as espécies mudem com relativa rapidez. Isso está ligado à teoria do equilíbrio pontuado que afirma que as espécies podem sofrer surtos de rápida mudança evolutiva, seguidos por longos períodos de permanência relativamente inalterada. O apoio à teoria vem da observação de que algumas linhagens fósseis parecem mudar pouco por longos períodos de tempo, mostrando em seguida rápida mudança no registo fóssil.
O género de borboleta Heliconius mostra forte seleção para preservar o padrão de cor devido à seleção para mimetismo, e isso geralmente mantém as espécies estáveis mesmo em simpatria com espécies irmãs intimamente relacionadas. No entanto, a rápida especiação pode ocorrer em caso de mutação ou hibridização que produz um novo fenótipo “apto”. A evolução e a especiação em geral podem proceder de várias maneiras e escalas de tempo diferentes.