Phylogenetische Bäume gibt es in vielen Formen. Die Reihenfolge, in der die Organismen von unten nach oben im Baum angeordnet sind, ist entscheidend, während die Verzweigungen an den Knoten wechseln können ohne die Information zu verändern. Die Linien, die die einzelnen Knoten verbinden, können gerade, gewinkelt oder sogar gekrümmt sein.
Die Länge der Äste kann die Zeit oder das relative Ausmaß der Veränderung zwischen den Organismen widerspiegeln. Die Länge der Äste kann zum Beispiel die Anzahl der Änderungen in einer Aminosäuresequenz anzeigen, die dem phylogenetischen Stammbaum zugrunde liegt. Die genaue Bedeutung muss in einer Erklärung, die den phylogenetischen Baum begleitet, klar angegeben werden. Wenn eine solche Erklärung nicht vorhanden ist, ist die Astlänge als willkürlich anzusehen und der Leser sollte keine Informationen daraus ableiten.
Bäume können eine Wurzel haben oder nicht. Der Baum ist entwurzelt, wenn der jüngste gemeinsame Vorfahre aller betreffenden Organismen nicht bekannt ist. In diesem Fall ähnelt die Darstellung der phylogenetischen Beziehungen einer Schneeflocke und nicht einem Baum. Der Wissenschaftler kann den Baum verwurzeln, indem er eine Außengruppe in die Analyse einbezieht. Eine Nebengruppe ist ein Organismus, der mit keinem der Organismen, die der Wissenschaftler in dem Baum anordnen wollte, eng verwandt ist.
