Waiting
Login processing...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
JoVE Journal Biology
Click here for the English version

Biology

معالجة Loblolly باين PtGen2 ميكروأري [كدنا]

Published: March 20, 2009 doi: 10.3791/1182
Automatic Translation
1, 1, 2, 1
1Warnell School of Forestry and Natural Resources, University of Georgia (UGA), 2Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica, Instituto Tecnologia Química e Biológica UNL, Av. da República

Summary

وضعت [كدنا] [ميكروأري PtGen2 للدراسات التعبير الجيني في loblolly الصنوبر ،

Abstract

PtGen2 هو ميزة [كدنا] [ميكروأري 26496 تحتوي على تضخيم الصنوبر loblolly التكنولوجيات السليمة بيئيا. وينتج الصفيف في مختبرنا للاستخدام من قبل الباحثين الذين يدرسون التعبير الجيني في الأنواع الصنوبرية الصنوبر وغيرها. وقد وضعت PtGen2 نتيجة لجهودنا اكتشاف الجينات في loblolly الصنوبر ، وتتألف من سلاسل المحددة أساسا من أنسجة الجذر ، ولكن أيضا من إبرة والخلايا الجذعية ، وقد تم اختباره من قبل 1،2 PtGen2 التهجين المختلفة المستهدفة الصنوبرية CY - صبغ المسمى cDNAs ، باستخدام كل من تضخيمها وتضخيم عدم وضع العلامات ، طرق غير مباشرة ، واختبارها أيضا مع عدد من الشروط التهجين والغسيل. هذا الفيديو يركز على معالجة وتصنيع الشرائح قبل وبعد مرحلة ما قبل التهجين ، وكذلك بعد التهجين ، وذلك باستخدام بعض التعديلات على الإجراءات التي وضعت سابقا. 3،4 شملت أيضا ، في شكل النص فقط ، هي البروتوكولات المستخدمة للجيل ، وضع العلامات وتنظيف الهدف من ليالي [كدنا] ، وكذلك معلومات عن البرمجيات المستخدمة لمعالجة البيانات المصب.

طبعت PtGen2 مع العازلة طباعة الشخصية التي تحتوي على تركيزات عالية من الملح يمكن أن يكون من الصعب إزالته تماما. تغسل الشرائح الأولى في حل SDS الدافئ قبل قبل التهجين. بعد التهجين المسبق ، تغسل الشرائح بقوة في العديد من التغييرات من المياه لاستكمال إزالة الأملاح المتبقية. ثم يتم تنظيف LifterSlips ™ ووضعها على الشرائح والمسمى [كدنا] تحميل بعناية وعلى ميكروأري عن طريق العمل الشعري الذي ينص على توزيع العينة حتى عبر الشريحة ، ويقلل من فرصة التأسيس الفقاعة. يتم تهجين من الأهداف إلى الصفيف في 48 درجة مئوية في ظروف الرطوبة العالية. بعد التهجين ، يتم إجراء سلسلة من يغسل قياسية بلغت 53 درجة مئوية ودرجة حرارة الغرفة لفترات طويلة. تجهيز PtGen2 الشرائح باستخدام هذا الأسلوب يقلل من الملح وSDS المستمدة من التحف غالبا ما ينظر إليها عند معالجة مجموعة أقل صرامة. التهجين الأهداف المستمدة من مصادر مختلفة عدة RNA الصنوبرية ، أسفرت عن عدد أقل من هذا البروتوكول تجهيز القطع الأثرية ، الخلفية مخفضة ، وتقديم أفضل الاتساق بين المجموعات التجريبية المختلفة من الالواح.

Protocol

(لاحظ الأقسام 1-4 لم تظهر في فيديو)

إعداد CY - إعتبر الهدف [كدنا]

ما يلي هو البروتوكول الذي نستخدمه في التوليف [كدنا] من الحمض النووي الريبي مجموع loblolly الصنوبر ووضع العلامات غير المباشرة قبل [كدنا] [ميكروأري التهجين. رغم ما اتخذ من عدد قليل من غير تافهة تعديلات بروتوكول أدناه مماثلة لتلك التي في دليل التعليمات المتوفرة مع Invitrogen مرتفع غير المباشرة في مجموعة وصفها [كدنا].

الجزء 1 : لأول رد فعل ستراند التجميعي [كدنا]

  1. وتدور المزيج لفترة وجيزة كل مكون عدة قبل الاستخدام.
  2. إعداد ردود الفعل على النحو التالي :
    • Xμl DEPC - H 2 O
    • Xμl مجموع الحمض النووي الريبي ، 20 ميكروغرام / التفاعل (سابقة التجهيز مع الدناز Ambion في توربو)
    • 2μl أليغو الراسية (DT) 20 التمهيدي (2.5μg/μl)
    • 1μl التمهيدي مسدوس عشوائية
    • = إجمالي حجم 18μl
  3. احتضان أنابيب في 70 درجة مئوية لمدة 5 دقائق ، ثم وضع على الجليد لمدة 1-2 دقائق.
  4. إضافة إلى ما يلي لكل أنبوب رد فعل على الجليد :
    • 6μl 5X الأولى الجديلة العازلة
    • 1.5μl 0.1M DTT
    • 1.5μl 10MM dNTP مزيج
    • 1μl RNaseOUT (40U/μl)
    • 2μl مرتفع الثالث RT (400U/μl)
  5. المزيج بلطف وتدور لفترة وجيزة. احتضان أنبوب بين عشية وضحاها في 45 درجة مئوية.
  6. إضافة 15μl من هيدروكسيد الصوديوم 1M إلى كل أنبوب تفاعل ومزيج دقيق.
  7. احتضان أنبوب في 70 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة.
  8. إضافة 15μl من حمض الهيدروكلوريك 1M ؛ المزيج بلطف.
  9. إضافة 20μl خلات الصوديوم 3M (5.2 درجة الحموضة) ؛ المزيج بلطف.

الجزء 2 : تنقية الأولى الجديلة [كدنا].

  1. إضافة 500μl لشركة مخزن لل[كدنا] (من الخطوة 1.9) وتخلط جيدا.
  2. مكان عمود تنقية SNAP (مرفق مع عدة وصفها غير المباشرة) على أنبوب جمع وتحميل [كدنا] الخاص بك على العمود.
  3. تدور 14000 ز في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 دقيقة ؛ تجاهل التدفق من خلال.
  4. مكان العمود SNAP على الأنبوب نفس المجموعة وإضافة 500μl من الاحتياطي اغسل.
  5. تدور 14000 ز في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 دقيقة ؛ تجاهل التدفق من خلال.
  6. كرر الخطوات 2.4 و 2.5 ثلاث مرات ، على ما مجموعه ثلاثة يغسل 500μl.
  7. تدور مرة أخرى في 14000 ز في درجة حرارة الغرفة لثوانى 1 دقيقة ؛ تجاهل التدفق من خلال.
  8. مكان العمود SNAP على أنبوب 1.5ml جديدة.
  9. إضافة 50μl من المياه الدافئة ، DEPC (50 درجة مئوية) إلى عمود وعمود احتضان SNAP في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 دقيقة. أزل [كدنا] عبر تدور 14000 ز في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 دقيقة.
  10. كرر الخطوة 2.9 ، باستخدام 100μl الدافئة DEPC مياه وأنبوب لنفس 1.5ml شاطف.
  11. إضافة 20μl من خلات الصوديوم 3M (5.2 درجة الحموضة) إلى شاطف من الخطوات 2.9 و 2.10.
  12. إضافة 3μl من الجليكوجين (20mg/ml) إلى أنبوب والمزيج.
  13. إضافة 500μl من الجليد الباردة EtOH 100 ٪ ، وتخلط جيدا ، واحتضان الأنبوب لمدة 1 ساعة على -80 درجة مئوية.
  14. تدور في أنبوب ز 14000 في 4 لمدة 20 دقيقة درجة مئوية. إزالة بعناية طاف.
  15. إضافة 500μl من الجليد الباردة EtOH 70 ٪ وتدور في أنبوب ز 14000 في 4 لمدة 5 دقائق درجة مئوية. إزالة بعناية طاف.
  16. الهواء الجاف العينة لمدة 5 دقائق ، وضمان أن تتم إزالة جميع EtOH.
  17. الحارة الاحتياطي توصيلات 2X في 37 لمدة 5 دقائق درجة مئوية واعادة تعليق [كدنا] في العينة 5μl الدافئة الاحتياطي توصيلات 2X.
  18. حرارة [كدنا] / توصيلات العازلة عند 50 درجة مئوية لمدة 10 دقائق ، ودوامة جيدا. ضمان كامل بيليه الخاص [كدنا] إعادة معلقة في مخزن توصيلات 2X.

الجزء 3 : وصفها مع صبغ نيون

عند إعداد رد فعل ، وتوخي الحذر للحد من التعرض للمحلول الصبغة للضوء. أيضا ، هو DMSO استرطابي وسوف تمتص الرطوبة من الجو ، والتي سوف تتفاعل مع استر NHS للصباغة والحد بشكل كبير من كفاءة رد فعل اقتران. إبقاء DMSO الموردة في المجموعة في قارورة العنبر وتوج برغي في -20 درجة مئوية ، وترك قنينة الحارة إلى درجة حرارة الغرفة قبل فتح لمنع التكثيف. فقط استخدام DMSO المقدمة مع هذه المجموعة.

  1. فتح حزمة واحدة من CY - 3 - 5 قبرصي أو صبغ وإضافة 75μl من DMSO مباشرة إلى قارورة صباغة.
  2. إضافة 5μl من الحل DMSO / صبغة لأنبوب من الخطوة 2.18.
  3. مزيج جيد واحتضان الأنبوب في درجة حرارة الغرفة في الظلام لمدة 1 ساعة.
  4. إضافة 20μl من خلات الصوديوم 3M (5.2 درجة الحموضة) إلى الحل [كدنا] صبغ جانب.
  5. إضافة 500μl لشركة مخزن في حل [كدنا]. مزيج جيد من قبل vortexing.
  6. مكان عمود SNAP على أنبوب جمع واضحة وتحميل حل [كدنا] / العازلة.
  7. تدور 14000 ز في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 دقيقة ؛ تجاهل التدفق من خلال.
  8. مكان العمود SNAP في نفس المجموعةأنبوب ؛ إضافة 500μl من الاحتياطي اغسل إلى العمود.
  9. تدور 14000 ز في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 دقيقة ؛ تجاهل التدفق من خلال.
  10. كرر الخطوات من 3. 8-3،9 ثلاث مرات ، على ما مجموعه ثلاثة يغسل 500μl.
  11. تدور مرة أخرى في 14000 ز في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 دقيقة ؛ تجاهل التدفق من خلال.
  12. مكان العمود SNAP على أنبوب جديد لجمع العنبر.
  13. إضافة 65μl من المياه الدافئة ، DEPC (50 درجة مئوية) إلى العمود SNAP ويحضن في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 دقيقة.
  14. تدور 14000 ز في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 دقيقة وجمع من خلال تدفق. يجب أن تحتوي على التدفق من خلال تنقيتها من 60μl الخاص صبغ يقترن [كدنا].

الجزء 4 : تقييم الإجراءات وصفها.

  1. إجراء فحص معمل لتقييم كل العلامات CY - [كدنا]. حساب العدد الإجمالي للبمول توليفها من [كدنا] : [260 OD X المجلد. س 37ng/μl × 10 3 نانوغرام / ص] / 324.5 بيكوغرام / بمول. حساب بمول مجموعه أدرجت CY - صبغ لكل فعل العلامات : بمول Cy3 = [OD 550 X المجلد.] / 0.15 ؛ بمول Cy5 = [OD 650 X المجلد.] / 0.25. المقبل ، لحساب بمول من النوكليوتيدات / بمول نسبة الصبغة لكل رد فعل. ردود الفعل الأمثل توليد> 6000pmol من [كدنا] (لكل 60ul) ،> 200pmol من CY - صبغ (لكل 60ul) ، ونسبة النوكليوتيدات / الصبغة التي يتم <30.

الجزء 5 : الشريحة قبل اغسل

  1. تتم طباعة صفيف PtGen2 على الشرائح UltraGaps كورنينج (الأميني سيلاني مغلفة) والأشعة فوق البنفسجية هي cDNAs عبر مرتبطة. بقع الطباعة واضحة للعيان بسبب محتوى الملح العالية للالعازلة.
  2. استخدام قلم الماس الحافة للاحتفال الشريحة للمناطق العلوي والسفلي من ناحية الطباعة (اختياري).
  3. وضعت قبل حوالي 250mL تحسنت إلى 43 درجة مئوية حل SDS 0.2 ٪ في شريحة المجهر غسل الأطباق (3 "× 4").
  4. أن يكون مكان ما قبل الشرائح المهجنة في رف الشريحة والغطس في حل SDS 15-20 مرات بقوة شديدة لإزالة الأملاح على الشرائح.
  5. باستخدام ملقط ، بعناية إزالة الشرائح من الرف ووضعها في وعاء يحتوي على مخزن Coplin تمهيدي التهجين (SSC 5X ، 0.1 ٪ SDS ، 1 ٪ BSA) الذي تم تسخينه مسبقا إلى 43 درجة مئوية. في احتضان 43 درجة مئوية لمدة ساعة على الأقل.

الجزء 6 : تمهيدي التهجين

  1. إعداد أطباق الشريحة five الغسيل ، كل مليئة millipure O 2 درهم ، وواحدة Coplin جرة مليئة الأيزوبروبانول الصف الجزيئية. ضع الشرائح في رفوف الشريحة وعملية بالتتابع خلال خمسة أطباق التغميس بواسطة 20 مرة لكل منهما.
  2. إزالة الشرائح اثنين في كل مرة من غسل المياه الخامس وتراجع 5-6 مرات في المكان على الفور في الأيزوبروبانول والشرائح في microfuge الشريحة (الفوق Chipmate ، 2 وظيفة) وتدور 1 دقيقة حتى يجف.
  3. شرائح نظيفة مع الهواء المضغوط من خلال تصفية خرطوشة 0.22 ميكرومتر تصفية وضعها مع قانون نقابة المحامين في مواجهة الدائرة التهجين الجينومي حلول.
  4. LifterSlips ™ نظيفة مع الهواء تصفيتها ووضعها على الشرائح مع شرائط بيضاء أسفل. استخدام غيض الماصة الأصفر إلى محاذاة بلطف زلة رافعة على الشريحة (الغسل LifterSlips ™ الأولى في الايثانول 70 ٪ اختيارية. لقد وجدنا أن تكون غير ضرورية).

الجزء 7 : التهجين

ينبغي الاضطلاع بها في ضوء مظلمة أو منخفضة.

  1. لكل شريحة لتكون المهجنة ، وحساب مقدار CY - 5 - 3 و cy المسمى [كدنا] لاعطاء 50 75pmol من كل هدف. الجمع بين هذه المبالغ في أنبوب واحد والجافة في فراغ مجفف مع إعداد الحرارة في 37-45 درجة مئوية. تجنب تجفيف تماما!
  2. Resuspend التحقيقات المجففة في التهجين 60mL عازلة (مصنوعة الطازجة في ذلك اليوم) لفترة وجيزة الدوامة.
  3. لاحتضان cDNAs معلق لمدة 5 دقائق في حمام 95 درجة مئوية ثم microfuge سريعة لمدة 30 ثانية.
  4. تحميل كامل حجم معلق بواسطة مسبار pipetting ببطء عند تقاطع ™ الانزلاق LifterSlip في أسفل (شريط نهاية رمز) من الشريحة. سوف الشريحة عن طريق تحميل العمل الشعري. (البعض يفضل ماصة إلى الشريحة ومن ثم تراكب بلطف LifterSlip ™ هذا هو أسلوب طلقة واحدة منذ عام إذا كنت تحصل على فقاعات لا يمكنك تحريك ™ LifterSlip بعد التنسيب التي يمكن أن تؤدي إلى تلطيخ بقعة التحف)
  5. 20uL مكان DTT 100mM الرطوبة الموجودة في كل جيدا في تاريخ الغرفة.
  6. أعلى مكان في الغرفة وتضييق الخناق كام. تغطية غرفة بورق الألمنيوم وتزج الى 48 درجة مئوية لحمام الماء 12-18 ساعة مع الإثارة لطيف في 50-60 دورة في الدقيقة.

الجزء 8 : بعد التهجين الغسلات

وينبغي الاضطلاع بها في جميع يغسل ضوء مظلمة أو منخفضة. لا ينبغي أبدا أن يسمح الشرائح لتجف حتى الخطوة الأخيرة.

  1. مجموعة واحدة Coplin جرة مليئة الحل اغسل # 1 @ 53 درجة مئوية ، والأطباق الشريحة four غسل مليئة 250mL كل من التالية : 1) Wالرماد الحل # 1 @ 53 درجة مئوية ، 2) محلول الغسيل # 2 @ درجة حرارة الغرفة و 3 و 4) تحتوي على طبقين الحل اغسل # 3 @ درجة حرارة الغرفة.
  2. إزالة بعناية الشرائح من غرف التهجين ووضعها اثنين في وقت واحد في جرة Coplin. إجازة لمدة 30 ثانية ، ثم ارفع الشريحة ببطء وزلة رافعة سيبقى في الجرة. الشرائح مكان في رف الشريحة وتزج فورا في محلول غسل # 1 (1X SSC ، 0.2 ٪ SDS ، سخن إلى 43 درجة مئوية). كرر حتى تتم إزالة كافة LifterSlips وكافة الشرائح التي يجب غسلها في الحل # 1 اغسل الصحون. يغرق رف صعودا وهبوطا بقوة 10 مرات.
  3. طبق مكان في 53 درجة مئوية في الهواء شاكر مع اهتزاز في 5-10 دورة في الدقيقة لمدة 10 دقيقة.
  4. نقل الرف لغسل الحل # 2 (0.1X SSC ، 0.2 ٪ SDS) ، يغرق 10 مرات ، ويحضن في درجة حرارة الغرفة ، وبطء تهتز لمدة 10 دقيقة.
  5. تراجع الرف 15 مرة في محلول الغسيل # الأول 3 (0.1X SSC) لإزالة أي بقايا SDS تحمل أكثر من محلول الغسيل # 2. رف مكان في محلول غسل second # 3 الطبق ، يغرق 10 مرات ، ثم يهز بطيئة لمدة 10 دقيقة.
  6. الشرائح مكان في أنابيب فالكون 50mL توج @ دورة في الدقيقة وتدور أجهزة الطرد المركزي في 1500 مزودا الدوار الدلو المتأرجح. إزالة الشرائح للضوء الحاويات تثبيتهم ، ونحن نستخدم أنبوب آخر فالكون مغطاة رقائق الألومنيوم ، وتطهير الهواء من أنبوب مع غاز النيتروجين ، وكأب بإحكام (وهذا يقلل من أكسدة الأصباغ قبرصي ، لا سيما CY - 5 في الصيف عندما تكون أعلى مستويات الأوزون ). ويمكن تخزين الشرائح لبضع ساعات قبل الفحص في أنابيب النيتروجين تطهير ، ولكن يتم الحصول على نتائج أفضل إشارة عندما يتم مسح مباشرة بعد الغسيل.

الجزء 9 : جمع وتحليل البيانات الإحصائية

  1. ويتم جمع بيانات مسح الصور على ScanArray PerkinElmer. علينا استخدام إعداد مسح 10 ميكرون والتوازن وCy3 Cy5 الإشارات باستخدام طريقة التعديل الخط وفقا لتعليمات الشركة المصنعة.
  2. TIF الملفات والبيانات الموزعة إشارة الخام التي تم جمعها وتصفيتها مع النسخة ImaGene 7.5 (الاكتشاف البيولوجي ، وشركة ، السيد سيغوندو ، CA)
  3. ويتم تطبيع البيانات وتقييمها لتحديد الأنواع صالحة إحصائيا أعرب تفاضلي مع مجموعة أدوات BRB فير. 3.7.
  4. ويتم تحليل نمط لتسهيل تحديد الجينات وأعرب coordinately مع نمط التعبير الجيني برامج التحليل (GEPAS) فير. 3.1.

الشكل 1

الشكل 1. مثال PtGen2 مجموعة معالجتها باستخدام هذا protoco لتر.

الشكل 2

الشكل 2. مثال PtGen2 مجموعة معالجته باستخدام التهجين القياسية والبروتوكولات الغسيل.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

PtGen2 هو ، والعرف وضعت مؤخرا [كدنا] [ميكروأري التي تم تصميمها ليتم استخدامها في المقام الأول من قبل المجتمع البحوث loblolly الصنوبر. النتائج الأولية ولدت حتى الآن أظهرت الصفيف إلى أن تكون أداة قيمة في تقييم الأحداث التي تحدث في الترانسكربتي استجابة لضغط الجفاف ، وكذلك في رصد التغيرات التي تحدث أثناء تطور الجنين في الصنوبر البحري ، صنوبر pinaster 5،6 لدينا كما أظهرت مؤخرا أن PtGen2 يعمل بشكل جيد في التهجين باستخدام عينات الأنواع المستهدفة عبر عزلها عن مجموعة متنوعة من أجناس الصنوبرية. PtGen2 5 ويصبح أكثر يستخدمها الباحثون دراسة التعبير الجيني في صنوبر والأنواع الأخرى الصنوبرية ، وهذا الفيديو التدريب ينبغي تزويدها ما يلزم من الأساس التقني لتوليد نوعية البيانات واستنساخه. في أيدينا ، حقق أفضل النتائج عند PtGen2 معالجتها بواسطة التهجين أكثر صرامة والبروتوكولات الغسيل من تلك المستخدمة عادة في العمل ميكروأري. وقد نهج أخرى لمعالجة مجموعة PtGen2 ناجحة ولكنها تفتقر إلى التناسق. واتباع الخطوات التقنية وصفها هنا تساعد على زيادة الاتساق ، ولا سيما عندما تجهيز أعداد كبيرة من الصفائح ، وسوف يساعد أيضا على الحد بشكل كبير من القطع الأثرية وإزالة غير المرغوب فيه والخلفيات عالية.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Acknowledgments

ووضع العلامات ، والتهجين ، والبروتوكولات الغسيل تحتوي على بعض التعديلات على الوثيقة التي وضعت من قبل الدكتور جي. Quackenbush بينما في معهد للبحوث الجينوم (TIGR) ، الدكتور شون ليفي في الموارد المشتركة ميكروأري فاندربيلت (VMSR) ، والدكتور في حين تسلب ألبا في معهد بويس تومسون (BTI) جامعة كورنيل.

Materials

Name Type Company Catalog Number Comments
Pre-hybridization Buffer Buffer 5X SSC, 0.1% SDS, 1% BSA
Hybridization Buffer Buffer 30% formamide, 5X SSC, 5X Denhardt’s, 1% PolyA RNA (Invitrogen, POLYA.GF), 0.1% SDS
Wash Solution #1 Buffer 1X SSC, 0.2% SDS, preheat to 43°C
Wash Solution #2 Buffer 0.1X SSC, 0.2% SDS
Wash Solution #3 Buffer 0.1X SSC
Isopropyl Alcohol Reagent Sigma-Aldrich 34959-2.5L
50mL Conical Tubes Other Falcon BD 352070
15mL Conical Tubes Other Falcon BD 352196 Use this or a similar cap placed at the bottom of each 50mL conical tube during centrifugation
Coplin Jar Wheaton 900520
Staining Dish & Rack Other Wheaton 900200
Albumin from bovine serum (BSA) Other Sigma-Aldrich A-9418
PolyA RNA Invitrogen POLYA.GF
SuperScriptTM Indirect cDNA Labeling Kit Invitrogen L1014-02
Turbo DNase Kit Ambion AM1907
System
Cy-5 Dye Reagent GE Healthcare PA25001
Cy-3 Dye Reagent GE Healthcare PA23001
LifterSlips™ Other Erie Scientific 25X601
HybChambers Equipment GeneMachines JHYB200003

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Lorenz, W. W., Sun, F., Liang, C., Kolychev, D., Wang, H., Zhao, X., Cordonnier-Pratt, M. M., Pratt, L. H., Dean, J. F. Water stress-responsive genes in loblolly pine (Pinus taeda) roots identified by analyses of expressed sequence tag libraries. Tree Physiol. 26, 1-16 (2006).
  2. Lorenz, W. W., Dean, J. F. D. unpublished data. , Forthcoming.
  3. Hegde, P., Qi, R., Abernathy, K., Gay, C., Dharap, S., Gaspard, R., Hughes, J. E., Snesrud, E., Lee, N., Quackenbush, J. A concise guide to cDNA microarray analysis. Biotechniques. 29, 548-562 (2000).
  4. Alba, R., Fei, Z., Payton, P., Liu, Y., Moore, S. L., Debbie, P., Cohn, J., D'Ascenzo, M., Gordon, J. S., Rose, J. K. C., Martin, G., Tanksley, S. D., Bouzayen, M., Molly, M., Jahn, M. M., Giovannoni, J. ESTs, cDNA microarrays, and gene expression profiling: tools for dissecting plant physiology and development. The Plant Journal. 39, 697-714 (2004).
  5. Lorenz, W. W., Simões, M., Miguel, C., Dean, J. F. D. Analysis of Gene Expression changes in Pinus species using a Loblolly pine cDNA microarray. IUFRO-CTIA 2008 Joint Conference. August 25-29, Quebec City, Quebec, , (2008).
  6. Simões, M., Lorenz, W. W., Alba, A., Gonçalves, S., Dean, J., Miguel, C. Global gene expression analysis during P. pinaster embryo development. 7th Plant Genomics European Meeting. September 24-27, Albena, Bulgaria, , (2008).

Tags

علم الأحياء النباتية ، العدد 25 ، Loblolly الصنوبر ، P. taeda ، [كدنا] ، وتجهيز ميكروأري الشريحة ،
معالجة Loblolly باين PtGen2 ميكروأري [كدنا]
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Lorenz, W. W., Yu, Y., Simões,… More

Lorenz, W. W., Yu, Y., Simões, M., Dean, J. F. D. Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray. J. Vis. Exp. (25), e1182, doi:10.3791/1182 (2009).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
Simple Hit Counter